Nutrigenomica - di Simona D'Amore

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Nutrigenomica - di Simona D'Amore. 20 giugno 2012. Corso di formazione "valore nutrizionale e salutistico di prodotti agroalimentari” - Università degli studi di Bari.

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Nutrigenomica - di Simona D'Amore

  1. 1. NUTRIGENOMICAD’Amore Simona
  2. 2. LA RIVOLUZIONE GENETICA Il genoma umano codifica per circa 30000 geni ed è responsabile della produzione di più di 100000 proteine La rivoluzione genetica e le «omiche» associate hanno fornito nuove prospettive nel campo della salute, in particolare sul ruolo della nutrizione nella prevenzione delle malattie
  3. 3. LE «OMICHE»  GENOMICA: cosa potrebbe accadere  TRANSCRITTOMICA: cosa appare accadere  PROTEOMICA: cosa accade  METABOLOMICA: cosa è accaduto
  4. 4. NUTRIGENOMICA
  5. 5. NUTRIGENOMICADEFINIZIONEScienza che studia le interazioni tra geni e nutrientiI nutrienti presenti nel cibo possono infatti regolare e/o alterarel’espressione e/o la struttura dei geni, oppure possono agire inmaniera differente sui vari individui a seconda del loro patrimoniogeneticoOBIETTIVIIdentificare targets per interventi nutrizionaliPersonalizzare gli approcci nutrizionali, distinguendo iresponders dai non responders
  6. 6. NUTRIGENOMICABASI SU CUI SI FONDA LA NUTRIGENOMICAI nutrienti alimentari possono interagire con il genoma umano, siadirettamente che indirettamente, alterando l’espressione dei geni edei prodotti geniciLa dieta ed i nutrienti presenti nel cibo possono modificare il rischiodi sviluppare una malattia mediante la modulazione di moltepliciprocessi coinvolti nell’insorgenza, incidenza, progressione e/oseverità di malattiaLa dieta può potenzialmente compensare o accentuare gli effetti deipolimorfismi geneticiLe conseguenze di una dieta sono dipendenti dall’equilibrio tra statodi salute/malattia e background genetico individuale
  7. 7. NUTRIGENOMICA NUTRIENTI ESSENZIALI E NON ESSENZIALI Nutrienti essenziali calcio, zinco, selenio, folato, vitamine C ed E Nutrienti non essenziali e carotenoidi, flavonoidi, componenti bioattivi isotiocianato, acido linoleico, omega-3
  8. 8. NUTRIGENOMICA
  9. 9. NUTRIGENOMICARISPOSTA INDIVIDUALE AI NUTRIENTII geni possono presentano polimorfismiAlcuni di questi polimorfismi possono influenzare la funzionedelle proteine e le loro interazioni con altre proteine o substratiNel 1999 sono stati indentificati alcuni polimorfismi genici per loscreening di malattie come il gene HFE (emocromatosi ereditaria),l’allele E4 del gene APOE (malattia di Alzheimer)Sebbene singoli polimorfismi nucleotidici (SNPs) siano coinvoltiin alcune condizioni patologiche, il fenotipo predominantedipende dall’interazione tra geni e fattoriambientali/comportamentali
