Open Science, Open Access, Science2.0 : de nouvelles modalités pour la communication scientifique

Open Science, Open Access, Science2.0 : de nouvelles modalités pour la communication scientifique
Open Science, Open Access, Science 2.0 Les nouvelles modalités de la communication scientifique Julien Sicot <julien.sicot@univ-rennes2.fr> Stage URFIST 1er juin 2010 mercredi 2 juin 2010 1
La communication scientifique État des lieux mercredi 2 juin 2010 2
Les grandes évolutions de la communication scientifique 1970 2002 2009 Bases de données Budapest Open Web sémantique 1948 e-mails Access Initiative Échanges Request For 1989 Linked data Vannevar Bush Le Web Green and Gold épistolaires Comments Data repositories le Memex Tim Bernes-Lee Roads 1665 1963 1975 1991 2004 Invention de la revue scientifique Eugène Garfield Facteur ArXiv Google H. Oldenburg : Philosophical Science Citation d’Impact Premier Transactions of the Royal Society serveur de Scholar Index (London) preprints Marin Mersenne. Journal des savants (Paris) D’après Gabriel Gallezot et al., “Chercheurs 2.0 ?,” Les Cahiers du numérique 5, no. 2 (Juin 15, 2009): 15-32, http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00396278/en/ mercredi 2 juin 2010 3
Acteurs de la recherche • Chercheurs, équipes, laboratoires • Financeurs de la Recherche (acteurs institutionnels : universités et bibliothèques, agences nationales, acteurs privés) • Acteurs éditoriaux (éditeurs scientifiques : “Big Four” : Elsevier, Springer Verlag, Blackwell-Wiley, Thomson Scientific) • Diffuseurs (Agences d’abonnement, agrégateurs, portails, moteurs de recherche (Google Scholar, Books / Microsoft), serveurs de bases de données bibliographiques) mercredi 2 juin 2010 4
Le cycle de la Recherche Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 5
Journée type du chercheur 50% administratif, 50% enseignement, 50% recherche ! • Navigation internet (veille) / recherche documentaire / lecture d’articles scientifiques • Vérification dates prochaines conférences / Organisation de colloques, de communications • Réfléchir à d’éventuelles hypothèses de recherche / Trouver des financements / répondre à des appels à projet • Relations avec ses pairs / collaborateurs / partenaires • Activités pédagogiques (cours, etc) • Participation aux referees d’articles • Aspects politiques, groupes de travail, vie universitaire, etc... mercredi 2 juin 2010 6
Le cycle de l’Information scientifique D’après G. Gallezot Bases bibliographiques Banques de données Collecte Revues, ouvrages Recherche de documents Colloques Extraction d’information Archives ouvertes Sites web Listes de discussion - Activité cognitive Bibliothèques du chercheur Diffusion de Traitement de - Manipulation par … document l’information des outils informatiques Production de Construction de documents connaissance Production d’information mercredi 2 juin 2010 7
La cycle de la Revue Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 8
Fonctions remplies par la revue • Aujourd’hui = principal vecteur de l’IST • Diffusion des résultats de recherche • Garant de la qualité de la recherche “en amont” (autorité, peer-reviewing) • Constitution d’une mémoire scientifique (archives pérennes) • Évaluation des chercheurs “en aval” (OST, AERES, citations, h-index, classements, etc) mercredi 2 juin 2010 9
Nbre d’articles par discipline et par an Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 10
Une croissance exponentielle • + de 25 000 titres de revues • 1,5 Millions d’articles publiés par an (2,5 Millions en 2004) • Sur la totalité des chercheurs, 90% sont en vie aujourd’hui • 2000 éditeurs • 3% de croissance / an • 1 millions d’auteurs (chercheurs) • 10 à 15 millions de lecteurs dans plus de 10000 institutions mercredi 2 juin 2010 11
Croissance des revues à comité de lecture depuis 1665 Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 12
Corrélation entre augmentation nombres de chercheurs, revues et articles Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 13
Vers le e-only ? Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 14
Le big deal • 39% (780) des éditeurs basés en Europe = 49% de la production d’articles = puissant lobby • Big 3 = 80% du marché STM (Thomson Reuters $2.639, Reed Elsevier $1.764, Wolters Kluwer $1.158) Other $1.250 Total : $6.811 • Augmentation du prix des périodiques : +10% par an de 1975 à 2000 (de 1975 à 1995 +300%) • Depuis 2000, inflation annuelle de 6 à 8% en moy. mercredi 2 juin 2010 15
Le coût des revues mercredi 2 juin 2010 16
Ghost writing "... during key marketing periods as many as 40% of published articles focusing on specific drugs are ghost managed" Sismondo S. « Ghost Management: How Much of the Medical Literature Is Shaped Behind the Scenes by the Pharmaceutical Industry? ». PLoS Med [En ligne]. 2007,Vol. 4, n°9, p. e286. Disponible sur : < http://dx.doi.org/10.1371/journal.pmed.0040286 > (consulté le 30 Mai, 2010) mercredi 2 juin 2010 17
Des résultats erronés "Simulations show that for most study designs and settings, it is more likely for a research claim to be false than true. Moreover, most study designs and settings, it is more likely for a research claim to be false than true. Moreover, for many current scientific fields, claimed research findings may often be simply accurate measures of the prevailing bias." Ioannidis JPA. « Why Most Published Research Findings Are False ». PLoS Med [En ligne]. 2005,Vol. 2, n°8, p. e124. Disponible sur : < http://dx.doi.org/10.1371/ journal.pmed.0020124 > (consulté le 30 Mai, 2010) mercredi 2 juin 2010 18
Fake journals Source : http://www.the-scientist.com/blog/display/55671/ et http://www.the-scientist.com/blog/display/55679/ mercredi 2 juin 2010 19
