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バイオシェル芸 解答つき
- 1. 2017.10.18 Bio Shell Trick with Answers
- 4. 1問あたり10～20分くらいで進めます 司会から問題発表→各自 #バイオシェル芸 #問題 でTweet →わいわいする GNUコマンド以外に、PerlやRuby、R等のワンライナーもOK バイオの解析の役に立ちそうならなんでもあり Rules
- 5. git clone https://github.com/bio-shell/study1.git or docker run -it --rm emihat/bioshellenv Are you ready ? Test data
- 6. - ゴリラをチキンにする - コイは大変 - Homo以外は帰ってくれないか - 拡張子ゲシュタルト崩壊 - リンダCommaっちゃう Today’s menu - 歩く屍 - BEDで煙草は吸わないで - 13日の金曜日 - SAMってほんとユニーク - 5秒後に消えます 問題の投稿ありがとうございました！ テストデータの関係で採用を見送った問題があります（ごめんなさい）
- 8. Gorilla gorillaという文字列をGallus gallusに変換してください 丸ごと置換する 以外で × echo "Gorilla gorilla" | sed -e 's/Gorilla gorilla/Gallus gallus/’ 達人は sedを使わない で ゴリラをチキンにする #バイオシェル芸 #ゴリラチキン
- 9. Example Answer of #ゴリラチキン echo "Gorilla gorilla" | sed -e 's/orilla/allus/g' sedを使わない例： echo "Gorilla gorilla" | awk '{gsub("orilla","allus")}'
- 10. まずはsedで・１
- 11. まずはsedで・２
- 12. gsub, tr
- 13. シェルの置換
- 14. vim芸
- 15. いろいろな言語で
- 16. echoのことは忘れた
- 18. 鯉（Cyprinus carpio）の染色体はchr1-50, MT, Unです koiというディレクトリを作り、その下に以下52個の ディレクトリを作ってください chr1, chr2, …, chr50, chrMT, chrUn コイは大変 #バイオシェル芸 #コイ
- 19. for i in {1..50} MT Un; do mkdir –p koi/chr$i; done Example Answer of #コイ
- 21. seq
- 25. merge-test-c.vcf - vcftools 0.1.13ソースコードのexamplesに入っているVCFファイル - VCFフォーマットの説明は https://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf REF（4列目）の塩基数＜ALT（5列目）塩基数 かつ ＃で始まる 行は無視 最終列に1/1が含まれる行だけ #バイオシェル芸 #Homo
- 26. awk -F"¥t|," '$0!~/^#/ && (length($4) < length($5) || (length($4) < length($6) && $6~/^[A-Z]+$/)) && $(NF)~/1¥/1/' merge-test-c.vcf Example Answer of #Homo
- 32. 死？！
- 33. ことねさん無双
- 35. GTH.tar.gz を解凍し、GTHフォルダ内のファイル名を 次のルールで変更してください - 拡張子が.fa、.mfa、.fas、fasta →拡張子.faに統一 - 拡張子が.fq、.fastq →拡張子.fqに統一 - ファイル名が重複した場合は上書き https://github.com/bio-shell/study1/blob/master/data/GTH.tar.gz 拡張子ゲシュタルト崩壊 #バイオシェル芸 #拡張子
- 36. tar xzvf GTH.tar.gz; cd GTH; rename s/.fastq$/.fq/ *; rename -f s/.m?fas?t?a?$/.fa/ * bash on windowsの実行例です Coreutils on macOS Sierraではrenameが無いようなのでbrewで入れてください renameコマンドは環境により仕様が異なります ‐ｆオプションが無い場合（emihat/bioshellenv等）はつけるとエラーになります Example Answer of #拡張子
- 43. awk -F"," '$1!~/^#/{print $(NF-1)}' linda.txt Example Answer of #Comma
- 50. exp_survivor.txt, exp_walker.txt 遺伝子名と発現量の2列からなるタブ区切りテキスト GeneA 1.1 GeneB 29.1 GeneC 0.3 GeneE 4.2 GeneF 3.9 exp_survivor.txt GeneA 0.1 GeneB 0.1 GeneD 500.6 GeneE 4.2 GeneG 34.7 exp_walker.txt GeneA 1.1 0.1 GeneB 29.1 0.1 GeneC 0.3 - GeneD - 500.6 GeneE 4.2 4.2 GeneF 3.9 - GeneG - 34.7 ＋ → #バイオシェル芸 #歩く屍
- 51. join -a 1 -a 2 -o 0 1.2 2.2 -e '-' exp_survivor.txt exp_walker.txt Example Answer of #歩く屍 Coreutils on macOS Sierraでは –o 0,1.2,2.2 のようにコンマ区切りにしないとエラーになるようです
- 57. BED format BEDフォーマットの説明は https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 次の3列からなるフォーマット （BED3の場合） 1. 染色体番号 2. スタート位置（0スタート） 3. エンド位置 #バイオシェル芸 #BED
- 59. awk -F"¥t" '$9>=0.9{print $1"¥t"$2-1"¥t"$2}' tommo_EGFR.txt Example Answer of #BED
- 63. JSON format JSONフォーマットの説明は http://www.json.org/ 「JSONの例」by IBM https://www.ibm.com/support/knowledg ecenter/ja/SS9H2Y_7.1.0/com.ibm.dp.do c/json_jsonexamples.html #バイオシェル芸 #JSON
