A5-ADS_DNA-barcode-for-Indonesian-Marine-Biodiversity

525 views

Published on

Presented during Conference on Biodiversity Informatics in Indonesia, at Gunadarma University. Sharing lesson learn for bio-informatics development.

Published in: Education, Technology
0 Comments
1 Like
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

No Downloads
Views
Total views
525
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
10
Comments
0
Likes
1
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

A5-ADS_DNA-barcode-for-Indonesian-Marine-Biodiversity

  1. 1. DNA BARCODES FOR INDONESIAN MARINE BIODIVERSITY: CURRENT APPLICATION, IMPORTANCE, AND CHALLENGES Adriani SUNUDDIN ITK-FPIK, Institut Pertanian Bogor Irma Shita ARLYZA Puslit Osenografi, LIPI disampaikan pada Conference on Biodiversity Informatics in Indonesia Depok, 15 September 2011E-mails= sun.adriani@gmail.com; adriani@ipb.ac.idTwit/YM-ID= @enam279Mobile= +62811 1170649
  2. 2. HOW MANY SPECIES ARE THERE ON EARTH?ADA BERAPA (JUTA) SPESIES DI BUMI INI?
  3. 3. DNA barcode / Kode batang DNA• Novel tool untuk mengidentifikasi makhluk hidup sampai pada tingkat spesies menggunakan marka genetika yang identik dan spesifik.• Marka genetika untuk hewan berasal dari mitokondria, CO1 (cytochrome c oxydase-1) dengan panjang sekuens ~ 648 pb.• Marka genetika untuk tumbuhan diperoleh dari plastid , rbcL (ribulose-biphosphate carboxylase) dan matK (maturaseK) dengan panjang sekuens ~500 bp dan ~700 bp• Kajian yang semakin berkembang pesat sejak tahun 2004, seiring pesatnya kemajuan di bidang teknologi sekuensing DNA dan jejaring internet.
  4. 4. Platform manajemen & analisis data, jejaring antar praktisihttp://www.barcoding.si.edu/http://www.boldsystems.org/ http://connect.barcodeoflife.net
  5. 5. Hajibabaei et al. 2007
  6. 6. Kajian 2008-2010APLIKASI KODE BATANG DNA DALAMIDENTIFIKASI SUMBERDAYA HAYATI LAUT
  7. 7. Konfirmasi hasil T squamosa Pamegaran T Crocea P1000 GBidentifikasi lapangan T maxima Pamegaran T crocea Kaliage KecilFilogeni Tridacna dari Kepulauan Seribu T Crocea Sp GBdan data GeneBank; model Kimura2- T Crocea GBparameter (Bootstrap 1000), UPGMA T derasa Kaliage Kecil T crocea Karang Congkak T Crocea TSD GB T crocea Gosong Pramuka T Gigas GB T maxima Sp GB T maxima Tgn GB T maxima Biak GB T maxima Kaliage Kecil T maxima Pdg GB T gigas Kaliage Kecil T squamosa Kaliage Kecil T maxima P1000 GB Sunuddin et al., unpublished data
  8. 8. Haliotis squamata Identifikasi spesies kriptikHaliotis asinina H discus discus(1) Filogeni Haliotis dari Kepulauan Seribu H discus hannai(1) dan data GeneBank; model Kimura2- H discus hannai(2) parameter (Bootstrap 1000), UPGMA H discus discus(3) H discus discus(2) H discus hannai(3) Haliotis asinina(43) Karang Congkak Haliotis asinina(61) Gosong Pramuka Haliotis asinina(22) Kaliage Kecil Haliotis asinina(23) Kaliage Kecil Haliotis squamata(64) Gosong Pramuka Sunuddin et al., unpublished data
  9. 9. Identifikasi stok C. undulatus Panggang ID5 C. undulatus South China Sea (FJ237973) C. undulatus Harapan island5 C. undulatus Kelapa island1 C. undulatus Kongsi-Pari island1 C. undulatus Queenland (EF609322) C. undulatus South China Sea (EU595072) C. undulatus Panggang island N1 L. johnii South China Sea (EU600120) L. johnii South China Sea (EU600121)Filogeni Cheilinus undulatus dari Kepulauan Seribudan data GeneBank; model Kimura2-parameter Sunuddin et al. 2010,(Bootstrap 1000), UPGMA in press
  10. 10. URGENSI APLIKASI KODE BATANG DNA TERHADAP KEANEKARAGAMAN HAYATI LAUT1. IDENTIFIKASI SPESIES – Morfologi - Spesimen yang tidak lengkap – Biogeografi - Spesies kriptik – Diet/Fecal based2. BASIS DATA BIODIVERSITAS LAUT YG SAHIH3. STOK/STRUKTUR POPULASI SPESIES4. PENGAWASAN PERDAGANGAN SPESIES HIDUP/LANGKA5. PENGAWASAN PRODUK MAKANAN LAUT6. PENGAMANAN BIOLOGIS TERHADAP SPESIES ASING DAN/ATAU INVASIF
  11. 11. TANTANGAN• Perlu basis data keanekaragaman hayati yang komprehensif dan terorganisasi baik, yang melibatkan khalayak (contoh: WoRMS, Census of Marine Life, BOLD, FishBase) dan terintegrasi dengan pustaka kode batang DNA (Valentini etal. 08; Feral 02)• Barcoding sumberdaya hayati mikroskopis (Frezal & Leblois 2009)• Ukuran sampel? (Zhang etal. 2009)• Mempopulerkan kajian kode batang DNA• Mem-bangun/perkuat jejaring peneliti/praktisi yang peduli konservasi keanekaragaman hayati dan berminat mengaplikasikan kode batang DNA di nusantara.
  12. 12. New Prediction of Species Diversity on Earth
  13. 13.   WHAT CAN WEDO TO INDONESIANBIODIVERSITY?

×