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@imuyaoti
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
2015.9.19 HiRoshima. R #5
はじめに
Rでレポート作成ができて
それを使いこなせれば
とても便利らしいけど、
どう良いのかよく知らないし
なんか難しそうだし、
今のところ使い始める気にならない。
2
そんなあなたに!
こんなカッコいいレポートが
かんたんにできるよ
しかも、けっこう便利だよ
とりあえず使ってみない?
本日の内容
3.knitrBootstrapの使い方あ
4.Rでレポート作成のススメ
4
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
1.knitrBootstrapの紹介あaa
2.HTMLレポート作成の基礎
本日の内容
3.knitrBootstrapの使い方あ
4.Rでレポート作成のススメ
5
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
1.knitrBootstrapの紹介あaa
2.HTMLレポート作成の基礎
1.knitrBootstrapの紹介
KnitrBootstrapとは?
6
Webサイトをデザインするときに使用される
Bootstrapというツール集を
RのHTMLレポート作成に適用させたパッケージ
knitrBootstrapを使ったレポート
http://rpubs.com/imuyaoti/hiroshimar1
※一番派手なテンプレート
1.knitrBootstrapの紹介
KnitrBootstrapでできること
8
• 豊富なテンプレートの選択
• 目次の自動作成
• コード・出力の目隠し機能
• 画像サムネイルの拡大表示
など
1.knitrBootstrapの紹介 9
豊富なテンプレートの選択
まだまだある!
1.knitrBootstrapの紹介 10
目次の自動作成
• 小見出しが収まる
• 選択した見出しに
リンクする
1.knitrBootstrapの紹介
コード・出力の目隠し機能
11
• バーをクリックすると
表示/非表示が
切り替わる
• 下部のツールバーで
一括切り替えもできる
1.knitrBootstrapの紹介
画像サムネイルの拡大表示
12
• 画像サムネイルの
非表示/表示/拡大が
自由自在!
本日の内容
3.knitrBootstrapの使い方あ
4.Rでレポート作成のススメ
13
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
1.knitrBootstrapの紹介あaa
2.HTMLレポート作成の基礎
2.HTMLレポート作成の基礎 14
ファイルの形式
Rマークダウンファイル
.Rmd
マークダウンファイル
.md
HTMLファイル
.html
2.HTMLレポート作成の基礎 15
.Rmd .html
HTMLレポートができるまでの流れ
RStudioを使えばワンクリック!
Knit HTMLボタン
経由している
.md
2.HTMLレポート作成の基礎 16
.Rmd .html
.md .html
KnitrBootstrapができること
Bootstrapの様式に装飾してファイル形式を変換
.md
knit_bootstrap knit_bootstrap_...
2.HTMLレポート作成の基礎 17
.html
.md .html
△
.Rmd .md
× △×
×できない △できなくもないが微妙
△は作業環境によってはうまくいく?
本日の内容
3.knitrBootstrapの使い方あ
4.Rでレポート作成のススメ
18
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
1.knitrBootstrapの紹介あaa
2.HTMLレポート作成の基礎
今回の作業環境
• R(3.2.2)(≧ 3.0.0)
• RStudio(0.99.446)
• knitr(1.11)(≧1.4.1)
• markdown(0.7.7)(≧ 0.5.5)
• knitrBootdtrap(0.9.0)
※...
3.knitrBootstrapの使い方 20
手順
1) knitrBootdtrapパッケージの読み込み
2)元になる.Rmdファイルを作成
3)knitrBootdtrapの関数を使って
.htmlファイルを出力
出力方法 ①
出力方法 ...
3.knitrBootstrapの使い方
1) knitrBootdtrapパッケージを
インストール&ロード
21
install.packages( "knitrBootstrap“ )
library( "knitrBootstrap“ )
3.knitrBootstrapの使い方
2)元になる.Rmdファイルを作成する
22
とりあえずデフォルトのコードを
そのまま出力してみよう!
3.knitrBootstrapの使い方
3)出力方法 ① (手軽に使いたい場合)
23
関数を使って順番にファイルを出力し
Bootstrapで装飾された.htmlファイルにたどり着く
3.knitrBootstrapの使い方
3)出力方法 ② (頻繁に使いたい場合)
24
RStudioのknit HTMLボタンを使った出力を
常にBootstrapで装飾できるように設定
• .Rprofileを作成
• .Rmdのチャンク...
3.knitrBootstrapの使い方
KnitrBootstrapの関数オプション
25
オプション名 概要 デフォルト設定
boot_style 全体のスタイル設定 NULL
code_style コード部分のスタイル設定 NULL
ch...
3.knitrBootstrapの使い方
出力方法 ① の例
26
# .Rmd→.md
knit_bootstrap_Rmd( “ファイル名.Rmd”,
boot_style = “Amelia”, # スタイルの名称
chooser = c...
