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Pubmed para principiantes
 

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Webinar impartido por Concepción Asensio en SocialBiblio el día 23 de Enero de 2013

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  • Buenas noches a todos y muchas gracias a María y Paula por la oportunidad que me ha brindado de participar en este proyecto de SocialBiblio con el seminario que he titulado “PubMed para principiantes”. Y como no, también a todos los que esta noche estáis participando siguiendo el webinar. Como podéis deducir por el título esta sesión está dirigida a documentalistas, bibliotecarios y, en general, a profesionales de la información que no tiene conocimiento de PubMed así como también a los usuarios finales no documentalistas que necesitan utilizar esta herramienta para la búsqueda de información en ciencias de la salud. Como ya me han presentado no vamos a entretenernos más y vamos a comenzar con el desarrollo de la sesión. PubMed es un producto de la NLM. La National Library of Medicine (NLM) o Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos que forma parte de National Institutes of Health (NIH) Su sede está en Bethesda, Maryland, Estados Unidos es quizá la biblioteca de biomedicina más grande del mundo. y que hace poco, en 2011 ha celebrado el 175 aniversario. La NLM produce muchas bases de datos y herramientas entre las que destacan: PubMed = Indiza la literatura mundial de ciencias de la salud MedlinePlus = Educación al Paciente = educación e información sanitaria al consumidor gratuita y mucha de ella en español. ClinicalTrials.gov = Base de datos de ensayos clínicos TOXNET = Base de datos de toxicología, substancias peligrosas, salud medioambiental, etc. http://toxnet.nlm.nih.gov/ PUBMED Central y OMIM (   Online Mendelian Inheritance in Man) Se trata de una base de datos de genes y enfermedades genéticas 
  • El contenido de la sesión, lo que vamos a ver y tratar es el siguiente: Empezaré con una introducción de qué es PubMed y veremos un poco de su historia. Creo importante cuando manejamos PubMed conocer exactamente qué es y qué no es y, sobre todo, saber diferenciarlo de la base de datos MEDLINE. Continuaremos con las diferentes formas de acceso a PubMed para después comenzar a ver cómo buscar en la base de datos. Como veis hay dos formas de búsqueda, la sencilla o básica y la avanzada. Dentro de esta última yo distingo tres modalidades diferentes: búsqueda utilizando la pantalla de búsqueda avanzada, búsqueda booleana con etiquetas identificativas de cada campo y, por ultimo, la búsqueda empleando el tesauro MeSH tanto descriptores como subencabezamientos, MAJOR MeSH y otros En este seminario, dado que es para principiantes sólo vamos a analizar la opción de búsqueda sencilla o simple aunque hablaremos algo del tesauro MeSH En quinto lugar veremos las opciones de visualización del resultado y analizaremos los campos del registro. Por último, analizaremos las diferentes opciones de manejo de los resultados. Los objetivos de esta sesión son tres: Entendáis el propósito y contenido de PubMed Seamos capaces de realizar una búsqueda sencilla en PubMed y entender qué hace (“automatic term mapping”) Familiarizarnos con las opciones básicas de visualización y manejo del resultado de PubMed
  • John Shaw Billings nació en Indiana el 12 de abril de 1838 y murió el 11 de marzo de 1913 ha sido el bibliotecario y cirujano más conocido como el renovador de la Biblioteca de la Oficina General del Ejército de Estados Unidos ( Library of the Surgeon General's Office  of the Army) y como el primer director de la Biblioteca Pública de Nueva York. Durante la Guerra Civil americana, llegó ser jefe de la Library of the Surgeon General's Office en Washigton que más tarde sería el núcleo de la NLM National Library of Medicine. Fue el responsible de la creación del Index Medicus y del Index Catalogue of the Surgeon General's Office.