“Duplicate articles” Mounir Errami et Harold Garner, “A tale of two citations,” Nature 451, no. 7177 (Janvier 24, 2008): 397-399, http://dx.doi.org/ 10.1038/451397a. mercredi 2 juin 2010 20
Vers de nouvelles pratiques ? Source: Mark Ware et Michael Mabe, The stm report : An overview of scientific and scholarly journals publishing (Oxford, United Kingdom: STM: International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, Septembre 2009). mercredi 2 juin 2010 21
Et l’évaluation scientifique ? 2 types d’évaluation : • En amont, qualitative, par les pairs = peer reviewing • En aval, quantitative, par les citations des pairs D’après P. Mounier et G. Gallezot mercredi 2 juin 2010 22
Évaluer l’activité recherche ? • Pour qui ? Le pilotage (DGES, universités…) : orientation de la prod. Scientifique, répartition budgétaire, recrutement… • Comment ? Quels référentiels ? Quels indicateurs ? • Qui, quoi ? programmes… Les chercheurs, les établissements, les revues, les • Par qui ? OST, AERES, CNU, Universités… mercredi 2 juin 2010 23
Évaluer l’activité recherche? • Un modèle prégnant et valeur de cette publication par la Publication (article de revue) mesure des citations « reçues » par d’autres publications (bibliométrie) • Un modèle dominant (STM) et quasi monopole de l’analyse et du référentiel (ISI - Institute of Scientific Information, Groupe U.S. Thomson Reuters) d’après G. Gallezot mercredi 2 juin 2010 24
Le facteur d’impact • Concerne les revues scientifiques • Fréquence annuelle moyenne de citation des articles d’un journal donné, estimé sur les 2 années précédentes • Calculé par l’ISI à partir de la base JCR (Journal Citations Report) - Statistiques de citation et facteur d’impact des principales revues en science - Corpus de + de 7600 revues, les plus citées au monde (nombreuses revues françaises absentes) • Limites : - Contrainte de durée (2 ans) - % de revues sur la base de données ISI - Indice de visibilité des revues et non des articles mercredi 2 juin 2010 25
Le facteur d’Impact Créé en 1960 par Eugene Garfield (ISI) citations / articles 2008 2006 et 2007 IF=5 Les articles publiés en 2006/07 ont été cités en moyenne 5 fois en 2008. D’après Björn Brembs mercredi 2 juin 2010 26
L’index-H • Créé par J. Hirsh (université de Californie à San Diego) • Mesure des citations au niveau du chercheur • Le nombre h d'articles de l'auteur qui ont été cités au moins h fois chacun Source : http://fr.wikipedia.org/wiki/Indice_h mercredi 2 juin 2010 27
L’évaluation en question • Problème des critères quantitatifs d’évaluation de la recherche : Nombre de publications dans les revues internationales « peer-reviewed », facteur d’impact • Déséquilibre structurel en France, GB et Allemagne : ➡ Problème du différentiel de publication entre chercheurs français et anglais, du classement de Shanghai ➡ Problème de visibilité de la recherche • Quelle explication ? Poids écrasant des « Big 4 » de l’édition scientifique • Aujourd’hui : la performance bibliométrique l’emporte sur la découverte scientifique ! mercredi 2 juin 2010 28
Les biais du facteur d’impact Source : PhD Comics : http://www.phdcomics.com/comics.php?n=1108 A lire : Gingras Y. « La fièvre de l’évaluation de la recherche – Du mauvais usage de faux indicateurs ». Bulletin de méthodologie sociologique [En ligne]. 1 Octobre 2008, n°100, p. 42-44. Disponible sur : < http://bms.revues.org/index3313.html > (consulté le 30 Mai, 2010) mercredi 2 juin 2010 29
“Le durcissement actuel de l'évaluation de l’activité scientifique n’est-il pas un frein majeur à l’ouverture des systèmes de lecture et d’écriture des travaux scientifiques ?” Broudoux E, Chartron G. « La communication scientifique face au Web2.0 : Premiers constats et analyse ». In : H2PTM [En ligne]. [s.l.] : Hermès Science - Lavoisier, 2009. p. 323-336. Disponible sur : < http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00424826/en/ > mercredi 2 juin 2010 30
Quelques anomalies • Barrière technologique : comment jongler entre les multiples outils/ressources ? • Barrière économique : Coût de l’IST, les bibliothèque ne sont pas abonnées à toutes les bases et revues • Barrière juridique : Editeur détenteur du copyright => ne facilite pas la créativité /réutilisation / l’exploitation des contenus. Obstacle au partage et à la collaboration Parrini M. barriers, 2007. Disponible sur : < http://www.flickr.com/photos/remuz78/463810013/ > mercredi 2 juin 2010 31
Crise(s) ? Vers un épuisement des modèles classiques • Crise de l’édition scientifique (copyright, scandales, concentration, augmentation des coût, nouveaux modèles de publications, l’article n’est pas le seul support de l’IST) • Crise du chercheur (individualisme & impersonnalité de la recherche ? Concurrence, compétition, “publish or perish”, mutations profondes des pratiques, etc.) • Crise de l’évaluation (diktat “publish or perish” (encore), Shanghai, biais du facteur d’impact, facéties de la bibliométrie, etc.) mercredi 2 juin 2010 32
Vers une e-Science ? Nouvelles formes de publication : Open Access, Archives Ouvertes et Revues en libre accès Nouvelles pratiques de la recherche : Science 2.0, Open Science, Open data Nouvelles formes d’évaluation : Open peer reviewing, facteurs d’usages, etc mercredi 2 juin 2010 33
L’Open Access mercredi 2 juin 2010 34
Le Libre accès : repères historiques • 1991 : naissance d’ArXiv = 1er serveur de preprints • 1999 : naissance du mouvement Open Archives Initiative (OAI) • 2002 : Budapest Open Access Initiative (BOAI) • 2003 : Déclaration de Berlin • 2006 : en France, signature d’un accord inter-établissements • 2009 : Berlin 7 > 9 universités françaises signent la déclaration de Berlin pour le libre accès à la littérature scientifique mercredi 2 juin 2010 35
