การตัดแยกภาพโครโมโซมแบบอัตโนมัติ                          (Automatic Chromosome Segmentation )        กระบวนการตัดแยกภาพโค...
โดยในแตละขั้นตอนสามารถอธิบายดังตอไปนี้      1. นําภาพโครโมโซมเขาสูระบบ โดยภาพที่ใชเปนภาพโครโมโซม ชนิดไฟลนามสกุล .JPG แสดงด...
โดยผลการทํา Binary image แสดงดังภาพที่ 3                               ภาพที่ 3 ภาพโครโมโซมหลังจากผานการทํา Binary imageจะ...
โดยผลจากการทํา FoodFill แสดงดังภาพที่ 5                                          ภาพที่ 5 ผลจากการทํา FoodFill       5.   ...
ภาพที่ 7 กรอบสี่เหลี่ยมครอบภาพโครโมโซม
Upcoming SlideShare
Loading in …5
×

Chromosome segmentation lab1

820 views

Published on

0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total views
820
On SlideShare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
8
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Chromosome segmentation lab1

  1. 1. การตัดแยกภาพโครโมโซมแบบอัตโนมัติ (Automatic Chromosome Segmentation ) กระบวนการตัดแยกภาพโครโมโซม เปนขั้นตอนหนึ่งในกระบวนการคัดแยกภาพโครโมโซมในลักษณะการจัดหมวดหมู โดยภาพที่ใชในการจัดเรียงจะอยูในลักษณะโครโมโซมที่กระจายตัว โดยการทดลองในครั้งนี้ เปนการรวมวิธีการเพื่อใชในการตัดแยกภาพโครโมโซมออกเปนมาในลักษณะเปนชิ้นเดี่ยวๆโดยมีกระบวนการดังตอไป ขั้นตอน และ วิธีการตัดแยกภาพโครโมโซม Chromosome Image Gray scale Adaptive Threshold Pre-processing Connect component Flood Fill Neighbor Canny edge Detection Finding contour
  2. 2. โดยในแตละขั้นตอนสามารถอธิบายดังตอไปนี้ 1. นําภาพโครโมโซมเขาสูระบบ โดยภาพที่ใชเปนภาพโครโมโซม ชนิดไฟลนามสกุล .JPG แสดงดังภาพที่ 1 ภาพที่ 1 ภาพโครโมโซม ชนิดไฟลนามสกุล .JPG ที่ใชในการทดสอบ 2. แปลงขอมูลภาพใหเปนภาพ Gray scale ในกระบวนนี้ทําการหาคาเฉลี่ยของหนึ่งพิกเซล จะใหในหนึ่งพิเซลมีคาเพียงคาเดียว R+G+B = src(x, y) 3โดยกระบวนการนี้จะหาทุกพิกเซลของภาพ ผลจากการแปลงภาพเปนภาพ Gray scale แสดงดังภาพที่ 2 ภาพที่ 2 ภาพโครโมโซมหลังจากผานการแปลง Gray scale 3. เปนขั้นตอนการแปลงภาพ Gary scale ใหเปนภาพ Binary image โดยจะเปนการพิจารณากําหนดใหคาพิกเซลภาพเปน O และ 1 โดยแยกระหวาง วัตถุกับพื้นหลัง วิธีการที่ใชในการแปลงภาพเปน Binary image คือ Adaptive Thresholding โดยวิธีนี้จะหาคากลางที่ใชในการแบงวาคาพิกเซลเทาใดจึงจะเปนกําหนดใหวัตถุในภาพเปน background หรือ foreground โดยจะกําหนดคาเฉลี่ยน้ําหนักใหทุกพิกเซลใหมีคาเทากัน จากนั้นจะหาคา T(x,y) จากสูตร T(x, y) = mean โดยคา mean ที่ไดจะเกิดจากการกําหนด คา blockSize X blockSize ของพิกเซลรอบขางพิกเซลที่พิจารณา 1, T(x, y) > src(x, y)  dst(x, y) =   0, T(x, y) < src(x, y) 
