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DATA SHARING
Acceso abierto a los datos de investigación:
      definición, políticas y actores
       daniel torres-salinas
          Instituto Politécnico de Braganca
                 26 de Octubre 2012
INTRODUCCIÓN
DEL ACCESO ABIERTO DE LOS ARTÍCULO AL ACCESO ABIERTO DE DATOS




                                            ¿ ’10?
                                            Sumando las
                           ’00              sinergias
                                            anteriores el
                           Se consolidan    siguiente paso
                           conceptos como   es el acceso
                           e-ciencia o      abierto a los
        ’90                Ciencia 2.0      datos de
                           (blogs, redes    investigación.
        Acceso abierto a   sociales, …)
        la literatura
        científica
¿QUÉ ESTÁ FAVORECIENDO EL DATA SHARING?




                              Apoyo de
Como pilar    Apoyo de
                                 las        Contexto
 de la E-     todo tipo
                             principales   Tecnológico
 Ciencia.    organismos.
                              revistas.
EXISTE UN INTENSO DEBATE ENTRE LOS PROPIOS CIENTÍFICOS
 A raíz de éxitos como el Human Genome Project muchas comunidades
científicas debate sobre adoptar políticas de Data Sharing más intensas




    Lancet   Neuroinformatics    Publich Health   Radiographics   PNAS
DATOS: TIPOS Y DEFINICIÓN DEL NIH.
  SEGÚN                  SEGÚN FASE                 SEGÚN
  FORMATO                INVESTIGACIÓN              OBJETIVO
   - Texto                - Prelimares              - Específicos
   - Imágenes             - Finales                 - Medio
   - Etc..                                          - Generales



“Por datos finales de investigación entendemos material
factual registrado, aceptado por la comunidad científica y
necesarios para validar los resultados de la investigación. No
son datos finales : notas de laboratorio, sets de datos
parciales, análisis preliminares, borradores de trabajos,
planes para investigaciones futuras, informes que,
comunicaciones con colegas, u objetos físicos”
EJEMPLOS DE DATOS DE INVESTIGACIÓN


Bibliometría       Proteómica       Neurociencias




 Los registros    Serían todas            En
descargados en      aquellas         neurociencias
  una base de      proteínas y            las
 datos para un   péptidos que se    neuroimágenes
    estudio.     han conseguido
                   identificar
EJEMPLOS DE DATOS DE INVESTIGACIÓN + SOCIAL
¿PERO CUÁLES SON LAS VENTAJAS DE COMPARTIRLOS?


Reaprovechamiento          Transparencia               Impacto




       • Mejor           • Permitiría acabar con   • Oportunidad de dar
   aprovechamiento         el fraude científico.    mayor visibilidad a
    dinero publico.       • Replicar trabajos         nuestro trabajo.
 • Permite acabar con         fácilmente           • Mayor número de
 proyectos duplicados.                                   citas
   • Permite nuevos                                    • Fomenta
       estudios.                                       colaboración
NO ES UNA CUESTIÓN NUEVA. ALGUNOS HITOS




                                            PROTEIN DATA BANK. Creación en
  GALTON. Pienso que nadie debiera
                                         1971 bajo los auspicios de la American
  publicar resultados biométricos sin
                                          Crystalographic Association. Desde su
 depositar una copia de sus datos bien
                                          creación, un crecimiento exponencial
redactada y presentada en algún lugar
                                          pasando de apenas 500 estructuras a
   donde todo aquel que lo deseara
                                         finales de los ochenta a más de 75.000
     pudiera verificar su trabajo
                                                         en 2010
CADA VEZ EXISTEN UN MAYOR NÚMERO DE REPOSITORIOS
45% de los trabajos que
utilizan gene expressions
hacen públicos su datos
 La creación de repositorios       Neurodatabase
 disciplinares es más la
 excepción que la regla
                               Cancer Genome Atlas

                                 Data Observation
Protein Data Bank                Network for Earth

                                  GenBank
CONSOLIDADOS NUEVOS ROLES PROFESIONALES
En el ámbito de las bibliotecas también es un tema en debate y ya
se están empezando a asumir nuevos roles en relación a los datos




                                 Data Curation Centers



                      Data Curation
¿CÓMO SE
COMPARTEN LOS
   DATOS?
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES




CANALES INFORMALES
          PEER TO PEER (e-mail)


    DESCENTRALIZADOS (WEBS..)
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES




  Desventajas   No reutilización
                 permanente
                Obsolescencia
                  Formato
                   Falta de
                normalización
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES




CANALES FORMALES
             REPOSITORIOS

        REVISTAS CIENTÍFICAS
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES



                base de datos en línea donde los datos son
REPOSITORIOS
                depositados y descritos conforme a un estándar
                quedando listos para su posterior recuperación

                existe una gran variedad de bancos de datos y
                las soluciones adoptadas en cada ámbito son
                muy diversas.

