about dakota6.7 gui
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How to optimize OpenFOAM job with dakota-6.7 GUI and submit OpenFOAM joib to FOCUS server
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- 6. cantilever 実行確認 6 python cantilever cantilever.i
- 7. dakota_cantilever_center.in 7 environment tabular_data tabular_data_file 'tabular_output_file.dat' output_file 'dakota.out' error_file 'dakota.err' write_restart 'dakota.rst' method centered_parameter_study steps_per_variable 4 4 3 4 4 2 2 step_vector 0.1 0.1 1.0 10.0 1e6 0.5 0.5 variables continuous_design 3 descriptors 'w' 't' 'L' initial_point 1.0 1.0 10.0 continuous_state 4 descriptors 'p' 'E' 'X' 'Y' initial_state 500.0 2.9e7 5.0 5.0 responses response_functions 3 descriptors 'mass' 'stress' 'displacement' no_gradients no_hessians interface analysis_drivers 'python -m DakotaDriver1' fork work_directory asynchronous evaluation_concurrency 4 dakotaは、 DakotaDriver1をモジュール実行する。 パラメタ探索方法 パラメタ動作範囲 応答処理方法 パラメタ定義と初期値
- 8. DakotaUI起動→New Dakota Project1 → New simulation model 8 1
- 11. 11 右欄で選択した入力パラメタに応じ て、左欄の選択位置が間違ってい ないかどうか確認できる その他の入力パラメタにつ いても前頁と同様に実施 1 2 3 間違っていたら、 削除してやり直す
- 16. Dakota Study → Import Dakota study 16 1 設定済のモデル 2 4 3
- 19. Analysis Driver → New analysis driver 19 1
- 21. 21 対象リストから選択 （本例では１つしかない） 3 同上 2 1 Simulation model と Dalota study の選択
- 22. 22 Dalota study 変数 Simulation model にて定義 したパラメタ Dakota study にて定義した パラメタ →相応するものを選択
- 23. 23 Dalota study 変数対応表の完成 Dakota Studyの内容に応じ て、必要なものだけあれば 良い（本例ではすべて必要） 1
- 24. 24 Dalota 応答変数対応表の完成 前々頁と同様の方法で選択。 Dakota 応 答変数の内容に応じて、必要なだけあれ ば良い （本例ではすべて必要、また名前も一致） 2 1
- 29. 作業場所の設定 29 21
- 34. 34
- 37. dakota_of.in 37 # DAKOTA INPUT method, # npsol_sqp # if NPSOL is not available, comment the above and try the following instead: conmin_frcg variables, continuous_design = 1 cdv_initial_point0.1 cdv_lower_bounds 0.1 cdv_upper_bounds 5.0 cdv_descriptor 'Uin' interface, system # asynchronous analysis_driver = 'run_openfoam.sh' parameters_file = 'params.in' results_file = 'results.out' work_directory directory_tag copy_files = 'airFoil2D.template/*' # uncomment to leave params.in and results.out files in work_dir subdirectories named 'workdir' file_save directory_save aprepro # when using conmin_frcg (above) with analytic_gradients (below),not # need to turn off the active set vector as rosenbrock_bb does parse it. ## deactivate active_set_vector responses, num_objective_functions = 1 numerical_gradients fd_gradient_step_size = 0.000001 # to instead use analytic gradients returned by the simulator comment the # preceding two lines and uncomment the following: ## analytic_gradients no_hessians dakotaは、 airFoil2D.template をコピーして、 run_openfoam.sh params.in results.out を実行する。 パラメタ探索方法 パラメタ動作範囲 応答処理方法
- 38. run_openfoam.sh 38 #!/bin/sh # Sample simulator to Dakota system call script # See Advanced Simulation Code Interfaces chapter in Users Manual # $1 is params.in FROM Dakota # $2 is results.out returned to Dakota #-------------- #PRE-PROCESSING #-------------- #Incorporate the parameters from DAKOTA into the template, writing ros.in #Use the following line if SNL's APREPRO utility is used instead of DPrePro. #../aprepro -c '*' -q --nowarning ros.template ros.in dprepro $1 0/U.template 0/U # -------- # ANALYSIS : Run OpenFOAM # -------- pwd simpleFoam # --------------- # POST-PROCESSING # --------------- echo "current directory in" ; pwd # extract L and D from final step of forces file and output –L/D to temporally file tail -1 postProcessing/forces/0/forces.dat | sed s/[(),]/" "/g | awk -F" " '{print -($3+$6)/($2+$5)}' > OF_LbyD_results.tmp cat OF_LbyD_results.tmp mv OF_LbyD_results.tmp $2 run_openfoam.sh params.in results.out $1(params.in) に則って0/U.template をプリプロ セス処理（dprepro）して、 0/U を作成する。 simpleFoam の実行 ポストデータ処理した結果を $2(results.out)に出力
- 39. Dakota CUI 実行確認 39 . /home/dexcs/OpenFOAM/OpenFOAM-4.e/etc/bashrc . /opt/dakota67/setDakota dakota -i dakota_of.in 2 1 http://mogura7.zenno.info/~et/wordpress/ocse/
- 40. 結果ファイル確認 40 run_openfoam.sh params.in results.out dakota が生成したパラメタ これで{Uin}を書き直す dakota が受け取るパラメタ →次のスタディパラメタを生成
- 41. DakotaGUIでOF連携するには 41 run_openfoam.sh params.in results.out を Simuletion Model として登録、実行できれば良い
- 43. 汎用端末でOF起動スクリプトの実行確認 43 ./run_openfoam.sh bash run_openfoam.sh ... 動作不可 ← OpenFoam. dakota 用環境変数未設定
- 45. 修正スクリプトによる動作確認 45 bash run_openfoam.sh params.in results.out dpreproのエラー（？） OpenFOAMの正常終了は確認
- 47. DakotaUI起動→New Dakota Project2 → New simulation model 47 1
- 48. Simulation Model 48 bash run_openfoam.sh params.in results.out 出力切り出しは、出力ファイル （results.out）を使うことも可能だが、 ここではコンソール出力から切り出す ようにしていく。
- 52. 52 Dakota Study → New Dakota study 1 Dakota CUI 用のdakota_of.in はそのままでは使えな い。 ここでは、簡単な例を、以下新規作成する。
- 53. 53 様々な手法が選択できるが、 もっとも簡単そうなもの（単純 パラメタスタディ）を選んだ ウィザードによるStudy設定 対象のSimulationモデル の入出力変数の数が認 識されている。
- 54. Dakota Study変数の設定 54 使用するものにチェック design / state ?
