PyMOL_japanese_ver.1.1

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PyMOL_japanese_ver.1.1

  1. 1. 130214 Ver 1.1MacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6 Presented by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University ※ Command途中にTagを押すと、候補命令文が表示される。 原子の選択 残基の削除 % select Ca, name ca // Cαの選択 % remove resi 5 % select bb, c+ca+n+o // 主鎖の選択 % remove resn Trp 残基の選択 % select 1-15/ // 1~15番目の残基を選択 % select 1-15, 1-15/ // 1~15番目の残基を名前付き(1-15)で選択 % select 50/ // 50番目の残基を選択 % select /A/50/ // A鎖の50番目の残基を選択 % select resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)の選択 % select Trp, resn Trp // アミノ酸(トリプトファン)を名前付き(Trp)で選択 % select resn Tyr // アミノ酸(チロシン)の選択 % select resi 60 // 60番目の残基を選択
  2. 2. 全原子の表示・非表示 ステレオ図のon/off % show all // 全表示 % stereo on // ステレオ図表示 % hide all // 全非表示 % stereo off水素原子のon/off All Stateの表示 (残基の選択 active) % h_add % set all_states, 1 // On % set all_states, 0 // Off水素原子を隠す 残基をStick Ball表示にする [H]ボタン → Hydrogens → all (%show stick)色分け区分をはっきりさせる % set stick_ball % set stick_ball_ratio, 1.3 % set cartoon_discrete_colors, on % set stick_radius, 0.35Ovalの設定(シート表示を無くす) % show cartoon // Cartoon表示 % cartoon oval // Oval表示 % set cartoon_oval_length, 0.6 // Cartoon Ovalの大きさ設定側鎖とCαとの連結をよく表示する Cartoonの初期設定に戻す Setting → Cartoon → Side Chain Helper % cartoon automatic
  3. 3. Cartoon & Surfaceの透明度 % show cartoon % show surface % set cartoon_transparency, 0.7 % set surface_transparency, 0.7Cavityの表示 Setting → Surface → Cavities & Pockets (Culled) % set cavity_cull, 40 % show surfaceX軸、およびY軸方向への回転 % rotate x, 90 or % turn x, 90 % rotate x, -90 or % turn x, -90 % rotate y, 90 or % turn y, 90 % rotate y, -90 or % turn y, -90オブジェクトの三次元座標を変更する % translate [x,y,z], [Object name]ある残基から?? Å以内の原子を選択する % select resi 60 around 3 // 60番目の残基から3 Å以内の残基を選択する原子間距離を測定する % distance 60/ca, 90/ca //60番目のCαと90番目のCαとの距離
  4. 4. 構造をきれいにする 表示解像度の変更 % ray 1000 or % ray 1000, 1000 % viewport 640, 480 % ray 1500 or % ray 1500, 1500背景を透明にする 背景を白にする % set ray_opaque_background, off % bg_color white % ray or % set bg_rgb=[1, 1, 1]マンガ絵のような表示設定 % set ray_trace_mode, 0~3 // Rayの設定 (0: Normal、1: Color + Black line、2: Black line、3: High quality) % rayイラスト風の表示設定 影を消す % set ray_trace_mode,2 % set ray_shadows, 0 % set antialias,2 % ray
  5. 5. 2次構造の選択 % select helix, ss h // すべてのHelixの選択 % select strand, ss s // すべてのStrandの選択 % select loop, ss l // すべてのLoopの選択 2次構造ごとに色を変える % color red, ss h // HelixをRed表示にする。 % color yellow, ss s // Strandをyellow表示にする。 % color white, ss l // Loopをwhite表示にする。 Cαの重ね合わせ % align [Name A]////ca, [Name B], object=alignment or % align a/*/ca, b/*/ca or % align [aaa], [bbb] // オブジェクト名でも重ねられる。 2次構造の変更 (H: helix, S: Strand, L: Loop)30~40番目のアミノ酸配列をHelixに変換 30~40番目のアミノ酸配列をStrandに変換% alter 30-40/, ss=H % alter 30-40/, ss=S% rebuild or % show cartoon % rebuild or % show cartoon