                Asimismo también se diferencian en una mayor
                complejidad en su uso, tanto en el depósito
                como en la recuperación
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES



ARRAY ESPRESS        DRYAD        CLINICAL TRIAL     Species 2000




  Genómica         Biociencias      Medicina           Biología
   863.732        902 paquetes      113.224            1.368.009
experimentos       de datos y       ensayos           especies de
  y ensayos       2157 ficheros                      100 bases de
                    de datos                             datos
TIPOS DE REPOSITORIOS


    Según            Control de los
Almacenamiento          datos



  Centralizado            Abierto



    Federado              Híbrido



                        Controlado
LA DIFICULTAD DE CONSUTA EN LOS REPOSITORIOS
SOLUCIONES ESPECÍFICAS PARA CADA DISCIPLINA Y TIPO DE DATO

               Un registro de DRYAD
POR ESO EXISTEN UNA GRAN CANTIDAD DE ESTÁNDARES
Research community, funding agencies, and journals participate in
the development of reporting standards for the bioscience domain
to ensure that shared experiments are reported with enough
information to be comprehensible and (in principle) reproducible,
compared or integrated. Similar trends in both the regulatory arena
and commercial science.
El rol de las agencias
de financiación y las
 revistas científicas
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES



 El valor de los bancos de datos como la vía óptima para compartir datos y sobre
todo el reconocimiento que éstos han tenido en diversas comunidades científicas
altamente especializadas se puede atribuir, gracias al establecimiento de políticas
           y al fomento de su uso, por parte de dos agentes principales.


                           ORGANISMOS
                         FINANCIADORES
                   REVISTAS CIENTÍFICAS
POLÍTICAS INSTITUCIONALES DE DATA SHARING. EJEMPLOS




   1994                 2000                  2011
 Economic and       National Science       Wellcome Trust
Social Research       Foundation          Sharing research
  ESRC Data         NSF Data Sharing      data to improve
 Policies and        Policy and Data       public health:
  Standards           Management         joint statement of
                           Plan                purpose
                      Requirements
POLÍTICAS INSTITUCIONALES DE DATA SHARING. NIH.




La razón que justifica compartir             “ To facilitate data sharing,
los datos desde el punto de                   investigators submitting a
vista institucional es que los          research application requesting
datos que provienen de                         $500,000 are expected to
proyectos también son                    include a plan for sharing final
resultados de la investigación y              research data for research
por tanto, al igual que los                 purposes, or state why data
artículos, deben hacerse                         sharing is not possible”
públicos.                                                     (NIH 2003)
POLÍTICAS SUPRANACIONALES DE DATA SHARING. OECD y UE

         OECD                    EU



        Principles and         On Scientific
        Guidelines for        Information in
          Access to          the Digital Age:
        Research Data             Access,
         from Public          Dissemination
           Funding          and Preservation
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES




       VIIPM
                    SEADATA
                      NET

      CASPAR
COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES


Las revistas están fomentando compartir en sus
instrucciones. Las razones son favorecer la replicación,
ayudar a los revisores y apoyar las políticas institucionales



   Los requisitos que exigen generalmente es el respeto
   por la descripción de los estándares que describen los
   datos y emplear un repositorio “reconocido”



Los autores que publican en las revistas suelen estar
obligados a compartir lo datos todos aquellos lectores que
se los soliciten
POLÍTICAS DE DATOS DE LAS REVISTAS CIENTÍTICAS




    Science apoya los        Los materiales, datos y   PLoS ONE promociona
 esfuerzos de las bases       protocolos asociados        una investigación
      de datos para          estén disponibles para    abierta y pretende que
  compartir datos para         ser consultados por     todos los trabajos que
el uso de la comunidad         quien lo desee. Los      publica puedan servir
 científica. Por ello, los    sets de datos deberán    como punto de partida
 sets de datos deberán          estar accesibles de          para futuros
 ser depositados en un       manera gratuita desde       científicos. Por ello,
  repositorio, y deberá      la fecha de publicación   exigimos la aceptación
indicarse en el artículo            y deberán             de los estándares
 el número de registro          suministrarse a los       existentes parar el
 o la dirección para su       editores y revisores…      depósito público de
       localización.                                             datos.
NATURE: REPOSITORIOS RECOMENDADOS
ALGUNAS REVISTAS FACILITAN COLGAR LOS DATOS DE SU WEB
ASCESSION NUMBER
ASCESSION NUMBER
Consideraciones
 finales: el papel de
los profesionales de
    la información
¿QUÉ PUEDEN HACER LOS BIBLIOTECARIOS?