- 58. 58 Analysis Driver → 内容確認 1
- 60. 60 Analysis Driver Parameter Mapping
- 61. 61 Analysis Driver Response Mapping
- 62. Analysis Driver Final Settings 62
- 63. DakotaStudy1 / interface 細部設定1 63 1 2 自動反映
- 64. 64 DakotaStudy1 / interface 細部設定2 /home/dexcs/Desktop/dakotaProject/OF-Ex1/airFoil2D.template/* 自動反映 1 2
- 65. 65 Dakota study の実行 2 1 エラーは出るが、p.45 で説 明したもので、実害はない 作業場所の設定は無効？ /tmp/以下に自動作成される
- 68. 68 1 4 3 2 5
- 70. DakotaUI 再起動 70 New Dakota Project 2 ⇒問題なし
- 71. FOCUSへジョブ投入の要領 ❏ パスワード無し（自動入力）でssh接続可能 ❏ FOCUSサーバーをsshfsマウント状態にて、 FOCUSサーバー内に作業場所を設定 ❏ 実行スクリプト中、OpenFOAM実行部分をssh 接続⇒ジョブサブミット（ssh ffFocus “cd …; sbatch ...）に変更 ❏ ジョブサブミットの終了を待ってから、残りのスク リプト実行 71
- 76. 変更部詳細 76 ssh接続し、 cd ${remoteDIR}; sbatch OF40…（ジョブ投入） を実行 上記応答メッセージより、サブミッ トしたジョブのJOBIDを解析する 30秒毎にssh接続し、 squeueコマンドを発行し、JOBID が残っているかどうか調べる JOBIDが無くなったらループを抜ける localDIR ⇒ remoteDIR に変換
- 79. 79
- 80. ケースファイル修正 80 type freestream; freestreamValue uniform (4.64 1.71 0); 参考資料の結果図から判断す ると、迎角を有した流れ場に なっていたので、境界条件を変 更しました。
- 81. 81 edges ( polyLine 5 6 ( ({x2} {y2} 0) ) polyLine 5 7 ( ({x1} {y1} 0) ) polyLine 18 19 ( ({x2} {y2} 0.1) ) polyLine 18 20 ( ({x1} {y1} 0.1) ) ); blocks ( hex (0 1 5 4 13 14 18 17) (20 40 1) simpleGrading (0.05 0.05 1) hex (1 2 6 5 14 15 19 18) (20 40 1) simpleGrading (1 0.05 1) hex (2 3 8 6 15 16 21 19) (20 40 1) simpleGrading (20 0.05 1) hex (4 5 10 9 17 18 23 22) (20 40 1) simpleGrading (0.05 20 1) hex (5 7 11 10 18 20 24 23) (20 40 1) simpleGrading (1 20 1) hex (7 8 12 11 20 21 25 24) (20 40 1) simpleGrading (20 20 1) ); blockMeshDict (x1,y1) (x2,y2)
- 82. 82 Mesh
- 83. dakota_of.in 83 ## DAKOTA INPUT FILE - dakota_of.in method, # npsol_sqp # if NPSOL is not available, comment the above and try the following instead: conmin_frcg variables, continuous_design = 4 cdv_initial_point0.5 0.1 0.5 -0.5 cdv_lower_bounds 0 0.1 0 -1 cdv_upper_bounds 1 0.5 1 -0.1 cdv_descriptor 'x1' 'y1' 'x2' 'y2' interface, system # asynchronous analysis_driver = 'run_openfoam.sh' parameters_file = 'params.in' results_file = 'results.out' work_directory directory_tag copy_files= 'airFoil2D.template/*' # uncomment to leave params.in and results.out files in work_dir subdirectories named 'workdir' file_save directory_save aprepro # when using conmin_frcg (above) with analytic_gradients (below), # need to turn off the active set vector as rosenbrock_bb does not parse it. ## deactivate active_set_vector responses, num_objective_functions = 1 numerical_gradients fd_gradient_step_size = 0.05 # to instead use analytic gradients returned by the simulator comment the # preceding two lines and uncomment the following: ## analytic_gradients no_hessians dakotaは、 airFoil2D.template をコピーして、 run_openfoam.sh params.in results.out を実行する。 パラメタ探索方法 パラメタ動作範囲 応答処理方法
