ÜNÜ
2209/A
ÜNİVERSİTE ÖĞRENCİLERİ YURT İÇİ ARAŞTIRMA PROJELERİ
DESTEK PROGRAMI
SONUÇ RAPORU
PROJE BAŞLIĞI: SCHIZOSACCHAROM...
GENEL BİLGİLER
PROJENİN KONUSU
MANYETİK ALAN ALTINA KONULAN
SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE'NİN
MANYETİK STRESTEN ETKİLENMESİNİN...
2. Rapor dönemlerinde yapılan çalışmalar
1. Dönem
Dönem içinde yapılan çalışmada kullanılan materyal ve yöntem hakkında bi...
Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen veriler
a) Anilin
Anilin'in (C6H5-NH2) geometrik yapısı Şekil 1'de verilmi...
i) 0 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için
elde edilen yük dağılımları.
Şekil ...
ii) 5 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için
elde edilen yük dağılımları.
Şekil...
iii) 10 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için
elde edilen yük dağılımları.
Şek...
b) Klorobenzen
Klorobenzenin (C6H5-Cl) geometrik yapısı Şekil 11'de verilmiştir. Verileri, Protein Data
Bank'tan alınan mo...
i) 0 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında,
Klorobenzen için elde edilen yük dağılımları.
...
ii) 5 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında,
Klorobenzen için elde edilen yük dağılımları....
iii) 10 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında,
Klorobenzen için elde edilen yük dağılımlar...
c) Etilbenzen
Etilbenzen (C6H5-C2H5) geometrik yapısı Şekil 21'de verilmiştir. Verileri, Protein Data
Bank'tan alınan mole...
i) 0 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Etilbenzen
için elde edilen yük dağılımları.
Ş...
ii) 5 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Etilbenzen
için elde edilen yük dağılımları.
...
iii) 10 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında,
Etilbenzen için elde edilen yük dağılımları...
Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen verilerin yorumlanması
Schizosaccharomyces pombe'nin manyetik alan altında...
Şekil 31'de görülen düzenekte kırmızı bölgelere neodyum mıknatısları üst üste konarak
aşağıdan yukarıya doğru düzgün bir m...
Şekil 32 ve Şekil 33'de görüldüğü gibi yapılan düzeneğin üst ve alt bölgelerine neodyum
mıknatısları yerleştirilip arada k...
d) S.pombe hücrelerinin manyetik alan altına bırakılması
Logaritmik evrenin ortasındaki kültürden 5ml alınarak, steril pet...
Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen veriler
Yukarıda anlatılan yöntemler ile yapılan deneylerde 0,2,4,6,8 saat...
Şekil 36. Manyetik alana yatay eksende maruz kalmış hücrelerin üreme grafiği. (X ekseni)
Şekil 37. Manyetik alana dikey ek...
Şekil 38.Manyetik alana maruz bırakılan hücrelerin kontrol gurubu ile karşılaştırmalı üreme grafiği.
Üreme eğrileri yukarı...
Manyetik alan
altında kalma
süresi
Kontrol grubu Yatay eksen (y) Dikey eksen (z)
eni
(µm)
boyu
(µm)
eni
(µm)
boy
(µm)
en
(...
Şekil 41. 2 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan
hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni)
Şekil 42. 2 Saat dikey eksende...
Şekil 43. 4 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz
kalan hücrelerin görüntüsü. ( Y ekseni)
Şekil 44. 4 Saat dikey eksend...
Şekil 45. 6 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz
kalan hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni)
Şekil 46. 6 Saat dikey eksende...
Şekil 47. 8 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan
hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni)
Şekil 48. 8 Saat dikey eksende...
3. Sonuç:
Nümerik çalışmalarda; anilin, klorobenzen ve etilbenzen gibi moleküller için manyetik
alan yokken (0T) elde edil...
6. Çalışma esnasında başvurulan kaynaklar
[1] Moreno, S., Klar, A. and Nurse, P.(1991). Molecular genetic analysis of the
...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE'NİN YÜKSEK MANYETİK ALAN ALTINDA MORFOLOJİSİNİN, CANLILIGININ İNCELENMESİ VE ÜREME EĞRİSİNİN ÇIKARILMASI

49 views

Published on

Studying of Schizosaccharomyces Pombe's Breeding on High Magnetic Fields and Observation of Morphology.