  • Como ya hemos dicho, el El Index Medicus comenzó a editarse en 1879 por John Shaw Billings. Tenía una periodicidad mensual. Existío otra versión acumulada anual, el CUMULATED INDEX MEDICUS publicada en papel desde 1960 hasta 2004. También existió una versión reducida desde 1970 hasta 1997 llamada ABRIGDE INDEX MEDICUS con la indización de revistas nucleares. En su comienzo el enorme volumen de citas bibliográficas se recopilaron manualmente. En 1957 el personal de la NLM comenzó a planificar la mecanización del Index Medicus , dado que se necesitaba era una manera de manipular toda esta información para producir productos auxiliares como índices impresos, catálogos y bibliografías temáticas . En 1960 se preparó un pliego de condiciones detalladas y para la primavera de 1961 se envió a 72 empresas una solicitud de propuestas para desarrollar el sistema. Como resultado, se adjudicó un contrato a la empresa General Electric. Así nació MEDLARS en 1964. MEDLARS® (MEDical Literature Analysis and Retrieval System), etimológicamente significa “Análisis de la literatura médica y Sistemas de Recuperación de Datos”. MEDLARS tuvo un coste de $ 3 millones para su desarrollo y en el momento de su conclusión no permitía el acceso al público. Rápidamente la NLM puso a disposición de determinadas instituciones las cintas magnéticas con los datos del sistema disponible para establecer servicios descentralizados de búsqueda en todo el país. En 1971 pasó a llamarse MEDLINE  (MEDLARS Online) . Para la búsqueda eficaz en los primeros MEDLINE hacía falta un entrenamiento especial en los encabezamientos de materia, los comandos de búsqueda y la lógica booleana. Además, la consulta era muy costosa pues se realizaba a través de módem telefónico. Por esto los bibliotecarios y especialistas en información buscaban por los investigadores y profesionales de la salud (búsquedas mediadas, con intermediario). Las cintas de datos MEDLINE llegó a estar disponible en la suscripción a las universidades y centros de MEDLARS internacionales. Con posterioridad se comercilizó MEDLINE en CD-ROM lo que posibilitó la búsqueda directa de los usuarios pues el coste ya no estaba ligado a una conferencia telefónica. El 26 de junio de 1997 MEDLINE estuvo disponible de forma gratuita en la Web. La NLM inauguró el acceso gratuito a nivel mundial a MEDLINE través de PubMed , un nuevo sistema de acceso creado por la NCBI de la NLM .  El vicepresidente Gore, quien participó en el anuncio, dijo que este avance "puede hacer más para reformar y mejorar la calidad de la atención sanitaria en los Estados Unidos que cualquier otra cosa que hemos hecho en mucho tiempo."  Su uso aumentado de manera exponencial.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Medline es la mayor base de datos mundial de ciencias de la salud, o por lo menos la más utilizada, aunque hay que tener en cuenta que no es la única pues tenemos otras tales como EMBASE, CINAHL, etc. Esto hay que tenerlo en cuenta cuando queremos hacer búsquedas exhaustivas pues no es suficiente la búsqueda únicamente en MEDLINE. Para hacernos una idea, aproximadamente hay un solapamiento entre MEDLINE y EMBASE del 35%. Indiza 5.600 revistas de ámbito mundial procedente de USA y de otros 80 países del total aproximado de 30.000 revistas editadas en todo el mundo y en 39 idiomas (la mayoría, un 91% en inglés) de ahí que se diga que tiene un sesgo anglosajón su cobertura. Su temática es ciencias de la salud, especialmente de biomedicina, abarcando los campos de la medicina, enfermería, odontología, veterinaria, sistemas de salud, ciencias preclínicas, salud pública,… En total hay recogidas aproximadamente 19 millones de referencias bibliográficas, desde 1946 hasta la actualidad La mayoría de estos 19 millones de citas, el 83%, incluye el resumen. La NLM no hace resumen, copia el que está escrito por los autores en los artículos. Hay artículos como cartas o editoriales que no tienen resumen y si el artículo tiene resumen pero no está en inglés tampoco lo traducen para su inclusión. Lo que si traducen es el título del artículo del idioma original al inglés. Nosotros distinguimos que han traducido el título cuando nos encontramos la referencia con el título entre corchetes Una característica propia de MEDLINE es que los artículos son indizados utilizando el lengiaje controlado de la NLM llamada Medical Subject Heading o MeSH. Este es un valor añadido aportado por la NLM.
  • No es extraño que nuestros usuarios, e incluso muchas veces los mismos bibliotecarios, tomemos como iguales a PubMed y MEDLINE. De hecho, cuando explicamos que es PubMed simplificamos y decimos que proporciona acceso gratuito a la base de datos MEDLINE. PubMed es una de las muchas interfaces de búsquedas de MEDLINE que existen. Y siendo esto verdad también hay que señalar que PubMed no solo es MEDLINE aunque su mayor componente sea este. El 90% de las citas de PubMed son MEDLINE. Me ocurrió con un usuario que me solicitó ayuda pues había enviado un manuscrito a una revista y le habían pedido que corrigiera este añadiendo trabajos más recientes. Este médico había realizado una buena búsqueda en PubMed utilizando el tesauro MeSH. Lo que el desconocía es que si busca usando los términos MeSH, al igual que por los campos de tipo de artículo, idioma, etc.), perdía contenido incluido en PubMed y limitaba su resultado a la base de datos MEDLINE. Yo le expliqué que con la estrategia que había empleado perdía todas aquellas referencias de los artículos más recientemente incluidos en PubMed… y más cosas. Solo hay que ver los siguientes datos: PubMed incluye aproximadamente  21.527.461 registros y MEDLINE 19.415.892 referencias. Entonces, ¿que contiene PubMed?. Resumiendo diríamos que PubMed incluye cerca de 22 millones de referencias procedentes de la base de datos MEDLINE, de revistas de ciencias de la vida y libros electrónicos. Veamos detenidamente que otro contenido diferente a MEDLINE se incluye y podemos recuperar cuando buscamos en PubMed: Referencias bibliográficas en proceso (In-Process citations) con referencias en alguna etapa de ser analizadas e indexadas en MEDLINE, incluyendo los registros enviados directamente por el editor y aquellas que se convertirán en la categoría de citas “fuera de cobertura” (out-of-scope). Dentro de esta categoría encontramos unas 449,898 referencias. Las citas que son anteriores a la fecha en que la revista fue seleccionada para su indexación en MEDLINE (cuando se suministra por vía electrónica por el editor). Algunas citas que forman parte de OLDMEDLINE pero  que aún no han sido actualizados con la inclusión del los términos MeSH y no se han convertido a la categoría de MEDLINE. Estas son aproximadamente 519,953 referencias. Citas fuera de cobertura (“out-of-scope”) que proceden de revistas de ciencias de las que indizan selectivamente aquellos artículos pertinentes y otros nunca son incluidos en Medline (por ejemplo, artículos sobre las placas tectónicas o la astrofísica). Las referencias de algunas publicaciones científicas adicionales de ciencias de la vida que presenten el texto completo de PubMedCentral ® pero no pertenecen al grupo de revistas indexadas por MEDLINE. Las citas a los manuscritos de artículos publicados por investigadores patrocinados por NIH. Referencias de libros disponibles en la biblioteca NCBI (incluye una cita para el libro completo y citas de cada capítulo o sección del libro).
