VIII Taller de Seguimiento Técnico de Proyectos FONTAGRO
Julio 23 al 25 de 2013, Montevideo - Uruguay
Proyecto FTG-8009/08...
Leve incremento de las temperaturas mínimas
Aumento en la variabilidad que puede provocar
imprevisibilidad y eventos extre...
Componentes
Componente 1
_ Validación y estandarización de marcadores y metodologías de SAM
desarrolladas en Japón y las q...
VALIDACIÓN Y ESTANDARIZACIÓN
NaOH
Calor
Protocolo de Extracción de
ADN
Tris,HCl,
NP40
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Guía Práctica de Laboratorio
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Termociclador 384
Hasta 3
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Cámara de electroforesis vertical
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BC2F3 en proceso
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 181 líneas BC2F3
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Concepto Expresión Interpretación
Prevalencia
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Proporción de observados “ + ” (aceptables)
Potencia global de
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Probabilidades
condicionales:
conoce fenotipo (fila) =
p(f y g) / p(f)
PREDICCIÓN
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  1. 1. VIII Taller de Seguimiento Técnico de Proyectos FONTAGRO Julio 23 al 25 de 2013, Montevideo - Uruguay Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para enfrentar la inestabilidad climática”
  2. 2. Leve incremento de las temperaturas mínimas Aumento en la variabilidad que puede provocar imprevisibilidad y eventos extremos
  3. 3. Componentes Componente 1 _ Validación y estandarización de marcadores y metodologías de SAM desarrolladas en Japón y las que están disponibles al público. Componente 2 _ Implementación de la SAM en los programas de mejoramiento de las instituciones del consorcio. Componente 3 _ Evaluación en condiciones naturales de estrés de frío de las poblaciones obtenidas por SAM. Componente 4 _ Capacitación y divulgación.
  4. 4. VALIDACIÓN Y ESTANDARIZACIÓN NaOH Calor Protocolo de Extracción de ADN Tris,HCl, NP40 Calor Guía Práctica de Laboratorio Quintero y otros Protocolos Fenotipado en Floración I= IT x CP Índice de Duque & Cruz
  5. 5. SAM: IMPLEMENTACIÓN Termociclador 384 Hasta 3 placas/equipo/día Cámara de electroforesis vertical Acrilamida – Nitrato Plata Hasta 192 muestras/ gel Cámara de electroforesis horizontal Agarosa - SYBRsafe Hasta 240 muestras / gel Micropipetas 8- canales ARGENTINA - Vegetativo URUGUAY -Reproductivo BRASIL- IRGA CHILEIntegración CIAT-FLAR-NARO
  6. 6. EVALUACIÓN EN CONDICIONES NATURALES DE ESTRÉS POR FRÍO INTA- Argentina: Selección de siete líneas BC2F4. INIA-Uruguay: Evaluación al frío en floración de BC2F2 Evaluación en Chile, de población BC2F2 VIVERO FONTAGRO Argentina-Brasil-Chile-Uruguay
  7. 7. Oportunidades Confianza : Facilita el flujo de información para agilizar procesos Capacitación – Integración - Recursos Quintero, C
  8. 8. Capacidad Logística Incremento del 16% en la capacidad de evaluación fenotípica en floración Incorporación de alternativas de riego Ventajas comparativas a disponibilidad de la comunidad Fenotípado en condiciones controladas Fenotipado en campo y genotipado plántula Fenotipado en Campo y genotipado floración Genotipado y actualización de técnicas
  9. 9. Impacto S i l e w a h Silewah IRGA 424 FL11375-18-137 FL12378-2-58 1,5 – 3,0 7,0 - 12 t/ha
  10. 10. LECCIONES Integración de RRHH y técnicas Instituciones: FONTAGRO Centros Internacionales Programas Nacionales Apropiación del conocimiento
  11. 11. GRACIAS Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para enfrentar la inestabilidad climática”
  12. 12. TestigoslosdefríoalTolerancia ipoGenotidelfríoalTolerancia IT IT IT C i  normalesscondicioneeniGenotipo fríodescondicioneenipoGenoti G G IT i c i i  normalesscondicioneentestigogenotiposdepromedio fríoentestigogenotiposdepromedio C C IT c c  normalesscondicioneentestigoGenotipos normalesscondicioneenipoGenoti C G CP i  I= IT x CP donde: Índice de Duque & Cruz
  13. 13. Regiones asociadas con Tolerancia al frio 20cM Tolerancia en etapa reproductiva Tolerancia en germinacion Chr1 qCTB1 Chr2 qCTB2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr9 Chr12 qCTB12 qCTS12qCTB9 qCTB5 qCTS4 Ctb1 Ctb2 qCTB3 Quintero, C. Saito, et al
  14. 14. Evaluación genotípica de población BC2F3 en proceso 200 Materiales:  181 líneas BC2F3  19 progenitores + controles 11 Marcadores moleculares:  9 marcadores en QTLs Ctb1 y Ctb2, que se han usado en la selección de progenies desde BC1F1.  Integración de 3 nuevos marcadores del QTL llamado qCTB3-Silewah, reportado por Mori et.al. (2011).
  15. 15. Concepto Expresión Interpretación Prevalencia (prevalence) Proporción de observados “ + ” (aceptables) Potencia global de diagnóstico (overall disgnostic power) Proporción de observados “ – ” (no aceptables) Tasa de clasificación correcta (Correct classification rate) Proporción de predicciones correctas (aceptables + no aceptables) Tasa de clasificación errada (Missclasification rate) Proporción de predicciones incorrectas (aceptables + no aceptables) Nba )(  Ndc )(  Nda )(  Ncb )(  Matriz de confusión (frecuencias absolutas) PREDICCIÓN (GENOTIPO) “ + “ AAB “ - “ BB MARGINALES OBSERVACIÓN (FENOTIPO) “ + “ aceptable a b a + b “ - “ no aceptable c d c + d MARGINALES a + c b + d N MC Duque E -- CIAT Indicadores:
  16. 16. Probabilidades condicionales: conoce fenotipo (fila) = p(f y g) / p(f) PREDICCIÓN GENOTIPO AAB BB MARGINAL OBSERVACI ÓN FENOTIPO aceptable p(AAB/a ) S p(BB/a) TF(BB) 1.00 no aceptable p(AA B/na) TF(AAB) p(B B/na) E 1.00 MARGINAL Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo AAB ? SENSIBILIDAD Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo BB ? TASA DE FALSO GENOTIPO BB Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo AAB ? TASA DE FALSO GENOTIPO AAB Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo BB ? ESPECIFICIDAD Matriz de confusión (frecuencias absolutas) PREDICCIÓN (GENOTIPO) “ + “ AAB “ - “ BB MARGINALES OBSERVACIÓN (FENOTIPO) “ + “ aceptable a b a + b “ - “ no aceptable c d c + d MARGINALES a + c b + d N MC Duque E -- CIAT

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