Published in: Science
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
49
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
1
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE'NİN YÜKSEK MANYETİK ALAN ALTINDA MORFOLOJİSİNİN, CANLILIGININ İNCELENMESİ VE ÜREME EĞRİSİNİN ÇIKARILMASI

  1. 1. ÜNÜ 2209/A ÜNİVERSİTE ÖĞRENCİLERİ YURT İÇİ ARAŞTIRMA PROJELERİ DESTEK PROGRAMI SONUÇ RAPORU PROJE BAŞLIĞI: SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE'NİN YÜKSEK MANYETİK ALAN ALTINDA MORFOLOJİSİNİN, CANLILIGININ İNCELENMESİ VE ÜREME EGRİSİNİN ÇIKARILMASI PROJE YÜRÜTÜCÜSÜNÜN ADI: YASİN POLAT DANIŞMANININ ADI: DOÇ.DR. BEDİA GEMİCİ PALABIYIK
  2. 2. GENEL BİLGİLER PROJENİN KONUSU MANYETİK ALAN ALTINA KONULAN SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE'NİN MANYETİK STRESTEN ETKİLENMESİNİN ARAŞTIRIMASI PROJE YÜRÜTÜCÜSÜNÜN ADI YASİN POLAT DANIŞMANIN ADI DOÇ.DR. BEDİA GEMİCİ PALABIYIK PROJE BAŞLANGIÇ VE BİTİŞ TARİHLERİ 1/09/2013 - 30/05/2014 1. Giriş Schizosaccharomyces pombe üzerine hem deneysel hem de teorik olarak bir çok çalışma yapılmaktadır. Tek hücreli ve basit yapılı ökaryotik mikroorganizmalardan biri olması araştırmacıların ilgisini çekmektedir. Özellikle organizmanın üretimi ve saklama koşulları, hücre morfolojisinin incelenmesi, stres koşullarında canlılığın belirlenmesi, strese karşı duyarlılığın analizi ve organizmanın üremesi ile ilgili birçok çalışma yapılmıştır[1,2]. Biz de bu projede manyetik alana maruz bırakılan organizmanın morfolojisini, canlılığını inceleyerek, üreme eğrisinin nasıl olduğu konusunda çalışma yaptık. Morfolojik yapısındaki değişim ışık mikroskobunda incelendi. Fotoğraflar çekilerek, hücre uzunlukları ölçüldü. Manyetik strese maruz bırakılan hücrelerin üremeleri, koloni sayma yöntemi ile tespit edildi. Aynı zamanda nümerik yöntemler ile canlıların temel bileşenlerinde bulunan Karbon (C) atomunun farklı atomlarla oluşturduğu moleküller, yüksek manyetik alan altında incelenerek yük dağılımlarındaki değişim incelendi. İlgili moleküller organizmamızın içerisinde bulunup, kuantum mekaniksel olarak Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (Density Function Theory) kapsamında Linux işletim sisteminde çalışan Octopus Simülasyon Programında incelendi. Manyetik alana maruz bırakılan moleküllerin yük dağılımındaki değişim grafikler ile gösterildi.