  10. 10. NUTRIGENOMICARISPOSTA INDIVIDUALE AI NUTRIENTINell’uomo sono stati identificati circa 3 milioni di SNPs cherappresentano potenziali siti che introducono variabilitàindividualeNon tutti gli SNPs influenzano direttamente la qualità e/o laquantità di geni prodottiAlcune differenze nella risposta ai componenti della dieta puòderivare da differenze genetiche individuali
  11. 11. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTIANGIOTENSINOGENOProteina epatica coinvolta nella regolazione del tono vascolare,nel riassorbimento di sodio e nella regolazione della pressionearteriosaUn polimorfismo comune del gene dell’angiotensinogenocodifica per la treonina (T) al posto della metionina (M) (residuo235) Hegele RA, Nutr Res, 1997
  12. 12. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTILa relazione tra polimorfismi del gene dell’angiotensinogeno eassunzione di fibre solubili e non solubili è stato valutato in unostudio su 40 soggetti normotesiIndividui con genotipo TT dell’angiotensinogeno presentano unariduzione nella pressione arteriosa a seguito dell’assunzione difibre non solubili rispetto all’assunzione di fibre solubiliI soggetti con genotipo TM o MM non presentano variazionisignificative in relazione al consumo di fibreLe differenti risposte della pressione arteriosa all’assunzione difibre con la dieta dipende dalle differenze geneticheinterindividuali Hegele RA, Nutr Res, 1997
  13. 13. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTISELENIOStudi epidemiologici hanno dimostrato che il selenio ha un ruolonella riduzione dell’incidenza del cancro nell’uomoSupplementazioni di selenio hanno dimostrato una efficacia nellariduzione nell’incidenza del tumore del fegato, colon, prostata epolmoni Clark LC, JAMA, 1996
  14. 14. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTILa glutatione perossidasi è un enzima selenio-dipendente cheagisce come enzima antiossidanteUn polimorfismo al codone 198 dell’enzima glutationeperossidasi (sostituzione della leucina con la prolina), è statoassociato ad un aumento del rischio di tumore del polmoneSembra che tale rischio sia correlato alla quantità di selenionecessaria per ottimizzare l’attività enzimaticaSoggetti con una copia dell’allele per la leucina (prolina/leucina)hanno un rischio di sviluppare tumore del polmone dell’80%, eindividui che presentano due copie (leucina/leucina) del 130%maggiore quando confrontati con coloro che presentano ilgenotipo prolina (prolina/prolina) Hu YJ, Cancer Res, 2003
  15. 15. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTIRisultati simili sono stati riportati anche per il tumore dellamammella, del collo, della colecisti e della pelleE’ stato dimostrato che coloro che presentano la variantecodificante per la leucina hanno un enzima glutatione perossidasimeno responsivo dopo supplementazione con selenioPresentano una ridotta abilità nell’uso e metabolizzazione delselenio a causa dell’assenza di variazione dell’attività dellaglutatione perossidasi Ichimura Y, J Urol, 2004; Hu YJ, Biol Trace Elem Res, 2003
