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Construction d’un référentiel taxonomique commun pour des études sur l’histoire de la zoologie, l’archéozoologie et la biologie
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Conférence SemWeb.Pro, 21/11/2016. Une des missions du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) est d’établir une synthèse de la biodiversité et du patrimoine naturel français. Dans ce contexte, il est en charge de l’élaboration d’un référentiel taxonomique pour la faune, la flore et la fonge, TAXREF. Ce référentiel unique liste et organise les noms scientifiques de l'ensemble des êtres vivants recensés sur les territoires français, métropole et outremer, et constitue la pierre angulaire du Système d’Information sur la Nature et les Paysages (SINP). Il est utilisé par de nombreux acteurs publics, privés et de la société civile (collectivités, conservateurs, cabinets d’architecte, enseignants, citoyens, etc.). TAXREF est de plus aligné avec d'autres référentiels taxonomiques ou nomenclaturaux internationaux. Le projet de recherche Zoomathia vise à étudier l’histoire de la connaissance zoologique à travers l’Antiquité et le Moyen-Age. Pour cela, il envisage d’utiliser les technologies du web sémantique afin d’intégrer des sources de données hétérogènes, allant d’encyclopédies médiévales à des données de biologie moderne, en passant par des rapports de fouilles archéologiques et des ressources iconographiques. Ce travail passe nécessairement par la sélection et/ou la définition de vocabulaires pouvant servir de référentiels taxonomique, culturel, géographique, chronologique etc. Afin de rendre les données intégrées interopérables sur le web, ces vocabulaires doivent faire l’objet d’un consensus et être liés à d’autres vocabulaires connexes faisant autorité. TAXREF étant le résultat d’un large consensus scientifique, et étant déjà utilisé pour l’intégration de données de biologie moderne et de données archéologiques, il a été sélectionné pour construire un thésaurus supportant l’intégration des données considérées dans le cadre du projet Zoomathia. Dans cette présentation, je reviendrai sur les motivations exposées ci-dessus, puis je décrirai la modélisation d’un thésaurus exprimé en SKOS (Simple Knowledge Organisation System) afin de produire une version de TAXREF exploitable avec les technologies du web sémantique. J’aborderai notamment la question du lien entre ce « TAXREF-SKOS » et d’autres thésaurus et ontologies existantes. Enfin, je décrirai la méthode utilisée pour produire le résultat en RDF et son exposition sur le web de données sous forme d’URI pérennes déréférençables, et je ferai une courte démonstration via la navigation dans les URI en Linked Data et l’utilisation de requêtes SPARQL. En conclusion je reviendrai sur le fait que la construction de thésaurus SKOS n’est qu’une étape, un « enabler », visant à encourager les producteurs de données utilisant déjà TAXREF, et les concepteurs d’applications, à utiliser ces technologies et s’appuyer sur TAXREF-SKOS.
Construction d’un référentiel taxonomique commun pour des études sur l’histoire de la zoologie, l’archéozoologie et la biologie
- 1Franck MICHEL, I3S F. Michel1, C. Callou2, C. Faron-Zucker1, O. Gargominy3, C. Martin2, J. Montagnat1, S. Tercerie, M. Tounsi1, F. Vest3 1 Université Côte d’Azur, CNRS, I3S, France, 2 BBEES, Sorbonne Univ., MNHN, CNRS, 3 Service du Patrimoine Naturel, MNHN, CNRS Référentiel taxonomique pour l’étude de l’histoire de la zoologie/biologie/archéozoologie SemWeb.Pro Paris, 21/11/2016
- 2Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin. Corinium Museum, Cirencester Credit: Carole Raddato - https://www.flickr.com/photos/carolemage/16295160644/
- 3Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin
- 4Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin Modern zoological reference Cetacea, Delphinidae, Dehlphinus…
- 5Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin Archaeological excavation mentioning remains of dolphin Modern zoological reference Cetacea, Delphinidae, Dehlphinus…