BOAI Fondements de l’Open Access • Une définition : « Le libre accès à la littérature scientifique est sa mise à disposition gratuite sur l’Internet public, permettant à tout un chacun de lire, télécharger, copier, transmettre, imprimer (…), ou s’en servir à toute autre fin légale, sans barrière financière, légale ou technique autre que celles indissociables de l’accès et l’utilisation d’Internet. » (d’après Libre Accès Inist). • Deux stratégies (2 voies) • La voie verte (Green road – BOAI 1) : l’auto-archivage des publications par les chercheurs • La voie dorée (Gold road – BOAI 2) : la publication d’articles dans des revues en libre accès mercredi 2 juin 2010 36
• H. Varmus <http://seedmagazine.com/ content/article/science_2.0_pioneers/> “True “open access” is different from “public access.” It means that the author holds the copyrights, that the journal places the work immediately and freely in the public domain under a Creative Common license or something equivalent to it, and that the work is in public libraries and available for all kinds of reasonable use, as long as attribution is maintained.” mercredi 2 juin 2010 37
La déclaration de Berlin La déclaration de Berlin date de 2003 et a été signée à ce jour par plus de 300 institutions scientifiques majeures dans le monde. Étape clé dans le développement libre accès = implication des principaux organismes de recherche Européens signataires qui s’engagent à : « promouvoir un Internet qui soit un instrument fonctionnel au service d’une base de connaissance globale et de la pensée humaine », et à définir « des mesures (…) à envisager par les responsables politiques en charge de la science, les institutions de recherche, les agences de financement, les bibliothèques, les archives et les musées. » mercredi 2 juin 2010 38
Les archives ouvertes La communication scientifique directe • La parabole d’Harnad • La solution : promouvoir chez les chercheurs le processus d’auto- archivage des pré-publications et post-publications sur des serveurs dédiés à cet effet. • « Archive, repository » synonymes d’« entrepôt / réservoir de données » où sont déposées des données issues de la recherche scientifique et de l’enseignement et dont l’accès se veut ouvert, c’est à dire sans barrières (techniques, économiques, juridiques) …» • Architecture technique distribuée et interopérable (OAI-PMH) mercredi 2 juin 2010 39
Accès restreint -- Impact Restreint LE CYCLE D’IMPACT DÉMARRE : Le chercheur écrit La recherche se fait le « prétirage » de son article Le prétirage est soumis à une revue Le prétirage est évalué 12-18 Mois par un comité de lecture Le prétirage corrigé par l’auteur devient un «post-tirage» Le post-tirage est accepté, validé et publié par une revue Les autres chercheurs ne peuvent accéder au post-tirage que si leur université est abonnée NOUVEAUX CYCLES à la revue où il est D’IMPACT : les nouvelles D’après S. HARNAD publié recherches s’appuient sur les recherches précédentes mercredi 2 juin 2010 40
Accès maximal - Impact maximal LE CYCLE D’IMPACT Le chercheur écrit DÉMARRE : le « prétirage » de La recherche se fait son article Le pré-tirage est auto-archivé sur le site Web de l’établissement où travaille le chercheur Le prétirage est soumis à une revue Le prétirage est évalué Le post-tirage est publié 12-18 Mois par un comité de lecture dans une revue à accès libre Le prétirage corrigé ou auto-archivé par l’auteur: devient un sur le site Web de « post-tirage » l’établissement du chercheur Le post-tirage est accepté, validé et publié par la revue NOUVEAUX CYCLES D’IMPACT L’impact scientifique des articles de recherche libres d’accès s’accroît et s’accélère grâce à l’augmentation de Les autres chercheurs ne l’accès peuvent accéder au post- tirage que si leur université est abonnée NOUVEAUX CYCLES D’IMPACT : Les nouvelles recherches s’appuient D’après S. HARNAD sur les recherches précédentes mercredi 2 juin 2010 41
AO disciplinaire ArXiv.org mercredi 2 juin 2010 42
AO à dimension nationale HAL mercredi 2 juin 2010 43
AO spécialisée TEL mercredi 2 juin 2010 44
Archive institutionnelle ORBI (Ulg) mercredi 2 juin 2010 45
Les Archives ouvertes : bénéfice pour le chercheur • Disposer d’un moyen de communication scientifique directe et rapide : une mise en ligne simple et rapide des résultats de la recherche • Accéder à un corpus scientifique ouvert et accessible • Améliorer son audience et sa visibilité face à ses pairs et ses sources de financement (L’impact d’une publication est accru de manière substantielle si celle-ci est accessible librement sur le Web ? S. Lawrence) • Disposer d´études dímpact sur ces publications récentes • Augmenter le cycle de vie d’un article au-delà de la publication dans une revue : e-publication • Garantir l’archivage à long terme et la citation électronique : URLs pérennes mercredi 2 juin 2010 46
Les éditeurs et AO • Liste ROMEO/SHERPA (UK) sur la politique éditoriale (copyright) de 686 éditeurs • Elle recense les possibilités de mise sur le web (donc d’auto-archiver) des articles scientifiques par éditeurs. • Les revues blanches : celles dont les éditeurs n'ont pas de politique formelle autorisant l'auto-archivage • Les revues jaunes : autorisent l'auto-archivage des pré-publications (avant les révisions par le comité de lecture) • Les revues bleues : autorisent l'auto-archivage des post-publications (version finale après révision) • Les revues vertes : autorisent l'auto-archivage des pré- ET des postpublications • Liste JULIET/SHERPA (UK) politiques des “financeurs » mercredi 2 juin 2010 47
SHERPA RoMEO mercredi 2 juin 2010 48
RoMEO (statistiques) mercredi 2 juin 2010 49