  16. 16. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTICAFFEINAUno studio sul ruolo della caffeina come fattore di rischio per laperdita di tessuto osseo nelle donne in post-menopausa hadimostrato che coloro che presentano una variante del recettoredella vitamina D (genotipo tt) e che presentano un apportogiornaliero di caffeina superiore a 300 mg/die hanno una perditaossea maggiore rispetto alle donne con genotipo TTI soggetti con genotipo tt meriterebbero strategie alternative,come la modifica dell’apporto di calcio e vitamina D Rapuri PB, Am J Clin Nutr, 2001
  17. 17. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTICALCIOPolimorfismi del gene del recettore della vitamina D (VDR)possono influenzare l’espressione delle funzioni della proteinaVDRAlcuni polimorfismi di VDR, incluso Fok1, Bsm I e poly-A,possono influenzare la risposta ai vari componenti dietetici e ilrischio di patologiaIl polimorfismo di VDR Fok1 (genotipo FF) riveste una grandeimportanza nell’influenza degli effetti del calcio sul rischio ditumore del colon Ingles SA, Cancer Causes Control, 2001; Lowe LC, Eur J Cancer, 2005; Slattery ML, Int J Cancer, 2004
  18. 18. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTICALCIOSebbene il calcio e i grassi non influenzino il rischio di tumoredel colon in coloro che hanno il genotipo FF, una riduzionedell’apporto di calcio è legato ad un aumento del rischio di tumoredel colon in coloro che hanno multiple copie dell’allele f (ff>Ff)Gli individui con genotipo ff e dieta povera in calcio presentanoun rischio maggiore di tumore del colon Ingles SA, Cancer Causes Control, 2001; Lowe LC, Eur J Cancer, 2005; Slattery ML, Int J Cancer, 2004
  19. 19. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTI L’INDIVIDUAZIONE DI EVENTUALI POLIMORFISMI POTREBBECOSTITUIRE UN UTILE BIOMARKER PER L’IDENTIFICAZIONE DICOLORO CHE POSSONO GIOVARE DI UNA INTEGRAZIONE CON NUTRIENTI
  20. 20. NUTRIGENOMICARISPOSTA GENETICA ALLA COMBINAZIONE DEI CIBINumerosi studi hanno messo in evidenza le importanti interazioniche derivano dalla combinazione di cibi o di diverse componentinutrizionaliLa combinazione di soia e tè appare maggiormente efficace,rispetto al loro utilizzo singolarmente, nell’inibizione della crescitaneoplastica e nella metastatizzazione in modelli murini di tumoreprostatico dell’uomoLa combinazione di soia e di tè verde o nero ha un’azionesinergica nella riduzione del PSA Zhou J-R, J Nutr, 2003; Lyn-Cook BD, Nutr Cancer, 1999
  21. 21. NUTRIGENOMICAEPIGENETICA E NUTRIZIONEL’epigenetica è lo studio dei fattori che determinano cambiamentistabili ed ereditabili, ma reversibili, nell’espressione dei genisenza cambiamenti nella sequenza originale del DNAUna varietà di proteine regolatorie (DNA metiltransferasi, enzimimodificanti gli istoni, fattori modellanti la cromatina) sonocoinvolte nei processi epigenetici Ross SA, Ann N Y Acad Sci, 2003
