Análisis de vacíos
Caso: parientes silvestres del tomate
Nora Castañeda, Andy Jarvis y Julián Ramírez
Foto: Neil Palmer, C...
Species
Sampling
Representativit
y score(SRS)
Geographic
representativity
score (GRS)
Environmental
representativity
score...
Solanum chilense
Solanum chmielewskii
S. corneliomulleri
S. habrochaites
S. peruvianum
S. pimpinellofolium
Antecedentes (2011)
Vacíos de germoplasma
Antecedentes (reunión 2011)
PROXIMOS PASOS
• Incluir registros de nuevas bases de datos a los
análisis (ej.: COMAV, TGRC, ...
ANÁLISIS DE VACÍOS EN
COLECCIONES DE GERMOPLASMA
Supuestos
• Lo que “se ve” es lo que hay accesible al público
(caso: colecciones privadas, información
truncada)
• Accesio...
Dimensión
ambiental
Dimensión
taxonómica
Dimensión
geográfica
Nuestra aproximación
Ramírez et al., 2010 13
Metodología
1. Determinación
de taxa de
interés
2. Determinación
de definiciencias
de muestreo
3. Modelos de
distribución
potencial
4....
TOMATES SILVESTRES
TAXA DE INTERES
Acervo genético Especie (Peralta et al., 2008) Usos (Peralta y Spooner, 2007)
Cultivado - escapado Solanum lycopersicum va...
Datos de entrada (2011)
Especies Accesiones germoplasma Ejemplares de Herbario Total
Solanum arcanum 6 N/D 6
Solanum chees...
Datos de entrada (2012)
Especies Accesiones germoplasma Ejemplares de Herbario Total
Solanum_arcanum 43 76 119
Solanum_che...
Datos de entrada – germoplasma (2011)
Datos de entrada - herbario (2011)
Datos de entrada - germoplasma (2012)
Datos de entrada - herbario (2012)
Determinación deficiencias muestreo
Accesiones de germoplasma vs. Muestras de herbario
2011
Accesiones de germoplasma vs. ...
PROXIMOS PASOS - PROPUESTA
Modelización
• K fold Maxent (k=25), cálculo de std
• Inclusión de variables (elevación, pendiente)
• Inclusión de registr...
Source: Ramírez-Villegas J, Khoury C, Jarvis A, Debouck DG, and Guarino L (2010). A Gap Analysis Methodology for Collectin...
Source: Ramírez-Villegas J, Khoury C, Jarvis A, Debouck DG, and Guarino L (2010). A Gap Analysis Methodology for Collectin...
Gracias!
Nora Castañeda: n.p.castaneda@cgiar.org
CIAT-DAPA: dapa.ciat.cgiar.org
CIAT: www.ciat.cgiar.org
Foto: Neil Palmer...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Necesidades de conservacion de parientes silvestres de tomate - actualizacion 2012

717 views

Published on

Presentación preparada para el proyecto SolSil (reunión Lima 2012) con la inclusión de nuevos datos provenientes de INIA, COMAV y PBI

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
717
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
61
Actions
Shares
0
Downloads
12
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Necesidades de conservacion de parientes silvestres de tomate - actualizacion 2012