Rechercher dans les AO • Identifier les archives ouvertes (+ de 1400 dans le monde) • L’OpenDOAR : The Directory of Open Access Repositories http://www.opendoar.org/index.html • Registry of Open Access Repositories (ROAR) http://roar.eprints.org/ • Rechercher des articles scientifiques à l’aide des moissonneurs (harvesters) = « moteurs pour les archives ouvertes » • OAIster http://www.oaister.org (versé dans le WorldCat depuis 2009) • Scientific Commons http://www.scientificcommons.org • Driver (Digital Repository Infrastructure Vision for European Research) http:// search.driver.research-infrastructures.eu/ • Base (Bielefeld Academic Search Engine) http://www.base-search.net • Évaluer une Archive Ouverte • Ranking repositories http://repositories.webometrics.info/ mercredi 2 juin 2010 50
OpenDOAR http://www.opendoar.org/find.php mercredi 2 juin 2010 51
ROAR http://roar.eprints.org/ mercredi 2 juin 2010 52
Repository Maps http://maps.repository66.org/ mercredi 2 juin 2010 53
BASE http://www.base-search.net mercredi 2 juin 2010 54
ScientificCommons http://www.scientificcommons.org/ mercredi 2 juin 2010 55
Un mouvement irréversible, mais progressif… • Des soutiens institutionnels importants : Sénat américain, Union Européenne, gouvernements, grands organismes scientifiques : ANR, CNRS, INSERM, INRIA (Fr.), NIH (E.U.), RCUK (G.B.)… • Des initiatives nationales fortes (France : HAL, G.B.: The Depot ) • Vers une obligation de dépôt ? ROARMAP (Registry of Open Access Repository Material Archiving Policies) et SHERPA/Juliet (Research funders' open access policies) 179 mandats institutionnels + financeurs de la recherche • Aux USA : PubMed (pour les recherches financées par le NIH) ; projet de loi en juin 2009 pour toutes les disciplines ; • Au niveau européen : 7ème PCRD > Open Access Pilot / OpenAIRE (Open Access Infrastructure for Research in Europe) • Prise en compte dans l’évaluation des chercheurs (ex : université de Liège, etc) mercredi 2 juin 2010 56
ROARMAP http://www.eprints.org/openaccess/policysignup/ mercredi 2 juin 2010 57
SHERPA / Juliet http://www.sherpa.ac.uk/juliet/ mercredi 2 juin 2010 58
Ranking Web of World Repositories http://repositories.webometrics.info mercredi 2 juin 2010 59
Les revues en libre accès Une revue en libre accès (open access journal) est une revue scientifique, « nouvelle ou existante, qui répond aux exigences de qualité des articles par la présence d’un comité de lecture, mais qui a un mode de financement permettant une diffusion aussi large que possible, sans restriction d’accès et d’utilisation » (d’après l’INIST) • PloS : http://www.plos.org • Revues.org : http://www.revues.org/ • BiomedCentral : http://www.biomedcentral.com/e/ • Scielo : http://www.scielo.br/ mercredi 2 juin 2010 60
Les revues en libre accès • Deuxième composante de l’Open Access (voie dorée) • Nouveau modèle économique : • frais de publication supportés par les auteurs ou leurs institutions • généralement subventionnées • Revues en libre accès = revues scientifiques • Articles soumis aux règles d’évaluation habituelles du « peer-reviewing » • Sont évaluées avec les mêmes indicateurs bibliométriques (IF) • + de 500 revues en OA comptabilisées dans le JCR mercredi 2 juin 2010 61
Modèle traditionnel Source : Björn Brembs, What's wrong with scholarly publishing today?, http://www.slideshare.net/brembs/whats-wrong-with-scholarly- publishing-today-ii mercredi 2 juin 2010 62
Modèle auteur/payeur Source : Björn Brembs, What's wrong with scholarly publishing today?, http://www.slideshare.net/brembs/whats-wrong-with-scholarly- publishing-today-ii mercredi 2 juin 2010 63
DOAJ : Directory of Open Access Journals Open J-Gate 4576 revues 6255 revues Trouver des revues en libre accès mercredi 2 juin 2010 64
Nouvelles pratiques de la recherche : Science 2.0 et Open Science mercredi 2 juin 2010 65
Le web 2.0 (O'Reilly, 2005) • longue traine • les données sont toutes puissantes • centré/orienté utilisateur • effets de réseau / réseaux sociaux • Quelques droits réservés / favoriser l’exploitation, la réutilisation des contenus • bêta perpétuelle • coopération / collaboration • les applications sont accessibles sur tous les supports http://oreilly.com/web2/archive/what-is-web-20.html?page=5 mercredi 2 juin 2010 66
Michel Roland “alors que l’internet est d’origine (en grande partie) universitaire, ses plus récents développements (le web 2.0) sont globalement appréhendés comme venant l’impacter de l’extérieur” source : http://www.slideshare.net/bibliothecaire/100330-pmlpa-science-20-new mercredi 2 juin 2010 67
Génération Y : Nouvelles pratiques informationnelles Source : Education for Change Ltd., Researchers of Tomorrow : A three year (BL/JISC) study tracking the research behaviour of 'Generation Y' doctoral students (British Library & JISC, Octobre 2009). mercredi 2 juin 2010 68
Google Scholar : nouvelle donne ? ✓ Explosion,informationnelset hybridation des outils diversification ✓ Risques d’infobésité ? ✓ Autorité VS Popularité ✓ Économie de l’attention / Âge de l’accès ✓ Besoins : ouverture, accessibilité, accès unifié aux documents de la recherche, immédiateté, “gratuité”, texte intégral ! ✓ Compétences informationnelles de + en + importantes (évaluation de l’information) mercredi 2 juin 2010 69