  22. 22. NUTRIGENOMICAEPIGENETICA E NUTRIZIONEIl grado di metilazione può essere determinato dalla disponibilitàdi donatori di metile, dell’attività della metil-transferasi e dallapotenziale attività di demetilazioneL’ipometilazione del DNA è associata al tumoreAlcuni fattori dietetici possono influenzare la disponibilità digruppi metilici per la formazione di S-adenosil-metionina emodificare l’attività della DNA metiltransferasiIl grado di metilazione del DNA può influenzare la risposta aicomponenti bioattivi e avere un ruolo nella differente rispostanelle cellule normali e neoplastiche Poirier LA, Adv Exp Med Biol, 1986
  23. 23. NUTRIGENOMICAEPIGENETICA E NUTRIZIONENumerosi studi hanno dimostrato che la metilazione del DNA èdipendente dai componenti bioattivi
  24. 24. NUTRIGENOMICAEPIGENETICA E NUTRIZIONELa supplementazione con colina, betaina, acido folico, vitaminaB12, metionina e zinco nella dieta materna porta ad un incrementodei livelli di metilazione del DNA con modificazioni fenotipiche chesembrano coincidere con una più bassa suscettibilità alla obesità,diabete e cancroQuesti studi suggeriscono che l’esposizione in utero a fattoridietetici non influenza solo lo sviluppo dell’embrione ma ha ancheeffetti a lungo termineLe modifiche epigenetiche possono regolare il ciclo cellulare,danni del DNA, l’apoptosi, e l’invecchiamento Conney CA, J Nutr, 2002
  25. 25. NUTRIGENOMICA
  26. 26. NUTRIGENOMICATECNOLOGIE MICROARRAYLo sviluppo della tecnologia microarray fornisce uno strumentofondamentale per esaminare potenziali siti di azione deicomponenti alimentari e la loro interazione con i vari processicellulariIl monitoraggio dell’espressione genica dell’intero genomamediante tecnologia microarray permette lo studio simultaneo dimigliaia di geni e della loro relativa espressione nelle cellulenormali e patologiche, prima e dopo esposizione a differenticomponenti alimentariQueste informazioni potrebbero fornire le basi per la scoperta dinuovi biomarkers per la diagnosi di malattia e la predizione dellaprognosi
  27. 27. TECNOLOGIE MICROARRAYUn microarray consiste di differenti sonde di acidinucleici che sono chimicamente attaccate ad unsubstrato, che può essere:  un microchip  un vetrino  una microsfera
  28. 28. Illumina IScanSNP Genotyping •CNV Analysis •Custom Genotyping •Cytogenetic Analysis •Focused Genotyping •Linkage Analysis •Whole-Genome Genotyping and Copy Number AnalysisGene Regulation and Epigenetic Analysis •Array-Based Methylation Analysis •Gene Expression Analysis •Array-Based Transcriptome Analysis •FFPE Sample Analysis •Whole-Genome Gene Expression Analysis •miRNA Array Analysis
  29. 29. GE Beadchips HumanRef-8 8 Parallel Arrays on the chip Each Array has ~24,000 high-quality RefSeq derived probes Approx 30 copies of each bead type HumanWG-6 V1 6 Parallel Arrays on the chip, each consisting of 2 parallel strips Strip 1 has the ~24,000 RefSeq derived probes Strip 2 has ~24,000 other probes (some RefSeq derived) Approx 30 copies of each bead type HumanWG-6 V2, V3 6 Parallel Arrays on the chip, each consisting of 2 parallel strips Each strip has ~48,000 probes Approx 30 copies of each bead type HumanHT-12 12 Parallel Arrays on the chip consisting of 1 strip Each strip has ~48,000 probes* Fewer copies (?~15) of each bead type