  • Aquí vemos la secuencia desde que una referencia es incluida en PubMed hasta que es indizada y pasa a formar parte de MEDLINE. Esto lo vemos por las etiquetas así la referencia cuando se incluye en Pubmed con la información tal cual la proporcionan los editores aparece con la etiqueta de [PubMed – as supplied by publisher]. Una vez el registro va a incluirse en MEDLINE y está a la espera de indización se le cambia la etiqueta a [PubMed – in process]. Por último, el registro es completado con determinados campos como el de descriptores del tesauro MeSH, tipo de artículo o idioma y se comprueba que todo está correcto pasa a formar parte de la base de datos MEDLINE y veremos ya el registro con la etiqueta [PubMed – indexed for MEDLINE]
  • Aquí vemos una pantalla de resultado tal cual nos puede aparecer tras hacer una búsqueda bibliográfica. Los registros aparecen de más recientes a más antiguos por lo que las primeras referencias suelen aparecer con la etiqueta de [PubMed – as supplied by publisher]. El tiempo que tarda en estar una referencia incluida en MEDLINE es variable y depende de la revista que sea. Por ejemplo, el New England Journal of Medicine se indiza e incluye en MEDLINE antes que la revista española Medicina Clínica. Hay 5 tipos de etiquetas posibles: PUBMED AS SUPPLIED BY PUBLISHER PUBMED IN PROCESS PUBMED INDEXED FOR MEDLINE PUBMED Y PubMed – OLDMEDLINE Veamos estas últimas
  • Ya hemos comentado con anterioridad que algunas citas que forman parte de OLDMEDLINE  Las referencias de OLDMEDLINE proceden de los repertorios impresos:  Cumulated Index Medicus (CIM)  y el Current List of Medical Literature (CLML) . Son aproximadamente 2.000.000 citas de artículos de revistas desde 1946 hasta 1965 y la mayoría de los cuales están incluidos en la base de datos MEDLINE gracias a una labor de indización retrospectiva de la NLM. Sin embargo, algunos todavía no han sido actualizados con la inclusión de los términos MeSH y, por lo tanto, no se han convertido a la categoría de MEDLINE. Estas referencias tendrán la etiqueta de [PubMed – OLDMEDLINE]. Una vez se indizan aparecen con la etiqueta de [PubMed – indexed for MEDLINE]. Hay que tener en cuenta que las citas de OLDMEDLINE que no incluyen el campo de resumen
  • Algunas de las citas recibidas por medios electrónicos de los editores nunca pueden llegar a ser citas de MEDLINE. Estas referencias que forman parte de PubMed pero que nunca las encontraremos con la etiquetas de [PubMed – indexed for MEDLINE] pues nunca se indexan ni forman parte de la base de datos MEDLINE. Estos registros no se asignan los términos MeSH, ya que no pasan por el proceso de indexación. Dentro de estas citas hay varios tipos y así nos encontramos con los artículos de fuera de cobertura que primero tienen la etiqueta de [PubMed – as supplied by publisher] y posteriormente [PubMed], como la que vemos en el ejemplo. Esto se debe a que son referencias que proceden de revistas que MEDLINE indiza selectivamente y no en su integridad. Son revista de temática más amplia que ciencias de la salud y en las cuales solo se indizan aquellos artículos cuya temática si es la propia de la cobertura de la base de datos MEDLINE. Ejemplos de esta tipo de revistas son Science o Nature Así, en este ejemplo tenemos un artículo de geología de la revista Science Estas citas han sido revisados ​​los datos bibliográficos.
  • Otras referencias que nunca son MEDLINE aunque me las encuentro en PubMed son estas dos: Referencias de revistas incluidas en PMC: Repositorio de revistas a texto completo. Al estar indexados los artículos de estas revistas de PMC existe la posibilidad de localizar en PubMed el registro de un artículo publicado recientemente pero en una revista que no se indexa en MEDLINE. ¿Como es esto posible? Descartadas las opciones ya conocidas de que pertenezca a un artículo nuevo a la espera de ser indexado (“PubMed-in-process”) o que pertenezca a una revista de indexación selectiva (“out-of-scope” como puede ser Science) hay otra opción de entrar por la “puerta de atrás” a PubMed: los artículos PMC se añade automáticamente a PubMed. Es verdad que nunca se indexaran con los descriptores MeSH pero la encontraremos si buscamos con una búsqueda sencilla sin utilizar el tesauro. Referencias de capítulos de libros o de libros incluidos a texto completo en PubMed. Se les asigna la etiqueta [PubMed] pues nunca se incluirán en MEDLINE
  • Otras opciones: Crearnos una cuenta personal en MyNCBI par ello tenemos que entrar en el enlace que hay en la parte superior derecha de nuestra pantalla de Pubmed. Cuando creamos una cuenta personal podemos configurar las opciones por defecto de PubMed como, por ejemplo, modificando los formatos de visualización del resultado, desactivando el “Auto-Suggest” o incluyendo la opción de que se vea resaltada en el resultado los términos que hemos empleado de búsqueda. Otra opción es el acceso institucional. Para ello nuestra Biblioteca o centro de documentación ha de disponer de una cuenta Institucional la cual nos permite visualizar en los resultados la colección suscrita. Para acceder de manera institucional debemos escribir la URL que nuestra Biblioteca tenga para tal fin. En el caso del Hospital de Getafe es la que veis en la diapositiva.
