PPARg KD i 3T3-L1 celler
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×
 

PPARg KD i 3T3-L1 celler

on

  • 351 views

 

Statistics

Views

Total Views
351
Views on SlideShare
351
Embed Views
0

Actions

Likes
1
Downloads
3
Comments
0

0 Embeds 0

No embeds

Accessibility

Categories

Upload Details

Uploaded via as Microsoft PowerPoint

Usage Rights

© All Rights Reserved

Report content

Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
  • Full Name Full Name Comment goes here.
    Are you sure you want to
    Your message goes here
    Processing…
Post Comment
Edit your comment

PPARg KD i 3T3-L1 celler PPARg KD i 3T3-L1 celler Presentation Transcript

  • PPARg KD i 3T3-L1 celler
  • Problem
    • 3T3-L1’erne døde under virusbehandlingen og den efterfølgende puromycin selektion
    • Mulige grunde
      • For høj virus-titter
        • Undersøges med forskellige konc af henholdsvis crude virus-medie og oprenset virus.
      • Puromycin sensitivitet
        • Kassetten: Undersøges ved ikke at selektere
      • Skadelige 293-T medierester
        • Undersøges ved oprensning.
  • Setup
  • Setup
    • GFP-konstrukter
      • Tom pSico vektor
      • PPARg KD vektor
      • C/EBPb KD vektor
      • LacZ kontrol
    • Puromycin-konstrukt
      • Scramble(alt kontrol)
    • Crude koncentrationer
      • 1/2,5 , 1/5 , 1/10
    • Ækvivalente konc af oprenset virus
      • 1/5 , 1/1,5 , 4/3
    • Høst af RNA til kontrol af KD
      • PPARg dag 2
      • C/EBPb dag 2
      • LacZ dag 2
  • 4/3 1/1,5 1/5 Crude transduktionseffektivitet (PPARg dag 2) Oprenset transduktionseffektivitet (PPARg dag 2) Transduktionseffektivitet
      • 1/2,5 1/5 1/10
  • Crude transduktionseffektivitet (Lacz dag 6) 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Oprenset transduktionseffektivitet (pSico dag 6) Transduktionseffektivitet
  • Transduktionseffektivitet 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Crude transduktionseffektivitet (pSico dag 4) Oprenset transduktionseffektivitet (pSico dag 4)
  • Transduktionseffektivitet Oprenset transduktionseffektivitet (pSico dag 6) 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Crude transduktionseffektivitet (pSico dag 6)
  • Transduktionseffektivitet Crude transduktionseffektivitet (pSico dag 4) 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Oprenset transduktionseffektivitet (pSico dag 6)
  • Differentieringsgrad 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for oprenset LacZ (dag 6) Differentieringsgrad for crude LacZ (dag 6)
    • Konklusion:
      • Begge af de mest koncentrerede brønde har dårlig differntiering. Der må altså ikke bruges for meget virus.
      • 1/1,5 af den oprensede giver dog heller ikke en god differentiering.
  • Tom virus
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for crude pSico (dag 6)
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for crude LacZ (dag 6)
  • Tom virus 4/3 1/1,5 1/5 Differentieringsgrad for oprenset pSico (dag 6) 4/3 1/1,5 1/5 Kontrol: oprenset LacZ (dag 6)
    • Konklusion
      • Det ser ud til at indkoopereringen og udtrykket af fremmet genomisk materiale hæmmer
  • Puromycin-kassetten 4/3 1/1,5 1/5
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for oprenset Scramble (dag 6) Differentieringsgrad for crude Sramble (dag 6)
  • CEBP KD
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for crude CEBPb (dag 6)
      • 1/2,5 1/5 1/10
    Differentieringsgrad for crude LacZ (dag 6)
  • CEBP KD 4/3 1/1,5 1/5 Differentieringsgrad for oprenset CEBPb (dag 6) 4/3 1/1,5 1/5 Kontrol: oprenset LacZ (dag 6)
    • Konklusion: CEBPb KD nedsætter 3T3-L1’s evne til at differentiere.
    • Da cellerne i brøndene med høje koncentrationer, enten var døde eller havde det meget skidt, må ma konkludere at den oprensede virus i konc 1/1,5, giver det bedste KD.
  • CEBPb’s differentiering
  • PPARg Knock Down Crude virus (dag 2) Oprenset virus (dag 2) 1:5 1:1,5 4:3 1:5 1:10
  • C/EBPb Knock Down Crude virus (dag 2) Oprenset virus (dag 2) 1:5 1:1,5 4:3 1:5 1:10