  30. 30. TECNOLOGIE MICROARRAY
  31. 31. GLI STUDI
  32. 32. Effects of Lifestyle Changes, Diet & Physical Exercise on gene expression of patients with Prostate Cancer Metabolic Changes Delta Body mass index -2.6 kg/m2 (BMI) Systolic BP -9.2 mmHg Diastolic BP -5.4 mmHg Total cholesterol -45.2 mg/dL LDL cholesterol -34.2 mg/dL HDL cholesterol -8.3 mg/dL LDL/HDL ratio -0.4 Levels of Expression: High Low AbsentOrnish, et al. PNAS 2008
  33. 33. DISEGNO DELLO STUDIO P O P U L A T IO N H E A LT H Y S U B JE C T S 6 F + 6 M P H Y S IC A L A N D M E D IC A L E X A M IN A T IO N M ic r o a r r a y A n a ly s is C L IN IC A L P A R A M E T E R S G E B IO L O G IC A L M A R K E R S I S T E P m iR N A E P C P a th w a y s P B M C s IS O L A T IO N a n a l y s is 4 h o u r s a f t e r in t a k e o f lo w a n d h ig h p h e n o l c o n t e n t V O O ( 5 0 m l) M ic r o a r r a y B IO L O G IC A L M A R K E R S A n a ly s is E P C G EII S T E P P B M C s IS O L A T IO N m iR N A P a th w a ys a n a l y s is
  34. 34. DISEGNO DELLO STUDIO
  35. 35. NUTRIGENOMICAOLIO DI OLIVA Componente principale della Dieta Mediterranea Principale fonte di grassi della Dieta Mediterranea Alimento funzionale dotato di proprietà anti- infiammatorie, anti-ossidanti ed anti- trombotiche Potenziale efficacia terapeutica: sistema cardiovascolare; metabolismo; apparato epatobiliare ed intestinale; sistema immunitario
  36. 36. NUTRIGENOMICA COMPOSIZIONE DELL’OLIO DI OLIVA98-99% componenti maggiori:lipidi, soprattutto trigliceridi, ed in percentuale inferiore monogliceridi e digliceridi0.5-2% componenti minori:alcoli, steroli, idrocarburi, tocoferoli, fenoli, sostanze volatili
  37. 37. NUTRIGENOMICA COSTITUENTI MAGGIORI DELL’OLIO DI OLIVAAcidi grassi insaturi (85%):  acido oleico: acido grasso monoinsaturo (70-80% dei grassi totali)  acido linoleico (omega 6): acido grasso polinsaturo (dal 4 al 12%)Acidi grassi saturi (presenti in quantitativi minori):  acido palmitico (dal 7 al 15%)  acido stearico (dal 2 al 6%)
  38. 38. NUTRIGENOMICA COSTITUENTI MINORI DELL’OLIO DI OLIVAIdrocarburi (30-40%): squalene, in quantità inferiore β-caroteneCere (minima quantità): alcoli alifatici e terpenici (cicloartenolo)Alcoli (minima quantità): raggiungono elevati valori negli oli di sansaSteroli (elevata quantità): composti simili al colesterolo sintetizzati a partire dallo squalene, sono rappresentati soprattutto dal β-sitosterolo (94-97%), ed in quantità minore dal campesterolo e stigmasteroloPigmenti colorati: carotenoidi e clorofillaVitamine liposolubili: protovitamina A, vitamina D e vitamina E (α-tocoferolo)Composti fenolici (fenoli, tra i polifenoli, quello maggiormente rappresentato nel frutto èacidi fenolici e polifenoli): loleuropeina.
