Linked Open Dataとは

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2013-02-22 バイオインフォマティクス・ハンズオンセミナーでの講演

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Linked Open Dataとは

  1. 1. Linked Open Dataとは LODI 加藤文彦 バイオインフォマティクス・ハンズオンセミナー 2013-02-22 1
  2. 2. 2
  3. 3. Raw Data Now!ティム・バーナーズ=リーが示す次のウェブhttp://www.ted.com/talks/tim_berners_lee_on_the_next_web.html オープンデータとマッシュアップで変わる世界 http://www.ted.com/talks/tim_berners_lee_the_year_open_data_went_worldwide.html 3
  4. 4. 4
  5. 5. 5
  6. 6. 書誌作品 作品 6
  7. 7. 人物友人 在住 7
  8. 8. 名前の由来 観光地 観光地舞台観光 8
  9. 9. 人物 書誌 友人作品 在住 名前の由来 作品 観光地 観光地 舞台 観光 9
  10. 10. Open Data +Linked Data 10
  11. 11. Reuse 11
  12. 12. Open Data 12
  13. 13. “A piece of data or content is open if anyone is freeto use, reuse, and redistribute it — subject only,at most, to the requirement to attribute and/orshare-alike.” The Open Definition - http://opendefinition.org/ 13
  14. 14. Open (Data) License 14
  15. 15. Public Domain 15
  16. 16. Attribution 16
  17. 17. Share-Alike 17
  18. 18. 18
  19. 19. http://data.gov.uk 19
  20. 20. 20
  21. 21. http://www.city.sabae.fukui.jp/pageview.html?id=11552 21
  22. 22. http://datameti.go.jp 22
  23. 23. 23
  24. 24. http://opendataday.org/ 24
  25. 25. https://opendataday.crowdmap.com/main 25
  26. 26. http://odhd13.okfn.jp/ 26
  27. 27. http://spending.jp 27
  28. 28. Linked Data 28
  29. 29. 29
  30. 30. Web技術でデータを公開・共有するための方法論 30
  31. 31. データのWeb 31
  32. 32. Webの原則1. IRIをHTML文書の識別 子として使う2. IRIにはhttpスキームを 使う3. IRIを見るとHTML文書 が返ってくる4. HTML文書には他のIRI へのリンクがある 32
  33. 33. Linked Dataの原則1. IRIをモノ(Thing)の識 別子として使う 執筆2. IRIにはhttpスキームを 子供 発行日 使う 誕生日 出版社3. IRIを見るとモノの構造 所在地 化データが返ってくる4. データには他のIRIへの "Things,  not  Strings" 型付リンクがある  by  Google 33
  34. 34. Reuse IDDiscovery Integration 34
  35. 35. 構造化データReuse 35
  36. 36. ID IRI 36
  37. 37. HTTP + 型付リンクDiscovery 37
  38. 38. IRI + 型付リンクIntegration 38
  39. 39. RDF Reuse ID Discovery Integration全てを含んだグラフデータモデル 39
  40. 40. 執筆子供 発行日 誕生日 出版社 所在地 40
  41. 41. 執筆子供 発行日 誕生日 出版社 所在地 41
  42. 42. シリアライズ形式• Turtle (N3)• JSON-LD• RDFa• Microdata• RDF/XML• TriX• TriG• ...... 42
  43. 43. Linked Open Data1. オープンライセンス2. 構造化データ3. オープンな形式4. IRIによる識別 / W3C標準5. 他データへのリンク 43
  44. 44. Linked  Data Open  Data(データのWeb) (オープンライセンス) RDF (グラフデータモデル) 44
  45. 45. Linked LOV User Slideshare tags2con Audio Feedback 2RDF delicious Moseley Scrobbler Bricklink Sussex Folk (DBTune) Reading St. GTAA Magna- Lists Andrews Klapp- tune stuhl- Resource NTU DB club Lists Resource Tropes Lotico Semantic yovisto John Music Man- Lists Music Tweet chester Hellenic Peel Brainz NDL (DBTune) (Data Brainz Reading subjects FBD (zitgist) Lists Open EUTC Incubator) Linked Hellenic Library Open t4gm Produc- Crunch- PD Surge RDF info tions Discogs base Library Radio Ontos Source Code Crime ohloh Plymouth (Talis) (Data News LEM Ecosystem Reading RAMEAU Reports business Incubator) Crime data.gov. Portal Linked Data Lists SH UK Music Jamendo (En- uk Brainz (DBtune) LinkedL Ox AKTing) FanHubz gnoss ntnusc (DBTune) SSW CCN Points Thesau- Last.FM Poké- Thesaur Popula- artists pédia Didactal us