  • Pantalla clara En continuo cambio Cambio de la disposición de los recursos Ha desaparecido las pestañas (Limits, History,..) Parte superior: ventana de búsqueda básica con un enlace debajo a búsqueda avanzada Parte inferior: Ayuda, Herramientas y recursos adicionales
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe En la página de inicio disponemos de varias herramientas de búsqueda. Entre las más útiles está el “Single Citation Matcher”. Es frecuente el caso de que necesitemos localizar una referencia a partir de ciertos datos que disponemos de esta pero de la cual no conocemos todos. Por ejemplo, podemos saber en que revista se ha publicado, el año, el autor e incluso el título aproximado pero desconocemos el volumen y las páginas. Para localizar una referencia completa disponemos de la herramienta “Single citation Matcher”. Hay disponibles varios campos para rellenar pero no es necesario cumplimentar todos pudiendo dejar uno o varios vacíos. Otra herramienta útil para los clínicos es Clinical Queries. Si entramos en esta nos encontraremos con una pantalla muy clara que no es otra cosa que un b uscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos. Los filtros metodológicos son estrategias prediseñadas para recuperar determinados tipos de artículos. Dentro de esta nueva pantalla tenemos 3 tipos de filtros de búsqueda: - Clinical Study Category que nos propone cinco categorías: terapéutica (therapy), diagnóstico (diagnosis), etiología (etiology), pronóstico (prognosis) y clinical prediction guides - Systematic Reviews que nos recupera revisiones sistemáticas, metaanálisis, conferencias de consenso, guías de práctica clínica, etc - Medical Genetics con la que recuperamos artículos relativos a la genética médica.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Otros recursos de valor son: MeSH Database . Es el nombre de una base de datos que ayuda a los usuarios de PubMed a localizar los términos apropiados para la búsqueda Esta base de datos proporciona información de los términos MeSH incluyendo: Definiciones Sinónimos del concepto Subencabezamientos Términos relacionados La posición del encabezamiento dentro de la estructura jerárquica MeSH Otro recurso es Journal Database que incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por: título, abreviatura, ISSN, especialidades…
  • Los encabezados de temas médicos NLM o MeSH es un vocabulario controlado de términos biomédicos que se utiliza para describir el tema de cada artículo de la revista en MEDLINE. MeSH contiene aproximadamente 26 mil términos y se actualiza anualmente para reflejar los cambios en la medicina y la terminología médica. Términos MeSH se organizan jerárquicamente por categorías temáticas con términos más específicos organizados bajo términos más amplios. PubMed permite ver esta jerarquía y seleccionar términos para la búsqueda en la base de datos MeSH. Los indizadores de MEDLINE de la NLM examinan los artículos y asignan los encabezamientos MeSH apropiados más específicos que describan los conceptos específicos de que se tratan en el artículo . El indizador asigna tantos encabezamientos como sean apropiados para cubrir los temas del artículo: generalmente de 10 a 15 (12 de media). El término MeSH que refleja los puntos principales de un artículo se denomina Major MeSH y es señalado con un asterisco (*) por los indizadores. Todos los descriptores MeSH se pueden buscar en el  MeSH Browser cuya dirección aparece en la pantalla.
  • El lenguaje médico de los artículos es un lenguaje natural y, por lo tanto, nos encontramos con situaciones de SINONIMIA, utilización de acrónimos, diferentes speeling en inglés, etc. Al aplicar el vocabulario MeSH nos asegura que los artículos están uniformemente indexados por temas, sean cuales sean las palabras del autor. En la diapositiva vemos el ejemplo para úlceras de decubito o presión pero existen muchísimos más: Brain edema = Brain oedema Hemorrhage = haemorrhage = bleeding Brain ischemia = stroke Otitis media = ear infection or ear ache Myocardial infarction = heart attack
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Los términos MeSH se organizan jerárquicamente en 16 categorías temáticas principales o MAIN BRABCHES que vemos numeradas a la izquierda y que se van dividiendo con términos más específicos organizados bajo términos más amplios. Las más importantes y usadas en la indización son las 4 primeras categorias: anatomía, organismos, enfermedades y sustancias químicas y drogas. Si vieramos los términos que hay por debajo de la primera categoría ANATOMÍA nos encontraríamos con otras durramas más espécíficos como “Body regions”. Cuando veamos un signo + significa que ese término se sigue dividiendo en otros más específicos. Cuando hacemos una búsqueda por un términos MeSH PubMed incluye automáticamente los términos MeSH más específicos en una búsqueda. Es lo que se denomina la búsqueda ampliada del término MeSH.