  39. 39. NUTRIGENOMICA PROPRIETA’ PROTETTIVE DELL’OLIO DI OLIVAFito M, Mol Nutr Food Res 2007; Paniagua JA, J Am Coll Nutr 2007; Perez-Jemenez F, Mol Nutr Food Res 2007
  40. 40. Cellule Mononucleate del Sangue Periferico: PBMCsLe cellule mononucleate del sangue periferico (PBMCs, peripheralblood mononuclear cells) sono costituite da: • monociti (2-10% dei globuli bianchi) • linfociti (20-40% dei globuli bianchi)Deputate alla difesa dell’organismo da infezioni, attacchi virali edelementi esterniFonte principale di cellule linfoidiper lo studio del sistema immunitario
  41. 41. PBMCs ed ATEROSCLEROSI • In condizioni normali i leucociti circolanti non aderiscono all’endotelio • L’infiammazione dell’endotelio porta all’espressione di molecole di adesione che legano I leucociti • Le selectine mediano l’interazione tra leucociti e cellule endoteliali attivate • Le integrine mediano l’attacco • Le chemochine espresse dall’ateroma forniscono uno stimolo chemotattico ai leucociti, determinando la loro diapedesi e migrazione a livello intimale
  42. 42. Cellule Mononucleate del Sangue Periferico: PBMCsI PBMCs mostrano profili di espressione genica relativamente costanti e ripetibili nei diversi individui Nel loro profilo di espressione genica sono stati evidenziati centinaia di geni coinvolti in diverse pathways biologiche: regolazione della pressione arteriosa, obesità, metabolismoRappresentano un modello utile per lo studio della biologia del sistema cardiovascolare (rischio cardiovascolare), dello stato di salute e della risposta terapeutica Visvikis-Siest, S Clin. Chem. Lab. Med. 45, 1154-1168 (2007)
  43. 43. RISULTATI PRELIMINARI (1) Media±SEM Età 29.2±0.6 BMI 22.6±0.5 Circonf. Add 86.3±2.4 PAS 113.8±2.8 PAD 71.7±1.7 Fc 72.8±1.2 Col. Tot 184.9±9.5 HDL 63.8±3.9 LDL 103.0±8.1 TG 60.1±6.9 GLC 84.9±1.5 Insulinemia 7.4±0.8 HOMA 1.5±0.2 AST 20.7±2.4 ALT 32.7±2.2 GGT 22.1±1.6 RCV 0±0
  44. 44. RISULTATI PRELIMINARI (2) up: 200 GenesILMN_GENE T0 Signal T1 Signal Ratio p-valueCX3CR1 436,68 1669,17 3,82 0,007GIMAP4 1285,19 3789,84 2,95 0,006C5ORF29 199,10 488,53 2,45 0,033SAC3D1 104,07 250,14 2,40 0,009C17ORF87 102,23 240,40 2,35 0,009GIMAP8 270,85 627,00 2,31 0,016VPS35 222,30 509,68 2,29 0,025APOBEC3G 331,16 728,07 2,20 0,007GLS 104,07 222,80 2,14 0,019TLR5 125,95 266,19 2,11 0,021HS.546375 1333,79 2764,77 2,07 0,043MRPS31 219,83 455,63 2,07 0,021DNCL1 1013,68 2094,25 2,07 0,016PCMT1 845,81 1740,86 2,06 0,007CBR4 120,50 247,76 2,06 0,033NFE2 228,83 470,04 2,05 0,025DYNLL1 473,72 958,45 2,02 0,021HS.534439 385,23 769,91 2,00 0,037DENND2D 443,15 880,24 1,99 0,013ATP6V1D 301,74 598,66 1,98 0,007SAMD9L 381,28 749,07 1,96 0,043TERF2 119,88 230,70 1,92 0,013MFSD3 130,29 248,16 1,90 0,019HSPA1L 113,68 213,76 1,88 0,013AARS 441,93 811,93 1,84 0,021RGS18 348,15 625,67 1,80 0,043C17ORF62 682,83 1226,29 1,80 0,007LOC642755 251,04 450,23 1,79 0,040RAB10 959,38 1719,33 1,79 0,011PAK1 238,33 426,37 1,79 0,016SLC35A1 569,49 1010,56 