Proveer de demandas de datos


Promoción del Data Sharing


Desarrollo normas y directrices


Intermediación con los repositorios
¿QUÉ ESTA OCURRIENDO EN NUESTRO CENTROS?


CAMPUS DATA MANAGMENT
DATA SHARING
Acceso abierto a los datos de investigación:
      definición, políticas y actores
       daniel torres-salinas
      Mail: torressalinas@gmail.com
         Twitter: @torressalinas

           Instituto Politécnico de Braganca
                  26 de Octubre 2012

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Acceso abierto a los datos de investigación definición políticas y actores

  • 1. DATA SHARING Acceso abierto a los datos de investigación: definición, políticas y actores daniel torres-salinas Instituto Politécnico de Braganca 26 de Octubre 2012
  • 3. DEL ACCESO ABIERTO DE LOS ARTÍCULO AL ACCESO ABIERTO DE DATOS ¿ ’10? Sumando las ’00 sinergias anteriores el Se consolidan siguiente paso conceptos como es el acceso e-ciencia o abierto a los ’90 Ciencia 2.0 datos de (blogs, redes investigación. Acceso abierto a sociales, …) la literatura científica
  • 4. ¿QUÉ ESTÁ FAVORECIENDO EL DATA SHARING? Apoyo de Como pilar Apoyo de las Contexto de la E- todo tipo principales Tecnológico Ciencia. organismos. revistas.
  • 5. EXISTE UN INTENSO DEBATE ENTRE LOS PROPIOS CIENTÍFICOS A raíz de éxitos como el Human Genome Project muchas comunidades científicas debate sobre adoptar políticas de Data Sharing más intensas Lancet Neuroinformatics Publich Health Radiographics PNAS
  • 6. DATOS: TIPOS Y DEFINICIÓN DEL NIH. SEGÚN SEGÚN FASE SEGÚN FORMATO INVESTIGACIÓN OBJETIVO - Texto - Prelimares - Específicos - Imágenes - Finales - Medio - Etc.. - Generales “Por datos finales de investigación entendemos material factual registrado, aceptado por la comunidad científica y necesarios para validar los resultados de la investigación. No son datos finales : notas de laboratorio, sets de datos parciales, análisis preliminares, borradores de trabajos, planes para investigaciones futuras, informes que, comunicaciones con colegas, u objetos físicos”
  • 7. EJEMPLOS DE DATOS DE INVESTIGACIÓN Bibliometría Proteómica Neurociencias Los registros Serían todas En descargados en aquellas neurociencias una base de proteínas y las datos para un péptidos que se neuroimágenes estudio. han conseguido identificar
  • 8. EJEMPLOS DE DATOS DE INVESTIGACIÓN + SOCIAL
  • 9. ¿PERO CUÁLES SON LAS VENTAJAS DE COMPARTIRLOS? Reaprovechamiento Transparencia Impacto • Mejor • Permitiría acabar con • Oportunidad de dar aprovechamiento el fraude científico. mayor visibilidad a dinero publico. • Replicar trabajos nuestro trabajo. • Permite acabar con fácilmente • Mayor número de proyectos duplicados. citas • Permite nuevos • Fomenta estudios. colaboración
  • 10. NO ES UNA CUESTIÓN NUEVA. ALGUNOS HITOS PROTEIN DATA BANK. Creación en GALTON. Pienso que nadie debiera 1971 bajo los auspicios de la American publicar resultados biométricos sin Crystalographic Association. Desde su depositar una copia de sus datos bien creación, un crecimiento exponencial redactada y presentada en algún lugar pasando de apenas 500 estructuras a donde todo aquel que lo deseara finales de los ochenta a más de 75.000 pudiera verificar su trabajo en 2010
  • 11. CADA VEZ EXISTEN UN MAYOR NÚMERO DE REPOSITORIOS 45% de los trabajos que utilizan gene expressions hacen públicos su datos La creación de repositorios Neurodatabase disciplinares es más la excepción que la regla Cancer Genome Atlas Data Observation Protein Data Bank Network for Earth GenBank
  • 12. CONSOLIDADOS NUEVOS ROLES PROFESIONALES En el ámbito de las bibliotecas también es un tema en debate y ya se están empezando a asumir nuevos roles en relación a los datos Data Curation Centers Data Curation
  • 14. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES CANALES INFORMALES PEER TO PEER (e-mail) DESCENTRALIZADOS (WEBS..)
  • 15. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES
  • 16. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES Desventajas No reutilización permanente Obsolescencia Formato Falta de normalización
  • 17. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES INFORMALES CANALES FORMALES REPOSITORIOS REVISTAS CIENTÍFICAS
  • 18. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES base de datos en línea donde los datos son REPOSITORIOS depositados y descritos conforme a un estándar quedando listos para su posterior recuperación existe una gran variedad de bancos de datos y las soluciones adoptadas en cada ámbito son muy diversas. Asimismo también se diferencian en una mayor complejidad en su uso, tanto en el depósito como en la recuperación