rus W LIBRIS tion (En- (DBTune) Last.FM ia theses. LCSH Rådata reegle research patents MARC AKTing) (rdfize) my fr nå! data.gov. data.go Codes Ren. NHS uk v.uk Good- Experi- Classical List Energy (En- win flickr ment (DB Pokedex Norwe- Genera- AKTing) Mortality BBC Family wrappr Sudoc PSH Tune) gian (En- tors Program MeSH AKTing) semantic mes BBC IdRef GND CO2 educatio OpenEI web.org SW Energy Sudoc ndlna Emission n.data.g Music Dog VIAF EEA (En- Chronic- Linked (En- ov.uk Portu- Food UB AKTing) ling Event MDB AKTing) guese Mann- Europeana BBC America Media DBpedia Calames heim Ord- Recht- Wildlife Deutsche Open Revyu DDC Openly spraak. Finder Bio- lobid Election nance legislation Local nl RDF graphie Resources NSZL Swedish Data Survey Tele- data Ulm EU New Book Project data.gov.uk graphis bnf.fr Catalog Open Insti- York URI Open Mashup Cultural tutions Times Greek P20 UK Post- Burner Calais Heritage codes DBpedia ECS Wiki statistics lobid GovWILD data.gov. Taxon iServe South- Organi- LOIUS BNBBrazilian uk Concept ECS ampton sations Geo World OS BibBase STW GESIS Poli- ESD South- ECS Names Fact- (RKB ticians stan- reference ampton data.gov.uk book Freebase Explorer) Budapest dards data.gov. NASA EPrints uk intervals Project OAI Lichfield transport (Data DBpedia data Guten- Pisa Spen- data.gov. Incu- dcs RESEX Scholaro- ISTAT ding bator) Fishes berg DBLP DBLP uk Geo meter Immi- Scotland of Texas (FU (L3S) Pupils & Uberblic DBLP gration Species Berlin) IRIT Exams Euro- dbpedia data- (RKB London TCM ACM stat lite open- Explorer) NVD Gazette (FUB) Gene IBM Traffic Geo ac-uk Scotland TWC LOGD Eurostat Daily DIT Linked UN/ Data UMBEL Med ERA Data LOCODE DEPLOY Gov.ie CORDIS YAGO New- lingvoj Disea- (RKB some SIDER RAE2001 castle LOCAH CORDIS Explorer) Linked Eurécom Eurostat Drug CiteSeer Roma (FUB) Sensor Data GovTrack (Ontology (Kno.e.sis) Open Bank Pfam Course- Central) riese Enipedia Cyc Lexvo LinkedCT ware Linked PDB UniProt VIVO EURES EDGAR dotAC US SEC Indiana ePrints IEEE (Ontology totl.net (rdfabout) Central) WordNet RISKS (VUA) Taxono UniProt US Census EUNIS Twarql HGNC Semantic Cornetto (Bio2RDF) (rdfabout) my VIVO FTS XBRL PRO- ProDom STITCH Cornell LAAS SITE KISTI NSF Scotland Geo- GeoWord LODE graphy Net WordNet WordNet JISC (W3C) (RKB Climbing Linked Affy- KEGG SMC Explorer) SISVU Pub VIVO UF Piedmont GeoData metrix Drug ECCO- Finnish Journals PubMed Gene SGD Chem Munici- Accomo- El AGROV Ontology TCP Media dations Alpine bible palities Viajero OC Ski ontology Tourism KEGG Ocean Austria Enzyme PBAC Geographic Metoffice GEMET ChEMBL Italian Drilling OMIM KEGG Weather Open public Codices AEMET Linked MGI Pathway schools Forecasts Data Open InterPro GeneID Publications EARTh Thesau- KEGG Turismo rus Colors Reaction de Zaragoza Product Smart KEGG User-generated content Weather DB Link Medi Glycan Janus Stations Product Care KEGG AMP UniParc UniRef UniSTS Government Types Italian Homolo Com- Yahoo! Airports Museums pound Ontology Google Gene Geo Art Planet National wrapper Chem2 Cross-domain Radio- Bio2RDF activity UniPath JP Sears Open Linked OGOLOD way Life sciences Corpo- Amster- Reactome dam medu- Open rates Numbers Museum cator As of September 2011 Linking Open Data cloud diagram, by Richard Cyganiak and Anja Jentzsch. http://lod-cloud.net/ 45
