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ChEMBLを使おう

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ChEMBLを使おう

Published in: Technology, Health & Medicine
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ChEMBLを使おう

  1. 1. ChEMBLの話 @fmkz___
  2. 2. 自己紹介 •  kzfm (@fmkz___) –  blog.kzfmix.com –  Shizuoka.py •  Python歴は6年くらい –  WAFはFlask(最近Django) –  Pandas+ggplot素敵☆
  3. 3. ChEMBLとは h"p://cbi-­‐society.org/home/documents/ seminar/2009to12/CBI_Ikeda_511_d.pdf
  4. 4. インハウスにChEMBLがあるメ リット☆ •  セキュリティ的に安心 –  思う存分クエリを投げられる –  PPだとコンポーネントのエンドポイントいじれ ばOKらしい •  速いし、負荷もかけられる –  快適 •  webのインターフェースにない検索も出来 る –  doi使ったりblastと組み合わせたりとか
  5. 5. 例1) ChEMBL-MMP •  1.3 million MMPs •  1291 proteins •  206 measurement types •  7431 journals h"ps://github.com/kzfm/pychembldb/blob/master/examples/mmp/recreaFon.py 5  
  6. 6. D1 receptorのホモログ 6  
  7. 7. 今日やること •  DBMSのインストール –  今回はPostgreSQL –  ChEMBL_17のMySQLのダンプはバグってい るので使用しないほうがよい •  Pythonのインストール –  pip –  pychembldb •  その他 –  Flask –  BioPython(blast)
  8. 8. はじめましょう☆ •  ChEMBL導入 –  http://blog.kzfmix.com/entry/ 1389565991 •  pychembldb導入 –  http://blog.kzfmix.com/entry/ 1389589262 • 
  9. 9. ここからはお題
  10. 10. 文献情報   (doi/Ftle) Schema 実験情報   (アッセイ/値) ターゲット情報   (cell/配列/種) 化合物情報   (構造/prop) 承認薬   情報 メカニズム/結合   情報 結合サイト   情報   (ドメイン/位置の始 めと終わり)
  11. 11. ディレクトリリスト
  12. 12. 参考サイト •  SQLAlchemy –  http://docs.sqlalchemy.org/en/rel_0_9/ •  Flask –  http://flask.pocoo.org/docs/ •  Blast –  http://bonohu.jp/blog/2013/06/08/ localblastinmountainlio/ –  http://motdb.dbcls.jp/? AJACS32%2Fbono#e17b6eed •  BioPython –  http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/ Tutorial.html
  13. 13. お題1 •  Glycogen synthase kinase-3(GSK3)に対するアッセイの 中でヒトを対象に行われたものを選ぶ
  14. 14. お題2 •  問題1でアッセイに供された化合物の活性 値とsmilesを知りたい
  15. 15. お題3 •  Glycogen synthase kinase-3(GSK3)に対するアッセイの 参照元のpubmed_idとジャーナル名を 知りたい
  16. 16. お題4 •  pubmedidが15686883の文献中に 記載されている化合物の重み付きQEDス コアが知りたい
  17. 17. お題5 •  ChEMBLのターゲット用のblastdbが 欲しい、そして思う存分相同性検索がした い •  (ヒント)BLASTとBioPythonをイン ストールしましょう –  http://bonohu.jp/blog/ 2013/06/08/ localblastinmountainlio/
  18. 18. お題6 •  ChEMBLのウェブサービスをローカルに 実装したい –  https://www.ebi.ac.uk/chembl/ws •  ここではFlaskを使ってみましょう –  http://www.kzfmix.com/flaski/
  19. 19. 答え
  20. 20. お題1(答) >>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... if assay.assay_organism == "Homo sapiens": ... print assay.description
  21. 21. お題2(答) •  forループを回す >>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... if assay.assay_organism == "Homo sapiens": ... for activity in assay.activities: ... print activity.published_value, activity.compound.molecule.structure.canonical_smiles
  22. 22. お題3(答) >>> for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Glycogen synthase kinase-3"): ... for assay in target.assays: ... print assay.doc.pubmed_id, assay.doc.journal
  23. 23. お題4(答) >>> for journal in chembldb.query(Doc).filter_by(pubmed_id=15686883): ... for assay in journal.assays: ... for act in assay.activities: ... print act.compound.molecule.property.qed_weighted
  24. 24. お題5(答) •  https://github.com/kzfm/ pychembldb/blob/master/ examples/blast/chemblast.py
  25. 25. お題6(答) •  https://github.com/kzfm/ pychembldb/blob/master/ examples/chemblapi/app.py

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