  1. 1. Análisis de vacíos Caso: parientes silvestres del tomate Nora Castañeda, Andy Jarvis y Julián Ramírez Foto: Neil Palmer, CIAT
  2. 2. Species Sampling Representativit y score(SRS) Geographic representativity score (GRS) Environmental representativity score (ERS)(PC1) Environmental representativity score (ERS)(PC2) Average environmental representativity score (ERS) Final priority score Priority Solanum arcanum 10.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 HIGH Solanum cheesmaniae 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 HIGH Solanum corneliomulleri 4.3 0.9 10.0 10.0 10.0 0.0 HIGH Solanum galapagense 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 HIGH Solanum ochranthum 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 HIGH Solanum pennellii 10.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 HIGH Solanum habrochaites 9.2 1.8 10.0 10.0 10.0 7.0 LOW Solanum chilense 9.8 8.8 10.0 10.0 10.0 9.5 NOT REQUIRED Solanum chmielewskii 9.7 4.7 10.0 10.0 10.0 8.1 NOT REQUIRED Solanum lycopersicum 9.6 3.0 10.0 10.0 10.0 7.5 NOT REQUIRED Solanum Peruvianum 9.9 7.0 10.0 10.0 10.0 9.0 NOT REQUIRED Solanum pimpinellifolium 9.5 5.0 10.0 10.0 10.0 8.2 NOT REQUIRED Antecedentes (2011) Resultados: prioridades
  3. 3. Solanum chilense
  4. 4. Solanum chmielewskii
  5. 5. S. corneliomulleri
  6. 6. S. habrochaites
  7. 7. S. peruvianum
  8. 8. S. pimpinellofolium
  9. 9. Antecedentes (2011) Vacíos de germoplasma
  10. 10. Antecedentes (reunión 2011) PROXIMOS PASOS • Incluir registros de nuevas bases de datos a los análisis (ej.: COMAV, TGRC, INIA/JICA, INIA/U. Davis) • Actualizar bases de datos de acuerdo a nuevo material colectado en campo
  11. 11. ANÁLISIS DE VACÍOS EN COLECCIONES DE GERMOPLASMA
  12. 12. Supuestos • Lo que “se ve” es lo que hay accesible al público (caso: colecciones privadas, información truncada) • Accesiones georreferenciadas permiten conocer el ambiente del cual proceden • Modelos de nicho permiten conocer la distribución geográfica de una especie • Más datos disponibles, mejor identificación de vacíos
  13. 13. Dimensión ambiental Dimensión taxonómica Dimensión geográfica Nuestra aproximación Ramírez et al., 2010 13
  14. 14. Metodología
  15. 15. 1. Determinación de taxa de interés 2. Determinación de definiciencias de muestreo 3. Modelos de distribución potencial 4. Evaluación de cobertura geográfica 5. Determinación de vacíos ambientales 6. Rareza – basado en datos ambientales 7. Determinación de prioridades de colecta 8. Priorización de áreas geográficas para colecta Metodología 15Ramírez et al., 2010
  16. 16. TOMATES SILVESTRES TAXA DE INTERES
  17. 17. Acervo genético Especie (Peralta et al., 2008) Usos (Peralta y Spooner, 2007) Cultivado - escapado Solanum lycopersicum var. cerasiforme** Cultivado Solanum lycopersicum L.* Primario Solanum cheesmaniae (L. Riley) Fosberg Tolerancia salinidad, lepidopteros, resistencia virus Primario Solanum galapagense S. C. Darwin & Peralta Tolerancia salinidad Primario Solanum pimpinellifolium L. Color, calidad fruto. Resistencia a enfermedades Secundario Solanum arcanum Peralta Secundario Solanum chilense (Dunal) Reiche Resistencia sequía Secundario Solanum chmielewskii (C. M. Rick et al.) D. M. Spooner et al. Mejoramiento contenido azúcar Secundario Solanum corneliomulleri J. F. Macbr. Secundario Solanum habrochaites S. Knapp & D. M Spooner Tolerancia frio y heladas. Resistencia a insectos Secundario Solanum huaylasense Peralta Secundario Solanum neorickii D. M. Spooner et al. Secundario Solanum pennellii Correll Resistencia a sequía e insectos Secundario Solanum peruvianum L. Resistencia a virus, bacterias, hongos, áfidos y nemátodos Terciario Solanum juglandifolium Dunal Terciario Solanum lycopersicoides Dunal Terciario Solanum ochranthum Dunal Terciario Solanum sitiens I. M. Johnst. Peralta, I. E y D. M. Spooner. 