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Gestion des références bibliographiques<br />Isabelle de Kaenel & Pablo Iriarte, BiUM/CDSP – CHUV<br />Mars 2010<br />
Plan de l’atelier<br />Présentation des principales fonctions <br />des logiciels de gestion bibliographique <br />des  ou...
Introduction<br />Imaginons, un chercheur se présente…<br />avec une liste bibliographique en format Word<br />avec une li...
Travailler depuis un document Word<br />Examiner le document Word<br />Liste bibliographique simple = il faut récupérer le...
Utilisation de Endnote<br />Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :<br />« Grilles modèles »<br />pour  décr...
mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdf</li></ul>Modèles d’édition des publications et de diffusio...
Evolution des styles<br />Bibliographies, citations, références… le besoin de se référer à une source externe est aussi vi...
Evolution des styles<br />Les normes :<br />Normes ISO 690, ISO 690-2 (1997), ISO 690:2010<br />norme AFNOR NF Z 44-005 et...
Evolution des styles<br />EndNote / Reference Manager  : 2900 styles mais toujours les mêmes éléments textuels avec identi...
Reference Manager vs. EndNote<br />A vos tests!<br />Tableau comparatif : http://wiki.bium.ch/doku.php?id=aides:comparatif...
Panorama des nouveaux logiciels<br />Open source / propriétaires<br />Payants / gratuits<br />En ligne / sur le disque dur...
Comparatifs : logiciels<br />ECLORE :  http://eclore.veille.inist.fr<br />
Comparatifs : formats<br />Microformats : http://microformats.org/wiki/citation-formats<br />
Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Zotero : http://www.zotero.org/<br />
Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Zotero : http://www.zotero.org/<br />Extension FireFox<br />Importation des réf...
Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Mendeley : http://www.mendeley.com/<br />
Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Mendeley : http://www.mendeley.com/<br />Logiciel indépendant<br />Importation ...
Nouveaux acteurs : Word, OpenOffice<br />Spécification : http://www.schemacentral.com/sc/ooxml/s-shared-bibliography.xsd.h...
Diffusion et partage des références<br />Outils de diffusion sur le web : <br />RefBase : http://www.refbase.net/<br />End...
Métadonnées vs. Texte intégral<br />Formats pour tous les goûts et besoins :<br />MARC, MARCXML, FRBR, RDA<br />Dublin Cor...
Texte intégral + Métadonnées!<br />Cohabitation depuis longtemps dans les fichiers image, audio et vidéo (EXIF, ID3, etc.)...
Les identificateurs <br />Les classiques : <br />ISBN : 10 / 13 (EAN)<br />La famille des revues :<br />ISSN : p-ISSN, e-I...
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Gestion des références bibliographiques

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How to manage bibliographic references, and articles from electronic journals

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Gestion des références bibliographiques

  1. 1. Gestion des références bibliographiques<br />Isabelle de Kaenel & Pablo Iriarte, BiUM/CDSP – CHUV<br />Mars 2010<br />
  2. 2. Plan de l’atelier<br />Présentation des principales fonctions <br />des logiciels de gestion bibliographique <br />des outils connexes<br />Applications et exercices avec EndNote<br />les spécificités EndNote<br />Reference Manager vs. EndNote<br />Panorama des nouveaux logiciels de gestion de références<br />caractéristiques des nouveaux logiciels <br />diffusion et partage des références <br />Conclusion<br />Métadonnées vs. Texte intégral (ou Bibliothèques vs. Editeurs?)<br />Les identificateurs <br />
  3. 3. Introduction<br />Imaginons, un chercheur se présente…<br />avec une liste bibliographique en format Word<br />avec une liste de références imprimée depuis PubMed<br />avec une clé USB contenant plusieurs fichiers PDF<br />…Et vous demande conseil pour <br />constituer, gérer, modifier un corpus de références <br />élaborer une bibliographie<br />réutiliser ces références pour différents travaux<br />organiser ses fichiers PDF<br />partager ses références avec des collègues à distance<br />rendre la base accessible sur le web<br />
