mbsj2013
Molecular biology in the brandnew research style that makes full use of public database

DBCLS services facilitat...
non-flowering plant
vascular plant

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Arabidopsis thaliana

Seed plants

Horsetails

Adiantum capillus-vene...
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Arabidopsis thaliana

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Togo picture gallery

non-flowering plant
vascular plant

© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

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Togo picture gallery

non-flowering plant
vascular plant

© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

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Arabi...
Maidenhair fern

Adiantum capillus-veneris

TST38
5,198 clones
Prothallia

YMU01
10,420 clones
Prothallia
(normalized)

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EST submission

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EST submission

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Model organism databases

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Arabidopsis thaliana

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Arabidopsis thaliana

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Model organism databases
Arabidopsis thaliana

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DIY non-model organism database

2013年12月7日土曜日...
Model organism databases
Arabidopsis thaliana

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DIY non-model organism database
Adiantum capil...
Model organism databases
Arabidopsis thaliana

http://www.arabidopsis.org/

DIY non-model organism database
Adiantum capil...
DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.

2013年...
DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.

2013年...
DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.

表形式のデ...
DBCLS TogoDB database hosting service
TogoDB is a simple database application for
creating simple online databases.

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DBCLS TogoDB database hosting service
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creating simple online databases.

表形式のデ...
Adiantum capillus-veneris EST

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Adiantum capillus-veneris EST

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Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析

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Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、
オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す
・KAAS(KEGG Automatic Annotatio...
Adiantum capillus-veneris EST

陸上植物の形態形成遺伝子の解析
・BLAST検索を手がかりにすることで、
オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す
・KAAS(KEGG Automatic Annotatio...
BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginel...
BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginel...
BLAST検索→ベストヒットの抽出
Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類)
Arabidopsis thaliana (種子植物)
Physcomitrella patens (コケ植物蘚類)
Selaginel...
http://motdb.dbcls.jp/

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http://motdb.dbcls.jp/
Master of the database データベース達人

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http://motdb.dbcls.jp/
Master of the database データベース達人

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AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

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AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

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AJACS
(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)

http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono

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Local BLAST

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http://togotv.dbcls.jp/ja/

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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質

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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質

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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質

種子植物・シダ植物・コケ植物に共通
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CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1
(COP1)
光形態形成抑制タンパク質

種子植物・シダ植物・コケ植物に共通
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KAAS (KEGG Automatic Annotation Server)
Bidirectional Best Hits に基づき自動的にKOをアノテーション

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KAASの解析結果

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KAASの解析結果

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KAASの解析結果

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KAASの解析結果

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TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html

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TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html

情報を取得できるURLの一覧

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TogoWSによるエントリ取得機能の利用
http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html
例) 遺伝子IDからDefinitionを一括して取得可能
http://togows.dbcls.jp/entry/nu...
KOのIDのリストから
関連する情報を取得

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関連する情報を取得

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関連する情報を取得

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KOのIDのリストから
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データベース名

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KOのIDのリストから
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データベース名

ID

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KOのIDのリストから
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データベース名

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項目

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KOのIDのリストから
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データベース名

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データベース名

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KOのIDのリストから
関連する情報を取得

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データベース名

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KOのIDのリストから
関連する情報を取得

データベース名

ID

項目

URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで、
簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることができる

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Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

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Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

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Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

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Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得

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Open Refine+TogoWS REST
KEGG Orthology のリストから
それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得
Pathway情報を取得
表をダウンロード

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KEGG OrthologyからPathwayの解析

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KEGG OrthologyからPathwayの解析

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形態形成遺伝子対応表を作成

COP1

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Adiantum capillus-veneris
(シダ植物シダ類)

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Selaginella moel...
データベース構築のメリット

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データベース構築のメリット

遺伝子の解析に利用可能

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データベース構築のメリット

遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能

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データベース構築のメリット

遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能
共同研究の可能性

2013年12月7日土曜日

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データベース構築のメリット

遺伝子の解析に利用可能
研究データの共有が可能
共同研究の可能性
 新たな発見の可能性

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Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築

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DIY non-model organism database
Adiantum capillus-veneris http://togodb.dbcls.jp/acest/
ライフサイエンスに関わる公共データベースを上手く使いこなし、自らも情報を公開
する重要性が増している。そこでDBCLSのサービスを活用し、非モデル生物のESTデー
タ解析およびデータベースを構築した例を紹介する。

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Mbsj2013-4aw2-4 DBCLS のサービスを利用した非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築

