La recherche en biodiversite

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La recherche en biodiversite

  1. 1. L’Atelier de Cartographie 1 La recherche en biodiversitéLA RECHERCHE EN BIODIVERSITE : ANALYSE ET EXPLORATIONCARTOGRAPHIQUE DE LA BASE DE DONNES NATIONALE DESACTEURS, STRUCTURES ET PROJETS DE RECHERCHE SUR LABIODIVERSITE Le siège de la F.B.B. à Paris (musée océanographique).Les trois textes suivants sont issus du blog http://ateliercartographie.wordpress.com et ont été publiésen février 2011. Il s’agit de posts de synthèse sur le travail d’analyse et de cartographie desinformations contenues dans la Base de Données de la Fondation pour la Recherche sur laBiodiversité (FRB). J’ai mené ce travail en coopération avec Cédric Chavériat (que j’ai eu le plaisird’accueillir en formation de cartographie de l’information, le responsable de la base), Flora Pelegrin(responsable du pôle Stratégie et Animation Scientifiques), Fatima Fadil (chargée de mission portailet interfaces web) et Xavier Le Roux (directeur de la FRB). Ces trois posts contribuent à éclairer ladémarche et la méthode qui aboutit aux cartes présentes dans le rapport officiel de la Fondation etpubliquement accessible (http://www.fondationbiodiversite.fr/publications/rapports-et-expertises#bdd).Loin d’être achevée, cette expérience exploratoire de grandes masses de données mérite d’êtrepoursuivie.Franck GHITALLA.
  2. 2. L’Atelier de Cartographie 2 La recherche en biodiversitéLa recherche en biodiversité : exploration cartographiqued’une communauté d’acteurs (première partie) 1La Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité ( ) (FRB) vient de rendre public son rapport sur la« Base de Données Nationale des acteurs, structures et projets de recherche sur la biodiversité ».J’en suis corédacteur à titre de « cartographe » en association étroite avec Cédric Chavériat (que j’aieu le plaisir d’accueillir en formation de cartographie de l’information, le responsable de la base), FloraPelegrin (responsable du pôle Stratégie et Animation Scientifiques), Fatima Fadil (chargée demission portail et interfaces web) et Xavier Le Roux (directeur de la FRB). Ce rapport est le résultatd’un long travail d’analyse et de mise au format des données que gère la FRB depuis 2009 et ledéploiement public de la BDD constituent l’une des missions de la fondation.Le territoire numérique que nous avons exploré et analysé est vaste et complexe : la BDD contient àce jour des informations sur plus de 4300 chercheurs français et 1200 étrangers qui publient dans desjournaux internationaux à comité de lecture et/ou participent à des projets de recherche financés surappels à projets compétitifs. Elle contient aussi des renseignements sur 342 laboratoires de recherchefrançais participant plus ou moins directement à la recherche sur la biodiversité, et 308 projets derecherche financés depuis 2005 sur ce thème. Néanmoins, comme je l’espérai depuis le début de cepartenariat avec la FRB, les cartographies ont contribué de façon significative à l’étude de questionscomplexes pour un champ de recherches très pluridisciplinaire où le chimiste croise l’éthologue ou lebiologiste dans l’étude de biotopes qui s’étendent depuis les fonds marins, les milieux aquatiquescontinentaux, les zones cultivées jusqu’aux déserts, sous l’angle de l’histoire comme de la génétique.1 http://www.fondationbiodiversite.fr/
  3. 3. L’Atelier de Cartographie 3 La recherche en biodiversitéQuels sont donc leurs principaux objets et écosystèmes étudiés ? Comment les différentes disciplinessont représentées au sein d’une telle communauté ? Comment s’organisent les réseaux decollaborations entre laboratoires de recherche, entre acteurs individuels, ou entre disciplines au seind’une telle communauté et pourquoi ? Comme le souligne le rapport « Au fil de ce rapport se dessinela géographie d’une communauté de recherche pluridisciplinaire, travaillant sur une large gammed’enjeux, et dont l’ampleur était jusqu’ici méconnue ». Et la troisième partie du rapport, intitulée «Analyse des réseaux de collaborations » et où se concentrent les cartographies (au sens où jel’entends dans l’Atelier), constitue, à ma connaissance, une contribution inédite pour un rapportd’activité officiel dans l’analyse des données archivées par une grande institution de recherche.La production cartographique. Le travail cartographique réalisé pour la FRB s’est déroulé sur plusd’un an et a permis de capitaliser de nombreuses informations importantes dans la perspective d’undéploiement de la méthode et des outils sur d’autres données ou d’autres bases (notamment dans lesorganismes de recherche). J’ai notamment pu vérifier à quel point le déploiement d’un projetcartographique d’ampleur dans une organisation entraîne un coût en termes d’investissement humain: formation des acteurs, temps consacré au projet, difficultés techniques à surmonter. En particulier, ilapparaît indéniablement que les croisements des différentes dimensions de l’information dans uneBDD