  46. 46. http://dbpedia.org 46
  47. 47. http://wiki.dbpedia.org/Internationalization/Chapters 47
  48. 48. http://ja.dbpedia.org 48
  49. 49. http://ja.dbpedia.org/resource/沖縄科学技術大学院大学 49
  50. 50. DBpediaのIRI設計 "東京都"についてのウェブページIRI HTML表現 http://ja.dbpedia.org/page/東京都 "東京都"のIRIhttp://ja.dbpedia.org/resource/東京都 http://ja.dbpedia.org/data/東京都 データ表現 "東京都"についてのデータIRI cf. http://www.w3.org/TR/cooluris/ 50
  51. 51. "東京都"についてのウェブページIRI HTML表現 http://ja.dbpedia.org/page/東京都 "東京都"のIRI http://ja.dbpedia.org/resource/東京都 http://ja.dbpedia.org/data/東京都 データ表現 "東京都"についてのデータIRI% curl -IH Accept: text/html http://ja.dbpedia.org/resource/東京都TTP/1.1 303 See OtherServer:Virtuoso/06.01.3127 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnuConnection: closeContent-Type: text/html; charset=UTF-8Date: Fri, 25 Jan 2013 03:43:38 GMTAccept-Ranges: bytesLink: <http://mementoarchive.lanl.gov/dbpedia/timegate/http://ja.dbpedia.org/resource/東京都>; rel="timegate"Location: http://ja.dbpedia.org/page/東京都Content-Length: 0 51
  52. 52. "東京都"についてのウェブページIRI HTML表現 http://ja.dbpedia.org/page/東京都 "東京都"のIRI http://ja.dbpedia.org/resource/東京都 http://ja.dbpedia.org/data/東京都 データ表現 "東京都"についてのデータIRI% curl -IH Accept: text/n3 http://ja.dbpedia.org/resource/東京都HTTP/1.1 303 See OtherServer:Virtuoso/06.01.3127 (Linux) x86_64-unknown-linux-gnuConnection: closeDate: Fri, 25 Jan 2013 03:44:13 GMTAccept-Ranges: bytesTCN: choiceVary: negotiate,acceptContent-Location: /data/東京都.n3Content-Type: text/n3; qs=0.8Link: <http://mementoarchive.lanl.gov/dbpedia/timegate/http://ja.dbpedia.org/resource/東京都>; rel="timegate"Location: http://ja.dbpedia.org/data/東京都.n3Content-Length: 0 52
  53. 53. クエリ言語• データの検索や操作を行うための言語• データモデルやDBシステムに合わせて設計• 例: SQL – データモデル: 関係モデル – DBシステム: RDBMS• LODのデータモデル: グラフモデル 53
  54. 54. グラフのクエリ• グラフの最小単位: 3つ組 (トリプル) dbpedia-­‐owl:country dbp:東京都 dbp:⽇日本• グラフパターン 1. 完全一致 • dbp:東京都 dbp-owl:country dbp:日本 . 2. 変数によるパターンマッチ • dbp:東京都 dbp-owl:country ?country . 3. 1と2の組み合わせ 54
  55. 55. 好き嫌いグラフ :Amy :like :like :Bob :Cathy :dislike :like:Dan :dislike :Flo :dislike :Ed :dislike :dislike :Gil :like :Ian :like :Jim :Hal :like :dislike :Kate :dislike :May :like :Lee :dislike 55
  56. 56. Amyが好きな人グラフパターン:Amy  :like  ?person  . :Amy :like :like :Bob :Cathy :dislike :like :Dan :dislike :Flo :dislike :Ed :dislike :dislike :Gil :like :Ian :like :Jim :Hal :like :dislike :Kate :dislike :May :like :Lee :dislike 56
  57. 57. Amyが好きな人 が好きな人グラフパターン:Amy  :like  ?person1  .?person1  :like  ?person2  . :Amy :like :like :Bob :Cathy :dislike :like :Dan :dislike :Flo :dislike :Ed :dislike :dislike :Gil :like :Ian :like :Jim :Hal :like :dislike :Kate :dislike :May :like :Lee :dislike 57
  58. 58. SPARQL• LOD用クエリ言語 – データモデル: RDF (ラベル付き有向グラフ) – プロトコル: HTTP• W3C仕様 – 1.0: Recommendations – 1.1: Working Drafts 58
  59. 59. SPARQLエンドポイント• SPARQLクエリを受け付ける場所 – SPARQLエンドポイントURI • プログラムからSPARQLを使うときに指定 – 入力フォームがある場合もあり 59
