Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
Pengertian
• Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau
molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat
migrasin...
Prinsip
• Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang
mengandung sampel yang akan dipisahkan.
• Kecepatan gerak molekul...
How will you do if :
• You’re holding a small plastic
tube with some clear liquid in it
• You’ve been told that the liquid...
Apa Itu Elektroforesis Gel?
Metode Elektroforesis yang digunakan untuk
memisahkan dan menganalisis fragmenfragmen makromol...
Kapan Kita Menggunakan
Elektroforesis Gel?
Jenis-Jenis Elektroforesis Gel
Elektroforesis DNA/RNA :
•

•

Elektroforesis gel agarose : horizontal
Elektroforesis gel p...
Komponen
Elektroforesis Gel
Gel
1.
2.
3.

Berfungsi sebagai matriks Penyaring molekul
Pemilihan gel bergantung pada ukuran
molekul yang akan di elektr...
Agarose ditujukan pada berat molekul lebih dari 100 kb dan untuk
poliakrilamida untuk molekul –molekul 1-300 pasang basa, ...
Agarose Gel
1.

2.

3.

Dimurnikan dari polisakarida alga
Rhodophyla.
Gelidian dan Glaucaria adalah komponen
yang dimodifi...
Struktur Agarose Gel
Gambar SEM struktur agarose gel 2%
(a) 70 oC (b) 40 oC (c) 30 oC (d) 20 oC
Resolusi Gel Agarose
Resolusi : kemampuan memisahkan molekul
sehingga dapat terbaca dengan jelas
Gel Poliakrilamida
Poliakrilamida dibentuk dari akrilamida dan N,N’-methylebis-akrilamida yang dihubungkan dengan reaksi
p...
Polimerisasi Akrilamida
Hasil SEM polyacrilamide gel
From :Journal of material chemistry website
Buffer
•
•

•

Fungsi : menjaga kesetimbangan pH,
memberikan ion untuk konduktivitas,
Elektroforesis DNA :
Buffer TAE (Tr...
Bagaimana caranya?

Visualisasi
(staining)
Proses
elektroforesis
Membuat
matriks gel
Gel Documentation System
Visualisasi Elektroforesis DNA
• Etidium Bromida  disinari lampu UV  berpendar
Staining
Dilakukan agar pemisahan elektroforesis
dapat teramati.
Staining untuk elektroforesis DNA :
Etidium bromida (pena...
Elektroforesis Protein
Protein Molecular Weight Markers
Autoradiografi DNA
Seperti apa hasilnya?
• Elektroforesis DNA (EtBr Staining)
• elektroforesis protein
Elektroforesis protein
• Silver staining
Migrasi Molekul DNA Pada Gel
• Molekul DNA yang bermuatan negatif
karena adanya gugus fosfat akan
bergerak menuju anode (e...
Faktor yang mempengaruhi pemisahan
komponen pada elektroforesis DNA
• Konsentrasi gel agarose---->
• Pengaruh Voltase : ma...
Faktor yang mempengaruhi pemisahan
komponen pada elektroforesis protein
• Densitas molekul : berbeda diantara pH media
dan...
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Elektroforesis gel
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Elektroforesis gel