  3. 3. 2. Rapor dönemlerinde yapılan çalışmalar 1. Dönem Dönem içinde yapılan çalışmada kullanılan materyal ve yöntem hakkında bilgi Deneysel çalışmalarda gerekli olan fiziksel şartlar, moleküler dinamik ve kuantum mekaniksel çok parçacık etkileşmelerini içeren yoğunluk fonksiyonel teorisi kapsamında ele alınarak simülasyon yöntemleri ile belirlenecektir. Moleküler dinamik, çok parçacıklı sistemlerin klasik mekaniğidir. Klasik etkileşimleri ele alarak, bilgisayar üzerinde hesaplamalar yaptıktan sonra sistemin mikroskobik veya makroskobik yapısı hakkında bilgiler sağlar [3]. Klasik moleküler dinamik yöntemi, sabit hacimli (V), sabit parçacık sayılı (N) ve sabit enerjili sistemlere uygulanmaktadır. Bu yöntem; kübik bir hesaplama hücresi içerisine yerleştirilen atomların birbirleri üzerindeki kuvvetleri, potansiyel enerji fonksiyonları yardımıyla hesaplayarak, sistemin hareket denklemlerini sayısal olarak çözmekten ibarettir [4, 5]. Bununla birlikte moleküler dinamik yöntemi, 1981 yılında Parrinello ve Rahman tarafından sistemin hacim ve şekilce değişimi dikkate alınarak geliştirilmiştir [6]. Yoğunluk fonksiyonel teorisi (dft), son zamanlarda atomların, moleküllerin ve katıların elektronik yapısını kuantum mekaniksel olarak hesaplamak için kullanılan en başarılı ve aynı zamanda en güvenilir yaklaşımlardan biridir. Taban durumu özelliklerini tanımlamak için temel değişken olarak çok elektron dalga fonksiyonu yerine elektron yoğunluğu ele alınır [7]. Yoğunluk fonksiyonel teorisinin temeli, 1927 yılında Thomas ve Fermi tarafından yapılan çalışmaları temel alan Hohenberg-Kohn (1964) teoremleri [8] ve onun devamı olan Kohn-Sham (1965) teoremlerine [9] dayanmaktadır. Bu çalışma dönemi içerisinde, canlı organizmaların içeriğinde bulunan küçük moleküller (anilin,klorobenzen,etilbenzen) ele alınarak yukarıda tanımlanan nümerik yöntemler ile yüksek manyetik alanın canlı organizmalar üzerine ne gibi etkiler doğuracağı anlaşılmaya çalışılmıştır ve elde edilen sonuçlar yük dağılımındaki değişim olarak aşağıda verilmiştir.
  4. 4. Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen veriler a) Anilin Anilin'in (C6H5-NH2) geometrik yapısı Şekil 1'de verilmiştir. Verileri, Protein Data Bank'tan alınan, molekülün geometrik optimizasyonu(minimum enerji durumu) yapılarak yeni elde edilen koordinatlar ile parçacıkların kuantum mekaniksel etkileşmeleri(Density Function Theory ,dft) göz önüne alınarak 0T, 5T ve 10T manyetik alan altında yük dağılımı incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar ise aşağıda mevcuttur. Şekil 1. Anilinin yapısı
  5. 5. i) 0 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için elde edilen yük dağılımları. Şekil 2. Anilinin yük dağılım grafiği. (0T-dft) Şekil 3. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (0T-dft) Şekil 4. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (0T-dft)
  6. 6. ii) 5 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için elde edilen yük dağılımları. Şekil 5. Anilinin yük dağılım grafiği. (5T-dft) Şekil 6. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (5T-dft) Şekil 7. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (5T-dft)
  7. 7. iii) 10 Tesla manyetik alan altında,Density Function Theory (dft) kapsamında, Anilin için elde edilen yük dağılımları. Şekil 8. Anilinin yük dağılım grafiği. (10T-dft) Şekil 9. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (10T-dft) Şekil 10. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (10T-dft)
  8. 8. b) Klorobenzen Klorobenzenin (C6H5-Cl) geometrik yapısı Şekil 11'de verilmiştir. Verileri, Protein Data Bank'tan alınan molekülün geometrik optimizasyonu (minimum enerji durumu) yapılarak yeni elde edilen koordinatlar ile parçacıkların kuantum mekaniksel etkileşmeleri(Density Function Theory ,dft) göz önüne alınarak 0T, 5T ve 10T manyetik alan altında yük dağılımı incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar ise aşağıda mevcuttur. Şekil 11. Klorobenzenin yapısı.
  9. 9. i) 0 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Klorobenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 12. Klorobenzenin yük dağılım grafiği. (0T-dft) Şekil 13. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (0T-dft) Şekil 14. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (0T-dft)
  10. 10. ii) 5 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Klorobenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 15. Klorobenzenin yük dağılım grafiği. (5T-dft) Şekil 16. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (5T-dft) Şekil 17. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (5T-dft)
  11. 11. iii) 10 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Klorobenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 18. Klorobenzenin yük dağılım grafiği. (10T-dft) Şekil 19. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (10T-dft) Şekil 20. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (10T-dft)
  12. 12. c) Etilbenzen Etilbenzen (C6H5-C2H5) geometrik yapısı Şekil 21'de verilmiştir. Verileri, Protein Data Bank'tan alınan molekülün geometrik optimizasyonu(minimum enerji durumu) yapılarak yeni elde edilen koordinatlar ile parçacıkların kuantum mekaniksel etkileşmeleri(Density Function Theory ,dft) göz önüne alınarak 0T, 5T ve 10T manyetik alan altında yük dağılımı incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar ise aşağıda mevcuttur. Şekil 21. Etilbenzenin yapısı.
