Presentatie stage

  • 314 views
Uploaded on

 

  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Be the first to comment
    Be the first to like this
No Downloads

Views

Total Views
314
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0

Actions

Shares
Downloads
0
Comments
0
Likes
0

Embeds 0

No embeds

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
    No notes for slide

Transcript

  • 1. Stage bij Janssen Pharmaceutica
    Toon Borgers
    Kevin Deyne
    Veerle Verheyen
  • 2. Inhoudsopgave
    Over het bedrijf
    Opdracht
    Plan van aanpak
    Planning
    Uitwerking
    Nodes met demo's
    Kevin
    Toon
    Veerle
  • 3. Janssen Pharmaceutica
    Belgisch farmaceutisch bedrijf
    Opgericht in 1953, door Dr. Paul Janssen
    Deel van groep Johnson & Johnson
    Hoofdkwartier in Beerse
  • 4. Janssen Pharmaceutica
    Voornaamste bezigheid:
    Research naar nieuwe medicatie
    Neurowetenschappen
    Infectieziekten
    Immunologie
    Oncologie (kanker behandelingen)
    Cardiovasculaire aandoeningen (hart aandoeningen)
    Productie medicatie
    Vooral zolang patenten geldig zijn
  • 5.
  • 6. Janssen Pharmaceutica
    Eigen ondersteunend softwarepakket
     PHAEDRA
    Uitbreiden met Knime workflow met eigen nodes!
  • 7. Opdracht
    Knime nodes crëeren
    Data snel en duidelijk te beschikking
    Grafisch weergegeven
    Verschillende bestandsformaten
    Resultaten cytometrie
    Later integreren in PHAEDRA
  • 8. Plan van aanpak
    Het doel is een reeks nodes te maken die het bestaande aanbod sterk uitbreid
    Met deze nodes kunnen complexe gehelen worden gevormd, genaamd workflows
    Het is de bedoeling dat deze workflows de routineonderzoeken gaan ondersteunen
  • 9. FlowCytometry
    Techniek voor het tellen en bestuderen van in een stromende vloeistof voorkomende microscopisch kleine deeltjes
    Bloedcellen
    Cellen worden door een buis
    gebracht en met licht bestraald
  • 10. Onze inbreng
    Deze nodes creëren
    Integreren met bestaand PHAEDRA systeem
    Zal als open source software worden gereleaset
  • 11. Planning
    Korte opdrachten
    Volgende opdrachten op korte termijn
    Individueel plannen
    Uitwerking met behulp van
    Source code
    Nodes van anderen
    Documentatie: e-books, internet, …
  • 12. Uitwerking
  • 13. Onderzoek (Kevin)
    Beperkt gewerkt met R
    Functionaliteit bekijken
    Mede stagiair Kris gaat zich hier nu in verdiepen
  • 14. KNIME Nodes (Kevin)
    I/O (Week 1 & 2)
    Readers
    ASCII reader
    Gating ML (xml -> tabel)
    FCS (fcs -> tabellen)
    ACS (acs/zip, table of content -> tabellen)
    Writers
    GatingWriters (tabel -> xml)
    ACS GatingWriter (tabel -> updated ACS, updated TOC)
  • 15. KNIME Nodes (Kevin)
    Plots (Week 2 & 3)
    ExtendenLineplot
    Snel, uiteindelijk niet flexibel genoeg
    Extenden Histogram
    Veel functionaliteit, blijft behouden
    Omzetten naar lineplot
    “Smoothen” met spline
    Range gates aanduiden
    Data omrekenen naar tabel
  • 16. KNIME Nodes (Kevin)
    Filestreams
    ZipEntry
    DOM parsing
    Extenden van nodes
    Structuur van complexe nodes
    visualisatie model, drawingpane, properties
  • 17. KNIME Nodes (Kevin)
    Demonstratie
  • 18. KNIME Nodes (Toon)
    Define gates
    Eerste versie: mbvKnimeScatter Plot node
    • Veel zoekwerk naar klassen, methodes,…
    Tweede versie: zelf helemaal gemaakt
    Beter kennis van structuur: gemakkelijker aanpasbaar
    Meer controle
  • 19. KNIME Nodes (Toon)
    Database:
    Wachtwoord van file server halen + decryptie
     Security policy van Johnson&Johnson
    Read welldatabyplateid
    Search plate information bybarcode
  • 20. KnimeNodes (Toon)
    Calculatepopulations
    Welk event hoort bij welke gate?
    AggregateFCS
    Allerlei statistieken (gemiddelde waarde, mediaan,…)
    Scatter gate executor
    Visualisatie van set gates op dataset
  • 21. KnimeNodes (Toon)
    Gate Reader
    Speciale poorten nodig om objecten door te geven
    Onze manier: Gating ML XML String in een cel
    Alternatief: Base64 encoderen
    • Binaire data naar ASCII omzetten
    Klein snelheidsverschil
     Wordt groter bij herhalen over meerdere platen
  • 22. KnimeNodes (Toon)
    Demonstratie
  • 23. Knime Nodes (Veerle)
    ZIP Extractor
    Database:
    Read plates by experiment name
    Read wells by plate id
    Filter wells via GUI
  • 24. Knime Nodes – BIRT (Veerle)
    Single well histogram
    Multiple well histogram
    Overlay histogram
    Naar pdf
    Export wizard report
  • 25. Onderzoek (Veerle)
    Knime report designer
    Geïmplementeerde BIRT nodes
    BIRT API
    Geen source code beschikbaar
    Exporteren van rapporten
    Van rpt.design naar pdf
  • 26. Demonstratie (Veerle)
    Demonstratie
    Pdf