nécessaires à la production de cartographies multiples (et il en irait de même si les cartographiesavaient été produites à partir d’un fichier Excel avec ses lignes et ses colonnes) constitue un testqualité de grande ampleur pour le système d’information interne à une organisation. C’est à monsens, un exemple frappant du statut des « SI » aujourd’hui, utilisés souvent pour archiver desdonnées et que l’on mobilise pour sortir deux ou trois fois dans l’année pour extraire des statistiquesgénérales et approximatives ou encore pour produire un tableau de données synthétique sur lesprojets « en cours ». L’application d’une « couche cartographique » ne va pas de soi et, en tout étatde cause, ne supporte ni l’approximation des informations (par exemple la façon de labelliser desobjets ou de noter des affiliations) ni les « manques » ou les « trous ». Cela est vrai techniquement(par exemple dans les dates associées aux données puisqu’il est possible de produire des vuestemporelles avec GEPHI) mais aussi et surtout en termes de communication publique : des acteurs,des laboratoires ou des entités peuvent soit absentes de la carte soit présentes plusieurs fois parceque les informations contenues dans le SI sont défaillantes et le regard des experts ou des acteurspeut être sévère sur la carte quand elle contient trop d’approximations. Avec les « coupes
  4. 4. L’Atelier de Cartographie 4 La recherche en biodiversitétransversales » qu’exercent les structures de graphes sur les BDD (comme une série de contrôles),on aperçoit rapidement le niveau qualitatif des informations archivées et, au-delà, les capacités d’uneorganisation à mobiliser son « système d’information » pour des applications externes.C’est tout l’avantage, comme à la FRB, de placer la gestion de la BDD sous la responsabilitéd’acteurs ou de services tournés vers l’animation scientifique, la communication publique ou la gestiondes interfaces web, autrement dit dans des « lieux » ou des « fonctions » d’une organisation orientésvers les usages et les services. Les travaux cartographiques qui y ont été déployés ont été couplésdès le départ à des questions d’épistémologie des disciplines, de nature des réseaux decollaborations entre laboratoires ou d’agrégation de compétences chez les chercheurs autour decertaines problématiques. Les cartographies contenues dans le rapport ne constituent qu’une partieseulement de la production. Elles témoignent cependant de la capacité de la Fondation de laRecherche sur la Biodiversité à déployer maintenant sur ses propres données un système continud’observation, un observatoire effectif et régulier de ses propres archives qui lui permet ainsi demonitorer les différentes dimensions de la recherche en biodiversité.Les dimensions de l’information. Ce sont ces différentes dimensions de l’information contenuesdans la structure de données que le travail cartographique a pour objectif de traiter en les croisant. La 2méthode déployée est celle de VisIR ( ) en privilégiant notamment l’analyse des projets labelliséset/ou financés par la fondation. Le modèle d’analyse utilisé permet de décrire le paysage de larecherche en biodiversité en termes de structures (unités mixtes ou propres, institutionsadministratives de rattachement, etc.), d’acteurs individuels (notamment parce qu’une partiesignificative des informations présentes dans la base proviennent des fiches de renseignementremplies par les chercheurs eux-mêmes), de thématiques (mots-clés notamment), de disciplinesscientifiques (distribuées sur deux niveaux de hiérarchie et que le dispositif cartographique à inciter àfixer et à éclaircir), de localisation géographique des acteurs et des structures, d’objets d’étude(terrains d’étude, taxons et écosystèmes étudiés).2 http://www.slideshare.net/Ghitalla/cartographier-un-ple-de-comptitivit
  5. 5. L’Atelier de Cartographie 5 La recherche en biodiversitéA partir de là, le travail de croisement peut commencer selon une procédure réglée et dont lafondation a développé toute la connectique logicielle à titre pérenne :Nous n’avons pas procédé à tous les croisements possibles, bien qu’ils soient nombreux étant donnéela richesse des dimensions des données. En détail, le tableau suivant donne une idée du nombre de «photographies » déployables sur le système continu de production de données qu’est la base de laFRB :Laboratoires et structures de recherche. On lira dans le rapport les analyses qu’en tire la FRB surle paysage de la recherche en biodiversité, notamment sur la richesse du réseau de collaborationsentre disciplines comme entre structures de recherche. En particulier, il s’agissait d’évaluer le degréde coopération inter-régionale entre structures de recherche impliquées dans la participationcommune à des projets financés. La carte, évidemment, est anonymisée car il n’est pas question declasser les institutions ou les laboratoires mais de visualiser de façon synthétique le tissu decollaborations qui s’est construit en plusieurs appels à projets successifs depuis 2005.