Multiplication et diversification des moteurs de recherche scientifique Un corpus “dit” scientifique : Des fonctionnalités avancées • Recherche en texte intégral, simplicité • sites et portails académiques (.edu, etc.) • Possibilité de créer des alertes (cf nouvelle fonctionnalité dans GS) • bases de revues d'éditeurs (SpringerLink, ScienceDirect, Wiley-Blackwell, IEEE, etc.) • Exportation et exploitation de références bibliographiques (dans différents formats : bibTeX, RIS, • bases de sommaires (Ingenta Connect) Refworks, etc.) • bases de données bibliographiques (INIST) • Analyse Bibliométrique (taux de citations, etc.) • catalogues de bibliothèques (WorldCat, • Support du résolveur de liens d’une bibliothèque SUDOC) (partenariat avec les bibliothèques pour faciliter le lien vers le texte intégral des documents - technologie • bases de brevets OpenURL) • ressources en Open Access (archives ouvertes, • Fonctionnalités avancées de recherche (par auteur, par revues) titre de revue, etc) mercredi 2 juin 2010 70
Les moteurs de recherche scientifique Wikipedia : List of academic databases and search engines mercredi 2 juin 2010 71
Multiplication des outils numériques pour le chercheur Digital Research Tools http://digitalresearchtools.pbworks.com/ mercredi 2 juin 2010 72
Nouvelle façon de veiller La recherche d’information : énergie, temps, analyse, stratégie Nécessité de rentabiliser sa recherche (veille) : suivi des nouveautés sur une sujet, mise à jour des informations Économie par la création d’alertes, sauvegardes de recherche = déléguer la recherche ! Mike Lee, Newspaper RSS Feed Icon, Juin 6, 2009 Flickr, http://www.flickr.com/photos/curiouslee/3602683294/. mercredi 2 juin 2010 73
http://cravingideas.blogs.com/backinskinnyjeans/2006/09/how_to_explain_.html Mener une veille avec les flux RSS mercredi 2 juin 2010 74
Les flux RSS ? • RSS = Rich Site Summary (sommaire d’un site enrichi) • RSS = Really Simple Syndication (souscription vraiment simple) • Un flux RSS = un fichier (format XML) ou fil de contenu qui va stocker et diffuser les dernières mises à jour d’un site web (ou blogs (hypotheses.org), sites d’actualités (Le Monde), sites institutionnels, Archives ouvertes (ArXiv, HAL), revues scientifiques (Cairn, TicToCs), socialbookmarking (Delicious), etc) • Autre avantage : RSS déconnecte le texte de sa mise en forme. A partir d’un flux RSS, il est possible de lire le contenu d’un site A sur un site B ! mercredi 2 juin 2010 75
Intérêts des flux RSS • Recevoir automatiquement les mises à jour d’un site sans avoir à retourner sur ce dernier • Suivre l’activité de plusieurs sites à partir d’un seul point d’entrée (“guichet unique” = rôle de l’agrégateur) • S’abonner aux flux RSS des sommaires de revues • Générer un flux à partir de requêtes dans des bases de données en IST • Possibilité de catégoriser / d’organiser ses abonnements (flux rss) + filtres + tags • Alimenter une véritable base de connaissances • Moins intrusif que l’e-mail (pubs, spams) mercredi 2 juin 2010 76
Entrez dans le flux Repérer les sites & services proposant un flux RSS (ou fil RSS, Syndication RSS, RSS feeds, etc) Icône identifiable (sur la page ou au niveau de l’URL) Choisir un lecteur de flux RSS (ou Agrégateur, ou Reader), en ligne (Google Reader, netvibes) ou un logiciel client (Firefox, Thunderbird, feeddemon) mercredi 2 juin 2010 77
RSS & OPML ? • Importer et Exporter sa liste de Flux (sauvegarde) • Echanger et partager sa liste d’abonnements mercredi 2 juin 2010 78
Journal TOCs http://www.journaltocs.hw.ac.uk/ mercredi 2 juin 2010 79
TiCToCs Recevoir les tables des matières de revues par fils RSS http://www.tictocs.ac.uk/ mercredi 2 juin 2010 80
mercredi 2 juin 2010 81
Folksonomie Folksonomie : combinaison des termes “folks” (usagers) et “taxinomie” (règle de classification) Systèmes s’appuyant sur réseaux sociaux et permettant aux utilisateurs de donner des indications de contenu aux ressources qu’ils rencontrent, sous la forme de tags (mot- clés) Esprit collaboratif, notion de partage, ouverture, simplicité d’utilisation... Ex : plateformes de partage de signets et de Cambodia4kids.org Beth Kanter, Tags: Keywords to describe digital objects, Octobre 3, 2006, références bibliographiques Flickr, http://www.flickr.com/photos/cambodia4kidsorg/260004685/. mercredi 2 juin 2010 82
Delicious http://delicious.com mercredi 2 juin 2010 83
Diigo http://diigo.com mercredi 2 juin 2010 84
Services de partage de signets • Avantages • Permet un classement des ressources mais aussi une navigation et un accès simple aux informations via les tags • Fonctions innovantes de tri ou de classement et de visualisation : nuages de tags • Les tags sont plus précis et répondent mieux au vocabulaire et aux attentes des utilisateurs • Permet de parcourir des sources faisant partie du web invisible • Inconvénients • Mots-clés détournés ou “Folks Bombing” • Problèmes de validité, de cohérence (doublons) et de pérennisation A utiliser pour • Un accès rapide à l’information • Pour mettre en place une veille en utilisant le « tag tracking » (repérage de termes (tags) précis) qui consiste à suivre les ressources annotées avec un mot-clé (tag) précis mercredi 2 juin 2010 85
Science 2.0 / Open Science Objectifs • Changer les pratiques de la recherche afin de rendre ses résultats plus accessibles, d'une manière plus efficace et plus rapide • Comprend l’Open Access, l’Open Data et l’Open Process (accès aux codes sources, par exemple, et aux protocoles d’expérimentation) mercredi 2 juin 2010 86
Science 2.0 / Open Science Concepts • Échange / Conversation / Partage / Collaboration / favoriser la découverte (Sérendipité) • Transparence / Ouverture / Accessibilité / Réciprocité / Intéropérabilité • Enrichissement et valorisation des données (data mashups & Open Data) / Web (2.0 et sémantique) / Infrastructure Numérique de recherche (TGE Adonis) • L’article n’est pas le seul vecteur de la recherche ! L’IST est multiforme ! • Des services et outils orientés chercheur, pas seulement contenu mercredi 2 juin 2010 87
D’après Cameron Neylon, Open Science@PSB Introduction, <http:// www.slideshare.net/CameronNeylon/open-sciencepsb-introduction-presentation> mercredi 2 juin 2010 88
