DESS 2003
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Genetic, Genomic & plant advanced technologies

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Genetic linkage map of a cross SyrahXGrenache for
QTLs Stu...
Genetic linkage maps of Syrah, Consensus & Grenache
S1pe

SG1pe

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virtual
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A Solution for a jobless

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Seeking for Jobs and/or PhD with financial support
Contacts with diffrent Laboratories o...
Tetramerization
involves association between the C-terminal
domains

cNMP
Anky
KH
A

cNMP
Anky
KH
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The split ubiquitin an Alternative to the Gal42-yeast system

Johnsson et Varshavsky, PNAS 91, 10340
Others Training programs of the
CESA diploma
Statistical methods of the experimentation and linear
modeling (ANOVA, Matrix...
When i was young
When i was young
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When i was young

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  • {"16":"Dans les derniers tests d’interaction double hybrides menés par Isa les interactions les plus fortes ont été celles d’AtKC1 avec AKT1 et KAT1 en remarquant que selon le plasmide utilisé (proie ou appat) les resultats d’interaction étaient tres différents. Vous constaterai d’ailleurs que dans le sens ou AtKC1 est pris comme proie la seul réaction interessante est celle avec l’appat AKT2… \nProbleme de confo!: Domaine Gal4 gene la\n","5":"qui avait pour objectif de prouver l’existence d’une diversité génétique au sein d’un arbre tropical Malgache à l’aide d’un génotypage avec des marqueurs microsatellites, et AFLP. Aucune diversité n’a été cependant détecté avec les deux types de marqueurs. Malgré ce revers professionnel j’ai décidé de me former d’avantage et en l’absence de soutien financier je me suis orienter vers une formation qui me paraissait plus « professionnalisante » et qui a mon sens devait me donner un complément solide dans le domaine de la génétique végétale. Domaine qui me passionnait alors…\n","11":"Mon projet actuel consiste en une étude d’un des membres de la famille shaker est multigénique. Au total il en existe 9 dont 7 assez bien caractérisés par l’équipe. GORK et SKOR canaux à courant sortants, AKT2 à courant entrant et sortant, ceux à courant entrants KAT1, KAT2, AKT1, SPIK avec une incertitude une petite incertitude sur AKT6 et une grosse inconnue pour AtKC1. Cette caractérisation s’étend également leur localisation et expressions chez arabido avec SPIK localisé au niveau des fleurs, KAT1 et KAT2 au niveau des stomates, SKOR et AKT1 au niveau des parties souterraines et AKT 2 qui semble avoir une expression constitutive et AKT6 dont on n’est pas sur de l’expression qui apprement se situe dans les graines et les fleurs.\nPour ma part je vais me focaliser sur le gene AtkC1 qui par rapport aux autre membre demeure mal caractérisé au niveau post-traductionnel… recemment Isabelle Cherel dans un article paru dans Plant Mol Biol qu’une activité gus du promoter du canal était exprimée dans la partie aérienne et souterraine chez Arabido… \n","17":"Le protocole de criblage que j’utilise actuellement pour le double hybride consiste en deux étapes principales. La premiere est celle qui abou it l’interaction proie appat et à la coloration bleue, la seconde étape qui est une étape de criblage plus fine consiste en un repiquage des colonies interessantes leur mise en culture liquide puis l’extraction des plasmides a fin de transformer des bacteries competente \n","1":"Bonjour. \nJe suis heureux aujourd’hui de pouvoir me présenter à vous sous forme de diaporama… Et j’espère que cette interface complétera la partie monochrome du CV sous Word… \nEnjoy\n","7":"J’ai donc integre le DESS qui venait de s’ouvrir à l’UMII et durant la partie stage de 6 mois j’ai travaillé dans le laboratoire de viticulture à l’INRA sous la direction de Patrice This. Mon travail consistait alors en la construction (transit diapo suivante)\n","13":"Lire la diapo.\n","2":"Avant de commencer, voici un bref aperçu de mon parcours scolaire et universitaire depuis ma naissance en 1978 à Tunis. J’ai obtenu mon bac scientifique (équivalent du Bac S Français) au lycée de Russie de Tunis suite auquel j’ai intégré une école préparatoire aux études d’ingénieur agronome à Tunis. J’y ai passé mon concours avec succès en 1998 et j’ai intégré l’INA de Tunis qui est un institut semblable dans son approche de l’enseignement de l’agronomie et dans sa structure administrative aux grandes école française type ENSAM; ENSAT ou INA-PG. Dans cet institut j’ai choisi d’évoluer dans une filière option de la section production végétale qui s’appelle Biotechnologie et industrie semencière. \n","19":"Une fois la sequence obtenue, et son hypothetique fonction trouvée par blast sur les bases de données, je devrai me consacrer à un certain