Softwares no Cluster - Ney Lemke

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Softwares no Cluster - Ney Lemke

  1. 1. Infraestrutura de Software Prof. Dr. Ney Lemke lemke@ibb.unesp.br IBB-Unesp
  2. 2. Agenda  Introdução  Pesquisa GridUnesp  Demandas Computacionais  Infra-estrutura de Software do GridUnesp  Discussão
  3. 3. Grid Computing
  4. 4. Questionário Perguntas Ney Lemke André Malvezzi Adriano Gastão Krein João Figueiredo Makoto Cansian Myoshida 1. Which is your research area? Bioinformatics Condensed Computer Physics Computational Protein Matter Security Fluid Dynamics Folding 2.1. Operating System: Linux, MacOS Linux,Windows Linux Linux Windows and Linux Linux 2. Computing Language: C++,Java,Python Fortran Java, C, SQL Fortran 77/90, Fortran 90/95 ,C/ Fortran, C/C+ and PHP C/C++ C++, Python + 2.3. Open Source or Proprietary Codes : Both Own Code Open Source Open Source Own Code Open source 2.4. Necessary libraries: None IMSL libft, JDK and MPI IMSL, MPI JRE 2.5. Typical use of RAM memory: 2 Gb 1 Gb 1 Gb A lot 15GB - 500TB 1 Mb 2.6. Typical use of disk space: 100 Gb 50 Gb 30 Gb 1 Tb 25 Tb 1 Gb 2.7. CPU bounded?: Yes Yes No Yes Yes 2.8. I/O bounded?: No No No Yes No 2.9. Execution time of the jobs: 4h-24 h days Daemon Months Days Days 2.10. Bag-of-tasks application?: Yes Yes No Yes 3. About your research problem and the grid: 3.1. Are you looking forward to have your Yes Yes Yes Yes Yes Not yet jobs running on GridUNESP: 3.2. Do you use a grid application to process Condor No No No No No your jobs 3.3. Do you know if your application is Yes No No Yes No No already adapted to run on a grid infrastructure? 3.4. Do you know any alternative to the Yes No No Yes Yes No software you are using that is already adapted to run on grids?
  5. 5. Questionário Andr_ Adriano Gast_o Jo_o Perguntas Ney Lemke Malvezzi Cansian Krein Figueiredo Myos hida 3.5. Do yo u know a ny expert that is working on this a dap tation? Yes No No Yes No Yes 3.6. Are yo u re ady to co opera te with an internatio nal effort to mak e yo ur application rea dy to run o n OSG? Yes Yes Yes Yes Yes Yes 3.7. Do yo u have a ny students o r po stdocs that could work on this? Yes No Yes Yes No No 3.8 What do yo u need to co operate on this Computer (tra vel, bring expert, etc.) Tra vel Talk Expe rt Tra vel Bring Expert Time
  6. 6. Infraestrutura de Software  Instalação baseada no CentOS 5.4  Pacotes adicionais:  Development Tools group  C++, C, Java  Intel C, C++  Intel MPI  Fortran Intel e g77  Fortran90  Gromacs
  7. 7. Infraestrutura de Software  Bibliotecas Matemáticas – GMP – MKL – BLAS – LAPACK – MSL  Depuradores – GDB – Depuradores Paralelos
  8. 8. Software não Livre  Crystal  Gaussian  Amber  Mathematica  Mathlab  CFD  GID  ANSYS
  9. 9. Análise da Demanda Novo cadastro de Grupos de Pesquisa e de Projetos. Demanda por recursos de Clusters Documentacao para o usuário
  10. 10. Infra-estrtura de software Uma boa parte das nossas demandas podem ser satisfeitas com a instalação do CentOS + OSG. Parte das aplicações foram implementadas pelos usuários e poderão ser facilmente portadas para o grid com algum esforço de gridificação.
  11. 11. Ambiente de Desenvolvimento • Parte do desenvolvimento poderá ser feito • nos clusters. • Parte do desenvolvimento deverá ser feito na máquina do usuário. • Apesar de existirem soluções de interesse genérico, parte dos problemas deverá ser resolvido caso a caso.
  12. 12. Política Aquisição Software • Como encaminhar o proceso de aquisição de software? • Projeto comum para Fapesp? • Solicitação à Reitoria
  13. 13. Desafios  Permitir que os usuários se concentrem em suas áreas de pesquisa e consigam abstrair a infra-estrutura computacional.  Diminuir a declividade da curva de aprendizagem  Disponibilidade: MFLOPY != 365*24*3600*MFLOPS

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