  13. 13. i) 0 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Etilbenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 22. Etilbenzenin yük dağılım grafiği. (0T-dft) Şekil 23. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (0T-dft) Şekil 24. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (0T-dft)
  14. 14. ii) 5 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Etilbenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 25. Etilbenzenin yük dağılım grafiği. (5T-dft) Şekil 26. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (5T-dft) Şekil 27. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (5T-dft)
  15. 15. iii) 10 Tesla manyetik alan altında, Density Function Theory (dft) kapsamında, Etilbenzen için elde edilen yük dağılımları. Şekil 28. Etilbenzenin yük dağılım grafiği. (10T-dft) Şekil 29. Yük dağılımının üstten görüntüsü. (10T-dft) Şekil 30. Yük dağılımının orta noktasından alınan kesiti. (10T-dft)
  16. 16. Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen verilerin yorumlanması Schizosaccharomyces pombe'nin manyetik alan altında davranışının anlaşılabilmesi için içeriğinde bulunan ve çok daha küçük moleküller olan; anilin, klorobenzen ve Etilbenzen gibi bileşenler nümerik metotlar yardımıyla, parçacıkların kuantum mekaniksel etkileşmelerinin hesaba katıldığı durumda, yük yoğunluklarının nasıl bir davranış göstereceği incelendi. Anilin, klorobenzen ve etilbenzen molekülleri için manyetik alan yokken (0T) elde edilen yük yoğunluklarının, manyetik alan varken (5T ve 10T) elde edilen yük yoğunlularından farklı olduğu ortaya çıktı. Bu durum moleküllerin manyetik alan altında değişim göstereceğini ve aynı zamanda Schizosaccharomyces pombe'nin de manyetik altında iken yük yoğunluğunun değişeceğini belirtmektedir. Deneysel çalışmalara başlanmadan önce uygun manyetik alan koşulları bu çalışma içerisinde belirlenmeye çalışılmış, bir sonraki hem deneysel hem de teorik çalışmalar için alt yapı oluşturmuştur. 2. Dönem Dönem içinde yapılan çalışmada kullanılan materyal ve yöntem hakkında bilgi a) Neodyum mıknatısları ile manyetik alanın oluşturulması Alınan 12 adet neodyum mıknatısı ile düzgün manyetik alan oluşturmak için Şekil 31'de görüldüğü gibi bir düzenek tasarlandı. Şekil 31. Düzgün manyetik alan oluşturmak için tasarlanan düzenek.
  17. 17. Şekil 31'de görülen düzenekte kırmızı bölgelere neodyum mıknatısları üst üste konarak aşağıdan yukarıya doğru düzgün bir manyetik alan oluşturulmuştur. Yapılan düzenekte kullanılan bütün parçalar manyetik alandan etkilenmeyecek şekilde özel olarak seçilerek işlenmiştir. Saf alüminyum levhalar ve pirinç gibi manyetik alana karşı duyarsız malzemeler kullanılmıştır. Şekil 32. Düzgün manyetik alan oluşturmak için yapılan düzenek ve mıknatıslar. Şekil 33. Düzgün manyetik alan oluşturmak için yapılan düzenek ve mıknatıslar.