  • Depende b exhaustiva o preciso
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Cuando hacemos una búsqueda en PubMed hay que intentar hacer las cosas simples. Escribir los conceptos principales en la ventana de búsqueda evitando signos de puntuación. No hay que usar operadores booleanos tales como AND, OR o NOT.
  • Cuando empezamos a escribir las primeras letras, se despliega una menú de sugerencias, es el auto-suggest que nos ofrece alternativas de términos de búsqueda. Estos no son necesariamente términos del MeSH ni sacadas de ningún vocabulario o índice establecido. Auto-suggest nos ofrece sugerencias procedentes de los que otras personas han escrito en búsquedas antes que nosotros.
  • Una vez hemos escribo nuestra estrategia de búsqueda pulsamos la tecla ENTER o el botón de SEARCH. Una vez hecho esto nos aparece la pantalla con el resultado. Esta la podemos dividir en tres partes: Parte CENTRAl (rosa) donde nos apararecen las referencias bibliográficas. Estas viene configuradas de forma predeterminadas en un formato, número y orden. Luego veremos como podemos modificar esta visualización con nuestras preferencias. Columna IZQUIERDA (azul) con los filtros para limitar el resultado de nuestra búsqueda Columna DERECHA (amarillo) con diversas herramientas como Discovery Ads, Related Search, Search Details, etc que luego veremos.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Veamos un ejemplo. En este caso he escrito en la ventana de búsqueda “colon cancer” y pulso ENTER o el botón “Search”
  • Tras escribir en la ventana de búsqueda de PubMed nuestros términos el sistema realiza el “Atomatic term mapping” o mapeo automático de término que consiste en comprobar lo escrito frente a unos índices y en un orden prestablecido de: Subject translation table que incluye MeSH Headings, Subheadings, Publication Types y otros descriptores del tesauro MeSH. Lo que nos busca es lo que hemos escrito en la ventana de búsqueda o el correspondiente descriptor aunque no sea tal cuál nosotros lo hayamos escrito pero que es sinónimo del nuestro. Journal Translation table Author table Si encuentra el correspondiente MeSH, ojo no tiene por que ser exactamente como lo hemos escrito, nos busca el correspondiente sinónimo en el tesauro, se para y no sigue buscando en más índices. Si no lo encintrara como descriptor MeSH lo buscaría como revista y si no como autor. Si después de buscarlo en esteos tres índices no encuentra nuestros términos de búsqueda el sistema divide en partes, si tuviera más de un término y vuelve a intentar el mapeo de cada parte. Si aun así no lo encunetra en estos índices buscará lo que hemos escrito en la ventana de búsqueda en texto libre en todos los campos.
  • Nos aparece la pantalla de resultados. Para ver exactamente como interpreta PubMed nuestra estrategia y ver al sintaxis de búsqueda entro en “Search Details” situada en la columna izquierda de la pantalla de resultado. Nos dice cuál es exactamente nuestra sintaxis de búsqueda. Podemos editar esta ventana y modificar la estrategia. Para mayor comodidad podemos pulsar el enlace “See more” y pasamos a ver la estrategia en una nueva pantalla.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe “ Search Details” es nuestra mejor ayuda cuando buscamos. Nos sirve para verificar la efectividad de nuestra búsqueda, analizar la sintaxis de búsqueda y entender que está haciendo PubMed con los términos que nosotros hemos introducidos en la ventana de búsqueda y ha modificar esta añadiendo o eliminando términos a nuestra estrategia en la ventana de “Query Translation”. Mi recomendación es que siempre que hagamos una búsqueda en PubMed vayamos a Search Details para ver como son procesados nuestros términos introducidos en la ventana de búsqueda. En definitiva “Search Details” es nuestro mejor amigo en PubMed. En nuestro ejemplo, tras realizar el mapeo de “colon cancer” vemos que ha localizado el descriptor MeSH “Colonic neoplasms”.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe En resumen y siguiendo con nuestro ejemplo, tras escribir en la ventana de búsqueda de PubMed nuestros términos “colon cancer” el sistema realiza el “Atomatic term mapping” o mapeo automático de término. El objetivo de este mapeo es doble: aumentar la efectividad de nuestra búsqueda de tal forma que se optimizan los resultados y, en segundo lugar, nos realiza la búsqueda automática con descriptores MeSH aunque incluso desconozcamos su existencia. Hay que pensar que PubMed es un sistema de recuperación de MEDLINE pensado para su utilización por usuarios finales inexpertos en bases de datos y mejorra los resultados de las búsquedas. El único inconveniente que tiene este sistema de mapeo es que, al aumentar la sensibilidad de nuestra búsqueda, el resultado puede ser demasiado amplio, es decir, con demasiadas referencias y a costa de la precisión de la búsqueda.
