Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
MIRIAM Resources:Cross­referencing frameworkCamille LaibeNick JutyBioDBCore, 10 December 2010, 2nd conference call   EBI i...
BioModels.net   Community aiming to improve model annotation, interpretation, exchange and re­use. Not restricted to any f...
MIRIAM STANDARD                          MIRIAM  proposed guidelines for curation   and annotation of quantitative   model...
MIRIAM ComplianceModels must:  be encoded in a public machine­readable format  be clearly linked to a single publication  ...
MIRIAM ComplianceModels must:  be encoded in a public machine­readable format  be clearly linked to a single publication  ...
AnnotationsEssential for data identification and semantics:   Understanding   Search   Reuse   Comparison   Integration   …
AnnotationsEssential for data identification and semantics:   Understanding   Search   Reuse   Comparison   Integration   ...
Identifiers for annotations   Unique and unambiguous     an identifier must never be assigned to two different objects   P...
MIRIAM URNs                                                 Dataset                     Data type                         ...
MIRIAM Resources: data type compliance    Open accessAnybody can access any public data without restriction (no commercial...
MIRIAM ResourcesGeneration and resolving of MIRIAM URNs Camille Laibe and Nicolas Le Novère.  MIRIAM Resources: tools to g...
MIRIAM data types
MIRIAM data type
MIRIAM data typeResources
MIRIAM tags
MIRIAM usage examples
MIRIAM web services
MIRIAM resources reliability
MIRIAM resources reliability
MIRIAM submission
MIRIAM generate URI
MIRIAM resolve URI
Tools developing support for MIRIAM URNs   Data resources                                 Application software       BioMo...
Acknowledgements    The community of computational systems biology     for the development of MIRIAM and the implementatio...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

MIRIAM Resources

671 views

Published on

Published in: Business
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

MIRIAM Resources

  1. 1. MIRIAM Resources:Cross­referencing frameworkCamille LaibeNick JutyBioDBCore, 10 December 2010, 2nd conference call EBI is an Outstation of the European Molecular Biology Laboratory. 
  2. 2. BioModels.net   Community aiming to improve model annotation, interpretation, exchange and re­use. Not restricted to any format (eg. SBML, CellML, …)   Current projects: A checklist for model annotation: MIRIAM and its supporting  infrastructure: MIRIAM Resources A set of relationships (qualifiers) to link model and data:  BioModels.net qualifiers An ontology to precise the semantics of models: SBO A public database of published models of biological interest:  BioModels Database Several ongoing efforts: MIASE, KiSAO, SED­ML, TEDDY, ... http://biomodels.net/ 2
  3. 3. MIRIAM STANDARD MIRIAM proposed guidelines for curation  and annotation of quantitative  models about encoding and annotation applicable to any structured  model formatcf. Nicolas Le Novère et al. Minimum  Information Requested in the Annotation  of biochemical Models (MIRIAM). Nature  Biotechnology, 2005http://biomodels.net/miriam/
  4. 4. MIRIAM ComplianceModels must: be encoded in a public machine­readable format be clearly linked to a single publication reflect the structure of the biological processes described in the  reference paper (list of reactions, ...) be instantiable in a simulation (possess initial conditions, ...) be able to reproduce the results given in the reference paper contain creator’s contact details annotated: must unambiguously identify each model constituent
  5. 5. MIRIAM ComplianceModels must: be encoded in a public machine­readable format be clearly linked to a single publication reflect the structure of the biological processes described in the  reference paper (list of reactions, ...) be instantiable in a simulation (possess initial conditions, ...) be able to reproduce the results given in the reference paper contain creator’s contact details annotated: must unambiguously identify each model constituent
  6. 6. AnnotationsEssential for data identification and semantics:   Understanding   Search   Reuse   Comparison   Integration   …
  7. 7. AnnotationsEssential for data identification and semantics:   Understanding   Search   Reuse   Comparison   Integration   …→ True for any kind of data, not only models!
  8. 8. Identifiers for annotations   Unique and unambiguous     an identifier must never be assigned to two different objects   Perennial     the identifier is constant and its lifetime is permanent   Standards compliant     must conform on existing standards, such as URI   Resolvable     identifiers must be able to be transformed into locations of online resources storing the object or information about the object   Free for use     everybody should be able to use and create identifiers, freely and at no cost
  9. 9. MIRIAM URNs Dataset  Data type Identifier Format depends Not a URL,  on the resource not a “Web­ identified by address”! the data typeHuman calmodulin: P62158 in UniProt urn:miriam:uniprot:P62158Alcohol dehydrogenase: 1.1.1.1 in EC code urn:miriam:ec-code:1.1.1.1Activation of MAPKK activity: GO:0000186 in Gene Ontology urn:miriam:obo.go:GO%3A0000186 9
  10. 10. MIRIAM Resources: data type compliance    Open accessAnybody can access any public data without restriction (no commercial licence, no login page, …)    AtomicityThe granularity of the data distributed has to be appropriately selected (a database of “reactions” distributes reactions and not pathways) and consistent (e.g. classes or instances but not classes and instances)    IdentifierAn atomic data is associated to a unique and perennial identifier    Community recognitionThe resource has to be “recognised” by the corresponding experimental community, be reasonably supported, ...
  11. 11. MIRIAM ResourcesGeneration and resolving of MIRIAM URNs Camille Laibe and Nicolas Le Novère.  MIRIAM Resources: tools to generate and resolve robust cross­references in Systems Biology. BMC Systems Biology, 2007 http://www.ebi.ac.uk/miriam/
  12. 12. MIRIAM data types
  13. 13. MIRIAM data type
  14. 14. MIRIAM data typeResources
  15. 15. MIRIAM tags
  16. 16. MIRIAM usage examples
  17. 17. MIRIAM web services
  18. 18. MIRIAM resources reliability
  19. 19. MIRIAM resources reliability
  20. 20. MIRIAM submission
  21. 21. MIRIAM generate URI
  22. 22. MIRIAM resolve URI
  23. 23. Tools developing support for MIRIAM URNs   Data resources    Application software BioModels Database (kinetic models) ARCADIA (graph editor) Pathway Commons (BioPAX) BIOUML (modelling and simulation) Proteomics Standards Initiative (PSI) COPASI (Simulation) Physiome Model Repository (CellML) LibAnnotationSBML SABIO­RK (reaction kinetics) LibSBML Yeast consensus model database SAINT (semantic annotation) Human consensus model database SBML2BioPAX Systems Biology Ontology Browser SBML2LaTeX E­MeP (structural genomics) SBMLeditor (model editor) SemanticSBML (annotation,  merging, comparison, ...) Snazer (network analysis, simulations) Systems Biology Workbench  (model design and simulation) The Virtual Cell (simulation)
  24. 24. Acknowledgements    The community of computational systems biology     for the development of MIRIAM and the implementation of MIRIAM support    Data providers     who replied, discussed and even complied with MIRIAM rules    Nicolas Le Novère    Nick Juty    Camille Laibe 24laibe@ebi.ac.uk - juty@ebi.ac.uk

×