2007. History, origin and eartly cultivation of Tomato (Solanaceae). En: M. Razdan y A. Mattoo (Eds.), Genetic improvement of solanaceous crops. Vol 2. (pp. 1-24). USA: Science publishers Peralta, I.E., D.M. Spooner, and S. Knapp. 2008. Taxonomy of wild tomatoes and their relatives (Solanum sect. Lycopersicoides, sect. Juglandifolia, sect. Lycopersicon; Solanaceae). Syst. Bot. Monogr. 84: 1-186+3 plates
  18. 18. Datos de entrada (2011) Especies Accesiones germoplasma Ejemplares de Herbario Total Solanum arcanum 6 N/D 6 Solanum cheesmaniae N/D 1 1 Solanum chilense 82 2 84 Solanum chmielewskii 34 1 35 Solanum corneliomulleri 6 8 14 Solanum galapagense N/D 1 1 Solanum habrochaites 44 4 48 Solanum huaylasense N/D N/D N/D Solanum juglandifolium N/D N/D N/D Solanum lycopersicoides N/D N/D N/D Solanum lycopersicum 2402 110 2512 Solanum neorickii N/D N/D N/D Solanum ochranthum N/D 3 3 Solanum pennellii 1 N/D 1 Solanum peruvianum 80 1 81 Solanum pimpinellifolium 189 10 199 Solanum sitiens N/D N/D N/D Total 2844 141 2985
  19. 19. Datos de entrada (2012) Especies Accesiones germoplasma Ejemplares de Herbario Total Solanum_arcanum 43 76 119 Solanum_cheesmaniae 0 109 109 Solanum_chilense 374 190 564 Solanum_chmielewskii 60 9 69 Solanum_corneliomulleri 56 179 235 Solanum_galapagense 0 64 64 Solanum_habrochaites 160 223 383 Solanum_huaylasense 14 10 24 Solanum_juglandifolium 4 188 192 Solanum_lycopersicoides 68 21 89 Solanum_lycopersicum_cerasiforme 73 9 82 Solanum_neorickii 32 23 55 Solanum_ochranthum 16 95 111 Solanum_pennellii 47 60 107 Solanum_peruvianum 197 183 380 Solanum_pimpinellifolium 402 439 841 Solanum_sitiens 20 20 40 Total 1566 1898 3464 Nuevos datos: COMAV, PROINPA (2010 y 2011), INIA-Davis, NHM
  20. 20. Datos de entrada – germoplasma (2011)
  21. 21. Datos de entrada - herbario (2011)
  22. 22. Datos de entrada - germoplasma (2012)
  23. 23. Datos de entrada - herbario (2012)
  24. 24. Determinación deficiencias muestreo Accesiones de germoplasma vs. Muestras de herbario 2011 Accesiones de germoplasma vs. Muestras de herbario 2012
  25. 25. PROXIMOS PASOS - PROPUESTA
  26. 26. Modelización • K fold Maxent (k=25), cálculo de std • Inclusión de variables (elevación, pendiente) • Inclusión de registros de nuevas colectas  estado actual de los CWR antes y despues de SolSil
  27. 27. Source: Ramírez-Villegas J, Khoury C, Jarvis A, Debouck DG, and Guarino L (2010). A Gap Analysis Methodology for Collecting Crop Genepools: a Case Study with Phaseolus Bean. PLoS ONE 5(10): e13497. doi:10.1371/journal.pone.0013497; Potential distribution model Phaseolus taxa richness Maximum standard deviations
  28. 28. Source: Ramírez-Villegas J, Khoury C, Jarvis A, Debouck DG, and Guarino L (2010). A Gap Analysis Methodology for Collecting Crop Genepools: a Case Study with Phaseolus Bean. PLoS ONE 5(10): e13497. doi:10.1371/journal.pone.0013497; FAO WIEWS 2009 Prioritization results Collecting gap richness Modeling uncertainties Max. Geographic distance to nearest known population
  29. 29. Gracias! Nora Castañeda: n.p.castaneda@cgiar.org CIAT-DAPA: dapa.ciat.cgiar.org CIAT: www.ciat.cgiar.org Foto: Neil Palmer, CIAT

×