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SynbioSS

  1. 1. SynbioSS Synthetic Biology Software Suite
  2. 2. Conceptos previos <ul><ul><li>- REGISTRY OF STANDARD BIOLOGICAL PARTS: </li></ul></ul><ul><ul><ul><li>Colección de “ladrillos” biológicos para diseñar nuevos organismos o rediseñar los existentes. </li></ul></ul></ul>
  3. 3. ¿Qué es un biobrick? <ul><ul><li>· Secuencias de ADN con una función específica. </li></ul></ul><ul><ul><li>· No hay por qué conocer la secuencia de pares de bases por la que está formado, sólo su funcionalidad-> Abstracción. </li></ul></ul>
  4. 4. Biobrick: Ejemplos
  5. 5. SynbioSS <ul><li>Software de simulación biológica </li></ul><ul><li>Tres módulos: </li></ul><ul><ul><li>Desktop Simulator </li></ul></ul><ul><ul><li>Designer </li></ul></ul><ul><ul><li>SynbioSS Wiki </li></ul></ul>
  6. 6. SynbioSS: Módulos
  7. 7. SynbioSS: ¿Cómo funciona?
  8. 8. SynbioSS: Requisitos <ul><li>Windows </li></ul><ul><li>Mac </li></ul><ul><li>Distribuciones Unix en general </li></ul>
  9. 9. SynbioSS: Designer <ul><li>Transforma el diseño hecho con Biobricks </li></ul><ul><li>en un fichero SBML o netCDF. </li></ul>
  10. 10. SynbioSS: Desktop <ul><li>Crea simulaciones a partir de un fichero SBML o netCDF. </li></ul><ul><li>Permite crear o modificar estos ficheros de reacciones. </li></ul>
  11. 11. SynbioSS: Wiki <ul><li>Base de datos </li></ul><ul><li>Almacena reacciones y datos cinéticos. </li></ul><ul><li>Con ello se pueden modificar las reacciones existentes en un fichero o crear uno desde cero. </li></ul>
  12. 12. SBML y SBGN <ul><li>Systems Biology Markup Language: Lenguaje de marcas para definir modelos biológicos computacionalmente. </li></ul><ul><li>Systems Biology Graphical Notation: Notación gráfica para representar procesos biológicos y relaciones. </li></ul>
  13. 13. SBML: Ventajas <ul><li>No convierte el modelo en un conjunto de EDO's. </li></ul><ul><li>Cada programa interpreta el código como quiere: </li></ul><ul><ul><li>SynbioSS lo interpreta como EDO's. </li></ul></ul><ul><ul><li>Otros lo usan para generar gráficos (SBGN) </li></ul></ul><ul><ul><li>Etc... </li></ul></ul>
  14. 14. SBML: Ejemplo <ul><li><?xml version=&quot;1.0&quot; encoding=&quot;UTF-8&quot;?> </li></ul><ul><li><sbml level=&quot;2&quot; version=&quot;3&quot; xmlns=&quot;http://www.sbml.org/sbml/level2/version3&quot;> </li></ul><ul><li><model name=&quot;EnzymaticReaction&quot;> </li></ul><ul><li><listOfUnitDefinitions> </li></ul><ul><li><unitDefinition id=&quot;per_second&quot;> </li></ul><ul><li><listOfUnits> </li></ul><ul><li><unit kind=&quot;second&quot; exponent=&quot;-1&quot;/> </li></ul><ul><li></listOfUnits> </li></ul><ul><li></unitDefinition> </li></ul><ul><li><unitDefinition id=&quot;litre_per_mole_per_second&quot;> </li></ul><ul><li><listOfUnits> </li></ul><ul><li><unit kind=&quot;mole&quot; exponent=&quot;-1&quot;/> </li></ul><ul><li><unit kind=&quot;litre&quot; exponent=&quot;1&quot;/> </li></ul><ul><li>.... </li></ul>
  15. 15. SBML: Esquema <ul><li>¿Qué hay en todo éste código? </li></ul><ul><li>Listas de definición de: </li></ul><ul><ul><li>Funciones </li></ul></ul><ul><ul><li>Unidades </li></ul></ul><ul><ul><li>Compartimentos </li></ul></ul><ul><ul><li>Especies </li></ul></ul><ul><ul><li>Reacciones </li></ul></ul><ul><ul><li>... </li></ul></ul>
  16. 16. SBGN <ul><li>Dispone de tres tipos de representaciones gráficas: </li></ul><ul><ul><li>PD: Process Description </li></ul></ul><ul><ul><li>ER: Entity Relationship </li></ul></ul><ul><ul><li>AF: Activity Flow </li></ul></ul>
  17. 17. SBGN: Process Description <ul><li>Muestra como varias entidades bioquímicas reaccionan entre sí a lo largo del tiempo. </li></ul><ul><li>Procesos secuenciales y en paralelo. </li></ul>
  18. 18. SBGN: Process Description
  19. 19. SBGN: Entity Relationship <ul><li>Permite ver todas las relaciones en las que participan varias entidades. </li></ul><ul><li>Independientemente del tiempo. </li></ul>
  20. 20. SBGN: Entity Relationship
  21. 21. SBGN: Activity Flow <ul><li>Describe cómo ciertas actividades biológicas influencian o son influenciadas por otras. </li></ul><ul><li>Bueno para representar el efecto de las perturbaciones (genéticas o ambientales). </li></ul>
  22. 22. SBGN: Activity Flow
  23. 23. SBML - SBGN <ul><li>Algunos programas transforman ficheros SBML en gráficos SBGN y viceversa. </li></ul><ul><li>En concreto utilizan los diagramas PD. </li></ul>

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