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Pub Med Avance 2011

Présentation rapide des fonctions avancées de PubMed (nouvelle interface 2009)

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Pub Med Avance 2011

  1. 1. Fonctions avancées Université Pierre- et-Marie-Curie Formation_Bu_Medecine (at)scd.upmc.fr www.upmc.fr
  2. 2. JUBIL, portail des bibliothèques de l’UPMC 2
  3. 3. Trouver des revues en ligne : liste AZ 3
  4. 4. Accès distant pour accéder de l’extérieur 4
  5. 5. PubMed / MedLine : présentation- MEDLINE (Medical Literature Analysis andRetrieval System Online)- Base de données bibliographiques(= références d’articles ≠ texte des articles) ensciences biologiques et biomédicales- Base gérée et mise à jour par la bibliothèquenationale de médecine des États-Unis (NLM) 5
  6. 6. PubMed / MedLine : contenu- MedLine = le contenu (base de données)≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +autres bases)- 21 millions de références d’articles, tirés de5 000 revues, depuis les années 1950- Une centaine de titres français- Liste des revues :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists 6
  7. 7. PubMed via JUBILPubMed est accessible gratuitement sur Internet mais si on passe par JUBIL pour s’y connecter : On garde l’interface classique + lien vers texte intégral si nos bibliothèques sont abonnées 7
  8. 8. PubMed via JUBIL 8
  9. 9. PubMed via JUBILAccès distant possible, quand on se connecte depuis chez soi ou dans son service ! 9
  10. 10. PubMed via JUBIL 10
  11. 11. Interroger PubMed• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH• MeSH pour Medical Subject Headings• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier 11
  12. 12. Qu’est-ce que le MeSH ?- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,répartis en 16 grandes catégories- Mise à jour annuelle- Traduction françaisepar l’INSERM 12
  13. 13. Le MeSH est accessible via PubMed 13
  14. 14. Recherche en anglaisEx. de recherche sur le noyau tegmental pédonculopontinEn anglais : Pedunculopontine tegmental nucleus 14
  15. 15. On cherche le terme dans le MeSH 15
  16. 16. Détail d’un terme MeSH
  17. 17. Les qualificatifs du MeSH Le MeSH comprend 83 qualificatifs Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé qu’avec certains qualificatifsAB Abnormalities EM Embryology PP PhysiopathologyAD Administration and Dosage EN Enzymology PO PoisoningAE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and ControlAG Agonists ES Ethics PX PsychologyAA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation EffectsAN Analysis ET Etiology RA RadiographyAH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide ImagingAI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT RadiotherapyBI Biosynthesis HI History RH RehabilitationBS Blood Supply IM Immunology SC SecondaryBL Blood IN Injuries SE SecretionCF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST StandardsCS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical DataCI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and DistributionCH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU SurgeryCL Classification MA Manpower TU Therapeutic UseCO Complications ME Metabolism TH TherapyCN Congenital MT Methods TO ToxicityCT Contraindications MI Microbiology TM TransmissionCY Cytology MO Mortality TR TransplantationDF Deficiency NU Nursing TD TrendsDI Diagnosis OG Organization and Administration US UltrasonographyDU Diagnostic Use PS Parasitology UL UltrastructureDH Diet Therapy PY Pathogenicity UR UrineDE Drug Effects PA Pathology UT UtilizationDT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE VeterinaryEC Economics PD Pharmacology VI VirologyED Education PH Physiology 17
  18. 18. Un même terme peut appartenir à plusieurs arborescences 18
  19. 19. Choix du qualificatif etconstruction de la requête 19
  20. 20. Termes majeurs / Explosion 20
  21. 21. Combinaison avec un autre terme 21
  22. 22. 22
  23. 23. 23
  24. 24. PubMed : stopwordsMots courants non indexés : Utilisation optimale documentation 24 médicale
  25. 25. Pourquoi utiliser le MeSH ?• Recherche dans PubMed – Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement – Avec « moelle spinale » : 1 article seulement – Avec « spinal cord » (directement) : plus de 145 000 articles – Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles – Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » : 2 600 articles 25