  • Recursos de Información Octubre 20122-4 de Octubre de 2012 C. Campos AsensioHospital Univ. Getafe Recursos de Información 2-4 de Octubre de 2012 Hospital Univ. Getafe Veamos otro ejemplo. Os vuelvo a recordar lo que ya os dije antes: Cuando hacemos una búsqueda en PubMed hay que intentar hacer las cosas simples. Escribir los conceptos principales en la ventana de búsqueda evitando signos de puntuación. No hay que usar operadores booleanos tales como AND, OR o NOT. En este ejemplo vamos a buscar artículos que nos hablen de la indigestión y el dolor abdominal. Nuestros conceptos principales serán “indigestión” y “dolor abdominal” que traducidos al inglés son “indigestion” y “abdominal pain”
  • Escribimos en la ventana de búsqueda “indigestion abdominal pain” y pulsamos Search. Nos aparece la pantalla de resultados con 1007 referencias localizadas con nuestra estrategia de búsqueda. Para ver exactamente cual ha sido la sintaxis de nuestra estrategia, voy en la columna de la derecha a la ventana de “Searc Details”. Ahí ya puedo ver la estrategia realizada pero como es muy pequeña esta ventana pulsamos “See more…”
  • En Search Details vemos que la sintaxis de búsqueda ha sido: En primer lugar por el término que yo he escrito en la ventana de búsqueda de “indigestion” PubMed ha realizado el mapeo del término y ha encontrado “Dyspepsia” como MeSH Term a este le ha añadido con un OR la búsqueda de “dyspepsia” en todos los campos y de lo que hemos escrito “indigestion” también en todos los campos. Con respecto al segundo concepto de mi estrategia, “abdominal pain” tras el mapeo PubMed me ha localizado “abdominal pain” como descriptor MeSH y a eso le ha añadido con el operador OR la búsqueda en todos los campos de “abdominal” y “pain” y también de la frase “abdomial pain” en todos los campos.
  • Una vez hemos escribo nuestra estrategia de búsqueda pulsamos la tecla ENTER o el botón de SEARCH. Una vez hecho esto nos aparece la pantalla con el resultado. Vamos a ahora a analizar la columna derecha (amarilla), la columna izquierda (azul) y la parte CENTRAl (rosa) donde nos apararecen las referencias bibliográficas. Estas viene configuradas de forma predeterminadas en un formato, número y orden. Vamos a ver como podemos modificar esta visualización con nuestras preferencias y que hacer con el resultado de nuestra búsqueda. .
  • De forma predeterminada nos aparecen 20 referencias por página, en formato SUMMARY y el orden de visualización es de más recientemente introducidas en PubMed a más antiguas. La referencia en formato SUMMARY nos proporciona primero el título del artículo, debajo de este nos aparecen los autores. En una tercera línea nos aparece la fuente que incluye el nombre de la revista en abreviatura, año, volumen, número y primera-última página. Estos son los datos básicos de la referencia bibliográfica. Además, este formato nos proporciona en PMID o número de la cita en PubMed, la etiqueta que nos indica el estado de esta y el enlace a “Related citations”
  • Hay veces que no encontramos en la fila de la fuente el volumen, número o pagina y nos aparece otra etiquetas que nos indican el estado del artículo. Es la etiqueta “Epub ahead of print” y es la que solemos encontrar en las primeras referencias que visualizamos tras hacer una búsqueda bibliográfica. E-pub significa “electronically published”, es decir, artículo publicado electrónicamente previo a su publicación en papel. Esto tiene implicaciones cuando queremos obtener el texto completo pues solamente se puede conseguir si disponemos de la versión electrónica de la revista ya que en su versión en papel puede tardar varios meses en aparecer publicada. Por lo tanto, solo lo podremos conseguir solicitándolo a una biblioteca que disponga del acceso electrónico y no la versión en papel de la revista.
  • Hay muchas razones para querer limitar nuestro resultado y para ello disponemos de los ahora llamados Filtros y antes Limits. Así, por ejemplo, podemos querer e xcluir idiomas que no entendemos, buscar artículos que han sido publicados en cierto periodo de tiempo, recuperar artículos referentes a una población específica como ancianos o niños, o limitar nuestro resultado a un determinado tipo de artículo como sólo estudios de investigación clínica o revisiones. Hay más opciones en los filtros como la disponibilidad de texto completo, especies, sexo, o categorías de revistas. Tipos de filtro: Abstract Available Free Full Text available Full Text available Publication Dates Species (Humans or Animals) Article Type Languages Sex (additional Filters) Subjects Journals categories Ages (additional Filters)
  • Los filtros se encuentran a la columna izquierda de la pantalla de resultado. Para su aplicación tenemos que seguir la siguiente secuencia: 1.Realizamos nuestra búsqueda en PubMed 2.Hacemos clic en el filtro que deseamos aplicar. Es posible marcar más de un filtro. Para ello aplicamos uno y, cuando nos aparece el resultado de la aplicación del primer filtro, volvemos a marcar otro filtro y esperamos para ver el resultado. Y así sucesivamente.
  • Aquí vemos como hemos aplicado dos filtros (publicado en los últimos 5 años y humanos) a nuestra búsqueda de epidemia de gripe. Cuado aplicamos un o varios filtros en la pantalla de resultamos se indica mediante un mensaje. En nuestro caso vemos que indica: “Filters actived: published in the last 5 years, Human. Para desactivar o eliminar los filtros aplicados a nuestra búsqueda disponemos del enlace “Clear all” que hay a la derecha de este mensaje de aviso. Tenemos que tener en cuenta que las referencias "in process" y "supplied by publisher" pueden ser excluidos cuando seleccionamos algún filtro, ya que aún no han completado el proceso de indexación en MEDLINE y estos artículos no disponen, por ejemplo del campo de tipo de artículo, especies, edades, etc.