1,77 0,010C8ORF55 104,43 184,64 1,77 0,029PARP1 661,21 1165,28 1,76 0,009FIG4 163,93 288,33 1,76 0,021OBFC2A 168,13 295,39 1,76 0,021F8A1 180,25 316,08 1,75 0,025EDG6 672,06 1170,75 1,74 0,016C20ORF55 285,27 496,62 1,74 0,016RAB22A 210,78 366,27 1,74 0,019ARPC1B 612,90 1061,34 1,73 0,021DNAJA3 421,15 726,69 1,73 0,049ACTR3 356,41 613,82 1,72 0,037CD79B 325,65 560,73 1,72 0,040TFCP2 191,96 328,67 1,71 0,025VPS72 124,46 212,79 1,71 0,010RALBP1 144,46 246,24 1,70 0,049SEPX1 1169,46 1991,58 1,70 0,029RNF20 242,43 411,85 1,70 0,019APBB1IP 874,67 1469,79 1,68 0,019KIAA0146 160,68 269,99 1,68 0,011PTPRCAP 516,91 868,47 1,68 0,029LYL1 793,87 1331,96 1,68 0,006ICAM2 1391,28 2332,19 1,68 0,011RPA2 936,01 1567,31 1,67 0,021WASPIP 749,86 1255,08 1,67 0,033RPUSD3 209,45 349,46 1,67 0,013RASSF7 404,49 674,62 1,67 0,021ORAI1 156,85 261,60 1,67 0,029GIYD1 100,19 166,94 1,67 0,022DNAL4 167,51 279,00 1,67 0,019SRBD1 174,21 289,98 1,66 0,033TSC22D4 253,23 421,21 1,66 0,013LOC731486 102,93 171,19 1,66 0,049MITD1 367,97 611,80 1,66 0,019UBL4A 111,10 184,46 1,66 0,006ARRB1 194,00 321,19 1,66 0,011MCM3 404,56 669,25 1,65 0,018C10ORF26 216,75 357,52 1,65 0,009HSD17B4 431,88 711,97 1,65 0,025DYNC1I2 240,19 395,87 1,65 0,009CISD1 314,97 517,91 1,64 0,040MLL 138,69 227,65 1,64 0,033RNASE6 342,16 559,59 1,64 0,025POU2F2 145,50 237,35 1,63 0,029M6PR 500,85 811,96 1,62 0,011LRRC8D 116,86 189,24 1,62 0,029ASH2L 357,40 577,12 1,61 0,006FKBP15 162,42 259,48 1,60 0,013COQ5 333,72 533,05 1,60 0,009APEX2 142,00 226,38 1,59 0,016APBA3 265,09 421,16 1,59 0,049TTLL12 113,92 180,75 1,59 0,006XTP3TPA 211,53 334,85 1,58 0,025DAXX 114,17 180,72 1,58 0,049COPB2 238,21 376,65 1,58 0,037TPST2 583,95 920,66 1,58 0,023ABI3 181,55 286,07 1,58 0,029AMICA1 2283,71 3584,22 1,57 0,007UBAP2L 350,86 548,84 1,56 0,013AP4E1 170,47 266,48 1,56 0,006ZFYVE21 175,18 273,12 1,56 0,033CHCHD4 109,90 171,13 1,56 0,016WDR67 102,80 159,18 1,55 0,037PSMA5 983,74 1518,78 1,54 0,021STIP1 307,16 472,03 1,54 0,025LOC653888 1843,08 2818,51 1,53 0,011RNF5P1 206,80 316,24 1,53 0,017SP1 244,07 373,12 1,53 0,025SNUPN 134,74 205,50 1,53 0,033TMCO1 610,32 930,16 1,52 0,037SUCLG1 314,16 478,21 1,52 0,021FRAT2 536,26 813,00 1,52 0,043MRPL51 535,53 811,63 1,52 0,007LOC401397 248,87 376,80 1,51 0,049STK38 1588,12 2398,78 1,51 0,049SMUG1 155,50 234,75 1,51 0,029ZNF524 304,35 459,28 1,51 0,049CDK4 229,75 346,50 1,51 0,006ARHGAP30 1167,40 1755,68 1,50 0,014
  45. 45. RISULTATI PRELIMINARI (3)Fosforilazione ossidativa up Gene Fold Type(s) symbol Change ATP6V0A1 +1.459 Transporter ATP6V1D +1.984 Transposter NDUFA8 +1.488 Enzyme
  46. 46. RISULTATI PRELIMINARI (4)Riparazione del DNA up Gene symbol Fold Change Type(s) PARP1 +1.762 Enzyme XRCC5 +1.327 Enzyme