  • 19. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES ARRAY ESPRESS DRYAD CLINICAL TRIAL Species 2000 Genómica Biociencias Medicina Biología 863.732 902 paquetes 113.224 1.368.009 experimentos de datos y ensayos especies de y ensayos 2157 ficheros 100 bases de de datos datos
  • 20. TIPOS DE REPOSITORIOS Según Control de los Almacenamiento datos Centralizado Abierto Federado Híbrido Controlado
  • 21. LA DIFICULTAD DE CONSUTA EN LOS REPOSITORIOS
  • 22. SOLUCIONES ESPECÍFICAS PARA CADA DISCIPLINA Y TIPO DE DATO Un registro de DRYAD
  • 23. POR ESO EXISTEN UNA GRAN CANTIDAD DE ESTÁNDARES Research community, funding agencies, and journals participate in the development of reporting standards for the bioscience domain to ensure that shared experiments are reported with enough information to be comprehensible and (in principle) reproducible, compared or integrated. Similar trends in both the regulatory arena and commercial science.
  • 24. El rol de las agencias de financiación y las revistas científicas
  • 25. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES El valor de los bancos de datos como la vía óptima para compartir datos y sobre todo el reconocimiento que éstos han tenido en diversas comunidades científicas altamente especializadas se puede atribuir, gracias al establecimiento de políticas y al fomento de su uso, por parte de dos agentes principales. ORGANISMOS FINANCIADORES REVISTAS CIENTÍFICAS
  • 26. POLÍTICAS INSTITUCIONALES DE DATA SHARING. EJEMPLOS 1994 2000 2011 Economic and National Science Wellcome Trust Social Research Foundation Sharing research ESRC Data NSF Data Sharing data to improve Policies and Policy and Data public health: Standards Management joint statement of Plan purpose Requirements
  • 27. POLÍTICAS INSTITUCIONALES DE DATA SHARING. NIH. La razón que justifica compartir “ To facilitate data sharing, los datos desde el punto de investigators submitting a vista institucional es que los research application requesting datos que provienen de $500,000 are expected to proyectos también son include a plan for sharing final resultados de la investigación y research data for research por tanto, al igual que los purposes, or state why data artículos, deben hacerse sharing is not possible” públicos. (NIH 2003)
  • 28. POLÍTICAS SUPRANACIONALES DE DATA SHARING. OECD y UE OECD EU Principles and On Scientific Guidelines for Information in Access to the Digital Age: Research Data Access, from Public Dissemination Funding and Preservation
  • 29. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES VIIPM SEADATA NET CASPAR
  • 30. COMPARTIR DATOS: LOS CANALES FORMALES Las revistas están fomentando compartir en sus instrucciones. Las razones son favorecer la replicación, ayudar a los revisores y apoyar las políticas institucionales Los requisitos que exigen generalmente es el respeto por la descripción de los estándares que describen los datos y emplear un repositorio “reconocido” Los autores que publican en las revistas suelen estar obligados a compartir lo datos todos aquellos lectores que se los soliciten
  • 31. POLÍTICAS DE DATOS DE LAS REVISTAS CIENTÍTICAS Science apoya los Los materiales, datos y PLoS ONE promociona esfuerzos de las bases protocolos asociados una investigación de datos para estén disponibles para abierta y pretende que compartir datos para ser consultados por todos los trabajos que el uso de la comunidad quien lo desee. Los publica puedan servir científica. Por ello, los sets de datos deberán como punto de partida sets de datos deberán estar accesibles de para futuros ser depositados en un manera gratuita desde científicos. Por ello, repositorio, y deberá la fecha de publicación exigimos la aceptación indicarse en el artículo y deberán de los estándares el número de registro suministrarse a los existentes parar el o la dirección para su editores y revisores… depósito público de localización. datos.
  • 33. ALGUNAS REVISTAS FACILITAN COLGAR LOS DATOS DE SU WEB
  • 36. Consideraciones finales: el papel de los profesionales de la información
  • 37. ¿QUÉ PUEDEN HACER LOS BIBLIOTECARIOS? Proveer de demandas de datos Promoción del Data Sharing Desarrollo normas y directrices Intermediación con los repositorios
  • 38. ¿QUÉ ESTA OCURRIENDO EN NUESTRO CENTROS? CAMPUS DATA MANAGMENT
  • 39. DATA SHARING Acceso abierto a los datos de investigación: definición, políticas y actores daniel torres-salinas Mail: torressalinas@gmail.com Twitter: @torressalinas Instituto Politécnico de Braganca 26 de Octubre 2012