Successfully reported this slideshow.
We use your LinkedIn profile and activity data to personalize ads and to show you more relevant ads. You can change your ad preferences anytime.
Пятое домашнее задание
Граф де Брюйна
Можно почитать:
http://bioinf.spbau.ru/bootcamp/assembly
особенно
http://bioinf.spba...
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Ngs 5 0

442 views

Published on

  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

Ngs 5 0

  1. 1. Пятое домашнее задание Граф де Брюйна Можно почитать: http://bioinf.spbau.ru/bootcamp/assembly особенно http://bioinf.spbau.ru/sites/default/files/Pevzner_Final2.pdf 1. Построить сжатый граф де Брюйна Написать программу, которая по заданному k и fasta/fastq файлу: ● строила бы сжатый граф де Брюйна ● считала среднее покрытие каждого ребра ● выводила ребра в .fasta файл ● выводила граф в .dot файл Рекомендую не пренебрегать эффективностью программы, а также её гибкостью. Она вам понадобится в следующем ДЗ. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/5/ Данные: test1.fasta test2.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_single_reads.fasta ECOLI_IS220_QUAKE_1K_paired_reads.fasta s_6.first1000.fastq s_6.first10000.fastq s_6.first100000.fastq

×