1.
Mendeley : connaître et utiliser un logiciel de partage de références bibliographiques Urfist de Lyon 6 octobre 2011Alain Marois – Bibliothèque de lÉcole Centrale de Lyonalain.marois@ec-lyon.fr / www.twitter.com/amarois

2.
Plan● Les logiciels de gestion de référencesbibliographiques● Installation de Mendeley● Gérer sa bibliothèque de références● Citer en utilisant ses références● Partager, collaborer, gérer son identité numérique● Consulter ses références en situation de mobilité● Usages avancés

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Les logiciels de gestion de références bibliographiques...et Mendeley

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Trop de références bibliographiques © jorge cham, sur une idée originale de Valentin Vivier Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Gérer sa bibliographie ?● Sorganiser● Capitaliser● Privilégier le fond sur la forme● Partager des références● Commenter, annoter, collaborer ?● Découvrir de nouveaux travaux ? Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Beaucoup doutils dédiés Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Besoins classiques...et émergents Progressivement, les outils dévolues au travail bibliographique intègrent les possibilités découlant de lomniprésence du réseau pour répondre -ou devancer – les pratiques des chercheursLa dimension du partagenest pas nouvelle; cestun besoin qui remonteaux origines de lascience moderne. Leweb est né de ce besoin sur une idée originale de Martin Fenner Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley selon Mendeley http://www.mendeley.com/compare-mendeley/ Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Penser à vos arrières... Sassurer de pouvoir passer à un autre outil (fonction dexport, formats, etc..) sans trop de pertesVeiller, suivre lactualité desoutils/services utilisés pouranticiper Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley ?● Logiciel à installer (« desktop »)+ service en ligne (http://www.mendeley.com)● Windows + Mac + Linux + (iOS, Androïd)● Modèle de Last.fm (partage de musique)● Version 1.0 depuis juillet 2011!● gratuit, mais...●...business model en évolution, mais...●... « what is free now will remain free »● Société basée à Londres Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley : contexteMendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley : contexte ? Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley : contexte ?!

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Mendeley : social Ref. Manag. Mendeley, gestion de référence 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-SA 2011

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« What’s relevant to me….right now ? » Hoyt, 2009 text-based recommendations - ontologies based recommendations - cross-disciplinary text-mining analysis - real-time knowledge - + - citations = links between « What we are missing is the publications (« Google») long-tail of relevance ». - collaborative filtering (« Amazon») + - informal chatting with colleagues « Aligning textual elements - journal clubs from articles from different - conferences subject area » - seminars - daily/weekly literature review - specialty blogs Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley et vos données Vos données restent les votresMendeley est une société basée àLondres. Elle sengage pourtant àtraiter les données personnelles enconformité avec le Safe Harbor http://www.mendeley.com/privacy/ Mendeley, gestion de référence 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-SA 2011

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Rendez-vous sur Mendeley.comet créez un compte

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Installation de Mendeley

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Téléchargement : option 1Par défaut, téléchargement suite à linitialisation dun compteMendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Téléchargement : option 2 Il est aussi possible de télécharger loutil sans créer de compte à priori Mendeley est disponible sur de nombreuses plateformesMendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Installation : les plugins MS Word et OpenOffice Les plugins MS Word ou Ooo permettent linsertion aisée de citations durant la rédaction dun texte. A installer depuis le desktop Compatibilité OpenOfficeCompatibilité word2003 – 2007 - 2010 Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Vue densemble de linterface « desktop » Barre doutils Moteur de rechercheCollections, corbeille Liste des références Filtres (auteurs, journaux, tag, mots clés auteur Détails, tags, liens, annotations, Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Vue densemble de linterface « web »Tableau de bord (newsfeed) Messages et notificationsBibliothèque de référencesCatalogue général Compte, réglages deGroupes confidentialitéRéseau et contacts Recherche dans MendeleyOutils et actionsCollections (arborescence) Recherche dans sa bibliothèqueGroupes Références, éditables Envoie de documentFiltres (revues, auteurs,etc.) par email Tags des références de votre bibliothèque Tags des références de vos groupes

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Créer sa bibliothèque de références