  26. 26. Chercher à partir du françaisÉtape 1 : trouver le mot-clef de départ en français• On détermine un mot-clef intéressant en français• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le MeSH français• Le site du CISMeF propose la traduction française du vocabulaire MeSH 26
  27. 27. Équivalent du mot-clef dans le MeSH français : http://pts.chu-rouen.fr 27
  28. 28. Exemple : moelle épinière 28
  29. 29. Place du terme dans l’arborescence MeSH 29
  30. 30. Étape 2 : choix des qualificatifs 30
  31. 31. Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF 31
  32. 32. Intérêt du CISMeF : les articles récents• Ex. de recherche sur le noyau tegmental pédonculopontin• Terme Mesh : Pedunculopontine tegmental nucleus• Formule de recherche standard :• "pedunculopontine tegmental nucleus"[MH]• CISMeF : ("pedunculopontine tegmental nucleus"[MH] OR ((("nucleus tegmentalis pedunculopontinus"[TIAB] OR "nucleus, pedunculopontine tegmental"[TIAB] OR "peduncular pontine nucleus"[TIAB] OR "tegmental nucleus, pedunculopontine"[TIAB] OR "pedunculopontine tegmental nucleus"[TIAB] OR "pedunculopontine nucleus"[TIAB])) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])) OR (("pedonculopontin"[TIAB] AND "tegmental"[TIAB] AND "noyau"[TIAB]) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb]))) 32
  33. 33. Sans CISMeF 33
  34. 34. Avec CISMeF 34
  35. 35. Recherches très spécifiques avec des termes absents du MeSH• Ex. : dose intégrale en radiothérapie : « integral dose »• "integral dose" [TIAB] : 312 résultats• "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery [MH] : 23 résultats 35
  36. 36. PubMed : MappingTermes recherchés directement, sans guillemets et sans passer par le MeSH= PubMed vérifie, dans l’ordre – dans le MeSH – dans les revues – dans les expressions (Phrase List) – dans les auteurs Correspondance automatique des termes (ATM = Automatic Term Mapping) 36
  37. 37. Liste de résultats dans PubMed 37
  38. 38. Consulter les articles trouvés• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)• En ligne, sur les postes des bibliothèques• Et maintenant de chez vous, via l’accès distant 38
  39. 39. Lien direct vers le PDF ?• Quand on est sur un ordinateur de l’université• OU connecté en accès distant via JUBIL• ET SI l’université est abonnée aux revues en ligne où est paru l’article recherché• Alors icône pour accès direct au PDF 39
  40. 40. Exemple d’article accessible 40
  41. 41. Changer d’affichage• Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation• Abstract : résumé + lien vers PDF• MEDLINE : export vers bibliographie (EndNote, Zotero…) 41
  42. 42. Affichage Abstract : liens vers PDF 42
  43. 43. Les limites… 43
  44. 44. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de document, population…) 44
  45. 45. Recherche avancée 45
  46. 46. Search Builder• On choisit le champ de recherche à gauche• L’index s’affiche avec le nombre de références correspondantes• On sélectionne les termes et on clique sur « add to search box » avec un booléen pour envoyer vers la fenêtre de recherche 46
  47. 47. Chercher un auteur• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom• PubMed comprend qu’on cherche une personne 47
  48. 48. « Single Citation Matcher »• Recherche par auteur / revue / date• Pour retrouver une référence d’article précise
  49. 49. « Single Citation Matcher »• Recherche par auteur / revue / date• Pour retrouver une référence d’article précise Utilisation optimale documentation 49 49 médicale
  50. 50. Alertes et historiques• Fil RSS sur une recherche• Historique automatique, conservé 8 heures, accessible via la recherche avancée 50
  51. 51. Création de compte gratuit : My NCBIIntérêts : – Sauvegarder ses résultats – Sauvegarder ses recherches habituelles – Créer des alertes (RSS ou courriel) – Appliquer des filtres automatiques sur les résultats 51
  52. 52. Création de compte gratuit : My NCBI 52
  53. 53. Création de compte gratuit : My NCBI 53
  54. 54. Création de filtres pour les recherches 54
  55. 55. On choisit PubMed dans la liste… 55
  56. 56. On cherche le filtre JUBIL 56
  57. 57. Les résultats sont triés 57
  58. 58. Les résultats sont triés• JUBIL : articles parus dans des revues accessibles en ligne via JUBIL (7 000 revues)• ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP (300 revues)• ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm 58
  59. 59. Liens vers les PDFNe fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’universitéou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL) 59
  60. 60. FINMerci de votre attention

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