D’après Cameron Neylon, Open Science@PSB Introduction, <http:// www.slideshare.net/CameronNeylon/open-sciencepsb-introduction-presentation> mercredi 2 juin 2010 89
Web 2.0 D’après Cameron Neylon, Open Science@PSB Introduction, <http:// www.slideshare.net/CameronNeylon/open-sciencepsb-introduction-presentation> mercredi 2 juin 2010 90
Quelles formes ? • Carnets de recherche en ligne (Blogs, Wikis, Open Notebook Science) • Open Labs, Open Data (datasets, protocoles de recherche, expérimentations) • Espaces informationnels et conversationnels : réseaux sociaux, microblogging, life streaming) • Social bookmarking et plateformes de partage mercredi 2 juin 2010 91
La blogosphère scientifque Carnets de recherche 2.0 Typologie de la blogosphère scientifique • Blogs de chercheur, de doctorant • Blogs thématiques ou collectifs • Blogs de séminaires • Blogs “compagnons” d’une publication, d’une thèses • Plateformes d’hébergement / Agrégateurs de blogs (commerciales, institutionnelles, communautaires) 2008 : entre 3 000 et 10 000 blogs scientifiques dans le monde, dont 2 000 aux USA “According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group), around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading or as a lab notebook.” source : http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html mercredi 2 juin 2010 92
Diversités de blogs = diversité de contenus, de pratiques • Un carnet de recherche, projet de recherche, "atelier" de chercheur • Un cahier de laboratoire • L'actualité de la recherche, réflexions et débats • Les informations d'une communauté scientifique (calendrier des manifestations, annonces de parutions...) • Des conférences, colloques, séminaires virtuels • La communication institutionnelle • Des revues de littérature, des comptes-rendus • Une lettre scientifique, ou un site accompagnant une publication • Des cours, carnets pédagogiques • Une veille sur l'information scientifique et technique mercredi 2 juin 2010 93
Blog d’André Gunthert http://www.arhv.lhivic.org/ mercredi 2 juin 2010 94
Blog d’Antoine Blanchard http://www.enroweb.com/blogsciences/ mercredi 2 juin 2010 95
ResearchBlogging http://researchblogging.org/ mercredi 2 juin 2010 96
Nature Blogs http://blogs.nature.com/ mercredi 2 juin 2010 97
PostGenomic http://postgenomic.com/index.php mercredi 2 juin 2010 98
Stanford Blogs http://blog.stanford.edu/ mercredi 2 juin 2010 99
Hypothèses http://hypotheses.org/ mercredi 2 juin 2010 100
C@fé des sciences http://www.cafe-sciences.org/ mercredi 2 juin 2010 101
Pourquoi un blog ? • Esquisser ses réflexions • “La recherche en train de se faire” - A . Blanchard • “Deadline is dead”, nouveaux rythmes d’écriture - A. Gunthert • Le séminaire permanent : modèle conversationnel. “Un forum de pairs à ciel ouvert” A. Blanchard • S’enrichir des réflexions et des commentaires de la communauté (lecteurs et blogosphère scientifique = intelligence collective) • Transparence : démocratisation des savoirs, insérer la science dans la société civile, vulgarisation scientifique Adapté de A. Serres : LA blogosphère en sciences humaines et sociales, présentation de la plateforme Hypothèses http://www.slideshare.net/revuesorg/le-blogosphre-en-sciences-humaines-et-sociales-prsentation-de-la-plateforme- hypothses mercredi 2 juin 2010 102
Blanchard A. « Ce que le blog apporte à la recherche ». In : Dacos M (éd.). Read/ Write Book [En ligne]. [s.l.] : Cléo/revues.org, 2010. p. 157-166. Disponible sur : < http://cleo.revues.org/172 > (consulté le 30 Mai, 2010) ISBN : 978-2-9536419-0-5 mercredi 2 juin 2010 103
Archives Ouvertes et Blogs Les trackbacks Antoine Blanchard (Enro), Ce que le blog apporte à la Recherche, 12/08, http://www.enroweb.com/ blogsciences/index.php?2008/12/04/359-ce-que-le-blog-apporte-a-la-recherche mercredi 2 juin 2010 104
Academic Blog Portal Google Blogs Search http://www.academicblogs.net http://blogsearch.google.com/ Trouver des blogs scientifiques mercredi 2 juin 2010 105
Open Labs / Open Notebooks Science / Open Data • L’article ne donne pas suffisamment accès aux résultats de la recherche / 95% des résultats de la recherche ne seraient jamais publiés • Rendre public et accessible les résultats d’expérimentations • Mettre à disposition des autres chercheurs, des protocoles de recherche, des données brutes (grilles de calcul (grids), datasets, etc.) • Permettre le transfert de compétences, la vérification et la reproduction des expériences mercredi 2 juin 2010 106
OpenWetWare http://openwetware.org mercredi 2 juin 2010 107
UsefulChem http://usefulchem.wikispaces.com/ mercredi 2 juin 2010 108
MyExperiment http://www.myexperiment.org/ mercredi 2 juin 2010 109
Many Eyes http://manyeyes.alphaworks.ibm.com/manyeyes/ mercredi 2 juin 2010 110
Nouvelles formes de diffusion de l’IST • Trouver les diaporamas d’une soutenance, d’une présentation à un colloque / une conférence • Trouver une vidéo illustrant un projet de recherche, etc (YouTube edu)... • Podcasts audio : iTunes U • Trouver des images libres de droits (http://www.flickr.com/ creativecommons/) mercredi 2 juin 2010 111
Scivee http://www.scivee.tv/ mercredi 2 juin 2010 112
L’économie de la recommandation mercredi 2 juin 2010 114
Socialisation et personnalisation des pratiques informationnelles La pratique des outils ne peut pas être dissociée des questions culturelles et sociales qui l’entoure • Socialisation (> e-science : “we-science”) • Combien de personnes ont lu cet article ? • Quels sont mes “amis” / “ennemis” de lecture ? • Quels sont les autres documents qu’ils ont lu / recommandé ? • Personnalisation (> e-science : “me-science”) • Signaler / référencer / valoriser ses publications • Présenter et gérer sa bibliographie (choses que je lis / que j’ai lu) • Les bibliothèques numériques sont “centrées sur le document” plutôt que “centrées sur le chercheur” • Le chercheur est-il prêt à devenir un nombre ? (ResearcherID, Scopus Author ID, ORCID) Duncan Hull, Bibliography 2.0: A case study from the Wellcome Trust Genome Campus http://www.slideshare.net/dullhunk/nesc-4198183 mercredi 2 juin 2010 115