  1. 1. mbsj2013 Molecular biology in the brandnew research style that makes full use of public database DBCLS services facilitate large-scale data analyses and database development process of non-model organisms DBCLS のサービスを利用した  非モデル生物のデータ解析およびデータベース構築 Hiromi Kanegae1, Takeshi Kanegae2 1 2013年12月7日土曜日 Database Center for Life Science,2 Tokyo Metropolitan University 1
  2. 2. non-flowering plant vascular plant 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  3. 3. non-flowering plant vascular plant 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  4. 4. non-flowering plant vascular plant 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  5. 5. non-flowering plant vascular plant 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  6. 6. non-flowering plant vascular plant 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  7. 7. Togo picture gallery non-flowering plant vascular plant © 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  8. 8. Togo picture gallery non-flowering plant vascular plant © 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本 2013年12月7日土曜日 2 Arabidopsis thaliana Seed plants Horsetails Adiantum capillus-veneris Ferns Selaginella moellendorffii Lycopods Physcomitrella patens Mosses Hornworts Liverworts
  9. 9. Maidenhair fern Adiantum capillus-veneris TST38 5,198 clones Prothallia YMU01 10,420 clones Prothallia (normalized) TST39 10,466 clones Prothallia with plantlets YMU02 4,456 clones Sporophytes 2n n n 2013年12月7日土曜日 n 2n 3
  10. 10. EST submission 2013年12月7日土曜日 4
  11. 11. EST submission 2013年12月7日土曜日 4
  12. 12. Model organism databases 2013年12月7日土曜日 5
  13. 13. Model organism databases Arabidopsis thaliana 2013年12月7日土曜日 http://www.arabidopsis.org/ 5
  14. 14. Model organism databases Arabidopsis thaliana 2013年12月7日土曜日 http://www.arabidopsis.org/ 5
  15. 15. Model organism databases Arabidopsis thaliana http://www.arabidopsis.org/ DIY non-model organism database 2013年12月7日土曜日 5
  16. 16. Model organism databases Arabidopsis thaliana http://www.arabidopsis.org/ DIY non-model organism database Adiantum capillus-veneris 2013年12月7日土曜日 http://togodb.dbcls.jp/acest/ 5
  17. 17. Model organism databases Arabidopsis thaliana http://www.arabidopsis.org/ DIY non-model organism database Adiantum capillus-veneris 2013年12月7日土曜日 http://togodb.dbcls.jp/acest/ 5
  18. 18. DBCLS TogoDB database hosting service TogoDB is a simple database application for creating simple online databases. 2013年12月7日土曜日 6
  19. 19. DBCLS TogoDB database hosting service TogoDB is a simple database application for creating simple online databases. 2013年12月7日土曜日 6
  20. 20. DBCLS TogoDB database hosting service TogoDB is a simple database application for creating simple online databases. 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ 2013年12月7日土曜日 6
  21. 21. DBCLS TogoDB database hosting service TogoDB is a simple database application for creating simple online databases. 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 2013年12月7日土曜日 6
  22. 22. DBCLS TogoDB database hosting service TogoDB is a simple database application for creating simple online databases. 表形式のデータをCSV形式でインポートするだけ DBCLSのサーバーでホスティングし、安定運用 サーバー運用費が不要 2013年12月7日土曜日 6
  23. 23. Adiantum capillus-veneris EST 2013年12月7日土曜日 7
  24. 24. Adiantum capillus-veneris EST 2013年12月7日土曜日 7
  25. 25. Adiantum capillus-veneris EST 陸上植物の形態形成遺伝子の解析 2013年12月7日土曜日 7
  26. 26. Adiantum capillus-veneris EST 陸上植物の形態形成遺伝子の解析 ・BLAST検索を手がかりにすることで、 オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す ・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server) を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン 2013年12月7日土曜日 7
  27. 27. Adiantum capillus-veneris EST 陸上植物の形態形成遺伝子の解析 ・BLAST検索を手がかりにすることで、 オーソログである可能性の高い遺伝子を探し出 す ・KAAS(KEGG Automatic Annotation Server) を用いてKO(KEGG ORTHOLOGY) を自動的にアサイン 遺伝子対応表を作成 2013年12月7日土曜日 7
  28. 28. BLAST検索→ベストヒットの抽出 Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類) Arabidopsis thaliana (種子植物) Physcomitrella patens (コケ植物蘚類) Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類) 2013年12月7日土曜日 8
  29. 29. BLAST検索→ベストヒットの抽出 Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類) Arabidopsis thaliana (種子植物) Physcomitrella patens (コケ植物蘚類) Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類) 2013年12月7日土曜日 8