  • Podemos modificar las opciones por defecto de visualización. Para ello hacemos click en el enlace “Diaplay Settings” y nos aparece la posibilidad de modificar: El formato y de esta forma ver la referencia con abstract, MEDLINE con las etiquetas de los campos, XML, Etc. Número de referencias por página. De esta forma, si nuestros resultados superan los 20 registros como por ejemplo 45, podemos elegir la opción de visualizar 50 ítems por página y de esta forma veremos todos nuestros resultados en una única página Sort by para alterar el orden de aparición de los resultados a, por ejemplo, orden alfabético del primer autor, de la revista o del título. Una vez marco las opciones deseadas de este menú desplegable pulso el botón de “Apply” y nos mostrará de nuevo la pantalla de resultados pero ya con la configuración por nosotros realizada.
  • Veamos una referencia en formato Abstract. Hay más campos que en el formato Summary como son: * Afiliación de los autores * Abstract * Si el artículo pertenece a una revista incluida a texto completo en el repositorio PMC nos aparecen la previsualización de las imágenes, tablas y figuras del artículo original. Un desplegable de tipo de publicación, MeSH Terms, Substances, Grant Support. Y otro desplegable de LinKout Además, visualizamos los iconos de acceso al texto completo, gratuito o de pago. En nuestro caso, vemos que el acceso completo es Free, es decir, gratuito. Si pinchamos en alguno de estos iconos se abrirá una nueva página en nuestro navegador con el artículo a texto completo. En el caso de que no fuera gratuito se abrirá la página pero nos pedirá la clave de acceso antes de abrir el texto completo. A la derecha también encontramos la herramienta de “Related Citations”, es decir, artículos relacionados con el que estoy visualizando en formato “Abstract”
  • Veamos ahora que podemos hacer con el resultado. Tenemos las opciones de: File: guardar como archivo Collection: para guardar referencias en nuestra cuenta de manera indefinida. Para esto es necesario que previamente hayamos creado una cuenta personal en MyNCBI disponible en la parte superior derecha de la pantalla de PubMed. Order: no es aplicable en nuestro caso. Es un servicio de obtención de documentos utilizado en su red de bibliotecas sanitarias. Citation manager: para exportar las referencias a un programa gestor de citas como EndNote Clipboard: para salvar y recoger temporalmente las referencias que vamos seleccionando de una o varias búsquedas. Las referencias que guardemos en el Portapapeles se perderan después de 8 horas de inactividad en PubMed. E-Mail: para el envío del resultado al correo electrónico que deseemos. My bibliography. Esta opción solo está disponible si antes tenemos creada una cuenta personal en MyNCBI. Veamos las opciones más utilizadas.
  • Para agregar citas en el Portapapeles: primero debemos ir marcando en la casilla que hay a la izquierda de cada referencia en el resultado de la búsqueda. Una vez marcadas todas las referencias que nos interesan de una pantalla hacemos click en “Send to”, seleccionamos Clipboard y pulsamos el botón “Add to Clipboard”.
  • Una vez enviadas las referencias nos aparece el mensaje “2 items were added to the Clipboard” y veremos un enlace nuevo a la derecha llamado Clipboard donde nos indica, además, el número de ítems en nuestro portapapeles. El número máximo de referencias que se pueden enviar al portapapeles es 500. Para ver nuestra selecciones hacemos clic en el enlace Clipboard y nos aparecerá una pantalla nueva en la que solo visualizaremos las referencias que hemos ido marcando y enviando al portapapeles.
  • Por último, vamos a ver la opción del envío de citas por correo electrónico. Esta opción es muy empleada para el envío a terceras personas del resultado de una búsqueda. Para ello, una vez he seleccionado las citas que desee mandar por correo electrónico pulsamos en el menú desplegable de “Send to” y escogemos la opción E-mail. Haga clic en Correo electrónico.  Nos aparecen determinadas opciones de configuración. Tenemos que elejir las selecciones de formato (por defecto se envía en formato Summary y tendremos que modificarlo si queremos enviar también el resumen), el correo electrónico del destinatario, el asunto que figurará en el correo enviado y una caja para añadir texto adicional. Por último daremos al botón de “E-mail”. PubMed enviará los resultados desde el servidor de correo automático NCBI. Podemos enviar por correo electrónico un máximo de 200 referencias. El sistema vuelve a la página de resultados y muestra una confirmación de mensaje de correo electrónico enviado.