Plateformes de partage de références bibliographiques • Gérer ses références bibliographiques • Partager / recommander / annoter des références • Alimenter une bibliographie sur un sujet à plusieurs (Groupes) • Générer automatiquement ses bibliographies • Favoriser et faciliter la découverte d’articles / mutualiser sa veille avec les autres utilisateurs mercredi 2 juin 2010 116
Le social bookmarking pour le chercheur • Communautés spécifiques (recherche, académique) • Fonctionnalités spécifiques (formats biblio, interconnexions avec sites d’éditeurs scientifiques, recherches par auteurs, titre, revue,...) • Pourquoi utiliser un service de partage de citations ? • Possibilité de savoir qui lit les mêmes publications que vous • Possibilité de voir la bibliographie (publique) de cette personne • S’intégrer à un groupe thématique, éventuellement... • ... ou suivre le travail de ce groupe • Bénéficier de reviews sur des articles • Bénéficier d’une évaluation des articles via un système de vote intégré à la plateforme • Réaliser une veille via des fils RSS d’après A. Marois mercredi 2 juin 2010 117
CiteULike http://www.citeulike.org/ mercredi 2 juin 2010 118
Texte Connotea http://www.connotea.org/ mercredi 2 juin 2010 119
Zotero mercredi 2 juin 2010 120
Mendeley mercredi 2 juin 2010 121
MyPeers http://codingseed.com/ (MacOS) mercredi 2 juin 2010 122
Microblogging Twitter : • Réseauter / prendre des nouvelles de ses collègues • Signaler une information / Recommander un article • Solliciter de l’aide sur un sujet • Soumettre une idée, une hypothèse / sentir les nouveaux sujets de recherche • Commenter une conférence en live (réactions, etc) • Tweeter ses articles http://www.phdcomics.com/comics.php?f=1198 mercredi 2 juin 2010 123
Saunders N, Beltrão P, Jensen L, Jurczak D, Krause R, et al. 2009 Microblogging the ISMB: A New Approach to Conference Reporting. PLoS Comput Biol 5(1): e1000263. doi:10.1371/journal.pcbi.1000263 mercredi 2 juin 2010 124
Listorious Ex : Liste sur l’Open Science mercredi 2 juin 2010 126
Les SHS qui tweetent http://tweepml.org/?t=1161 mercredi 2 juin 2010 127
Topsy Moteur de recherche pour Twitter http://topsy.com/ mercredi 2 juin 2010 128
FriendFeed : life (research) streaming Agréger toutes ses activités sur le web http://friendfeed.com/ mercredi 2 juin 2010 129
References Wanted http://friendfeed.com/references-wanted mercredi 2 juin 2010 130
ScienceFeed http://www.sciencefeed.com/ mercredi 2 juin 2010 131
Réseaux sociaux scientifiques • “Facebook du chercheur” • Recherche et découverte d’experts, “collège invisible” • Développer son réseau / Multiplier les partenariats / Édition de CV (2.0) / Participation à des programmes de recherche • Communiquer / Informer / Échanger / S’enrichir (nouvelle sociabilité, intelligence collective, veille mutualisée) • Construire son identité numérique (gérer ses traces) • Attention ! (autorité n’est pas notoriété, affluence n’est pas influence, publicité n’est pas légitimité - Olivier Ertzscheid) mercredi 2 juin 2010 132
Comparatif des fonctionnalités http://www.geozon.info/2010/04/15/comparison-chart-of-scientific-networks/ mercredi 2 juin 2010 133
Les réseaux sociaux scientifiques mercredi 2 juin 2010 134
Les réseaux sociaux d’éditeurs mercredi 2 juin 2010 135
Les réseaux sociaux disciplinaires mercredi 2 juin 2010 136
Les réseaux sociaux institutionnels mercredi 2 juin 2010 137
Nouvelles formes d’évaluations mercredi 2 juin 2010 138
“Online or Invisible?” Steve Lawrence - Nature,Volume 411, Number 6837, p. 521, 2001 mercredi 2 juin 2010 139
Impact du web 2.0 sur processus d’évaluation • Problème : évaluation tributaire d’éditeurs commerciaux (Thomson : Web of Science et Elsevier : Scopus) • Nouvelles métries basées sur des pratiques sociales, réseaux sociaux et le web (complémentaires à l’évaluation traditionnelle) • Nouvelles formes d’évaluations (open peer commentary, recommandations, annotations, etc) mercredi 2 juin 2010 140
Quelques alternatives à Thomson • Eigenfactor : indice pondérant le nbre de citations par le prestige des revues dont elles proviennent (PageRank). Corpus du JCR, sur 5 ans. • Scimago Journal Rank : fondé sur algorithme de Google PageRank. Corpus : Scopus. Evaluation sur 2, 3, 4 ans • Harzing Publish Or Perish et Scholarometer (permettent de retrouver le facteur H d’un chercheur, fondés sur le corpus de Google Scholar) mercredi 2 juin 2010 141
Les facteurs d’usage Projet MESUR. http://www.mesur.org mercredi 2 juin 2010 142
“Article level metrics” Bollen J, Van de Sompel H, Hagberg A, Bettencourt L, Chute R, et al. 2009 Clickstream Data Yields High-Resolution Maps of Science. PLoS ONE 4(3): e4803. doi:10.1371/journal.pone.0004803 mercredi 2 juin 2010 143
source : http://www.readwriteweb.com/archives/elseviers_prototype_is_this_the_scientific_article.php Vers un article 2.0 ? mercredi 2 juin 2010 144
“ Enhanced publications” Selon Hubert Guillaud “Les clefs de cette nouvelle organisation de l’information scientifique repose sur : • une présentation hiérarchique du texte et des données qui refonde la structure organisationnelle de l’article, afin que les lecteurs puissent naviguer entre les couches de contenu selon leur niveau d’expertise et d’intérêt. • un résumé graphique qui permet d’acquérir rapidement une compréhension du message du document • mise en évidence des principaux résultats de l’article • on peut naviguer sur l’auteur et son affiliation • l’article peut intégrer de l’audio et de la vidéo • les procédures expérimentales sont accessibles • les listes de citations enrichissent l’environnement de l’article…” Source : http://lafeuille.blog.lemonde.fr/2009/08/20/larticle-scientifique-du-futur/ mercredi 2 juin 2010 145
