Bioinformática - Introdução a Genomica

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Bioinformática - Introdução a Genomica

  1. 1. + Bioinformática Introdução a genômica Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  2. 2. + Bioinformática Introdução a genômica Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  3. 3. + 2 Pré História n Mendel identifica caracteres hereditários. n Linus Pauling descreve o DNA como uma hélice simples. DNA$ n Watson e Crick descrevem a dupla hélice do DNA. n Dogma central da biologia molecular. mRNA$ Proteínas$ Variação$Normal$ou$Patológica$
  4. 4. + 3 A era genômica n 1977 - Sanger sequencia um bacteriófago. n Anos 90 - Automatização do processo através de sequenciadores capilares. n 1995 - Primeiro genoma completo (Haemophilus influenzae) n Começa o projeto genoma humano.
  5. 5. + 4 Genoma Humano n Começou em 1990 com um orçamento de U$ 3 bilhões. n Inicia no NIH com colaboração de outros países. n Em1998 Craig Venter se propõe a terminar o genoma mais rápido e gastando menos. n Em fevereiro de 2001 o rascunho foi publicado.
  6. 6. + 5 A evolução
  7. 7. + 6 A evolução
  8. 8. + 7 A evolução
  9. 9. + 8 Novas tecnologias e a era pós- genômica
  10. 10. + 9 Novas tecnologias e a era pós- genômica
  11. 11. + 10 A explosão de sequências
  12. 12. + 11 A explosão de sequências n Sanger - 32 reads por corrida - 25.6 Kb n 454 - 800000 reads por corrida - 400 Mb n Illumina - 280000000 reads por corrida - 56 Gb
  13. 13. + 12 Análise dos dados
  14. 14. + 13 Dogma Central Variação(em(seqüência( Variação(estrutural( Variação(química(na(croma&na( Genômica( Croma&na( Transcritômica( mRNA( ncRNA( Epigenômica( Proteômica( Proteínas( Ambiente( Variação(Normal(ou(Patológica(
  15. 15. + 14 Estratégia de sequenciamento
  16. 16. + 15 Estratégia de sequenciamento
  17. 17. + 16 Arquivos de sequências n AB1 e ESD - Sanger n Fastq - Illumina n SFF - 454 n Esses arquivos tem que ser processados e a sequencia FASTA gerada. n Alguns programas disponibilizam também o arquivo de qualidade das sequencias. n Possível montagem sem a conversão em FASTA.
  18. 18. + 17 FastQ
  19. 19. + 18 Qualidade

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