Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.

Mishimasyk141025

2,459 views

Published on

Cytoscapeでchemoinformatics

Published in: Technology

Mishimasyk141025

  1. 1. Cytoscapeで Chemoinformatics 2014.10.25 @fmkz___
  2. 2. 自己紹介 • kzfm (@fmkz___) – blog.kzfmix.com – Shizuoka.py(次回は12/05) • 研究所のインフラ構築をしていま す。 • Perl Python R Haskell – (最近Rubyも)
  3. 3. 今日のハンズオンのゴール • Cytoscapeで化合物ネットワークが描ける ようになる • その他 – igraphでgml形式でファイル出力できる – RDKitで化合物を取り扱えるようになる
  4. 4. Cytoscapeのインストール http://www.cytoscape.org/
  5. 5. Chemviz2プラグインのインストー ル Apps -> App managerから
  6. 6. 準備完了☆
  7. 7. 化合物データ ダウンロードしてもOK from pychembldb import * ChEMBLから #Inhibition of recombinant Syk #Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949 assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one() for act in assay.activities: if act.standard_relation == "=": print act.compound.molecule.structure.molfile print "n> <pIC50>n{}n".format(9 - log10(act.standard_value)) print "$$$$"
  8. 8. データ • https://github.com/kzfm/mishimasyk4
  9. 9. ケミカルスペース
  10. 10. ネットワークの作り方
  11. 11. ネットワークの作り方
  12. 12. ネットワークの作り方
  13. 13. ネットワークの作り方
  14. 14. こんな感じ
  15. 15. この先 • ネットワークの作り方 • ネットワークの分析
  16. 16. ネットワークの作り方 • 記述子ベース – フィンガープリント – 部分構造ベースのフィンガープリント • グラフベース • GWT • pyGWT書きたい • Matched Molecular Pairs
  17. 17. ネットワーク分析 • これからやっていくべき – iGraph – networkx
  18. 18. 補足
  19. 19. Pythonのインストール • mac osxだったら入っています • windowsはバイナリがあります – https://www.python.org/ • pipも入れましょう – http://pip.readthedocs.org/en/latest/installing.h tml
  20. 20. RDKitのインストール • ドキュメントを読んで頑張る – http://www.rdkit.org/docs/Install.html

×