  6. 6. L’Atelier de Cartographie 6 La recherche en biodiversitéQuand elle intègre toutes les informations de la base, cette carte peut être mobilisée pour favoriser lamise en réseaux des acteurs et permettre la mise à disposition de la communauté scientifique un outild’aide au montage de partenariats de recherche. En particulier, elle peut constituer un élémentimportant pour améliorer la mobilisation de l’expertise dans le domaine de la biodiversité, pour i)répondre aux besoins des organisations nationales et internationales à l’interface sciences/sociétésou sciences/politiques (ipBes, IUCN, ministères, etc.), et ii) disposer d’un outil pour identifier desexperts dans le cadre de la gestion d’appels à projets. La vue produite correspond à une cartographietype « réseaux sociaux » mais d’autres sont possibles à partir du même jeu de données (b :géoréférencement des laboratoires et structures et vue circulaire associée, c : autre spatialisationmais avec des calculs de « centralité » pour analyser les laboratoires ou structures jouant un rôle cléen termes de partenariats scientifiques) :
  7. 7. L’Atelier de Cartographie 7 La recherche en biodiversitéAu-delà des laboratoires et structures reliés entre eux par la participation commune à des projetslabellisés, se dessinent deux grands ensembles de données : les réseaux d’acteurs et de chercheurs(reliés entre eux par des mots-clés ou des thématiques de recherche en partie communes) et la“géographie” des disciplines dans laquelle prennent place les projets scientifiques et la recherche enbiodiversité.
  8. 8. L’Atelier de Cartographie 8 La recherche en biodiversitéLa recherche en biodiversité : des acteurs, des projets etdes thématiques (deuxième partie)L’analyse des réseaux d’acteurs a constitué un terrain riche de données dans l’exploration de la Basede la FRB. Il s’est agi d’un chantier stratégique car on touche là à l’une des missions essentielles de laFondation : la construction de projets de recherche communs entre chercheurs issus d’institutionsdifférentes et inscrits dans des laboratoires différents, dans un démarche interdisciplinaire demutualisation des moyens et des résultats et dans une perspective de co-construction avec lesacteurs de la société civile. A ce titre, le travail de longue haleine de la Fondation pour la Recherchesur la Biodiversité ne laisse pas de me fasciner dans un paysage de la recherche académiquedécoupée verticalement en disciplines, laboratoires, institutions et/ou universités aujourd’huiautonomes et jalouses de leurs spécificités et de leurs moyens humains et financiers. C’est enexplorant les relations que les acteurs entretiennent au niveau individuel que se mesure au mieux larecherche sur la biodiversité comme l’agrégation d’une communauté : plus encore que les disciplinesou les laboratoires, les connexions inter-personnelles constituent un marqueur (ou un niveau de« granularité ») pertinent pour comprendre la géographie sociale qui gouverne l’émergence d’unchamp de recherche.Les données contenues dans la base auraient pu être mobilisées pour tenter, une énième fois,d’évaluer « l’excellence » scientifique des acteurs. Au contraire, dès le départ, l’étude s’est orientéevers la recherche de ces indicateurs qui permettent de comprendre comment les connaissances sur labiodiversité sont une production collective issue d’un vaste réseau d’acteurs coopérants, quis’agrègent autour d’objets d’étude comme les écosystèmes plus que par distribution en disciplines ouen laboratoires. Pour y arriver, Cédric Chavériat, à la Fondation, a développé toute cette connectiquenécessaire à la circulation de l’information depuis la BDD jusqu’aux structures de graphes de façon
  9. 9. L’Atelier de Cartographie 9 La recherche en biodiversitépérenne, et donc jusqu’aux nombreuses cartographies produites. Dans un premier temps, il a fallu« transformer les liens acteur-projet en liens acteur-acteur, en considérant que la participation dedifférents acteurs à un même projet génère des liens entre tous ces acteurs » comme le précise lerapport. Les liens entre acteurs ont été enrichis ensuite en fonction du nombre de projets communs et,enfin, différents processus de traitement de l’information liée aux acteurs dans le BDD (profil,disciplines, mots-clés associés, terrain de recherche…) ont été mis en place pour faire varier lastructure de graphe en fonction de différents paramètres. Toute cette connectique BDD-FRB / GEPHIa permis, par exemple, de colorer