- 84. run_openfoam.sh 84 #!/bin/sh # Sample simulator to Dakota system call script # See Advanced Simulation Code Interfaces chapter in Users Manual # $1 is params.in FROM Dakota # $2 is results.out returned to Dakota # -------------- # PRE-PROCESSING # -------------- # Incorporate the parameters from DAKOTA into the template, writing ros.in # Use the following line if SNL's APREPRO utility is used instead of DPrePro. # ../aprepro -c '*' -q --nowarning ros.template ros.in dprepro $1 system/blockMeshDict.template system/blockMeshDict # -------- # ANALYSIS : Run OpenFOAM # -------- #cd airFoil2D.template pwd blockMesh simpleFoam #cd .. # --------------- # POST-PROCESSING # --------------- echo "current directory in" ; pwd tail -1 postProcessing/forces/0/forces.dat | sed s/[(),]/" "/g | awk -F" " '{print -($3+$6)/($2+$5)}' > OF_LbyD_results.tmp cat OF_LbyD_results.tmp mv OF_LbyD_results.tmp $2 run_openfoam.sh params.in results.out $1(params.in) に則って sysyem/blockMeshDict.template をプリプロセ ス処理（dprepro）して、 system/blockMeshDict を作成する。blockMesh simpleFoam の実行 ポストデータ処理した結果を $2(results.out)に出力
- 85. Dakota CUI 実行確認 85 . /opt/OpenFOAM/OpenFOAM-4.e/etc/bashrc . /opt/dakota67/setDakota dakota -i dakota_of.in 2 1 http://mogura7.zenno.info/~et/wordpress/ocse/
- 86. 結果ファイル確認 86 run_openfoam.sh params.in results.out dakota が生成したパラメタ これで{x1,,,}を書き直す dakota が受け取るパラメタ →次のスタディパラメタを生成
- 88. 汎用端末でOF起動スクリプトの実行確認 88 ./run_openfoam.sh bash run_openfoam.sh ... 動作不可 ← OpenFoam. dakota 用環境変数未設定
- 90. 修正スクリプトによる動作確認 90 bash run_openfoam.sh params.in results.out dpreproのエラー（？） OpenFOAMの正常終了は確認
- 91. DakotaUI起動→New Dakota Project4 → New simulation model 91 1
- 92. Simulation Model 92 bash run_openfoam.sh params.in results.out 出力切り出しは、出力ファイル （results.out）を使うことも可能だが、 ここではコンソール出力から切り出す ようにしていく。
- 94. 94
- 96. 96 Dakota Study → New Dakota study 1 Dakota CUI 用のdakota_of.in はそのままでは使えない。 ここでは、ほぼ同等機能のStudyを、以下新規作成する。
- 102. 102 Analysis Driver → 内容確認 1
- 104. 104 Analysis Driver Parameter Mapping
- 105. 105 Analysis Driver Response Mapping
- 106. 106 Analysis Driver Final Settings
- 108. 108 DakotaStudy1 / enviroment block 追加
- 109. 109 DakotaStudy1 / enviroment 細部設定
- 110. 110 DakotaStudy1 / interface 細部設定1 /home/dexcs/Desktop/OF-DakotaExample/OF-Ex2/airFoil2D.template/* /home/dexcs/Desktop/dakotaProject/ex2/work
- 112. 112 DakotaStudy1 / method 細部設定
- 113. Study 保存 113 1 2
- 114. Run this Dakota study 114 1 2
- 115. プロット1 115
- 116. 116
- 117. プロット2 117
- 118. 118
- 119. 119
- 121. FOCUSでのジョブ実行 121
- 124. 変更部詳細（Ex1の場合と同じ） 124 ssh接続し、 cd ${remoteDIR}; sbatch OF40…（ジョブ投入） を実行 上記応答メッセージより、サブミッ トしたジョブのJOBIDを解析する 30秒毎にssh接続し、 squeueコマンドを発行し、JOBID が残っているかどうか調べる JOBIDが無くなったらループを抜ける localDIR ⇒ remoteDIR に変換
- 127. まとめ ❏ DakotaUI を DEXCS2017 for OF （Linux Mint18 / ubuntu16.04）にて動作検証した。 ❏ dakota-6.6UI版での動作にはいくつか問題があった が、dakota-6.7においてほぼ解消された。 ❏ FOCUSサーバーへジョブサブミットする方法も確立 できた。 127
- 128. Let’s smart OpenCAE presented by128