  18. 18. Şekil 32 ve Şekil 33'de görüldüğü gibi yapılan düzeneğin üst ve alt bölgelerine neodyum mıknatısları yerleştirilip arada kalan alanda düzgün bir manyetik alan oluşturulmuştur. Bu alanın kenar bölgelerine konulan takozlar, manyetik kuvvet ile mıknatısların birbirine yapışmamasını sağlamıştır. Mıknatıslar ile oluşturduğumuz düzgün manyetik alan bölgesine, hücrelerimizi sterilize petri içinde koyarak, hücrelerimizi manyetik alan stresine maruz bıraktık. b) Hücre üretimi için besi yerlerinin hazırlanması Stoktan alınacak S.pompe hücrelerinin üremeleri için, "YEA" katı ve "YEL" sıvı olmak üzere besi yerleri, ilk olarak,hazırlandı. 500 ml YEL sıvı besi yeri hazırlamak için 2.5 gr Yeast Extract ve 15 gr Glukoz (toz halinde) karıştırılarak, üzerlerine 500 ml distile su eklendi. Manyetik bar ile karıştırılarak Extract ve Glukoz'un su içinde tamamen çözünmesi sağlandı. Hazırlanan besi yeri 1210 C 'da 1 atmosfer basınç altında 1.5 saat süre ile otoklavda bekletilerek sterilize edildi. Aynı işlemler 500 ml YEA katı besi yeri için tekrarlanırken ilk olarak hazırlanan toz karışıma, Extract ve Glukoz'un yanında 10 gram Agar ilave edildi. Otoklavda sterilize edilen YEA besi yeri soğumadan 20 adet steril plastik petrilere dökülerek katılaşması için bekletildi. c) S.pombe hücrelerinin üretimi Çalışmada kullanılacak olan S.pompe 972 h- ırkı -800 C 'da saklanan gliserin stoklardan 30µl alındı ve içinde 3 ml YEL besi ortamı bulunan tüp içerisine ekilerek çalkalayan etüvde iki gün boyunca üremeye bırakıldı. Aynı zamanda aynı şartlar altında ekim yapılmayan, içinde yel besi ortamı bulunan bir tüp de, kontrol olarak hazırlandı ve aynı çalkalayan etüve bırakıldı. Etüvde, YEL besi yerinde üreyen, S.pompe hücrelerinin, mililitresindeki hücre sayısını öğrenmek için sulandırma işlemi yapıldı. S.pompe kültüründen 100μl örnek, 900μl saf su ile karıştırılarak 1/10 oranında sulandırıldı. Daha sonra bu karışımdan 100μl alınarak Malassez lamı üzerinde mikroskopta hücreler sayıldı. Lam üzerindeki karelerde sayılan hücreler toplanıp, toplam sayılan kare sayısına bölünerek, ortalama hücre sayısı bulundu. 1ml'deki hücre sayısı aşağıdaki formül yardımıyla hesaplanır. hücre/ml = ortalama hücre sayısı x 105 x sulandırma oranı Hazırlanan kültürde ortalama hücre sayısı 25 olarak bulundu. 2.5x107 (hücre/ml) = 250 x 105 x (1/10) şeklinde bulunur. Özetle; YEA besi ortamının 1ml'sinde toplam 2.5x107 tane hücre bulunmaktadır. 40ml'lik bir kültür hazırlayacağız. 1 ml'de toplam 106 tane hücre olması gerekiyor. Bu durumda 40 ml'de toplam 4x107 tane hücre olmasını gerektirmektedir. Bu bilgiler ışığında 40ml sıvı besi yerine, 160 µl sıvı besi yerindeki S.pombe ekilerek kültür hazırlandı ve çalkalayan etüvde bir günlük üremeye bırakıldı.
  19. 19. d) S.pombe hücrelerinin manyetik alan altına bırakılması Logaritmik evrenin ortasındaki kültürden 5ml alınarak, steril petri içene aktarıldı ve iki adet yeni kültür hazırlandı. Hazırlanan kültürlerden birine, Şekil 34'de görüldüğü gibi, etüvün içine yerleştirilen neodyum mıknatıslarının arasına konularak -z yönünde(dikey) manyetik alan etki ettirilirken, diğer kültür ise mıknatısların yanına konularak -y yönünde(yatay) bir manyetik alana maruz bırakıldı. 0.8 Tesla manyetik alana maruz bırakılan kültürdeki hücrelerden her 2 saat'te bir örnek alınarak katı besi yerine ekim yapıldı. Toplanda 8 saat manyetik alan stresine maruz bırakılan kültürlerden 2,4,6,8' inci saatlerde alınan örnekler, kontrol grubu ile karşılaştırılarak üremelerine ve hücre morfolojilerine bakıldı. Şekil 34. Manyetik alan altındaki kültürler ve manyetik alanın yönelimi Alınan örnekler 104 oranında sulandırılarak yayma işlemi ile katı besi yerine ekildi. Ekim işleminden sonra hücreler üremeleri için iki gün boyunca kalmak üzere etüve bırakıldı. İki günün ardından koloni sayma yöntemi ile üremeleri incelendi. Mikroskop ile morfolojisi gözlemlendi. Zamana ve manyetik alanın yönelimine bağlı üremeleri ve morfolojik yapısı araştırıldı.