les nœuds ou de faire varier leur taille en fonction de paramètrecomme la présence de mots-clés commun dans les domaines de recherche ou des projets auxquelssont associés les acteurs.Les graphes acteurs-acteurs (reliés les projets) ont été les premiers à être produits : ils comprennent1655 individus différents participant à 185 projets (issus de plusieurs Appels A Projets, AAP) pourlesquels les consortia sont connus et renseignés dans la base. Hormis quelques groupes isolés dureste de la structure générale, la grande majorité des acteurs sont connectés entre eux, de proche enproche, dans une géographie très clutérisée (et habituelle en matière de cartographie des sciences,qu’il s’agisse d’articles ou de revues). La recherche en biodiversité apparaît donc constituée commeun continuum de « noyaux denses de compétences ». Bien qu’anonymisés dans le rapport, lesgraphes laissent apercevoir le rôle important que jouent certains individus à l’articulation de plusieursclusters et dont le rôle est capital pour assurer à cet espace son unité comme le montre la vuecentrale de l’exemple plus haut où ils apparaissent sous forme de nœuds rouge dont la grosseur varieen fonction de leur score de « centralité ». A droite, la vue ne laisse apparaître en rouge (rôle depremier plan) et en vert (rôle de second plan) que les acteurs en position centrale participant àplusieurs projets et ayant des thématiques de recherche complémentaires mais différentes.Ces graphes, typiques des réseaux sociaux, ont servi de base à l’étude des autres dimensions del’information contenues dans la base. La FRB fournit régulièrement un travail conséquent de remise àjour des données en les enrichissant systématiquement : la Fondation dispose ainsi de profils« acteurs » à jour et, donc, d’un puissant outil d’analyse qui peut servir maintenant d’aide à lamobilisation d’experts et à la formation de consortiums de recherche. En particulier, le croisement dedifférentes sources d’information constitue un moteur essentiel de renseignement des informations
  10. 10. L’Atelier de Cartographie 10 La recherche en biodiversité(alors mobilisable pour enrichir les capacités descriptives des nœuds du graphe). En dehors desprojets dépendant des Appels à Projets (AAP) gérés par la FRB, quatre autres sources d’informationsont utilisées à ce jour par la Fondation pour l’enrichissement des informations « acteurs » :Les organismes français de recherche membres fondateurs de la FRB. Fin 2010 ces organismes(BRGM, Cemagref, CIRAD, CNRS, Ifremer, INRA, IRD, MNHN) ont transmis à la FRB des listesd’acteurs relevant de leur organisme et qu’ils considéraient comme pertinents pour la base dedonnées nationale. Parmi les acteurs identifiés, 2099 acteurs n’étaient pas déjà présents dans labase. La validation de ces acteurs supplémentaires, par recherche bibliographique, est en cours.Des recherches internet. L’équipe FRB peut incorporer des acteurs dans la base de données aprèsrecherche sur internet et identification de laboratoires ou d’équipes de recherche dans le domaine dela biodiversité, suivi d’un processus de validation par recherche bibliographique.Des recherches bibliographiques. Ceci permet de valider si un acteur ne faisant pas partie d’unprojet de recherche biodiversité et pré-identifié par un organisme de recherche ou la FRB est àprendre en compte ou non dans la base, en fonction de publications qu’il a ou pas sur le thèmebiodiversité (depuis 2005). Les acteurs peuvent aussi être directement identifiés par recherchebibliographique. L’établissement d’un profil bibliographique étant particulièrement laborieux pourl’ensemble du champ biodiversité, cette approche n’est réalisée à ce stade que pour des thèmesparticuliers (par exemple celui des scénarios de la biodiversité, en cours).Enquête auprès des chercheurs. Chaque personne dont les informations sont entrées dans la basede données est ensuite contactée par mail pour l’informer que nous stockons des informations laconcernant et lui permettre de faire valoir son droit d’accès, de rectification ou d’opposition,conformément à la loi informatique et libertés de 1978. L’acteur peut compléter et corriger lesinformations le concernant, ou signaler des modifications à effectuer sur les structures ou projets quilui sont rattachés. Il peut aussi quantifier la part de la biodiversité dans ses travaux de recherche. Ilpeut enfin donner les autorisations d’utilisations de la totalité ou d’une partie des données leconcernant.