  6. 6. 動画の作成 (回転図) % mset 1 x160 // 160フレーム分作成する。 % movie.roll(1,80,1) // 1 ~ 80フレームでY軸方向に回転させる。 % movie.roll(81,160,1,"x") // 81 ~ 160フレームでX軸方向に回転させる。 % mplay // 動画を再生する。 % mstop // 動画を止める。動画の作成 (振動図) % mset 1 x60 // 30フレーム分作成する。 % set movie_fps, 10 // スピードの設定 % util.mrock(1,60,120,1,1) // 120 degreesで振る % mplay // 動画を再生する。 % mstop // 動画を止める。動画の出力 File → Save Movie As → Quicktime... → 右図参照 → O.K. → pymol.mov の出力 Movie → Ray Trace Frames → On ※ 各フレームのレンダリングを行う
  7. 7. アミノ酸側鎖への変異導入 (Menu) Wizard → Mutagenesis 共有結合 Menu → Mouse → Selection Mode → Atoms → 原子の選択: 各原子名を調べる % bond 原子名, 原子名 //共有結合の導入 % unbond 原子名, 原子名 //共有結合の削除 Bondの付加 % select pk1, 163/sg % select pk2, 171/sg (名前は、必ずpk1とpk2にする) % bond (or Build → Create bond)※ PDB fileのend前に、CONECT [原子番号] [原子番号]を挿入する方が手っ取り早い MacPyMOLにおけるファイル保存 (PSE fileとして保存) (Menu) File → Save Session As... → 名前を付ける → Save (PDB fileとして保存) (Menu) File → Save Molecule... → Save → 名前を付ける → Save
  8. 8. KUME Method % hide all % show cartoon % cartoon oval % set cartoon_oval_length, 0.6 % color gray90 % color tv_red, ss h % color skyblue, ss s % bg_color white % ray 1000, 1000 ラベルの表示 L → residue % set label_size, 16 % set label_color, red % set label_outline_color, black % set label_font_id, 13 (7 or 10)Plug-inを可能にする アプリケーション名である“MacPyMOL”をPyMOLX11HYBRIDに変更する。
  9. 9. APBS Plug-in on MacPyMOLAPBS Pluginの設定 1. MacPyMOL.appのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID 2. Plugins → Manage Plugins → Install → APBS file内のbin → ApbsClient.py or ApbsClient.pycを読み込む。 3. MacPyMOLのFile Nameを変更 → PyMOLX11HYBRID※ Pluginsに表示されない場合、アプリケーションファイルをつくり直す(MacPyMOLをCopy&PasteしてFile Nameを変更する)。
  10. 10. PQR Fileの作製(Web Serverを使う方が楽!)1. PDB2PQR Serverにアクセスする。(http://kryptonite.nbcr.net/pdb2pqr/)2. Please enter either → a PDB ID or upload a PDB file3. Pick a forcefield to use → PARSE (default)4. Pick an output naming scheme to use → Internal naming scheme (default)5. Available options (default) → Submit6. PQR Fileをダウンロードする
  11. 11. APBS Toolsの使用方法 1. File → Open → PDB Fileの選択 2. PyMOLX11HYBRID → Plugin → APBS Tools...3. Main → Use another PQR→ PQR Fileの選択
  12. 12. 4. Configuration → default5. APBS Location→ APBS binary location→ apbsの選択6. APBS Location→ APBS psize.py location→ .pyの選択7. Set grid8. Run APBS→ 20 ~ 30 sかかる
  13. 13. 9. Visualization → Update10. Molecular Visualization→ Low: 10 & High: 10 → Show→右下図が出力される11. Command line → Ray12. Command line → Ray13. File → Save Image As → PNG保存

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