• Sur le web = croissance exponentielle “d’objets numériques” d’origines scientifiques (blogs, multimédia, données brutes, etc) • De plus en plus de publications font références à ces objets numériques ➡ Pourtant, dans la plupart des cas, ces données et contenus ne sont pas reliés entre eux mercredi 2 juin 2010 146
Linked data • Lier les données entre elles • Le web comme base de données D’après Yann Nicolas mercredi 2 juin 2010 147
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L’article du futur 4 composantes 1. La publication linéaire dite “classique” (le texte, l’argumentation) 2. Les données de la recherche (la preuve) 3. Matériaux supplémentaires (pour illustrer ou clarifier les propos) 4. Données post-publication (commentaires, indicateurs bibliométriques, facteurs d’usages, etc) Source : Saskia Woutersen, The future of scholarly communication: Enhanced Publications, http://indico.cern.ch/ contributionDisplay.py?contribId=67&confId=4832I mercredi 2 juin 2010 150
JoVE : Journal of Visualized Experiments http://www.jove.com/ mercredi 2 juin 2010 153
Publication liquide http://liquidpub.org/ “des objets évolutifs, collaboratifs et multiformes pouvant être composés et consommés à différents niveaux de détail, remplaçant les journaux et conférences classiques par des collections Certes, ceci implique qu’on admette le caractère évolutif de l’écrit, son instabilité dans le temps en fonction de l’évolution du savoir, son caractère collaboratif, chacun pouvant apporter sa contribution personnelle, et son caractère multiforme, incluant tous les modes d’expression modernes actuels et à venir. Ceci demande également une révision profonde et une adaptation des méthodes de jugement, préalables à la publication (le peer review) qui devient plus difficile à maintenir en place, et a posteriori, lors de l’évaluation des programmes, des équipes et des individus.” Source : Bernard Rentier, http://recteur.blogs.ulg.ac.be/?p=188 mercredi 2 juin 2010 155
Comment expliquer la faible participation des chercheurs ? David Stuart, Web 2.0 fails to excite today's researchers, Research Information, Oct/Nov 2009 mercredi 2 juin 2010 156
“(...) Quelles sont les dérives de la communication médiatisée par la technique ? (...) Le cercle vertueux procuré par la « présence Web2.0 » des scientifiques sur le net ne se traduit-il pas essentiellement par un certain nombre d’invitations, de sollicitations à des conférences et à l’écriture d’articles, ces effets positifs participent-ils au renouvellement du débat d’idées ?” Broudoux E, Chartron G. « La communication scientifique face au Web2.0 : Premiers constats et analyse ». In : H2PTM [En ligne]. [s.l.] : Hermès Science - Lavoisier, 2009. p. 323-336. Disponible sur : < http://archivesic.ccsd.cnrs.fr/sic_00424826/en/ > mercredi 2 juin 2010 157
Quelques limites • question des données nominatives et privées (e-réputation, gestion des traces) • pérennité de ces outils • données au mains d’acteurs privés ou commerciaux (citeulike : Springer, Connotea : Nature) • Masse critique ? • légitimité et non reconnaissance de ces outils, faible d’incitation de la part des politiques, des institutions • multiplication de ces outils, question de l’intéropérabilité ? mercredi 2 juin 2010 158
“L’utilisation à des fins professionnelles des nombreux services gratuits disponibles sur Internet (messagerie électronique, hébergement de sites web, stockage de données,…) suscite de manière générale de sérieuses réserves. En toute rigueur, l’externalisation d’un service n’est concevable que dans le cadre d’un contrat où juridiquement toutes les implications auront bien été étudiées et où techniquement toutes les mesures destinées à assurer la disponibilité, l’intégrité et la confidentialité des informations auront été correctement mises en œuvre. Il est bien évident que l’on ne peut attendre de telles garanties d’un fournisseur de service gratuit. Les risques sont accrus lorsque ce fournisseur est situé à l’étranger.” Source : CNRS/FSD/Sécurité des Systèmes d’Information. Recommandations pour l’utilisation des services gratuits sur Internet. 2008. Disponible sur : http:// www.sg.cnrs.fr/FSD/securite-systemes/documentations_pdf/securite_systemes/ Recommandations%20sur%20les%20services%20gratuits.pdf mercredi 2 juin 2010 159
Rôles et opportunités pour les bibliothèques • Médiateurs de l’IST • Formateurs et veilleur (nouveaux outils et nouvelles méthodes de la science 2.0) • Gestionnaires des données, Fournisseurs de métadonnées, garants de la qualité de ces dernières • Diffuseurs de la connaissance • Chargés de la valorisation des contenus • Prestataires de services auprès des chercheurs • Bibliomètres mercredi 2 juin 2010 160
Vers des services et outils orientés chercheurs • Les chercheurs ne viennent pas à la bibliothèque. Il faut aller vers eux (se déplacer dans les labos) • Penser au fait que les chercheurs n’utilisent pas qu’une seule bibliothèque, qu’une seule source d’information ou qu’un seul outil ! • Les services de la bibliothèque doivent s’intégrer dans les outils et dans l’environnement numérique de travail du chercheur • La bibliothèque doit disséminer l’information, et ses services, devenir invisible et transparente pour le chercheur mercredi 2 juin 2010 161

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