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IPython notebookを使おう

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IPython notebookのすすめ

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IPython notebookを使おう

  1. 1. ipython notebook を使おう @fmkz___
  2. 2. 自己紹介 • @kzfm – 製薬会社の研究員(最近インフラ周りばかり) – pythonをメインに使っています • Shizuoka.pyは一年ぶりですw • 最近workdaysとかdateutilとかの営 業日計算的なライブラリと仲良くしてます w
  3. 3. IPYTHONのすすめ
  4. 4. IPythonとは • python interactiveの拡張 • 補完とかヘルプとか便利になってる • matplotlibとの親和性が高い – numpy + scipyとも • でもOS X(10.7-)だとインストールが大 変 – ScipySuperpackを使おう – http://fonnesbeck.github.com/ ScipySuperpack/
  5. 5. コード補完 TABを押す
  6. 6. help(イントロスペクション) • methodの後に?をつける
  7. 7. shellを叩く • !ではじめる
  8. 8. その他の機能 • ?を叩くとヘルプ
  9. 9. IPYTHON NOTEBOOK
  10. 10. IPython notebookとは • 先程のIpythonをウェブブラウザで実行 できようにしたもの • 対話的な操作の結果を記録として残せる
  11. 11. なにがいいの? • webブラウザの機能が使える – 実行後の画像や、表(Pandas)の表示 – 数式の表示 – Markdown記法での文の挿入 • 再現できる計算環境 – Rstudioのような統計解析環境とはまた ちょっと違う • 共有できるノートブック – Gitで管理、Githubでシェア
  12. 12. なにがいいの?(続き) • 解析結果を他のフォーマットで保存でき る – pdf,html,rst • Cellという単位で操作できるところ – 作業を一塊の単位にできる • magic commands – %とか%%で始まるやつ、便利
  13. 13. magic commands • グラフを挿入したり、ベンチマークを とったりできる
  14. 14. demo • ふじのくにオープンデータカタログを 使って適当な分析をしてみて、それをgit で管理しつつ、Gihub経由でシェアする ようなデモを • http://nbviewer.ipython.org/ github/kzfm/shizuokapy4/ blob/master/example.ipynb
  15. 15. 詳しくは • http://ipython-books.github.io/ cookbook/#part-i-advanced-high- performance-interactive-computing
  16. 16. OpenEyeなんかも積極的 • ipython notebookで解析プロセスを シェアするのがこれからの一つの方向性 かなと
  17. 17. SureChEMBL iPython Notebook Tutorial • http://nbviewer.ipython.org/ github/rdkit/UGM_2014/blob/ master/Notebooks/ Vardenafil.ipynb • 公共の特許化合物データから候補化合物 を探索するためのチュートリアル

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