  60. 60. DBpedia JapaneseSPARQLエンドポイント 60
  61. 61. DBpedia Japaneseのグラフ例 サイボーグ009 dbp-owl:Comics rdfs:label rdf:type dbp-owl:AdministrativeRegion rdf:type dbp:サイボーグ009 dbp-owl: ComicsCreatorrdfs:label dbp:宮城県 dbp-owl:notableWork rdf:type dbp-owl:birthPlace dbp:石ノ森章太郎 foaf:Person 宮城県 rdf:type dbp-owl:leaderName dbp-prop:生年 rdfs:label dbp-owl:award dbp:村井嘉浩 1938 石ノ森章太郎 dbp:手塚治虫文化賞 61
  62. 62. クエリ:  手塚治虫文化賞を受賞した漫画家の代表的な漫画 PREFIX  dbp:  <hPp://ja.dbpedia.org/resource/> PREFIX  dbp-­‐owl:  <hPp://dbpedia.org/ontology/> SELECT  ?creatorName  ?comicName WHERE  {    ?creator  a  dbp-­‐owl:ComicsCreator  ;  dbp-­‐owl:award  dbp:手塚治虫文化賞  ;          dbp-­‐owl:notableWork  ?comic  ;  rdfs:label  ?creatorName  .    ?comic  a  dbp-­‐owl:Comics  ;  rdfs:label  ?comicName  . } サイボーグ009 dbp-owl:Comics rdfs:label rdf:type dbp-owl:AdministrativeRegion rdf:type dbp:サイボーグ009 dbp-owl: ComicsCreatorrdfs:label dbp:宮城県 dbp-owl:notableWork rdf:type dbp-owl:birthPlace dbp:石ノ森章太郎 foaf:Person 宮城県 rdf:type dbp-owl:leaderName dbp-prop:生年 rdfs:label dbp-owl:award dbp:村井嘉浩 1938 石ノ森章太郎 dbp:手塚治虫文化賞 62
  63. 63. 63
  64. 64. http://lod.ac/apps/yas 64
  65. 65. 65
  66. 66. 66
  67. 67. © 2013 Scholex co.,ltd. and ATR Creative Inc. © 2013 ATR Creative Inc., Linked Open Data Initiative 67
  68. 68. URI Greek Open P20 Cultural es Burner DBpedia Calais Heritage ECS Wiki lobid iServe South- Organi- BNB amptonWorld BibBase ECS sations STW GESIS OS South- ECS act- (RKB ampton ook Freebase Explorer) Budapest EPrints Project OAI DBpedia data Pisa Guten- dcs RESEX Scholaro- berg DBLP DBLP meter (FU (L3S) Uberblic DBLP Berlin) IRIT dbpedia data- (RKB TCM ACM lite open- Explorer) NVD Gene IBM DIT ac-uk Daily UN/ Med ERA LOCODE DEPLOY lingvoj Disea- New- some SIDER RAE2001 castle LOCAH Eurécom Drug CiteSeer Roma Bank Pfam Course- Enipedia LinkedCT ware xvo UniProt PDB VIVO Indiana ePrints dotAC IEEE totl.net RISKS Taxono UniProt (Bio2RDF) HGNCto my VIVO PRO- ProDom STITCH Cornell LAAS SITE KISTI NSF LODENet JISCB Affy- KEGG er) SISVU Pub VIVO UF metrix Drug ECCO- PubMed Gene SGD Chem AGROV Ontology TCP Media bible OC ontology KEGG Enzyme PBAC Geographic ChEMBL Open OMIM KEGG Linked MGI Pathway Data Open InterPro GeneID Publications Thesau- KEGG rus Colors Reaction Smart KEGG User-generated content Link Medi GlycanProduct UniParc UniRef Care KEGG Types Italian UniSTS Com- Government Museums HomoloOntology Google pound Gene Art wrapper Chem2 Cross-domain Bio2RDF UniPath Open Linked OGOLOD way Life sciences Corpo- Amster- Reactome dam medu- Open rates Numbers Museum cator As of September 2011 Linking Open Data cloud diagram, by Richard Cyganiak and Anja Jentzsch. http://lod-cloud.net/ 68
  69. 69. http://www.uniprot.org/ 69
  70. 70. http://dev.isb-sib.ch/projects/uniprot-rdf/ 70
  71. 71. http://beta.sparql.uniprot.org/ 71
  72. 72. 72
  73. 73. http://linkedlifedata.com/ 73
  74. 74. 74
  75. 75. 75
  76. 76. データの作成・共有・再利用をして新しい世界をつくりましょう 76
  77. 77. http://lod.sfc.keio.ac.jp/challenge2012/ 77
  78. 78. Twitter: @fumi1Email: fumi@fumi.me 78

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