- 64. fridayThe13th.json GGRNAを“thirteen” and “fri”で検索した結果をJSONで出力したファイルです http://ggrna.dbcls.jp/hs/thirteen+fri.json {"error":"none","results":[{"aa_position":[19],"accession":"NM_001303620","definition":"Homo sapiens deoxyribonuclease 1 like 1 (DNASE1L1), transcript variant 5, mRNA.","division":"RefSeq","geneid":"1774","gi":"","length":"2649","nt_position":[],"snippet":"NP_001290549.1¥" /db_xref=¥"CCDS:CCDS14747.1¥" /db_xref=¥"GeneID:1774¥" /db_xref=¥"HGNC:HGNC:2957¥" /db_xref=¥"MIM:300081¥" /translation=¥"MHYPTALLFLILANGAQAFRICAFNAQRLTLAKVAREQVMDTLVRILARCDIMVLQEVVDSSGSAIPLLLRELNRFDGSGPYSTLSSPQLGRSTYMETYVYFYR SHKTQVLSSYVYNDEDDVFAREPFVAQFSLPSNVLPSLVLVPLHTTPKAVEKELNALYDVFLEVSQH...R, Ciccodicola A, Chen CN, Zuo L, Heiner C, Burough F, Repetto M, Schlessinger D and D'Urso M. TITLE Long-range sequence analysis in Xq28: thirteen known and six candidate genes in 219.4 kb of high GC DNA between the RCP/GCP and G6PD loci JOURNAL Hum. Mol. Genet. 5 (5), 659-668 (1996) PUBMED...","source":"Homo sapiens (human)","symbol":"DNASE1L1","synonym":"DNAS1L1; DNASEX; DNL1L; G4.8; XIB","version":"NM_001303620.1"},{"aa_position":[19],"accession":"NM_001009934","definition":"Homo sapiens deoxyribonuclease 1 like 1 (DNASE1L1), transcript variant 4, mRNA.","division":"RefSeq","geneid":"1774","gi":"","length":"2683","nt_position":[],"snippet":"NP_001009934.1¥" /db_xref=¥"CCDS:CCDS14747.1¥" /db_xref=¥"GeneID:1774¥" /db_xref=¥"HGNC:HGNC:2957¥" /db_xref=¥"MIM:300081¥" /translation=¥"MHYPTALLFLILANGAQAFRICAFNAQRLTLAKVAREQVMDTLVRILARCDIMVLQEVVDSSGSAIPLLLRELNRFDGSGPYSTLSSPQLGRSTYMETYVYFYR SHKTQVLSSYVYNDEDDVFAREPFVAQFSLPSNVLPSLVLVPLHTTPKAVEKELNALYDVFLEVSQH...R, Ciccodicola A, Chen CN, Zuo L, Heiner C, Burough F, Repetto M, Schlessinger D and D'Urso M. TITLE Long-range sequence analysis in Xq28: thirteen known and six candidate genes in 219.4 kb of high GC DNA between the RCP/GCP and G6PD loci JOURNAL Hum. Mol. Genet. 5 (5), 659-668 (1996) PUBMED...","source":"Homo sapiens (human)","symbol":"DNASE1L1","synonym":"DNAS1L1; DNASEX; DNL1L; G4.8 ～後略
- 65. jq -r '.results[] | [.accession,.symbol,.definition] | @csv' fridayThe13th.json | sed -e 's/"//g' GGRNAはタブ区切りでも出力できます！ http://ggrna.dbcls.jp/hs/thirteen+fri.txt 今回はタブ区切りで出すほうが早いですね jq1.4.1以降なら @tsv が使えて以下のように書けます jq -r '.results[] | [.accession,.symbol,.definition] | @tsv' fridayThe13th.json Example Answer of #JSON
- 72. awk -F"¥t" '$0!~/^@/ && awk -F"¥t" '$0!~/^@/ && $2>0{lines[$1]=lines[$1]$0"¥n";cnt[$1]+=1} END {for(q in lines){if(cnt[q]==2) print lines[q]}}' test_input_1_a.sam | grep -v '^¥s*$' samtoolsを使う例： samtools view -S -f 2 test_input_1_a.sam 今回のデータで動く例です sam/bamのFLAGやMAPQの 仕様はソフトにより異なります Example Answer of #SAM
- 75. 「This message will self-destruct in five seconds.」と 画面に出力した後、5秒後に画面からそのメッセージを 消してください 5秒後に消えます #バイオシェル芸 #5秒後
- 76. echo 'This message will self-destruct in five seconds.'; sleep 5; clear; history -c Example Answer of #5秒後に消えます history -cでコマンド履歴が全部消えますので消したくない方はclearで止めてください