  4. 4. Travailler depuis un document Word<br />Examiner le document Word<br />Liste bibliographique simple = il faut récupérer les métadonnées<br />Exemples :<br />bibliographie d’un document SERVAL : BIB_10313CEAA18D<br />Cette liste :<br />Gilbert, M. T. P. et al. Paleo-eskimo mtDNAgenomerevealsmatrilinealdiscontinuity in Greenland. Science 320, 1787–1789 (2008)<br />Pääbo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecularcloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 1939–1943 (1989) <br />Brotherton, P. et al. Novelhigh-resolutioncharacterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscodinglesions. NucleicAcidsRes. 35, 5717–5728 (2007) <br />Fogg, M. J. et al. Structural basis for uracil recognition by archaealfamily b DNA polymerases. Nature Struct. Biol. 9, 922–927 (2002) <br />Willerslev, E. & Cooper, A. Ancient DNA. Proc. Biol. Sci. 272, 3–16 (2005)<br />Handt, O. et al. The retrieval of ancienthuman DNA sequences. Am. J. Hum. Genet. 59, 368–376 (1996)<br />Skaletsky, H. et al. The male-specificregion of the human Y chromosome is a mosaic of discretesequence classes. Nature 423, 825–837 (2003) <br />Outil de CrossRef (taux de réussite élevé, DOI, PMID et PMCID) : http://www.crossref.org/SimpleTextQuery/<br />Outil de HubMed (moins fiable) : http://www.hubmed.org/citation.cgi<br />Liste bibliographique générée dynamiquement par un logiciel<br />Reconstituer la « travelling library » <br />ex. Evidence for acupuncture relevant to primary care<br />
  5. 5. Utilisation de Endnote<br />Eléments constitutifs d’un logiciel bibliographique :<br />« Grilles modèles »<br />pour décrire un document<br />En utilisant des zones différenciées = champs<br />Modules de récupération de références et des pdfs depuis des bases de données<br />fichiers de connexion, filtres d’import<br />fonction glisser/déposer (fichier en format ris, fichier en format pdf)<br />Gestion interne de la base<br />Recherche dans la base de références, tri, modification, collections<br />Gestion des pdfs :<br /><ul><li>recherche des pdfs à partir des métadonnées
  6. 6. mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdf</li></ul>Modèles d’édition des publications et de diffusion sur le web<br />conformes aux normes de publication : les styles<br />publication et partage sur le web<br />
  7. 7. Evolution des styles<br />Bibliographies, citations, références… le besoin de se référer à une source externe est aussi vieux que l’écriture. Les bibliographies sont apparues en même temps que les premiers catalogues… sur des tablettes d’argile!<br />Les citations sont apparues avec les premières revues : Journal des Scavantset Philosophical Transactions. Première citation (non autocitation) : 1666<br />dans : An Accompt of the Use of the Grain of Kermes for Coloration Philosophical Transactions, Vol. 1, 1666, p. 362-63<br />
  8. 8. Evolution des styles<br />Les normes :<br />Normes ISO 690, ISO 690-2 (1997), ISO 690:2010<br />norme AFNOR NF Z 44-005 et AFNOR Z 44-005-2 de 1987 et 1998 <br />Styles liés aux associations professionnelles<br />MLA (Modern Language Association of America)<br />APA (American Psychological Association)<br />Pratiques mises en œuvre par les universités (Chicago Style)<br />Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues<br />Panorama fait par Véronique Pierre<br />http://revues.refer.org/redaction_scientifique/fiche_bibliographie.pdf<br />aussi sur Scrib : http://www.scribd.com/doc/25441304/Fiche-Bibliographie<br />De plus en plus de styles demandent un identificateur<br />Soit le DOI<br />ex. http://my.unil.ch/serval/document/BIB_9A47A2222AF1.pdf<br />Soit le PMID<br />ex. Annals of internalmedicine<br />
