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Presentación 5 - Herramientas Representa y DIVmapas

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Programa CAPFITOGEN, Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura - FAO

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Presentación 5 - Herramientas Representa y DIVmapas

  1. 1. Herramientas Mauricio Parra Quijano Consultor FAO Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos Para la Alimentación y la Agricultura Coordinador Programa CAPFITOGEN
  2. 2. Representa Evalúa la representatividad ecogeográfica de las colecciones de germoplasma
  3. 3. Representatividad genética A B C accggtccc accggtcgc accggtctc A B C A A A A B C A A A A B BB B C BA
  4. 4. Representatividad ecogeográfica A BBBBBBB CCC A B C Único A BB CC Uniforme A BBBB CC Proporcional
  5. 5. Representatividad usando un mapa ELC y x Coordenadas de los datos de pasaporteMapa ELC de Cuba Sitios donde se ha observado la especie 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Categorías ELCNo.entradas 100 200 300 Banco germoplasma 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Categorías ELC No.entradas 100 200 300 Fuentes externas1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Categorías ELC %celdas 25 50 75 Distribución total categorías mapa Pruebas Χ2 alta media alta media baja baja Cuartiles
  6. 6. Validación mediante caracterizaciones -Evidentes -No evidentes
  7. 7. DIV mapas Obtención de mapas de diversidad de tipo fenotípico, genotípico y/o ecogeográfico
  8. 8. Midiendo la diversidad de las colecciones Caracterización Morfológica Bioquímica/ Molecular Agronómica/ Fisiológica/ Fitosantiaria Ecogeográfica
  9. 9. 1246711883124701247112472124731248312484114611247812479114811186823021186911401114051140611407114081183511832118331148411827118281154211539115401246811891124651149311494115081150611507114961149211490114911148911501115631150411502115031154311546115471247411838115341153211533115291152711528115351156411764115241152311522115211152011519115171151811854118411184212477124751247612469114731147211471114691147011477114741147511467114681151611514115151246111848124801154912466124621246311879118751187211874124551245611480124481146011458114591245312454124581245912452114551145311452114511144811450114541145611457124641146611465114621146412457118571185311852118501185112449124501245112440114121141011411114131141412436124371141612441124381243911417114191143111430114281142711426114251142411423114211142212435114321143311551114381143911550114371143611434114351244212443115561156011557115581244712444124451144711445114461144011441114441144211443114881148212283122841148511487 051015 Cluster analysis hclust (*, "average") Height Como hemos visualizado la diversidad genética
  10. 10. -0.2 0.0 0.2 0.4 -0.3-0.2-0.10.00.10.20.3 PCO for genotypic characterization PCO 1 PCO2 d = 2 1 2 3456 7891011 12 13 14 2526 3334353637 383940 414243444546 47 4849 505152 54555657 58596061626364 656667 69 74 75 767778 7980 81 82 838485 868788 899091 9293949596979899 100101102103104105 106 107108 109 113 120 121 122 123124 125126127 128 129130 131 132133134135 136 137 138 139 140141142143 144 145 148149 150 151 152 153 154 157158 159 160 161 162163 164 165166 167168 169 170171 172 173174 175 176 177 178 179 180 181 182 183184 185 186187188 189190 192193 X alt slope bio_15 bio_12 bio_18 bio_17 bio_1 bio_9 t_sand t_caco3 t_cec_clay t_silt t_ph_h2o t_ece Eigenvalues Como hemos visualizado la diversidad genética
  11. 11. DIV mapas Una forma diferente de visualizar la diversidad  Sitios de recolección con una calidad mínima de georreferenciación
  12. 12. DIV mapas  Superposición de cuadrículas (celdas de XxX km)
  13. 13. DIV mapas  Selección de celdas donde tenemos sitios de recolección
  14. 14. DIV mapas  Detección de celdas de vecindario (a un radio del centroide de X km)
  15. 15. DIV mapas  Generación de áreas de influencia a partir de cada centroide  Detección de entradas recolectadas dentro de la zona de influcencia
  16. 16. DIV mapas OTU 89 233 152 89 0 233 10 0 152 15 14 0 OTU VAR1 VAR2 VAR3 VAR4 VAR5 89 233 0.56 13 600 0 233 198 1.43 13 700 0 152 201 0.88 10 600 1 Algoritmo de distancia Promedio distancia = (10+15+14)/3 = 13  Análisis multivariante/multivariado local
  17. 17. DIV mapas  Igualmente para todas las celdas donde caen sitios de recolección
  18. 18. DIV mapas  Igualmente para las celdas vecindario
  19. 19. DIV mapas 0 0 0 0 1 3 2 1 1 0 1 1 2 1 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Resultado 1: Número de entradas analizadas por celda
  20. 20. DIV mapas 0 13 8 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 Resultado 2: Distancias promedio asignadas a cada celda
  21. 21. DIV mapas  Sesgos en la recolección? Corrección por «bootstrapping» 1 2 . . . . . . n Mediana = 2
  22. 22. DIV mapas aplicado Colección ecuatoriana de Arachis hipogaea L.
  23. 23. DIV mapas aplicado Número de sitios de Recolección por celda
  24. 24. DIV mapas aplicado Promedio de la distancia euclídea

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