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Zuleika M. Corales Tirado Krizia D í az Carrillo Dr. Carlos Ríos USDA
<ul><li>Desarrollar bibliotecas metagen ó micas de bajo peso molecular. </li></ul>
<ul><li>Combinando la biologia molecular, genética, y el reconicimiento de que la mayoría de los microorganismos en el amb...
<ul><li>Solamente de 0.1%-10% de los microorganismos de suelo pueden ser cultivados bajo condiciones convencionales de lab...
<ul><li>Muestreo en bosque. </li></ul><ul><li>Extracción directa de DNAg. </li></ul><ul><li>Digestión con enzima Pst1. </l...
Extracción de DNA Muestra #1 Muestra # 2 Extracción Cantidad suelo (g) Observaciones #1 0.25 No se observó banda de DNA #2...
<ul><li>Extracción de DNA </li></ul><ul><li>Muestra #3 </li></ul>Extracción Cantidad de suelo (g) Observaciones #1 .25  Ba...
<ul><li>Determinación óptimo unidades de enzima </li></ul><ul><li>Muestra #2 </li></ul>Muestra #3  Digestión Unidades de e...
Muestra 2 λ   S1A1
 
KS1A1  λ   ZSIA1 9-6 kb 6-4 kb Muestra 2  {Digestion 50 µl}
 
λ   3  4  vector Muestra 3 y 4 Vector
λ   C1 C2  E1  E2  E3
9-6 kb 6-4 kb Muestra 3 λ   3
 
<ul><li>Concluir las bibliotecas metagenómicas de bajo peso molecular. </li></ul><ul><li>Monitorear resistencia a antibiót...
<ul><li>  </li></ul><ul><li>Rondom, M., et al. 2000. Cloning the Soil Metagenome: a Strategy for Accessing the Genetic and...
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Construcción de Bibliotecas Metagenómicas de Bajo Peso Molecular de Bosques en Puerto Rico!!!

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Construcción de Bibliotecas Metagenómicas de Bajo Peso Molecular de Bosques en Puerto Rico!!!

  1. 1. Zuleika M. Corales Tirado Krizia D í az Carrillo Dr. Carlos Ríos USDA
  2. 2. <ul><li>Desarrollar bibliotecas metagen ó micas de bajo peso molecular. </li></ul>
  3. 3. <ul><li>Combinando la biologia molecular, genética, y el reconicimiento de que la mayoría de los microorganismos en el ambiente no pueden ser cultivados utilizando métodos tradicionales, surge la metagenómica. </li></ul><ul><li>Metagen ó mica es el estudio del material genetico que se aisla directamente de muestras ambientales, en nuestro caso de bosques. </li></ul>
  4. 4. <ul><li>Solamente de 0.1%-10% de los microorganismos de suelo pueden ser cultivados bajo condiciones convencionales de laboratorio, lo que indica que microorganismos cultivables proveen muy poca información de la diversidad microbiana en los suelos. </li></ul><ul><li>La metagenómica provee las herramientas para encontrar bioprospectos no cultivables. </li></ul>
  5. 5. <ul><li>Muestreo en bosque. </li></ul><ul><li>Extracción directa de DNAg. </li></ul><ul><li>Digestión con enzima Pst1. </li></ul><ul><li>Digestión de 50μl utilizando el óptimo de unidades de enzimas previamente determinadas. </li></ul><ul><li>Gene clean del DNA digerido. </li></ul><ul><li>Ligación de DNA con el vector. </li></ul><ul><li>Transformacón con células competentes, E.coli. </li></ul><ul><li>Crecimiento de células en platos de nutrient agar y tetraciclina. </li></ul>
  6. 6. Extracción de DNA Muestra #1 Muestra # 2 Extracción Cantidad suelo (g) Observaciones #1 0.25 No se observó banda de DNA #2 0.25 NO se observó banda de DNA Extracción Cantidad suelo (g) Observaciones #1 0.25 Banda DNA #2 0.50 No DNA #3 0.50 Banda DNA #4 0.50 Banda DNA
  7. 7. <ul><li>Extracción de DNA </li></ul><ul><li>Muestra #3 </li></ul>Extracción Cantidad de suelo (g) Observaciones #1 .25 Banda de DNA
  8. 8. <ul><li>Determinación óptimo unidades de enzima </li></ul><ul><li>Muestra #2 </li></ul>Muestra #3 Digestión Unidades de enzimas (u/μl) Observaciones #1 1,5,10 DNA muy fragmentado #2 1,5,10 DNA muy fragmentado #3 1,5,10 Banda muestra óptimo de unidades Digestión Unidades de enzimas (u/μl) Observaciones #1 1,5,10 Banda muestra óptimo de unidades
  9. 9. Muestra 2 λ S1A1
  10. 11. KS1A1 λ ZSIA1 9-6 kb 6-4 kb Muestra 2 {Digestion 50 µl}
  11. 13. λ 3 4 vector Muestra 3 y 4 Vector
  12. 14. λ C1 C2 E1 E2 E3
  13. 15. 9-6 kb 6-4 kb Muestra 3 λ 3
  14. 17. <ul><li>Concluir las bibliotecas metagenómicas de bajo peso molecular. </li></ul><ul><li>Monitorear resistencia a antibióticos una vez terminada la biblioteca. </li></ul><ul><li>Monitorear actividad de hidrocarburos de cadena corta. </li></ul><ul><li>Realizar bibliotecas metagenomicas de alto peso molecular. </li></ul>
  15. 18. <ul><li>  </li></ul><ul><li>Rondom, M., et al. 2000. Cloning the Soil Metagenome: a Strategy for Accessing the Genetic and Functional Diversity of Uncultured Microorganisms. Applied and Environmental Microbiology, June 2000. p. 2541–2547 Vol. 66, No. 6 . </li></ul><ul><li>  </li></ul><ul><li>Patrick D Schloss and Jo Handelsman. 2005. Metagenomics for studying unculturable microorganisms: cutting the Gordian knot. GenomeBiology 2005. 6:229 </li></ul><ul><li>  </li></ul><ul><li>Jo Handelsman. 2005. Metagenomics or Megagenomics?. Nature Publishing Group. JUNE 2005 .VOLUME 3. </li></ul><ul><li>  </li></ul><ul><li>Daniel R. 2005. The metagenomics of soil. Nature Revies Microbiology. 2005 Jun;3(6):470-8. </li></ul>

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