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  • Concepción Campos AsensioBibliotecaria-DocumentalistaHospital Universitario de Getafeccampos.hugf@salud.madrid.orgTwitter: @biblioGETAFEBlog: http://ccamposhugf.wordpress.com/ 23 de enero de 2013
  • •La mayor base de datos mundial de ciencias de la salud•Indiza 5.600 revistas de ámbito mundial (30.000 revistas editadas en todo elmundo) en 39 idiomas (91% en inglés)•La cobertura temática de ciencias de la salud, especialmente de biomedicina,abarcando los campos de la medicina, enfermería, odontología, veterinaria,sistemas de salud, ciencias preclínicas, salud pública,…•Recoge unos 19 millones de referencias bibliográficas, desde 1946 hasta elpresente•83% con resumen escrito por los autores de los artículos•Los artículos son indizados con el tesauro MeSH
  • 1.8 millones de citas,la mayoría sin resumen,publicadas con anterioridad a1965
  • Out-of-scope articles Hay artículos de revistas que se indizan selectivamente(p. ej.: geología) Se les asigna la etiqueta [PubMed]
  • PMCBooks & Documents
  • PubMed ofrece servicios añadidos para optimizar las búsquedas como: Enlaces a sitios que ofrecen el texto completo de artículos (gratuitos como PMC o de pago) Opciones de búsqueda avanzada como filtros metodológicos “Clinical Queries” y “Special Queries” Enlaces a artículos relacionados o información en “Discovery Ads” Buscador de citas (“Single citation matcher”) Actualización automática de las búsquedas por correo electrónico y RSS, la posibilidad de guardar registros y filtrar los resultados con MyNCBI Función de corrector ortográfico Enlaces a recursos NCBI de biología molecular No solo citas de artículos… ahora también incluye referencias de libros y sus capítulos de libros de NCBI BookshelfEs la plataforma de acceso a MEDLINE más utilizada
  • Ventana de búsqueda básica
  • HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed Tools Single Citation Matcher: Busca referencias partiendo de los datos conocidos. Muy útil para localizar referencias incompletas, verificar datos...Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos:- Clinical Study Category- Systematic Reviews- Medical Genetics 15
  • OTROS RECURSOS / More ResourcesMESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base dedatos ha asignado a los referencias.Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizarpor: título, abreviatura, ISSN, especialidades…
  • Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)Vocabulario controlado de términos biomédicos que representan elcontenido de cada artículo que se ingresa en la base de datosMedlineEs una característica distintiva de MEDLINEOrganizados de manera jerárquicaAproximadamente 26.000 términos médicosRevisados anualmente1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
  • 1 Identificar los conceptos claves de nuestra búsqueda2 Escribir nuestros términos o conceptos claves (en inglés) en la ventana de búsqueda.3 Pinchar en botón Search 4 Borrar
  • Auto-Suggest: Podemosseleccionar entre lassugerencias que nos ofrece
  • Colon cancer BÚSQUEDA BÁSICALocaliza cualquier término/s presente/s en las referencias (título, resumen, materia… y mapea)
  • PubMed automaticamente comprueba lo que hemos escrito frente avarios índices en el orden siguiente: Subject Translation Table Journal Translation Table Author Table Si lo encuentra, nos buscará por el término del MeSH y en texto libre Si no lo encuentra lo divide en partes y vuelve a intentar el mapeo de cada parte Cualquier término que no pueda ser encontrado, lo buscará en ALL FIELDS
  • Search details: Nos muestra laverdadera estrategia de búsqueda 26
  • Estrategia de búsqueda con mapeo del términoLo que hemos escrito en la ventana de búsqueda 27
  • Introducir la palabra o palabras dentro de la ventana de búsqueda y pulsar el botón SEARCH o la tecla ENTER Colon cancer Mapeo automático de términosRecupera los registros en los que encuentra correspondencia con el término 28
  • Vamos a intentar esta búsqueda: EjemploBuscar artículos sobre la indigestión y el dolor abdominalConceptos claves son: indigestion abdominal pain
  • PARTE CENTRAL:Referencias obtenidas se muestran de 20 en 20, enformato Summary y ordenadas empezando por las citas más recientes introducidas en PubMed
  • Las referencias tienen el enlace “Related Articles”Es un algoritmo de búsqueda en el que PubMed comparapalabras del Title y Abstract de cada cita, así como losencabezamientos MeSH asignados.Los resultados se muestra en orden de relevancia y no porfecha
  • Hay muchas razones para refinar nuestraestrategia. Si queremos: Excluir idiomas que no entendemos Buscamos artículos que han sido publicados en cierto periodo de tiempo Recuperar artículos referentes a una población específica Buscar sólo estudios de investigación clínica
  • Afiliación de los autoresPrevisualización deimágenesdePMC Tipo de publicación Términos MeSH LinkOut
  • • File: Permite guardar las referencias como archivo.• E-mail: Permite enviar por correo-e las referencias.• Collections: Permite guardar las referencias en MyNCBI.• Clipboard: Portapapeles temporal donde vamos enviando las referencias para luego gestionarlas de forma conjunta. El número máximo que se puede guardar es de 500 referencias. 44
  • 45
  • 46
  • Menú desplegable “Send to”
  • PubMed online Traininghttp://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.htmlPubMed Tutorialhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/PubMed helphttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/NLM Technical Bulletinhttp://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/tb.htmlNon-English Guides to PubMedhttp://nnlm.gov/training/resources/intlpubmedlinks.html
  • Hospital Universitario de Getafeccampos.hugf@salud.madrid.orgTwitter: @biblioGETAFEBlog: http://ccamposhugf.wordpress.com/ ht t p: //s oc i al bi bl i o. c om