  20. 20. Dönem içinde yapılan çalışma sonucu elde edilen veriler Yukarıda anlatılan yöntemler ile yapılan deneylerde 0,2,4,6,8 saat süreleri için manyetik alana yatay ve dikey eksende maruz bırakılan S.pombe hücrelerinin ortalama üremeleri Tablo 1'de verilmiştir. Manyetik Alanda Kalma süresi Kontrol Grubu Y Ekseni (Yatay) Z ekseni (Dikey) 0 Saat 123 123 123 2 Saat 137 128 113 4 Saat 166 131 142 6 Saat 182 150 163 8 Saat 212 183 191 Tablo 1. Farklı sürelerde manyetik alan stresine maruz bırakılan S.pombe hücrelerinin, manyetik alanın etki ettiği yöne bağlı üremelerindeki ortalama değişim. Tablo 1'e bağlı grafikler aşağıdaki gibidir. Şekil 35. Manyetik alana hiç maruz kalmamış hücrelerin üreme grafiği. (Kontrol grubu)
  21. 21. Şekil 36. Manyetik alana yatay eksende maruz kalmış hücrelerin üreme grafiği. (X ekseni) Şekil 37. Manyetik alana dikey eksende maruz kalmış hücrelerin üreme grafiği. (Z ekseni)
  22. 22. Şekil 38.Manyetik alana maruz bırakılan hücrelerin kontrol gurubu ile karşılaştırmalı üreme grafiği. Üreme eğrileri yukarıda verilen S.pombe hücrelerinin, farklı sürelerde manyetik alan altında kalmaları ve manyetik alanın etki ettiği yöne bağlı hücrelerindeki morfolojik değişim ışık mikroskobunda incelenerek, hücrelerin eni ve boyu ölçüldü. Şekil 39. Mikroskopta yapılan ölçümlerden örnek bir görüntü
  23. 23. Manyetik alan altında kalma süresi Kontrol grubu Yatay eksen (y) Dikey eksen (z) eni (µm) boyu (µm) eni (µm) boy (µm) en (µm) boy (µm) 0 Saat 6.75 12.51 6.75 12.51 6.75 12.51 2 Saat 6.41 11.36 5.18 10.02 5.22 8.86 4 Saat 5.39 9.51 3.99 11.16 4.69 9.62 6 Saat 4.88 10.01 4.30 9.13 4.90 8.99 8 Saat 5.25 7.69 5.40 8.87 5.62 8.54 Tablo 2. Farklı sürelerde manyetik alan stresine maruz bırakılan S.pombe hücrelerinin, manyetik alanın etki ettiği yöne bağlı ortalama en ve boy ölçüleri. Mikroskopta incelenen S.pombe hücrelerinin fotoğrafları aşağıdaki gibidir. Şekil 40. Kontrol grubuna ait kültürlerden birinin fotoğrafı.