  47. 47. RISULTATI PRELIMINARI (5) down: 200 GenesILMN_GENE T0 Signal T1 Signal Ratio p-valueTNFRSF21 532,35 110,55 0,21 0,006SLC7A5 753,76 164,44 0,22 0,019IL8 2269,79 690,91 0,30 0,046AVPI1 368,82 117,94 0,32 0,011ENC1 493,28 190,84 0,39 0,011GABARAPL1 1486,08 579,67 0,39 0,043ANKDD1A 561,24 222,89 0,40 0,006SC5DL 493,69 200,29 0,41 0,019ACSL1 696,03 292,43 0,42 0,043SUPV3L1 322,03 138,23 0,43 0,010NR4A2 1153,48 497,60 0,43 0,017TMEM2 691,67 299,37 0,43 0,010CLEC7A 395,68 172,73 0,44 0,019TNFAIP3 4057,68 1787,68 0,44 0,008DCTN6 340,51 150,71 0,44 0,031BRD1 269,34 120,93 0,45 0,021IRAK3 1551,50 733,27 0,47 0,021HS.559604 234,00 110,74 0,47 0,016BTG3 393,01 186,81 0,48 0,012RBM38 1211,91 578,77 0,48 0,030USP36 729,86 354,19 0,49 0,010SNIP1 421,92 205,56 0,49 0,029GPR132 254,04 124,23 0,49 0,049SLFN13 248,35 122,43 0,49 0,033CHD1 1475,54 735,06 0,50 0,037SNORD21 308,82 155,91 0,50 0,005ZNF295 205,20 103,60 0,50 0,037HS.555181 262,33 132,72 0,51 0,033HS.143018 1045,07 529,01 0,51 0,021C13ORF15 4220,36 2172,46 0,51 0,043THUMPD2 278,96 144,75 0,52 0,019LOC196752 252,77 132,94 0,53 0,021IRS2 730,69 388,42 0,53 0,009JOSD1 433,40 230,53 0,53 0,019PAPD5 519,45 276,35 0,53 0,037ZBTB43 565,79 301,05 0,53 0,037FEM1C 1027,54 547,82 0,53 0,009GADD45A 202,70 108,08 0,53 0,018MAPK6 461,06 247,27 0,54 0,037DLST 243,45 130,64 0,54 0,029ADNP2 586,67 314,91 0,54 0,011ETS2 638,53 344,76 0,54 0,029UBXD4 238,15 128,82 0,54 0,016CCDC45 971,94 526,35 0,54 0,007LOC158301 498,42 270,88 0,54 0,016CSGALNACT2 193,57 105,69 0,55 0,025EAF1 196,15 107,12 0,55 0,043HS.576633 185,48 101,35 0,55 0,021POLR1C 354,47 193,99 0,55 0,006CTRL 233,46 128,23 0,55 0,049GNA15 716,90 393,88 0,55 0,021RNF103 823,07 452,87 0,55 0,019MAP3K8 556,54 307,70 0,55 0,037CSNK1D 809,10 448,36 0,55 0,027IKZF5 337,51 187,57 0,56 0,016IFNGR1 3460,42 1929,83 0,56 0,037NUP54 460,47 258,27 0,56 0,012PTBP2 364,43 205,62 0,56 0,018MGAT4A 748,37 424,37 0,57 0,025HS.276860 2559,29 1460,13 0,57 0,025ZNF800 648,08 369,94 0,57 0,021DDIT4 2693,92 1538,29 0,57 0,033HS.574671 540,40 308,95 0,57 0,021DHX36 391,93 224,16 0,57 0,022KIAA1754 754,37 432,50 0,57 0,010CRY2 188,77 108,54 0,57 0,010LOC650128 428,39 247,22 0,58 0,013C1ORF55 548,78 317,64 0,58 0,021PPP3R1 608,08 352,46 0,58 0,033LOC146517 726,02 421,04 0,58 0,007W DR43 246,69 143,08 0,58 0,006RNF10 613,67 361,52 0,59 0,008DYNLT1 1855,59 1095,90 0,59 0,043OVGP1 223,84 132,66 0,59 0,029NOL11 805,34 480,70 0,60 0,006HNRNPC 1125,25 671,68 0,60 0,009EIF1B 787,56 471,04 0,60 0,011SCYL1BP1 186,57 111,60 0,60 0,017HS.92308 1417,78 856,03 0,60 0,009SLC35A3 306,45 185,44 0,61 0,006
  48. 48. RISULTATI PRELIMINARI (6)IL-1 signaling down Gene Fold Type(s) symbol Change CHUK -1.342 kinase GNA15 -1.820 enzyme IRAK -2.116 kinase
  49. 49. RISULTATI PRELIMINARI (7)NF-kB signaling down Gene Fold Type(s) symbol Change CHUK -1.342 Kinase IRAK3 -2.116 Kinase MAP3K8 -1.809 Kinase TNFAIP3 -2.270 Enzyme
  50. 50. RISULTATI PRELIMINARI (8)Stress ossidativo down Gene symbol Fold Change Type(s) CHUK -1.342 Kinase IFNGR1 -1.793 Transmembran receptor MAP3K8 -1.809 Kinase
  51. 51. RISULTATI PRELIMINARI (9)Metabolismo degli acidi grassi down

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