  11. 11. L’Atelier de Cartographie 11 La recherche en biodiversitéL’ensemble de ces informations vient donc nourrir, in fine, les graphes d’acteurs. On peut ainsi croiserles graphes acteurs-acteurs (reliés par les projets) à des batteries de mots-clés significatifs décrivantsoit le champ disciplinaire auxquels appartiennent les acteurs, soit les thématiques abordées dans lesprojets, soit encore les objets, les terrains sur lesquels ils travaillent de concert. Parmi toutes cesvariables, plusieurs ont été testées et l’une s’est révélée particulièrement intéressante : la« géographie » des écosystèmes sur lesquels travaillent les acteurs.En termes descriptifs, cette carte est d’une autre nature que celle des laboratoires, souvent degrosses structures à fort effectifs rassemblant des chercheurs travaillant sur des thèmes qui peuventêtre très différents (sans parler, comme je l’ai maintes fois expérimenté auparavant, du fait que lescartographies de laboratoires qui reposent par exemple sur les informations contenus dans leurs sitesweb ou les documents officiels qu’ils produisent me semblent assez artificiels et généraux, souventtournés vers des objectifs de communication institutionnelle). La carte acteurs-écosystèmes révèle aucontraire un vaste réseau d’affinités thématiques qui transcende aussi bien les appartenancesinstitutionnelles que disciplinaires : des clusters d’acteurs (vers la gauche de la carte) travaillent sur labiodiversité marine (les mots clés vont de la « haute mer » aux «estuaires », et incluent aussi « socio-écosystème», traduisant sans doute l’historique de l’approche écosystémique utilisée dans la
  12. 12. L’Atelier de Cartographie 12 La recherche en biodiversitécommunauté marine) tandis que les mots clés « récif corallien » et « Île» sont localisés ensemble àproximité du cluster marin, mais pas en son sein, traduisant une spécificité partielle des acteurstravaillant sur ces milieux. Des clusters d’acteurs (vers le bas de la carte) travaillent sur la biodiversitédes eaux douces (les mots clés sont ici « rivière», «dulçaquicole», ou « hydrosystème») tandis qued’autres acteurs (vers le centre de la carte) sur les « zones urbaines », les « sites pollués » ou les «friches industrielles », bien qu’il soit difficile d’identifier un cluster précis pour ces acteurs. Dans lapartie haute de la carte, des clusters d’acteurs travaillent sur différents types d’écosystèmes terrestres(forêt tropicale, forêt tempérée, prairie, montagne, agro-écosystème…), dans une déclinaisonsystématique des biotopes placés aujourd’hui sous l’observation des scientifiques. Il me sembleévident aujourd’hui que l’on pourrait tirer de cette cartographie, en la scénarisant, un instrumentpédagogique des plus efficaces pour faire découvrir toute la richesse de la recherche en biodiversité.Cette approche par les acteurs, au-delà des écosystèmes, permet en retour de qualifier de façon finela géographie thématique des laboratoires (ou leurs « spécialités » à partir des terrains réel occupéspar les chercheurs). On peut ainsi croiser les disciplines auxquels se réfèrent les acteurs avec la cartedes laboratoires pour apercevoir les réseaux transversaux réels d’où émergent des objets communsde recherche. C’est ce type de connectique analytique qu’a développé Cédric Chavériat, notamment àpartir de procédures qui permettent pour chaque laboratoire identifié de calculer le nombre relatif dechercheurs par disciplines ou objets d’étude et, ainsi, de faire varier les vues produites sous GEPHI3( ). Dans les deux vues ci-dessous (produites dans le rapport final), si la grosseur des nœuds deslaboratoires dépend du nombre de participations à des projets labellisés par la FRB, les couleurs entermes de dégradés et d’intensité dépendent des objets d’étude réels des chercheurs et de leurnombre respectif :3 http://gephi.org
  13. 13. L’Atelier de Cartographie 13 La recherche en biodiversitéLes variations de vues rendues possibles par le croisement de variables sont en réalitéimpressionnantes, et le travail d’exploration n’a fait que commencer. Une certitude cependant : cesvariations ne sont déployables que si les données sont issues d’un long travail de vérificationmanuelle et si elles admettent de nombreuses dimensions, souvent issues de plusieurs sourcesd’information. Deux conditions sine-qua-non de cartographies de l’information pertinentes.