3.knitrBootstrapの使い方
出力方法 ② の例
27
```{r setup, echo=TRUE, include= FALSE}
library( “knitr” )
render_html()
```
options( rs...
3.knitrBootstrapの使い方
出力結果
28
本日の内容
3.knitrBootstrapの使い方あ
4.Rでレポート作成のススメ
29
knitrBootstrapを使って
HTMLレポートをかわいくする
1.knitrBootstrapの紹介あaa
2.HTMLレポート作成の基礎
4.Rでレポート作成のススメ 30
4つのメリット
• レポート作成時間の削減
• 人為的なミスの削減
• 間違いの見つけやすさの向上
• 解析コードの可読性の向上
金 明哲編・高橋 康介著
シリーズ Useful R ドキュメント・プレゼンテ...
とはいえ、忙しい中で一から新しい技術を
身につけようとするのはとても大変なので
楽しそう!あああああ
と思うことからはじめましょー!
31
参考にさせていただきました
tera monagiさんのスライド
~knitr+pandocではじめる~
『R MarkdownでReproducible Research』
http://www.slideshare.net/teramona...
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knitrBootstrapを使ってHTMLレポートをかわいくする

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15.9.19 HiRoshima.R #5 Lightning Talks
@imyuaotiの発表資料です。

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knitrBootstrapを使ってHTMLレポートをかわいくする

  1. 1. @imuyaoti knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 2015.9.19 HiRoshima. R #5
  2. 2. はじめに Rでレポート作成ができて それを使いこなせれば とても便利らしいけど、 どう良いのかよく知らないし なんか難しそうだし、 今のところ使い始める気にならない。 2 そんなあなたに!
  3. 3. こんなカッコいいレポートが かんたんにできるよ しかも、けっこう便利だよ とりあえず使ってみない?
  4. 4. 本日の内容 3.knitrBootstrapの使い方あ 4.Rでレポート作成のススメ 4 knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 1.knitrBootstrapの紹介あaa 2.HTMLレポート作成の基礎
  5. 5. 本日の内容 3.knitrBootstrapの使い方あ 4.Rでレポート作成のススメ 5 knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 1.knitrBootstrapの紹介あaa 2.HTMLレポート作成の基礎
  6. 6. 1.knitrBootstrapの紹介 KnitrBootstrapとは? 6 Webサイトをデザインするときに使用される Bootstrapというツール集を RのHTMLレポート作成に適用させたパッケージ
  7. 7. knitrBootstrapを使ったレポート http://rpubs.com/imuyaoti/hiroshimar1 ※一番派手なテンプレート
  8. 8. 1.knitrBootstrapの紹介 KnitrBootstrapでできること 8 • 豊富なテンプレートの選択 • 目次の自動作成 • コード・出力の目隠し機能 • 画像サムネイルの拡大表示 など
  9. 9. 1.knitrBootstrapの紹介 9 豊富なテンプレートの選択 まだまだある!
  10. 10. 1.knitrBootstrapの紹介 10 目次の自動作成 • 小見出しが収まる • 選択した見出しに リンクする
  11. 11. 1.knitrBootstrapの紹介 コード・出力の目隠し機能 11 • バーをクリックすると 表示/非表示が 切り替わる • 下部のツールバーで 一括切り替えもできる
  12. 12. 1.knitrBootstrapの紹介 画像サムネイルの拡大表示 12 • 画像サムネイルの 非表示/表示/拡大が 自由自在!
  13. 13. 本日の内容 3.knitrBootstrapの使い方あ 4.Rでレポート作成のススメ 13 knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 1.knitrBootstrapの紹介あaa 2.HTMLレポート作成の基礎
  14. 14. 2.HTMLレポート作成の基礎 14 ファイルの形式 Rマークダウンファイル .Rmd マークダウンファイル .md HTMLファイル .html
  15. 15. 2.HTMLレポート作成の基礎 15 .Rmd .html HTMLレポートができるまでの流れ RStudioを使えばワンクリック! Knit HTMLボタン 経由している .md
  16. 16. 2.HTMLレポート作成の基礎 16 .Rmd .html .md .html KnitrBootstrapができること Bootstrapの様式に装飾してファイル形式を変換 .md knit_bootstrap knit_bootstrap_Rmd knit_bootstrap_md or
  17. 17. 2.HTMLレポート作成の基礎 17 .html .md .html △ .Rmd .md × △× ×できない △できなくもないが微妙 △は作業環境によってはうまくいく?
