Bioinfo - Grad - Aula 6

748 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
748
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
671
Actions
Shares
0
Downloads
3
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Bioinfo - Grad - Aula 6

  1. 1. + Bioinformática Análise Funcional Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com
  2. 2. + Objetivos 2 nIdentificar as funções dos genes. nCaracterizar os processos celulares. nMapear em vias metabólicas. nElucidar o funcionamento do organismo.
  3. 3. + Ferramentas nFerramenta de alinhamento: n BLAST n HMMER nBase de dados: n COG n KEGG Orthology n PFam n Gene Ontology 3
  4. 4. + Dicas nProcurar por Hits que tenham descrição clara. n Evitar: hypothetical protein, putative.. nBuscar em várias bases de dados. n Aumentar a quantidade de entradas anotadas. n Hits não identificados em uma base podem ser anotados por outra. nObservar a cobertura do alinhamento. n BLAST faz alinhamento local. n Não classificar uma proteína como um todo baseado apenas em alinhamento a um unico domínio. 4
  5. 5. + Processo 5 27 0! ! Predição dos genes! 27 0! ! BLAST! Base de dados!
  6. 6. + Blast2GO 6
  7. 7. + KEGG Mapper 7
  8. 8. + iPath npathways.embl.de 8
  9. 9. + Pfam 9

×