6,136 views

Published on

  • Be the first to comment

Elektroforesis gel

  1. 1. Pengertian • Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik.
  2. 2. Prinsip • Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan. • Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya. Pergerakan ini dapat dijelaskan dengan gaya Lorentz F = gaya Lorentz, q = muatan objek, E = medan listrik
  3. 3. How will you do if : • You’re holding a small plastic tube with some clear liquid in it • You’ve been told that the liquid contains DNA strands of several different lengths • Your job is to figure out what those lengths are
  4. 4. Apa Itu Elektroforesis Gel? Metode Elektroforesis yang digunakan untuk memisahkan dan menganalisis fragmenfragmen makromolekul (asam nukleat dan protein) Menggunakan gel sebagai “saringan”
  5. 5. Kapan Kita Menggunakan Elektroforesis Gel?
  6. 6. Jenis-Jenis Elektroforesis Gel Elektroforesis DNA/RNA : • • Elektroforesis gel agarose : horizontal Elektroforesis gel poliakrilamida : vertikal Elektroforesis Protein : PAGE (PolyAcrilamide Gel Electrophoresis) Sistem yang digunakan dalam PAGE - Flat Bed - Rod atau Column - Vertical Slab - Capillary • SDS PAGE • Blue Native PAGE (BN-PAGE) • Zymogram PAGE • Isoelectric Focusing (IEF) • 2-D Electrophoresis •
  7. 7. Komponen Elektroforesis Gel
  8. 8. Gel 1. 2. 3. Berfungsi sebagai matriks Penyaring molekul Pemilihan gel bergantung pada ukuran molekul yang akan di elektroforesis Biasanya terdiri dari • Agarose : digunakan secara horizontal • Poliakrilamida : digunakan secara vertikal
  9. 9. Agarose ditujukan pada berat molekul lebih dari 100 kb dan untuk poliakrilamida untuk molekul –molekul 1-300 pasang basa, bahkan mampu membedakan molekul-molekul dengan selisih panjang 1 nukleotida
  10. 10. Agarose Gel 1. 2. 3. Dimurnikan dari polisakarida alga Rhodophyla. Gelidian dan Glaucaria adalah komponen yang dimodifikasi residu galaktosanya. Didalam hubungan dengan polisakarida, agropefin dibentuk agar. Agarose larut pada buffer (TAE) yang mendidih dan ditunggu untuk dingin, Hasil ini dicetak pada cetakan gel yang ditempatkan pada suhu ruang.
  11. 11. Struktur Agarose Gel
  12. 12. Gambar SEM struktur agarose gel 2% (a) 70 oC (b) 40 oC (c) 30 oC (d) 20 oC
  13. 13. Resolusi Gel Agarose Resolusi : kemampuan memisahkan molekul sehingga dapat terbaca dengan jelas
  14. 14. Gel Poliakrilamida Poliakrilamida dibentuk dari akrilamida dan N,N’-methylebis-akrilamida yang dihubungkan dengan reaksi polimerisasi dengan penambahan ammonium perisulphate dan N,N,N,N'-tetramethylethylenediamin (TEMED). TEMED adalah katalis yang dibentuk dari radikal bebas ion perisulfate dan diinisiasi polymerization dari acrilamida. Poliakrilamida dapat dikondisikan sebagai polimer yang netral, kationik, anionik, atau amfoter dengan sifat fisika dan kimia, panjang dan berat molekul yang bervariasi
  15. 15. Polimerisasi Akrilamida
  16. 16. Hasil SEM polyacrilamide gel From :Journal of material chemistry website
  17. 17. Buffer • • • Fungsi : menjaga kesetimbangan pH, memberikan ion untuk konduktivitas, Elektroforesis DNA : Buffer TAE (Tris-acetate-EDTA), atau TBE (Tris-borate-EDTA ) Loading buffer Elektroforesis Protein : Buffer Tris
  18. 18. Bagaimana caranya? Visualisasi (staining) Proses elektroforesis Membuat matriks gel
  19. 19. Gel Documentation System
  20. 20. Visualisasi Elektroforesis DNA • Etidium Bromida  disinari lampu UV  berpendar
  21. 21. Staining Dilakukan agar pemisahan elektroforesis dapat teramati. Staining untuk elektroforesis DNA : Etidium bromida (penambahan EtBr mengurangi laju migrasi sebesar 15% ) • SYBR Gold, SYBR Green, Crystal Violet, Methyl Blue • Staining untuk elektroforesis protein: Coomasie Blue • Silver Staining •
  22. 22. Elektroforesis Protein
  23. 23. Protein Molecular Weight Markers
  24. 24. Autoradiografi DNA
  25. 25. Seperti apa hasilnya? • Elektroforesis DNA (EtBr Staining)
  26. 26. • elektroforesis protein
  27. 27. Elektroforesis protein • Silver staining
  28. 28. Migrasi Molekul DNA Pada Gel • Molekul DNA yang bermuatan negatif karena adanya gugus fosfat akan bergerak menuju anode (elektrode bermuatan positif) saat dipisahkan dengan elektroforesis • Fragmen DNA yang memiliki ukuran molekul yang sama akan memiliki elektromobilitas yang sama dan menempuh jarak migrasi yang sama • Topologi DNA yang dipisahkan menentukan elektromobilitas DNA. DNA yang mengalami supercoil akan bermigrasi lebih cepat karena strukturnya sangat kompak. Topologi molekul DNA hasil Elektroforesis.
  29. 29. Faktor yang mempengaruhi pemisahan komponen pada elektroforesis DNA • Konsentrasi gel agarose----> • Pengaruh Voltase : makin tinggi voltase, migrasi fragmen yang lebih besar akan lebih cepat • Buffer Elektroforesis • Efek Etidium Bromida
  30. 30. Faktor yang mempengaruhi pemisahan komponen pada elektroforesis protein • Densitas molekul : berbeda diantara pH media dan pl molekul • Pengaruh buffer : • Bentuk dan ukuran molekul • Media pendukung: • • • • Restriksi pada mobilitas Pengaruh difusi Elektroendosmosis Mikro-heterogenitas molekuler spesies

×