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Marcação de Links
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e dados do fascículo
em que o artigo foi
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Histórico
Informações relativas às
permissões
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Relacionamento
entre Artigos
Resumo
Seção do Resumo
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Informação de Financiamento
de Projeto
Contagem de Páginas,
Tabelas, Referências...
Front: Article Metadata
Fim do...
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Início
Seção
Parágrafo
Tipo de Seção
Título da Seção
Referência Cruzada
Referência Bibliográfica
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Body Referência Cruzada
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o objeto referenciado (Figura,
Tabela, Equação, Material
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Estruturas de Bloco: Figuras
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Estruturas de Bloco: Material Suplementar
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Lista de
Referências
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Referência 2
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2 formas
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Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições
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Acrônimo ou Sigla
Definição
Dúvidas e Comentários
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Muito Obrigada!!!
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Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML - Biblioteca MZ USP

  1. 1. Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em XML Viviane Neves dos Santos Biblioteca MZ-USP Contato: viviane.neves.santos@usp.br
  2. 2. Introdução PMC SciELO Preservação Geração de Indicadores Texto completo Texto completo DTD PMC DTD PMC + Tags SciELO
  3. 3. Objetivos • PubMed Central (PMC) • Documentação PMC • Introdução à estrutura do XML PMC
  4. 4. PubMed Central (PMC) • texto completo em livre acesso • coletar e preservar a literatura • Ciências Biomédicas e da Vida • lançada em 2000 • National Center for Biotechnology Information (NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
  5. 5. Documentação PMC Journal Article Tag Suite (JATS) ANSI/NISO Z39.96-2012 Journal Archiving and Interchange Journal Publishing Article Authoring JATS-Con
  6. 6. Documentação PMC • Journal Article Tag Suite (JATS) (http://jats.nlm.nih.gov/index.html) • Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) (http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ ) • Journal Publishing Tag Set (http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)
  7. 7. Documentação PMC Journal Article Tag Suite (JATS) http://jats.nlm.nih.gov/index.html
  8. 8. Documentação PMC Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) http://jats.nlm.nih.gov/jats-con
  9. 9. Documentação PMC Journal Publishing Tag Set http://jats.nlm.nih.gov/publishing
  10. 10. Atual - ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Anteriores - mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/ - nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/ - mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/ - jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/ - set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/ - nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/ - nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/ - mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/ Documentação PMC Histórico das Versões Lançadas da DTD
  11. 11. • Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/ • PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html • PubMed Central Citations - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html Documentação PMC O que é importante conhecer?Biblioteca de elementos e atributos Regras de Marcação de Artigos Amostras de Referências Marcadas
  12. 12. Documentação PMC Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
  13. 13. Documentação PMC PubMed Central Tagging Guidelines http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/article/style.html
  14. 14. Documentação PMC PubMed Central Citations http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging- guidelines/citations/v3/toc.html
  15. 15. XML PMC Declaração do DOCTYPE <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd"> Versão anterior (NLM 3.0) <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd"> Versão atual (JATS 1.0)
  16. 16. XML PMC Macroestrutura Article Front Body Back Floats Group Sub-article e Response Metadados Periódico (journal-meta) e Artigo (article-meta) Estruturas do texto (seções, parágrafos, links, figuras, material suplementar, tabelas etc.) Agradecimentos, referências, notas de rodapé, apêndices etc. Grupo de objetos não referenciados no texto (tabelas, figuras etc). Estruturas de artigo dentro do artigo (cartas, resumos, artigo com comentário, carta e resposta).
  17. 17. XML PMC Estruturas de Bloco • Array - <array> • Boxed Text - <boxed-text> • Chemical Structure Wrapper - <chem-struct-wrap> • Figure - <fig> • Figure Group - <fig-group> • Supplementary Material - <supplementary-material> • Table Wrapper - <table-wrap> • Table Wrapper Footer - <table-wrap-foot> • Table Wrapper Group - <table-wrap-group> • Formula - <disp-formula> • Definition List - <def-list> • List - <list> • Quote - <disp-quote> • Speech - <speech> • Formal Statement - <statement> • Verse Form for Poetry - <verse-group>
  18. 18. XML PMC Exemplo de Artigo FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology- based health behaviour change or disease management interventions for health care consumers: a systematic review. PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013. PUBMED: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/ PLOS: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371% 2Fjournal.pmed.1001362
  19. 19. XML PMC Article Início Fim Idioma do Artigo Versão da DTD Tipo
  20. 20. XML PMC Front Início Fim Metadados do Periódico Metadados do Artigo
  21. 21. XML PMC Front: Journal Metadata Início Fim
  22. 22. XML PMC Front: Article Metadata Seção
  23. 23. XML PMC Front: Article Metadata Referência Cruzada Autor/Afiliação Referência Cruzada Autor/Nota de Correspondência Autor
  24. 24. XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes Correspondência Conflito de Interesse
  25. 25. XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes Contribuição dos Autores Marcação de Links
  26. 26. XML PMC Front: Article Metadata Datas de publicação e dados do fascículo em que o artigo foi publicado. Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com as tags <fpage> e <lpage> Electronic Location Identifier
  27. 27. XML PMC Front: Article Metadata Histórico Informações relativas às permissões
  28. 28. XML PMC Front: Article Metadata Relacionamento entre Artigos Resumo Seção do Resumo
  29. 29. XML PMC Informação de Financiamento de Projeto Contagem de Páginas, Tabelas, Referências... Front: Article Metadata Fim do Article Metadata e do Front
  30. 30. XML PMC Body Início Seção Parágrafo Tipo de Seção Título da Seção Referência Cruzada Referência Bibliográfica
  31. 31. XML PMC Body Referência Cruzada Link entre a chamada no texto e o objeto referenciado (Figura, Tabela, Equação, Material Suplementar...)
  32. 32. XML PMC Estruturas de Bloco: Figuras Link ou nome do arquivo
  33. 33. XML PMC Estruturas de Bloco: Material Suplementar
  34. 34. XML PMC Back – Referências <ref>...</ref> <ref>...</ref> ... Lista de Referências Referência 1 Referência 2
  35. 35. XML PMC Back: Referências 2 formas de marcar Mixed Citation Element Citation Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
  36. 36. XML PMC Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições Lista de Definições Termo, Acrônimo ou Sigla Definição
  37. 37. Dúvidas e Comentários ?? ? ?
  38. 38. Muito Obrigada!!!

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