  3. 3. โดยผลการทํา Binary image แสดงดังภาพที่ 3 ภาพที่ 3 ภาพโครโมโซมหลังจากผานการทํา Binary imageจะพบวาภาพโครโมโซมบางตัวพื้นที่ภายในยังมีสีคลายกับสีพื้นหลัง เกิดจากคาแถบลายภายในของโครโมซมในบางตัวมีสีที่คลายกับสีของพื้นหลัง ดังนั้นจากภาพดังกลาวจะตองหาวิธีการกําหนดคาสีดําลงไปในจุดสีขาวในโครโมโซม โดยจะใช วิธีการFoodFill 4. FoodFill เปนวิธีการชวยอุดชิ้นสวนที่ขาดหาไปของภาพ โดยวิธการดังกลาวประกอบดวย Connect component, ีneighbor pixel เปนตนโดยสามารถอธิบายดังนี้ Connect component การใช เปนการหาการเชื่อมตอขององคประกอบภายในภาพ และกําหนดสัญญาลักษณใหกับจุดทุกจุดของ component โดยขั้นตอนการทํางาน ดังนี้ - เลือกพิกเซลในภาพและกําหนด Label ใหกับพิกเซลนั้น - กําหนด Label ที่เหมือนกันให neighbor pixel โดยจะตองมีคาพิกเซลทีเหมือนกัน ่ - ทําการ Lebel ใหกับ neighbor pixel ตางๆ - เลือก Label อื่นๆและพิกเซลทียังไมกําหนด Label ทําการกําหนด Label และพิจาณาตามขั้นตอนจนครบทุก ่ พิกเซล Neighbor เปนการกําหนดคาพิกเซลโดยพิจารณาจากพิกเซลรอบขางโดยรูปแบบการพิจารณามี 2 วิธี คือ พิจารณา แบบ 4 จุดรอบขางดังภาพที่ 4 แบบ 4 ชุด แบบ 8 ชุด ภาพที่ 4 การกําหนดคาพิกเซลโดยพิจารณาจากพิกเซลรอบขาง
  4. 4. โดยผลจากการทํา FoodFill แสดงดังภาพที่ 5 ภาพที่ 5 ผลจากการทํา FoodFill 5. ขั้นตอนการหาเสนขอบภาพโครโมโซม Contour ในขั้นตอนดังกลาวใช Canny Algorithm ในการหาเสนขอบภาพโดยมีวิธีการคือ อัลกอริทึมจะพยายามรวบรวมพิกเซลของเสนขอบภาพจนกลายเปน Contour โดยรูปแบบของ Contour จะมีลักษณะเปน hysteresis threshold คือ จะประกอบดวยคา threshold 2 ลักษณะคือ upper threshold และ lower threshold ซึ่งพิจารณาจากการหาคา Gradient ของแตละพิกเซลโดยถาคา ดังกลาวในพิกเซลมีคาสูง จะเปน upper threshold และถาคาต่ําจะเปน lower threshold ถาคาของพิกเซลต่ากวา lower threshold พิกเซลนั้นจะไมไดรับการพิจารณาใหเปน Contour line แตถาคา ํพิกเซลอยูในชวงระหวาง upper threshold และ lower threshold จะไดรับการพิจารณาใหเปน Contour line แตจะตองมีลักษณะการเชื่อมตอกันของคาพิกเซลทีมีคา Threshold ที่สูง เปนตน ผลการหา Contour line แสดงดังภาพที่ 6 หลังจากได contour line ่จะสามารถหาตําแหนง จุดใดจุดหนึ่งใน Contour และ ขอบเขตของ Contour และจะสามารถสราง กรอบสี่เหลี่ยมครอบภาพไดดังแสดงในภาพที่ 7 ภาพที่ 6 ผลการหา Contour line
  5. 5. ภาพที่ 7 กรอบสี่เหลี่ยมครอบภาพโครโมโซม

×