  14. 14. L’Atelier de Cartographie 14 La recherche en biodiversitéLa recherche en biodiversité : la géographie desdisciplines (troisième partie) “Il se peut bien – et encore, ce serait à examiner – qu’une science naisse d’une autre; mais jamais une science ne peut naître de l’absence d’une autre, ni de l’échec, ni même de l’obstacle rencontré par une autre” (p.140), FOUCAULT, M., Les mots et les choses, Gallimard, 1966.L’exploration cartographique de la base de données de la Fondation pour la Recherche sur laBiodiversité ne s’est pas achevée, ni même focalisée, sur la seule géographie des acteurs et deslaboratoires. Bien qu’importantes pour leurs enjeux institutionnels et politiques, les cartographies desstructures de recherche et de leurs domaines respectifs de compétences comptent moins, pour unnéophyte comme moi, que les cartographies des disciplines. Car les cartographies de disciplines oudes « sciences » constituent des instruments privilégiés d’interrogation en épistémologie dessciences, comme celles que produisent aujourd’hui des chercheurs comme Richard Klavans4 5( ) ou Loët Leydesdorff ( ). Elles renseignent, à grande échelle, sur cette « tectonique » desconnaissances scientifiques où figurent de grands ensembles connus mais aussi des domainesémergents. Traditionnellement, elles sont calculées à partir de l’analyse de millions de publications 6 7indexées dans des bases éditeurs comme le Web of Science ( ) ou Scopus ( ), en incluant différentsniveaux d’analyse comme celui des revues ou encore des descripteurs de contenus commeles Subject Categories. Méthodologiquement, le travail collaboratif mené avec Cédric Chavériat,Xavier Leroux et Flora Pelegrin sur les disciplines de la biodiversité s’inscrit dans cette tradition de la« cartographie des sciences » et elle s’est accompagnée du même type de questionnement oud’objectifs : la « recherche sur la biodiversité » constitue-t-elle un espace original et autonome dans lepaysage des connaissances ? Cette géographie admet-elle des sous-parties originales et distinctes ?Quels sont les liens qui les unissent ou, à l’inverse, les éléments qui les distinguent ? En somme : est-il envisageable de produire une sorte de « boussole thématique » qui permettrait de naviguer dansl’espace de la recherche sur la biodiversité et d’en apercevoir les grands traits d’un seul coup d’œil oud’y situer un champ de recherche précis ? 8Certes, le rapport sur la base de données ( ) contient déjà des éléments significatifs la « recherche enbiodiversité » comme l’évolution du nombre de publications référencées dans le Web of Science sous4 http://mapofscience.com/5 http://www.leydesdorff.net/6 http://thomsonreuters.com/products_services/science/science_products/a-z/web_of_science/7 http://www.info.sciverse.com/scopus8 http://www.fondationbiodiversite.fr/publications/rapports-et-expertises#bdd
  15. 15. L’Atelier de Cartographie 15 La recherche en biodiversitéla rubrique « biodiversité » ou encore les estimations réalisés par la fondation sur le temps/chercheursalloués sur des champs de recherche qui en relèvent.Cependant, ces éléments ne renseignent pas sur la façon dont les disciplines s’agrègent dans ledomaine de la biodiversité, si elles s’associent ou non en ensembles cohérents (pour un spécialistecomme pour un néophyte) ou, même, s’il est simplement possible d’en dessiner une géographieinterprétable. En somme, que peut nous apprendre transformation de la liste ou de l’arborescence desdisciplines sur la biodiversité en matrice de graphe où les objets sont liés par la dynamique propre desprojets labellisés ?L’objectif, ici, n’a pas été de produire une carte générale des sciences, ni même d’y situer larecherche en biodiversité (ce que l’on peut faire à partir de grandes bases comme le WoS), maisseulement de remonter « en abstraction » (depuis le niveau granulaire des acteurs) vers la façon donts’agencent les grands continents de la connaissance scientifique et de sa distribution en disciplines àtravers notre analyse des projets labellisés par la Fondation. Là aussi, c’est à partir des informationsarchivées par la Fondation sur les projets que se sont effectués les différents niveaux d’intégration