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Ajouter des références : via Mendeley Desktop Différentes stratégies : ● Ajout dun document ou dun répertoire de documents ● « Watch a folder », pour limport automatique de PDF ● Ajout de références au format EndNote, BibTeX, RIS, etc. Ajout par « glisser-déposer » de fichiers PDF, dossier contenant plusieurs fichiers,... ...et Mendeley extraira les descriptions du document PDF automatiquement Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Ajouter des références : utiliser limport web1 Un simple lien placé dans la barre dadresse permet dimporter directement des résultats de recherche à partir des sites compatibles 2 Choisir les références dans la fenêtre dédiée, annoter, ajouter des tag Remarque : les PDF des articles ne seront pas téléchargés Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Import web : installation et compatibilité http://www.mendeley.com/importCompatible avec Firefox, Chrome, Safari, Internet Explorer... Les principales sources dinformation scientifique Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Synchronisation de sa bibliothèque de références Synchronisez votre bibliothèque Mendeley Dekstop avec votre compte en ligne Gestion et édition en ligne de vos références Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Si vous disposez dun lot de fichiers PDF1 Indiquez le dossier à importer contenant les PDF 3 Mendeley va chercher les informations décrivant les documents dans les bases de données 2 dinformation scientifique Limportation se déroule automatiquement et les références correspondant aux documents PDF apparaissent Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Depuis un autre logiciel : laissez vous guider Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Si vous venez de EndNote (ou dailleurs)1 Sélectionner les références à exporterExporter en Xml, ou .txt avec le style RefMan(RIS) 2 Dans Mendeley, choisir le format dimport RIS ou EndNote Xml suivant le format dexport EndNote De la même manière, Mendeley peut importer des listes de références aux formats BibTeX, Zotero.sqlite, OVID,... Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Si vous utilisez Zotero 1 Activez lintégration avec Zotero 2Ouvrez la fenêtre des options Mendeley lit la base Zotero et importe les références + fichiers A noter : - pas de vraie synchro (que de Zotero vers Mendeley) - si réf. Zotero dans plusieurs dossiers => doublons dans Mendeley - sur le web, dossiers « Zotero -... » Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Gérer sa bibliothèque de références

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Des fonctions de gestion simples et utiles Collection créées par défaut : ●Toutes les références ●Ajouts récents Triez rapidement vos listes en ●Mes favoris cliquant sur les en-têtes de colonne ●Références à vérifier ●Mes publications ●Publications non classées Affichez le PDF attaché à la référence pour lectureCréez vos propres collections Les références peuvent être marquées comme « à lire », « lues », « favorites » Filtrez vos listes de références Désambiguïsez (par glisser- déposer) Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Recherche : incrémentielle et suggestion Recherche dans les références et les PDF de toutes les collections Suggestion de termes au court de la frappeMise à jour de la liste de Mise en contexte et surlignagerésultat au cour de la frappe des termes recherchés Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Utilisation avancée du moteur de recherche champs:terme à rechercher Champs disponibles : ● author, by, contributor, name ● keyword ● publication ● tag ● Title Opérateurs booléens : ● AND (défaut) ● OR ● « - » (= NOT)http://www.mendeley.com/faq/#advanced-searchExemples :● author:harnad title:« open access »● keyword:Bacteria publication:nature● tag:tools notes: « à relire » Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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PDF : lecteur intégré + et recherche de mots-clés Outils dexploitation avancée : notes, surlignage manuel, lecture plein écran, etc. Ouverture des PDF dans des onglet dédiés Surbrillance du terme recherché dans le PDF Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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PDF : surlignez et annotez vos documents Notes générales (à rechercher via « notes: »)Annotation (avec auteur et date) Listes des annotations avec leurs liens pour une navigation aisée, leur auteur, leur date Passage surligné manuellement Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Classez et renommez automatiquement vos fichiers Tools > Option > File Organizer Loutil de gestion des fichiers et ses options Classement et nommage paramétrables Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Vos fichiers (pdf, etc), restent organisés sur votre PC PDF (et autres fichiers) joints renommés Fichiers organisés automatiquement en arborescence selon les critères choisis Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Prenez soin de vos métadonnées : homogénéisation des noms de journaux, auteurs, tag, etc. 2 Mendeley modifie automatiquement les références en conséquence1 Les entrées dindex peuvent être glissées-déposées les unes sur les autres pour homogénéiser leurs valeurs Passage surligné manuellement Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Prenez soin de vos métadonnées : « needs review » et « find duplicates » Validez ou non les détails des références Assistant de dédoublage Gestion des conflits : chaque champ peut être édité ou choisi pour la fusion Toutes les réf. Non validées sont regroupées dans le répertoire « Needs reviews » Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Citer en utilisant ses références