  30. 30. BLAST検索→ベストヒットの抽出 Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類) Arabidopsis thaliana (種子植物) Physcomitrella patens (コケ植物蘚類) Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類) 2013年12月7日土曜日 8
  31. 31. http://motdb.dbcls.jp/ 2013年12月7日土曜日 9
  32. 32. http://motdb.dbcls.jp/ Master of the database データベース達人 2013年12月7日土曜日 9
  33. 33. http://motdb.dbcls.jp/ Master of the database データベース達人 2013年12月7日土曜日 9
  34. 34. AJACS (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator) http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono 2013年12月7日土曜日 10
  35. 35. AJACS (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator) http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono 2013年12月7日土曜日 10
  36. 36. AJACS (All Japan Annotator/Curator/System DB administrator) http://motdb.dbcls.jp/?AJACS32%2Fbono 2013年12月7日土曜日 10
  37. 37. Local BLAST 2013年12月7日土曜日 http://togotv.dbcls.jp/ja/ 11
  38. 38. 2013年12月7日土曜日 12
  39. 39. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1) 光形態形成抑制タンパク質 2013年12月7日土曜日 12
  40. 40. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1) 光形態形成抑制タンパク質 2013年12月7日土曜日 12
  41. 41. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1) 光形態形成抑制タンパク質 種子植物・シダ植物・コケ植物に共通 2013年12月7日土曜日 12
  42. 42. CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1 (COP1) 光形態形成抑制タンパク質 種子植物・シダ植物・コケ植物に共通 2013年12月7日土曜日 12
  43. 43. KAAS (KEGG Automatic Annotation Server) Bidirectional Best Hits に基づき自動的にKOをアノテーション 2013年12月7日土曜日 13
  44. 44. KAASの解析結果 2013年12月7日土曜日 14
  45. 45. KAASの解析結果 2013年12月7日土曜日 14
  46. 46. KAASの解析結果 2013年12月7日土曜日 14
  47. 47. KAASの解析結果 2013年12月7日土曜日 14
  48. 48. TogoWSによるエントリ取得機能の利用 http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html 2013年12月7日土曜日 15
  49. 49. TogoWSによるエントリ取得機能の利用 http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html 情報を取得できるURLの一覧 2013年12月7日土曜日 15
  50. 50. TogoWSによるエントリ取得機能の利用 http://togows.dbcls.jp/site/ja/rest.html 例) 遺伝子IDからDefinitionを一括して取得可能 http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/AB018442/definition 情報を取得できるURLの一覧 2013年12月7日土曜日 15
  51. 51. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 16
  52. 52. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 16
  53. 53. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 16
  54. 54. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 16
  55. 55. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 16
  56. 56. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 ID 16
  57. 57. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 ID 項目 16
  58. 58. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 ID 項目 16
  59. 59. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 ID 項目 16
  60. 60. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 2013年12月7日土曜日 データベース名 ID 項目 16
  61. 61. KOのIDのリストから 関連する情報を取得 データベース名 ID 項目 URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで、 簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることができる 2013年12月7日土曜日 16
  62. 62. Open Refine+TogoWS REST KEGG Orthology のリストから それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得 2013年12月7日土曜日 17
  63. 63. Open Refine+TogoWS REST KEGG Orthology のリストから それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得 2013年12月7日土曜日 17
  64. 64. Open Refine+TogoWS REST KEGG Orthology のリストから それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得 2013年12月7日土曜日 17
  65. 65. Open Refine+TogoWS REST KEGG Orthology のリストから それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得 2013年12月7日土曜日 17
  66. 66. Open Refine+TogoWS REST KEGG Orthology のリストから それぞれのエントリーに関連する情報を一括取得 Pathway情報を取得 表をダウンロード 2013年12月7日土曜日 17
  67. 67. KEGG OrthologyからPathwayの解析 2013年12月7日土曜日 18
  68. 68. KEGG OrthologyからPathwayの解析 2013年12月7日土曜日 18
  69. 69. 形態形成遺伝子対応表を作成 COP1 PHOT EID FT X 1 2 1 1 2 Adiantum capillus-veneris (シダ植物シダ類) 1 2 1 0 1 Selaginella moellendorffii (シダ植物小葉類) 2 2 1 0 0 9 6 3 0 0 Light Signaling Light Signaling Arabidopsis thaliana (種子植物) Physcomitrella patens (コケ植物蘚類) 2013年12月7日土曜日 Light Shoot Flowering Signaling meristem 19
  70. 70. データベース構築のメリット 2013年12月7日土曜日 20
  71. 71. データベース構築のメリット 遺伝子の解析に利用可能 2013年12月7日土曜日 20
  72. 72. データベース構築のメリット 遺伝子の解析に利用可能 研究データの共有が可能 2013年12月7日土曜日 20
  73. 73. データベース構築のメリット 遺伝子の解析に利用可能 研究データの共有が可能 共同研究の可能性 2013年12月7日土曜日 20
  74. 74. データベース構築のメリット 遺伝子の解析に利用可能 研究データの共有が可能 共同研究の可能性  新たな発見の可能性 2013年12月7日土曜日 20

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