- 6Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin Archaeological excavation mentioning remains of dolphin First Natural History Encycloedia, 1485. Modern zoological reference Cetacea, Delphinidae, Dehlphinus…
- 7Franck MICHEL, I3S Introduction The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin Archaeological excavation mentioning remains of dolphin First Natural History Encycloedia, 1485. Modern zoological reference Cetacea, Delphinidae, Dehlphinus… Need for common references: taxonomic, geographical, cultural, chronological,
- 8Franck MICHEL, I3S First Natural History Encycloedia, 1485. Introduction Archaeological excavation mentioning remains of dolphin Modern zoological reference Cetacea, Delphinidae, Dehlphinus… TAXREF The Hunting Dogs Mosaic, detail of a winged sea-griffin chasing a dolphin
- 9Franck MICHEL, I3S TAXREF INPN web portal Used by collectivities, biologists, architects, teachers, citizens… Archaeozoological and Archaeobotanical Inventories of France 3200+ references to excavations reports, studies, academic papers 4700 archaeological sites 2700 animal species, 1100 plant species French TAXonomical REFerence for fauna, flora, fungus 509,000+ names including living/extinct/exotic species Mainland France and overseas
- 10Franck MICHEL, I3S
- 11Franck MICHEL, I3S
- 12Franck MICHEL, I3S
- 13Franck MICHEL, I3S
- 14Franck MICHEL, I3S Enable use by Linked-Data Based Applications http://inpn.mnhn.fr/taxref/label/60878 <a href= “...”>
- 15Franck MICHEL, I3S Enable use by Linked-Data Based Applications http://inpn.mnhn.fr/taxref/label/60878 skos:closeMatch, skos:relatedMatch, owl:sameAs, rdfs:seeAlso, ... <a href= “...”>
- 16Franck MICHEL, I3S From TAXREF to the Web of Data Transition from... ...to a thesaurus exploitable using SW technologies SKOS: Simple Knowledge Organization System W3C RDF-based standard to represent controlled vocabularies: glossary, taxonomy, thesaurus...
- 17Franck MICHEL, I3S TAXREF SKOS Modelling Taxon skos:Concept Reference name skosxl:Label Synonym skosxl:Label skosxl:prefLabel Habitat skos:Concept taxprop:habitat Biogeo. status skos:Concept Taxonomical Rank skos:Concept "Linnaeus, 1758” nt:has_rank “Delphinus delphis” skos:broader txn:authority “Van Bree, 1971” “Delphinus tropicalis” http://inpn.mnhn.fr/taxref/label/60881 txn:authority skosxl:literalForm "Short-beaked common dolphin"@en taxprop: vernacularName skosxl:literalForm http://inpn.mnhn.fr/taxref/label/60878 taxprop:bioGeoStatusIn skosxl:altLabel http://inpn.mnhn.fr/taxref/9.0/taxon/60878
- 18Franck MICHEL, I3S Taxon => SKOS Concept Names => SKOS Labels Vernacular names Taxonomical Rank Habitat Biogeographical status From TAXREF to the Web of Data SKOS Model TAXREF-SKOS
- 19Franck MICHEL, I3S Taxon => SKOS Concept Names => SKOS Labels Vernacular names Taxonomical Rank Habitat Biogeographical status From TAXREF to the Web of Data SKOS Model TAXREF-SKOS Taxonomical ranks, habitats, geographical locations… Geonames TaxonConcept Ontology: habitat/authority, tax. ranks NCBI Organismal Classification: has_rank, tax. ranks GeoSpecies Knowledge Base: tax. ranks ENVO Environment Ontology: habitats Darwin Core Terms: occurenceStatus, locationID …
- 20Franck MICHEL, I3S From TAXREF to the Web of Data SKOS Model TAXREF-SKOS Automatic discovery of links with well-adopted open data sets AGROVOC Vertebrate Tax. Ontology NCBI Organismal Classification Taxon => SKOS Concept Names => SKOS Labels Vernacular names Taxonomical Rank Habitat Biogeographical status ER issues: spelling, disagreements, RDFS vs. SKOS
- 21Franck MICHEL, I3S Towards sustainable, dereferencable URIs http://inpn.mnhn.fr/taxref/label/60878 skos:closeMatch, skos:relatedMatch, owl:sameAs, rdfs:seeAlso, ... SPARQL Corese-KGRAM Triple Store SPARQL 1.1 Endpoint SPARQL Templates Linked Data Platform
- 22Franck MICHEL, I3S Perspectives and on-going works Extend TAXREF • Cultural, chronological and philological information • Geographical scope: Mediterranean areas • Red list: vulnerable/endangered species • … TAXREF-SKOS is just an enabler to... • Expose (existing) TAXREF-based datasets as Linked Data • Develop/extend TAXREF-based applications to enable searching through the Linked Open Data
- 23Franck MICHEL, I3S Thank you