  18. 18. 本日の内容 3.knitrBootstrapの使い方あ 4.Rでレポート作成のススメ 18 knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 1.knitrBootstrapの紹介あaa 2.HTMLレポート作成の基礎
  19. 19. 今回の作業環境 • R(3.2.2)(≧ 3.0.0) • RStudio(0.99.446) • knitr(1.11)(≧1.4.1) • markdown(0.7.7)(≧ 0.5.5) • knitrBootdtrap(0.9.0) ※ 赤字はユーザーズガイド記載の対応しているバージョン
  20. 20. 3.knitrBootstrapの使い方 20 手順 1) knitrBootdtrapパッケージの読み込み 2)元になる.Rmdファイルを作成 3)knitrBootdtrapの関数を使って .htmlファイルを出力 出力方法 ① 出力方法 ② 頻繁に使いたい場合 手軽に使いたい場合
  21. 21. 3.knitrBootstrapの使い方 1) knitrBootdtrapパッケージを インストール&ロード 21 install.packages( "knitrBootstrap“ ) library( "knitrBootstrap“ )
  22. 22. 3.knitrBootstrapの使い方 2)元になる.Rmdファイルを作成する 22 とりあえずデフォルトのコードを そのまま出力してみよう!
  23. 23. 3.knitrBootstrapの使い方 3)出力方法 ① (手軽に使いたい場合) 23 関数を使って順番にファイルを出力し Bootstrapで装飾された.htmlファイルにたどり着く
  24. 24. 3.knitrBootstrapの使い方 3)出力方法 ② (頻繁に使いたい場合) 24 RStudioのknit HTMLボタンを使った出力を 常にBootstrapで装飾できるように設定 • .Rprofileを作成 • .Rmdのチャンクに特定のコードを入力
  25. 25. 3.knitrBootstrapの使い方 KnitrBootstrapの関数オプション 25 オプション名 概要 デフォルト設定 boot_style 全体のスタイル設定 NULL code_style コード部分のスタイル設定 NULL chooser bootとcodeの選択肢の表示 NULL thumbsize 画像のサムネイルの大きさ設定 3 show_code コード部分の表示設定 FALSE show_output 出力部分の表示設定 TRUE show_figure 画像の表示設定 TRUE ※ knitrBootstrapのどの関数でもほぼ同じ など
  26. 26. 3.knitrBootstrapの使い方 出力方法 ① の例 26 # .Rmd→.md knit_bootstrap_Rmd( “ファイル名.Rmd”, boot_style = “Amelia”, # スタイルの名称 chooser = c( “boot“ , ”code“ ), show_figure = FALSE, encoding = “UTF8“ ) # 文字コードの指定 # .md→.HTML knit_bootstrap_md( “ファイル名.md“ , encoding = "UTF8“ ) 日本語を含む場合は文字コード指定! .Rかコンソールa ※ Macユーザは必要なさそうです
  27. 27. 3.knitrBootstrapの使い方 出力方法 ② の例 27 ```{r setup, echo=TRUE, include= FALSE} library( “knitr” ) render_html() ``` options( rstudio.markdownToHTML = function( inputFile, outputFile ) { require( knitrBootstrap ) knit_bootstrap_md( input=inputFile, output=outputFile, boot_style = "Amelia", chooser = c( "code“ , "boot“ ), show_figure = FALSE , encoding = "UTF8“ ) } ) # knit HTMLボタンの裏で機能している関数を設定している .RProfilea .Rmdaaaa Rのホームフォルダか R Projectフォルダに 置いておく .Rmdの始めのチャンク に書いておく
  28. 28. 3.knitrBootstrapの使い方 出力結果 28
  29. 29. 本日の内容 3.knitrBootstrapの使い方あ 4.Rでレポート作成のススメ 29 knitrBootstrapを使って HTMLレポートをかわいくする 1.knitrBootstrapの紹介あaa 2.HTMLレポート作成の基礎
  30. 30. 4.Rでレポート作成のススメ 30 4つのメリット • レポート作成時間の削減 • 人為的なミスの削減 • 間違いの見つけやすさの向上 • 解析コードの可読性の向上 金 明哲編・高橋 康介著 シリーズ Useful R ドキュメント・プレゼンテーション生成 より
  31. 31. とはいえ、忙しい中で一から新しい技術を 身につけようとするのはとても大変なので 楽しそう!あああああ と思うことからはじめましょー! 31
  32. 32. 参考にさせていただきました tera monagiさんのスライド ~knitr+pandocではじめる~ 『R MarkdownでReproducible Research』 http://www.slideshare.net/teramonagi/tokyo- r36-20140222?related 32 金 明哲編・高橋 康介著 シリーズ Useful R ドキュメント・プレゼンテーション生成 knitrBootstrapパッケージのページ http://www.jimhester.com/knitrBootstrap/ などなど

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