  9. 9. Evolution des styles<br />EndNote / Reference Manager : 2900 styles mais toujours les mêmes éléments textuels avec identificateurs (ISBN, DOI, PMCID, URL)<br />Des nouveaux formats « augmentés » arrivent<br />Avec des liens actifs pour l’édition électronique : format HTML ou « PDF plus »<br />Avec des informations cachées ou codées : type de citation, liens rétroactifs…<br />
  10. 10. Reference Manager vs. EndNote<br />A vos tests!<br />Tableau comparatif : http://wiki.bium.ch/doku.php?id=aides:comparatif_rm_en<br />
  11. 11. Panorama des nouveaux logiciels<br />Open source / propriétaires<br />Payants / gratuits<br />En ligne / sur le disque dur<br />Intégrés avec le navigateur / avec le traitement de texte<br />Orientés gestion locale / orientés partage<br />Limités à la gestion des références / ouverts à la gestion des fichiers associés<br />Spécialisés sur l’importation directe / indirecte depuis les bases de données<br />Supportant un nombre de formats limités / illimités pour l’import et la mise en page<br />
  12. 12. Comparatifs : logiciels<br />ECLORE : http://eclore.veille.inist.fr<br />
  13. 13. Comparatifs : formats<br />Microformats : http://microformats.org/wiki/citation-formats<br />
  14. 14. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Zotero : http://www.zotero.org/<br />
  15. 15. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Zotero : http://www.zotero.org/<br />Extension FireFox<br />Importation des références<br />Archivage des pages <br />Synchronisation entre postes<br />Attachement de fichiers<br />Import/export RIS<br />Plugin Word<br />Grand choix de styles<br />Open Source<br />Evolue très bien<br />
  16. 16. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Mendeley : http://www.mendeley.com/<br />
  17. 17. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley<br />Mendeley : http://www.mendeley.com/<br />Logiciel indépendant<br />Importation des références par bookmarklet<br />Extraction des métadonnées du PDF et des références<br />Attachement de fichiers<br />Synchronisation entre postes y compris des fichiers attaché<br />Import/export RIS<br />Plugin Word<br />Petit choix de styles<br />Logiciel propiétaire<br />Statistiques des tendances de rechercher<br />
  18. 18. Nouveaux acteurs : Word, OpenOffice<br />Spécification : http://www.schemacentral.com/sc/ooxml/s-shared-bibliography.xsd.html<br />
  19. 19. Diffusion et partage des références<br />Outils de diffusion sur le web : <br />RefBase : http://www.refbase.net/<br />EndNote Web : http://www.endnoteweb.com<br />Wikindx : http://retourexpcafel.metawiki.com/Wikindex<br />Outils web de partage des références et de catalogage social<br />Connotea : http://www.connotea.org/<br />CiteUlike : http://www.citeulike.org/<br />2Collab : http://www.2collab.com/<br />Babelio : http://www.babelio.com/<br />Library Thing : http://www.librarything.fr/<br />Libfly : http://www.libfly.com/<br />
  20. 20. Métadonnées vs. Texte intégral<br />Formats pour tous les goûts et besoins :<br />MARC, MARCXML, FRBR, RDA<br />Dublin Core, ONIX, PRISM<br />RIS, BibTex<br />PubMedXML, Web of Science XML…<br />
  21. 21. Texte intégral + Métadonnées!<br />Cohabitation depuis longtemps dans les fichiers image, audio et vidéo (EXIF, ID3, etc.)<br />Généralisation aux PDF et e-books : XMP, Epub<br />
  22. 22. Les identificateurs <br />Les classiques : <br />ISBN : 10 / 13 (EAN)<br />La famille des revues :<br />ISSN : p-ISSN, e-ISSN, l-ISSNs,<br />Gerés par une instance garante : <br />DOI, URN<br />Permaliens : PURL<br />Databasecentric : ASIN, PMID, UT, REROID, SAPHIRID<br />Auteurs : Researcher-ID, Open-ID<br />Identificateurs vs. liens, les identificateurs comme ciment du web sémantique<br />
  23. 23. Citations -> liens -> Web semantique<br />Ontologies : http://bibliontology.com/<br />

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