  16. 16. L’Atelier de Cartographie 16 La recherche en biodiversitédes données accumulées à travers les Appels A Projets (AAP) successifs depuis 2005. En sonprincipe, la méthode paraît simple : les acteurs sont associés à des disciplines dans leur profil decompétences, ces acteurs sont liés entre eux par la participation à des projets communs, ce quipermet, in fine, de comprendre comment 96 disciplines identifiées par la FRB sont liées entre elles àtravers plus de 180 projets labellisés et financés auxquels participent près de 1700 chercheurs.Cette carte qui figure dans le rapport permet de visualiser, sous ses grandes lignes, la distribution desdisciplines, regroupées en 9 familles, dont trois sont statistiquement les plus représentées (le« cœur » de la recherche en biodiversité : « Ecologie », « Classes et classifications du vivant »,« Biologie cellulaire et moléculaire »). Hormis cet agrégat central de disciplines souvent associées àdes chercheurs et de façon simultanée (l’épaisseur des liens entre les nœuds étant pondérés enfonction de degrés de co-occurrences des disciplines), la carte contient quelques éléments curieux 9pour un néophyte comme la « Cladistique » ( ) (ou l’étude de la classification des êtres vivants, selon 10leurs relations de parenté, dans un cadre évolutionniste) ou encore « Evo-devo » ( ) (génétique 11évolutive du développement) sans oublier la « Mammalogie » ( ) (étudier les origines,le comportement, le régime alimentaire, la diversité génétique et la dynamique des populations desmammifères) que je ne connaissais pas.D’autres vues ont été produites, notamment pour mesurer la richesse des liens qui unissent lesdisciplines autour des liens intenses qui forment le « cœur » de la recherche sur la biodiversité. Au-9 http://fr.wikipedia.org/wiki/Cladistique10 http://fr.wikipedia.org/wiki/Evo-devo11 http://fr.wikipedia.org/wiki/Mammalogie
  17. 17. L’Atelier de Cartographie 17 La recherche en biodiversitédelà de l’écologie, de la biologie cellulaire et moléculaire et des classifications du vivant, denombreuses relations secondaires existent :La respatialisation des données avec Gephi (forceatlas2) a permis de produire d’autres vues dont unea été retenue pour produire la carte des disciplines dans sa version « poster » imprimable :
  18. 18. L’Atelier de Cartographie 18 La recherche en biodiversitéSi on l’examine de près, la topologie des disciplines qui se dessine laisse apercevoir combien la« recherche en biodiversité » semble traversée par plusieurs dynamiques transversales et je crois yapercevoir un certain ordre. Par exemple, on peut s’en rendre compte en réduisant la vue et enconservant que les titres des catégories :Ou encore en colorant les zones de la carte en fonction de la concentration des couleurs dans lesnœuds et les liens qui les relient :
  19. 19. L’Atelier de Cartographie 19 La recherche en biodiversitéCette vue synthétique tient plus du schéma plus que de la projection de graphe et fournit à monsens (à titre d’esquisse de « boussole ») des informations secondaires importantes. Ici, ce n’est plusseulement un « cœur » dense de trois grands domaines disciplinaires qui est présenté mais quelque-chose comme la topologie (particulière à la biodiversité) des connaissances produites dans undomaine pluridisciplinaire. La bi-partition y est manifeste de gauche à droite, entre la « biologie »(j’aurais tendance à dire « sciences du vivant et de la nature ») et les SHS (au sens large : l’homme etl’univers tels qu’ils sont produits culturellement, historiquement et géographiquement). Si l’on enrevient à la carte générale (donc à une structure de graphe qui est fondamentalement affaire de liens)et que l’on s’y promène en partant des deux disciplines les plus éloignées l’une de l’autre sur un planhorizontal (la « Thérapeutique » à gauche, « Langues et Littérature » de l’autre) on peut se rendrecompte que le graphe contient comme une déclinaison des disciplines qui, de proche en proche ettelles qu’elles sont liées dans des projets effectifs menés par les chercheurs, nous fait passer (et sanshiérarchie puisque les liens sont non dirigés) de l’univers des « corps » biologiques (substrat naturelde la biodiversité) à l’univers abstrait et contingent de la culture et de ses productions (ici, la littératuremais en passant aussi par d’autres productions comme l’agriculture, les sciences de l’ingénieur