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Citer dans MS Word et OpenOffice 1/2 Cliquer sur « Insert Citation dans la barre doutil Mendeley de Word 2 Chercher la citation à insérer dans lassistant qui souvre 1 et valider., ou... 3Placer son curseur à lemplacement delappel de citation dans votre texte 3 ...cliquer sur « Go To Mendeley »... Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Citer dans MS Word et OpenOffice 2/2 ...et, depuis Mendeley Descktop, sélectionner une citation puis cliquer sur « Send Citation to Word ». 4 4 5 Lappel de citation est intégré au format choisi à lemplacement du curseur Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Éditer une bibliographie dans Word ou OpenOffice Choisir un style bibliographique 2 Cliquer sur « insert Bibliography » Vous pouvez changer le style : le document se met à jour. Finaliser son texte avec Si des références sont modifiées tous les appels de citation dans Mendeley, cliquer sur « Refresh » pour mettre à jour 1Positionner son curseur à lendroitoù doit figurer la bibliographie 3 La bibliographie est générée automatiquement Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Produire une simple liste de références formatées Sélectionnez des références La liste est au format sélectionné 1 dans Mendeley (View > Citation Style > monstyle) 3 Déplacez les dans votre document (« drag & drop ») 2 Cela fonctionne aussi par copier-coller Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Un vaste choix de styles bibliographiques Ooo Writer : « Other citationsMS Word : « Style » from Mendeley » De très nombreux styles disponibles à installer Recherchez et sélectionnez un style Les mises à jour de styles vous sont indiquées Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Utiliser LaTeX / BibTeX : options de synchronisation de la bibliothèque de référencesTools > Options > BibTeX Prise en compte de caractères spéciaux Mise à jour automatique du fichier .bib Un ou plusieurs fichiers. On peut imaginer le mettre sur un dossier Clés BibTeX éditables si besoin partagé... référence par référence Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Partager, collaborer, sintégrer à une communauté en gérant son identité numérique

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Créer un groupe Gréer un groupe permet de partager des références, de diffuser une liste commune de références, de collaborer autour de ces références Créez un groupe depuis le Descktop ou en ligne; ajoutez une description, une photo, invitez des contacts, etc.Les groupes sont :- privés (échanges de pdf et annotations)- publics (ouverts ou sur invitation;uniquement des références)Chaque compte « free » peut créer 10groupes « private » maximum Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Suivre lactivité dun groupe« Whats on your mind ? » Activés du groupe (commentaires, « likes », ajout de référence Membres du groupe, ajouter, inviter, donner Références du groupe (+ des droits (si vous êtes fichiers si groupe privé) créateur du groupe) Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Partager des références au sein dun groupe Déposer des références Chaque compte « free » dispose dun par glisser-déposer dans espace de 500 Mo pour ses vos groupes références + 500 Mo pour ses groupes. Le créateur/propriétaire dun groupe réserve donc une partie de ses 500 Mo aux références que Plus simplement : si vous créez 4 chaque autre membre du groupe y groupes privés, tous les pdf déposés place dans ces 4 groupes par vous et leurs membres ne doivent pas dépasser au total 500 Mo Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Travailler collaborativement autour des références Vous pouvez décidez de synchroniser ou non les pdf des références groupe à groupe Déposer des références par glisser-déposer dans vos groupes Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Annoter, surligner un pdf, puis exporter un rapport Chaque membre dun groupe peut annoter les pdf du groupe; les annotations sont tracées 1 3 2 Lexport du pdf + annotations de lensemble du groupe est possible Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley : un réseau social pour les chercheurs ? “ We define social network sites as web- based services that allow individuals to (1) construct a public or semi-public profile within a bounded system, (2) articulate a list of other users with whom they share a connection, and (3) view and traverse their list of connections and those made by others within the system. ” Boyd, D.M., et N.B. Ellison. Social network sites: Definition, history, and scholarship. Journal of Computer-Mediated Communication 13, 2007, 210-230. Available from world wide web: <http://jcmc.indiana.edu/vol13/issue1/boyd.ellison.html>. Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Compléter son profil et sa liste de publications : lidentité numérique du chercheur Statistiques sur ceListe des publications du chercheurchercheur, mise à jour via unecollection Mendeley Contacts du chercheur Groupes du chercheur CV du chercheur Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Networking sous Mendeley : messages et notifications Comme tout réseau social, Mendeley web intègre un système de notifications permettant de suivre les interactions des autres membres avec votre compte (commentaires, dépôt de références dans un groupe commun, etc) Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Réseau social <= paramétrages Lexposition de chaque bloc dinformation personnelle est paramétrable - Tout le monde (public) - Mes contacts - Seulement moiLes notifications (envoie de mail oudans Mendeley) sont paramétrables.Chaque groupe peut recevoir desréglage sspécifiques Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Valoriser son travail bibliographique Promouvoir son expertise Un assistant permet de générer un widget (code) ou un badge (image) à insérer dans votre site web ou dans une signature de mail par exemple Inclure un bouton vers son profil dans sa signature de courriel ou Widget : créez par simple copier- sur son blog de chercheur coller du code une liste de publication mise à jour automatiquement Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011 Alain Marois - 27/04/2010

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Trouver de laidehttp://www.mendeley.com/getting-started/ Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Participer, suivre lévolutionSuggérez Suivre les mises à jourVotezEtatCommentez Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley : une communauté dynamique Avril 2010 Sept. 2011 Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mobilité : vos références biblio dans la poche ?

