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Proteomics and Mass Spectrometry

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Transcript

  • 1. Proteomics Entwicklungen in der Massenspektrometrie
  • 2. Proteomanalytik
    • Extraktion aller Proteine
    • Fraktionierung
    • strukturelle Aufklärung aller Proteine
    • Abgleich mit einer Datenbank
  • 3. Genom - Proteom Genom Nukleotidsequenz
    • Proteom
    • Primärstruktur
    • übergeordnete Strukturen
    • Wechselwirkungen
  • 4. Probenvorbereitung
    • Cell-Map Proteomics
    • Miniaturisierung: on-chip CE
    • Automatisierung: Roboter
  • 5. cell-map proteomics
  • 6. Automatisierung der Probenvorb.
    • Roboter schneiden Gelspots aus
    • automatischer enzymatischer Verdau
    • Beladung in Mikrofläschchen
    • MALDI-TOF
    • ⇒ 100 Proben in 3.5 Stunden
  • 7. Miniaturisierung: on-chip CE
  • 8. MS Kombinationen und Techniken
    • Direkte Desorption
    • MALDI-TOF-TOF Leu/Ile Unterscheidung, m/z 4 Selektor
    • CE-TOF MS System 12.5 ms/Spektrum
    • ESI-Quadrupol-TOF 100 x empfindlicher ESI Qq
    • IR-MPD
  • 9. IR-MPD Matthew C. Crowe and Jennifer S. Brodbelt, Journal of the American Society for Mass SpectrometryVolume 15, Issue 11, November 2004, Pages 1581-1592
  • 10. FT-ICR-MS http://www.ivv.fraunhofer.de/ms/ms-analyzers.html
  • 11. Datenbankabgleich
    • Probleme
    • Geringe Spektrenqualität
    • Protein fehlt in der Datenbank
    • Datenbanken ändern sich täglich
    • Lösungsansatz
    • Randomized Databases
  • 12. Einschränkungen durch Proteineigenschaften
    • Kurze Proteine/Peptide
    • Hydrophobe Proteine
    • Isobare Aminosäuren
    • Homopolymere Bereiche
    • Hypothetische Proteine (HPs)
  • 13. Literatur
    • Lubec, G.; Afjehi-Sadat, L. Chem. Rev. 2007 , 107, 3568
    • Chalmers, J. C.; Gaskell, S. J. Curr. Opin. Biotechnol. 2000 , 11, 384
    • Witze, E. S.; Old, W. M; Resing, K. A.; Ahn, N. G. Nat. Methods 2007 , 10, 798