nombre de tests de confirmations. Des confirmations qui peuvent se faire par le moyen de tests biochimiques, de tests de colocalisation, de tests fonctionnels dans des systemes heterologues (oeufs de xenopesen général et expression transitoire pour AtKC dans protos) ou encore des testes fonctionnels in planta (mutants Knock out). \nDe mon coté j’utiliserai deux moyens, deux techniques de bioche qui vont me permettre de \n","8":"d’une carte génétique à maillage lâche en génotypant une la descendance d’un croisement Syrah Grenache à l’aide de marqueurs microsatellites et de gènes intervenant dans la voie de biosynthèse des anthocyanes. Et comme vous pouvez le constater sur cette diapo j’ai reussi cette entreprise avec succès et je pense qu’au marqueurs sélectionnés cette carte est un support valable pour entamer une première étude QTL sur la pop Syrah X Grenache tout en en essayant d’améliorer certains groupes de liaisons posant problème...Ce dernier projet que j’ai mené dans le cadre de mon DESS m’a passionné et j’avais même envisagé avec Patrice This une poursuite en thèse mais malheureusement la bourse INRA-Région qu’on désirait obtenir ne nous a pas était accordée et je suis depuis ce jour là à la recherche d’un emplois sous contrat ou d’une thèse qui pourrait me donner plus de connaissances et d’expérience dans le domaine des biotechnologies. \n","14":"Au niveau structural les canaux K+ de la famille Shaker sont constitués de 6 domaines hydrophobes S1 à S6 \nun domaine P constituant le pore du canal entre S5 et S6\nUne region N terminale assez courte en amont de S1\nUne région C terminale intra-cytoplasmique en aval de S6 qui represente plus de la ½ moitiée du canal\nCette région possède en outre deux domaines CNDB (domaine de fixation des molecules cycliques) et un domaine KHA domaine riche en acides aminés hydrophobes et acides. \nEnfin, on notera que le domaine ankyrine diffrencie les canaux de cette famille entre eux. En effet seuls trois canaux KAT1, KAT2 et AtKC1 ne possede pas ce domaine. \n","3":"J’ai bouclé ces trois années d’ingéniorat dans cette filière en obtenant mon diplôme d’ingénieur Agronome après une enquête de six mois sur la sécurité et la biosécurité en laboratoire de Biotech vegetales au cours de laquelle je me suis intéressé à la conformité des normes et des protocoles de sécurité et de biosécurité tunisiens par comparaison à ceux de pays ayant une plus longue expérience dans ce domaine tel la France avec l’AFNOR, les USA et le CA avec les multiples règles établies par leurs ministères respectifs de la santé publique sans oublier les exigences des différentes réglementations sur la biodiversité énoncées à Rio et Carthagena sur les PGM, AGM…Je peux vous dire que beaucoup de travail reste à faire en Tunisie mais je pense que depuis l’Etat Tunisien s’est engagé dans une politique de normalisation de plusieurs laboratoires et au dernières nouvelles il essayerai de fédérer la recherche dans ce secteur en créant des technopoles un peu partout dans le pays sur fond de financement US, et de partenariats scientifiques avec le Japon. \n","20":"Une autre alternative est celle de l’utilisation de la GST pour pecher d’autres \n","9":"Je ne me suis donc pas laisser aller à une inactivité professionnelle de longue durée et me suis plongé dans la recherche d’emplois en me déplaçant pour des entretiens. Je suis également passé bcp plus souvent par une recherche de contacts avec des labos de biomol à l’étranger via email. Bien entendu j’ai eu plusieurs déconvenues mais j’ai qd même réussi à décrocher quelques bons contacts à l’univ de Sherbrooke et au JIC de Norwich mais tout est encore tributaire d’une bourse sur dossier…\n","4":"En 2002 j’accède au DEA développement et adaptation des plantes après un long entretien à Tunis avec le Professeur Claude Grignon. J’ai réussi au DEA tant bien que mal avec un sujet assez original (transit diapo suivante)\n","21":"Une fois la séquence obtenue, et son hypothétique fonction trouvée par blast sur les bases de données, je devrai me consacrer à un certain nombre de tests de confirmations. Des confirmations qui peuvent se faire par le moyen de tests biochimiques, de tests de co-localisation, de tests fonctionnels dans des systèmes hétérologues (oeufs de xenopes toutefois en ce qui concerne AtKC il s’agit d’une expression transitoire dans les protos) ou encore des testes fonctionnels in planta (mutants Knock out). \n","10":"En perspective d’un éventuel emploi ou phD et également afin d’élargir mon champ de compétence dans le domaine de la génomique végétale, j’ai décidé de m’inscrire aujourd’hui dans un CESA (certificat d’études supérieures d’agronomie) pour pouvoir me familiariser avec les outils de la biologie et biochimie moléculaire notamment le double hybride qui sera le centre de mes préoccupations au cours du projet que je menerai au sein de l’équipe canaux K+ du laboratoire BPMP durant les 8 mois du CESA. \n"}
  • When i was young

