1. ゲノム変異部位の検出
Detection of genome variation sites
つくば遺伝子研究所
Tsukuba GeneTechnology Lab.
http://www.tsukuba-genetech.com/

2. ゲノム変異部位の検出方法は以下の論文に掲載されました。
Detection method for genome variations is published in the paper described below.

3. To examine the performance of our method, we compared the results of our method with those of
Samtools and GATK using a reference rice genome sequence and its artificially modified sequence,
which contained 54 single base exchanges and 108 structural changes (insertion, deletion, inversion, or
translocation) at various positions on the chromosomes
人工的に変異を入れた配列
結果:人工的に変異を入れた配
列(変異が既知)で調べた結果、
反復配列(Repetitive)領域では、
PEDは他の方法に比べて劣る。
しかし、遺伝子が存在する単一
配列(Unique)領域での、挿入／
欠失(SV)の検出率については、
他の方法を圧倒している。
従って、形質に関与する
Unique領域の変異解析には、
PEDが適していることが判る

4. 解析例１(Analysis example 1)

5. CRISPR/Cas9 によって作成されたAdrenomedullin2(ADM2)遺伝子欠失マウスのゲノムデータの解析
赤文字：欠損領域 ADM2遺伝子のPCRと従来型シークエンス解析により、タンパク質翻訳に関わるエキソン領域を含
む1,034塩基が欠失していることを確認
GAGACCACGACCTGACCCACAAGTTCCGTTGCGTGCTCTGGGAACTGCTAGCAGATCCCA 60
GCTTTGCCAGCTGTCTCCAGATCCTGAGACCTGTGCCCCGACAGACAACAGACGCAGGTA 120
CCAACCAATCTTCCCACATTCCGAGCGCCCGGGGGCAGAGAAGGGCTCCCCAACTGGTGG 180
GCAAAGAGGGTTGGCTCCAGGCCAGAGTGGCCCACCTCCTCCACCCCATTTGCTAGCTTC 240
ACTGCATTCTTGCTCCACAGCCCAGCCCGCCATGGCCCAGTTGCTGATGGTCACGGTAAC 300
CCTCGGTTGCATCAGCCTCCTCTACCTGCTCCCCGGCACGTTGTCTGGCAGCCTGGGCAA 360
GGGACTGAGGCACTCCAGACCCAGGTGAGTACAGGGTTGGACCGAACTCCTCAGGGGGAA 420
CCTAACTTTTCTAGAGTTCATCTCCCAGCTCAGGGGCCACCCTCCACCTTTAGTGTTGCC 480
TGAACAAGGCAGGAGAACTTTTTTCTTCCTTTGCCTCTTTCTACTTGGGGTACTTATTCC 540
CCCACCCCCACGGATACAATTGACATTGAGGTCTGCTGAAGGAAGGGAGCTCAGAGATTC 600
TCAAACCTGCTGGCTTCTGACCACATAAGGGAAGAACCCGGGGTGGGGGAATGGGGGTCT 660
TTCTTGGGGACCTTTGCCCAGAATGGTGTTGTTAATGGTACATGTGACTTGGGCTACTGA 720
GATGGCCAAGCTGCCAGTAAGCCCAGAAGGATGGTGGGCTCCCCTTCCCAGCCTTCAGGT 780
TGGAGACCAAACTTTTGGGCTTCCCCTGGTCCTGGGCCAGGCTTTTAGGGAAGCTGCGGG 840
CTTCCCCTGCCAGTGCCCTCGGACTGTGAAGAAGAGAAGTAGGTGGTTTTAAAAGGCTTT 900
TGGAAGGCTCCACTAGGCCACTGAGTTTACTACATCTTTCTCTCCCCTTCTGCAGAGAGC 960
CCCCAGCTAAGATTCCTTCCAGTAACCTGCAGCCTGGACACCCTTCCCTTCAGCCTGTAG 1020
TCTGGAAGTCTCGTCGTCATGCCCCCCAGCCACAGGGAAGGGGCAACAGGGCCCTTGCTA 1080
TGGTTCATCTGCCTCAGGGTGGTGGCTCACGACACCCTGGTCCCCAGCGTCCCACGGGAT 1140
CCCGAAGACCCCATGCCCAGCTCCTGCGGGTTGGCTGTGTACTGGGTACATGCCAAGTCC 1200
AGAATCTTAGCCATCGCCTGTGGCAGCTTGTCCGGCCAGCTGGCCGGCGGGACTCAGCTC 1260
CTGTGGATCCCAGCAGCCCCCACAGTTATGGCTGAGGTGGGTCCTAGGTACTCCATCTGG 1320
AGTGCTGTGCTCTGATCCCAGAGCTGCAGCTGAGCTCCATACCTTGGCCCGATTCTCTGG 1380
AGCTCCTGCTTGTAGCCATTCCTCGTGGCTTTGGATACCCTAAACCTATGAGGATATGTG 1440
GATCTAGGCTGTAGAATCTGCACCGACAGGGGCCTGCGCATCTCAGAACTGTGTACACTC 1500
AGGGTACAGGTGCTTGGAAGAAGTGCTGCCAATATCATAGGCCACCAAGAACTCGAGGAG 1560
GCGTGTACCTAAAGAAATGGGCAAAAGCTAGAATCTTAAATGCATCTCTACCTATGAATA 1620
AGCAGGAAGAAGGCTGGAGTGACCCCTGTGACCCCACCCCACCCCCAACCCCAACCCCAA 1680

6. PED解析
In/delは1246個が検出された
GATK ver4解析
In/delは5.9万個が検出された
CRISPR/Cas9 によって作成されたAdrenomedullin2(ADM2)遺伝子欠失マウスのゲノムデータの解析
この矢印の所に、ADM2の欠失が確認された。
Deletion of ADM2 is detected as expected.
この矢印の所、つまり、上下のデータの間にADM2
の欠失があるが、 GATK ver4では検出されなかっ
た。Deletion of ADM2 is not detected.
結論:遺伝子が存在する単一配列(Unique)領域での変異、殊に、欠失／挿入の有無の解析は、PED解析
が適していることが実証された。(PED is proved to be the best choice for detection of in/del in
the unique regions of genome.)