  24. 24. Şekil 41. 2 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni) Şekil 42. 2 Saat dikey eksende manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü.(Z ekseni)
  25. 25. Şekil 43. 4 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. ( Y ekseni) Şekil 44. 4 Saat dikey eksende manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (Z ekseni)
  26. 26. Şekil 45. 6 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni) Şekil 46. 6 Saat dikey eksende manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (X ekseni)
  27. 27. Şekil 47. 8 Saat yatay düzlemde manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (Y ekseni) Şekil 48. 8 Saat dikey eksende manyetik alana maruz kalan hücrelerin görüntüsü. (Z ekseni)
  28. 28. 3. Sonuç: Nümerik çalışmalarda; anilin, klorobenzen ve etilbenzen gibi moleküller için manyetik alan yokken (0T) elde edilen yük yoğunluklarının, manyetik alan varken (5T ve 10T) elde edilen yük yoğunlularından farklı olduğu ortaya çıktı. Bu durum moleküllerin manyetik alan altında değişim göstereceğini ve aynı zamanda Schizosaccharomyces pombe'nin de manyetik altında iken yük yoğunluğunun değişeceğini belirtmektedir. Deneysel çalışmalara başlamadan önce neodyum mıknatısları ile düzgün manyetik alan oluşturabileceğimiz bir sistem tasarlanıp, yapıldı. Deneysel çalışmalarda; S.pombe hücrelerinin manyetik alan altında kalma sürelerine bağlı ve manyetik alanın hücreye etki ettiği yöne bağlı üreme eğrileri, karşılaştırmalı bir şekilde grafik olarak çıkarıldı. Aynı zamanda hücre morfolojileri, çekilen mikro fotoğraflarla gözlemdi. Olympus marka, BX53 model Işık mikroskobunda hücrelerin eni ve boyu ölçülerek Tablo 2'deki veriler elde edildi. Schizosaccharomyces pombe'nin manyetik alan stresine verdiği cevap, morfoloji ve üreme parametrelerine bağlı olarak incelenmiş oldu. Farklı deney grupları için yapılan deneylerde manyetik alanın S.pombe hücrelerinin üremelerini teşvik ettiği görülse de, tam olarak nasıl etkilediği kesin olarak teyit edilememiştir. Üremenin artma ve azalma yönelimleri hakkında kesin sonuçlar bulmak için kontrollü deneylere devam edilmesi gerekmektedir. 4. Çıktılar İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi Fizik Bölümü, Poster Sunumu,30.05.2014 5. Proje ile ilgili harcama kalemleri hakkında ayrıntılı bilgi Projede kullanılan düzgün manyetik alanı oluşturmak için 12 adet 5cm çapında 1cm kalınlığında neodyum mıknatısı alındı. Bu mıknatıslar ile deney yapabilmek için tasarlanan düzeneğin yapımı için, alüminyum levha alımı yapıldı. Düzenekte mıknatısların birbirine manyetik kuvvet etkisi ile yapışmaması için kullanılan takozlar için alüminyum profil alınıp kesilerek işlendi. Hücreleri içine ekeceğimiz, ve deney yapacağımız steril plastik petri kapları alındı. Bu kaplar içinde katı besi yeri dökülüp, ekim yapılarak, üreme koloni sayma yöntemi ile tespit edildi. Sunum için kırtasiyeden poster ve doküman çıktısı alındı. Bunun dışında projede kullanılmak üzere kırtasiye sarf malzemesi (defter,kalem,çıktı,kağıt) alımı yapıldı.
  29. 29. 6. Çalışma esnasında başvurulan kaynaklar [1] Moreno, S., Klar, A. and Nurse, P.(1991). Molecular genetic analysis of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Meth. Enzymol. 194, 795-823. [2] Egel, R. (2004). The Molecular Biology of Schizosaccharomyces pombe: Genetics, Genomics and Beyond. Berlin: Springer. [3] Kazanç S., Bakır Bazlı Alaşımlarda Termoelastik Dönüşümlerin Moleküler Dinamik Benzetim, Doktora Tezi, Fırat Üniversitesi, Elazığ (2004). [4] Heermann D. W., Computer Simulation Methods in Theoretical Physics, Springer- Verlag, Berlin (1986). [5] Özgen S., Sayısal Hesaplama Yöntemlerinin Sekil Hatırlamalı Alaşımlarda Difüzyonsuz Faz Dönüşümlerine Uygulanması, Doktora Tezi, Fırat Üniversitesi, Elazığ (1997). [6] Parrinello M., Rahman A., Crystal Structure and Pair Potentials: A Molecular Dynamics Study, Physical Review Letters, 45, 1196-1199 (1980). [7] Gross E. K. U., Dreizler R. M., Density Functional Theory: An Approach to the Quantum Many-Body Problem, Springer Verlag Berlin Heidelberg Newyork, s: 302 (1990). [8] Hohenberg P., Kohn W., Inhomogeneous Electron Gas, Physical Reiew, 136, (3B): B864-B871 (1964). [9] Sham L. J., Kohn W., Self-consistent Equations Including Exchange Correlation Effects, Physical Review, 140, (4A) : A1133-A1138 (1965). PROJE YÜRÜTÜCÜSÜNÜN ADI – SOYADI - İMZA DANIŞMANIN ADI – SOYADI - İMZA YASİN POLAT DOÇ.DR.BEDİA GEMİCİ PALABIYIK Tarih : 27/06/2014

×