ou lesbiotechnologies que l’on peut regrouper sous le label de « services éco-systémiques »). Dans ce typede parcours, de gauche à droite et inversement, l’Ecologie et la Biologie des Populations constituent,non plus un cœur dense, mais des disciplines-pivot.Mais une autre lecture cardinale est possible, et très complémentaire. Sur le schéma, les deuxensembles majeurs que sont la « Biologie » et les « Sciences de la société » sont reliés via une lignede fracture dont « l’Ecologie » et la « Biologie des populations » sont encore le pivot : vers le haut, seprofilent un ensemble de disciplines qui traitent de « l’environnement » au sens large, tel qu’il estproduit, cultivé, exploité (sciences et techniques) ou tel qu’il impose aussi ses contraintes
  20. 20. L’Atelier de Cartographie 20 La recherche en biodiversité(bioclimatologie). Mais la distribution des disciplines, dans la moitié supérieure de la carte, ne mesemble pas aléatoire : de part et d’autre d’une ligne verticale, Ecologie/Botanique/Climatologie, ontrouvera (sans surprise) d’un côté les disciplines qui étudient « l’environnement » sous l’angle de laculture (Ecologie urbaine, Aménagement de l’Espace et Urbanisme, Histoire, Sciences politiques…)et, de l’autre côté, les disciplines qui étudient l’environnement sous l’angle de ses rapports au vivant(Ecotoxicologie, Biotechnologie végétale, Endocrinologie et Métabolisme…).Dans la partie inférieure de la carte, la distribution obéit aux mêmes principes, mais au regard desespèces vivantes qu’il faut décrire, inventorier, analyser en tant que telles mais aussi dans leursrelations réciproques à titre de systèmes (ou « d’écosystèmes »). En bas, à gauche, un ensemblegouverné par la biologie des interactions (Virologie, Parasitologie, Biotechnologies animales…) et, àdroite, l’ensemble complémentaire des disciplines qui étudient les espèces vivantes (animales etvégétales) sous l’angle de leur production historique (Sciences forestières, Agriculture, SciencesVétérinaires, Bio-ingénierie…).L’interprétation que je livre ici souffre évidemment de limites : je ne suis pas un expert du domaine(malgré mon « stage » dans les données de la FRB) et, plus encore, le support numérique comme icimon blog ne donne qu’un aperçu général de patterns visuels et logiques qui méritent d’être explorés àpartir d’un poster affiché sur un mur. De plus, un algorithme comme Forceatlas2 admet des limitesmalgré sa pertinence en matière de recherche de patterns visuels et statistiques. Cependant, s’il vousprend comme moi d’arpenter le poster imprimé, vous vous apercevrez à quel point la distributionspatiale des disciplines semble gouvernée par un ordre de plus en plus perceptible, au point d’essayerd’en dessiner la logique comme je l’ai fait :
  21. 21. L’Atelier de Cartographie 21 La recherche en biodiversitéC’est ma « boussole thématique », limitée à ma simple expérience de cartographe et d’analyste desdonnées de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité. Elle mériterait d’être testée et discutéeet je regrette que les « spécialistes » en Information Scientifique et Technique passent autant detemps à calculer de ridicules indicateurs individuels de « visibilité » à partir des seules publications,dont une partie seulement est indexée, dans un seul catalogue, et sur les seules citationsrétrospectives. L’exploration des fonds documentaires et des données archivées dans les organismesde recherche et de formation contiennent pourtant bien des objets plus riches à explorer. Ce premiertravail exploratoire laisse apercevoir la diversité et la complémentarité des disciplines scientifiques etdes chercheurs engagés aujourd’hui dans la « recherche sur la biodiversité ». Je comprends que lacarte que nous avons produite avec Cédric Chavériat apparaisse quelque peu complexe mais, àl’évidence, et au-delà de notre travail, c’est bien la recherche sur la biodiversité elle-même quiapparaît comme riche et complexe. Et cette vaste diffraction des disciplines scientifiques naît d’unelumière unique, celle de la question de la vie :« La biodiversité est la vie, le public s’en rend compte et attend nos connaissances pour vivredifféremment, en harmonie avec la biosphère », Patrick Duncan, Président de la FRB.

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