    1. 1. DESS 2003  Genetic, Genomic & plant advanced technologies  Genetic linkage map of a cross SyrahXGrenache for QTLs Studies and improving wine qualities (taste & flavor) Key words : Vitis vinifera, Anthocyanin biosynthesis pathway, QTLs Microsatellites candidates genes, Genotyping, SNP.
    2. 2. Genetic linkage maps of Syrah, Consensus & Grenache S1pe SG1pe G1pe S2 & SG2 virtual pe G2pe S3pe SG3pe G3pe S4pe SG4pe G4pe S5pe SG5pe G5pe S6pe SG6pe G6pe S7pe SG7pe G7pe *** * ** ** *** **** **** * ** **** ***** ******* ******* SG14pe S9 SG9pe G9pe S10pe SG10pe G10pe S11pe SG11pe G11pe S8pe SG8pe G8pe Virtual pe ** S12pe SG12pe G12pe ** ** * ** * * S17pe SG17pe G17pe S18pe SG18pe G18pe S19pe SG19pe G19pe ** * S14pe * SG20pe S20pe G20pe * G14ab.pe **** **** S15pe SG15pe G15pe
    3. 3. A Solution for a jobless    Seeking for Jobs and/or PhD with financial support Contacts with diffrent Laboratories of molecular biology and plant biochemistry (i.e. Sherbrooke University, Québec; Canada/ JIC, Notrwich / PROMEGA, LYON… ) Waiting for some fellowships I applied for…
    4. 4. Tetramerization involves association between the C-terminal domains cNMP Anky KH A cNMP Anky KH A
    5. 5. The split ubiquitin an Alternative to the Gal42-yeast system Johnsson et Varshavsky, PNAS 91, 10340
    6. 6. Others Training programs of the CESA diploma Statistical methods of the experimentation and linear modeling (ANOVA, Matrix and Vectorial Algebra) Period: 7th Mars-2nd April 2004 Total Hours: 80h  Information processing and system intelligence for the national & multinational companies ( Data bases, Object language, Web provider, Intranet) Period: 13th April- 7th May 2004 Total Hours: 80h 

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