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Vos références sur iOS : iPad, iPod, iPhone Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Vos références sur android 1/2 http://www.mendeley.com/blog/tipstricks/android-on-mendeley-an-app-guide/ Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Vos références sur android 2/2 Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Usages avancés : styles bibliographiques, abréviations, API, OpenURL

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Abréviations des titres de revues 1 2 Créez un fichier default.txt structuré : Titre complet TAB Titre abbré Exemple de fichier : http://tinyurl.com/6x256d7Créez un dossier journalAbbreviationsdans le répertoire local (le cheminpeut varier selon lOS) 3 Si le style bibliographique spécifie la forme « short » pour « container- title », les abréviations seront utilisées (ici, exemple avec Vancouver.csl) Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Création de styles, adaptations Mendeley dispose de nombreux styles disponibles. Il respectent le format CSL 1.0 (Citation Style Language) Nombre de ces styles ont été adpatés du répertoire de styles de Zotero.org Tout style est éditable en respectant le standard CSL, avec un simple éditeur de textehttp://www.mendeley.com/citationstyles/ Tous les fichiers CSL des styles installés sont dans le dossier citationStyles-1.0 - dans Local Settings pour les nouveaux styles installés (Windows XP) - dans Program Files pour les styles par défaut (Windows XP) Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley et Open URL Accédez directement au texte intégral des articles de revues auxquelles votre bibliothèque est abonnée, à partir du catalogue de Mendeleyhttps://www.mendeley.com/account/import/ Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley Open APIMendeley permet lutilisation dunepartie des données bibliographiquesgénérées par les utilisateurs via une API(Application Programming Interface) Cela permet la création dapplication tierces basées sur Mendeley et étendant ses fonctionnalités « The Mendeley API opens up a database of over 70 million research papers, usage statistics, reader demographics, social tags, and related research recommendations. » http://dev.mendeley.com/ Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Mendeley Open API : un exemple dapplication Un outil danalyse bibliométrique basé sur lAPI de Mendeley http://readermeter.org/ « ReaderMeter is a proof-of-concept application showcasing the potential of readership data obtained from reference management tools. » Dario Taraborelli, 2010 Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Partage avec dautres services en ligneLes utilisateurs de twitter peuventdisséminer automatiquement leuractivité depuis Mendeley Les utilisateurs de CiteUlike peuvent continuer à utiliser le bookmarklet de CiteUlike et synchroniser (sens unique) leurs références avec Mendeley Mendeley, gestion de références 2.0 – Urfist Lyon – amarois CC-BY-NC-SA 2011

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Questions ? Alain Marois 04.72.18.64.50 alain.marois@ec-lyon.fr

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Ressources !● Hull, Duncan, Defrosting the Digital Library: A survey of bibliographic tools for the next generation web. [cité 20 Avril 2010]. Disponible surle world wide web :<http://www.slideshare.net/dullhunk/defrosting-the-digital-library-a-survey-of-bibliographic-tools-for-the-next-generation-web>.Hull, Duncan, Steve R Pettifer, et Douglas B Kell. Defrosting the Digital Library: Bibliographic Tools for the Next Generation Web. PLoS●Comput Biol 4, Octobre 2008, e1000204+. Disponible sur le world wide web : <http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000204>● Mendeley Teaching Presentation [cité 20 Avril 2010]. Disponible sur le world wide web :<http://www.slideshare.net/luiszz11/mendeley-teaching-presentation>● Reiswig, Jennifer. Mendeley. 98, Avril 2010, 193-194. PubMed Central Link. [cité 31 Mai 2010]. Disponible sur le world wide web :<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2859264/>● Readwriteweb, Curt Hopkins Of. Mendeley Throws Open the Doors to Academic Data. The New York Times Avril 2010. [cité 31 Mai 2010].Disponible sur le world wide web :<http://www.nytimes.com/external/readwriteweb/2010/04/29/29readwriteweb-mendeley-throws-open-the-doors-to-academic-43750.html>● Henning, Victor, et Jan Reichelt. Mendeley - A Last.fm For Research? Dans eScience, IEEE International Conference on, Vol. 0 of, 327-328, [Los Alamitos, CA, USA]: IEEE Computer Society, 2008● H. Zaugg, R. E. West, I. Tateishi, D. L. Randall, and Holt Zaugg, “Mendeley: Creating Communities of Scholarly Inquiry Through ResearchCollaboration,” TechTrends, vol. 55, no. 1, pp. 32-36, Jan. 2011.<10.1007/s11528-011-0467-y>● Hoyt J. « What is relevant to my research right now? | Mendeley Blog ». In : Mendeley Blog [En ligne]. [s.l.] : [s.n.], 2009. Disponible sur leworld wide web : < http://www.mendeley.com/blog/design-research-tools/what%E2%80%99s-relevant-to-me-right-now/ > (consulté le 4octobre, 2011)