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  • 1. Réseaux d’information sur la biodiversité Les projets SCAR-MarBIN et ANTABIF Bruno Danis #biodiversityaqMonday 27 February 12
  • 2. Menu du jour • le contexte • les réseaux d’information • les fonctionnalités • les carottes • un exemple d’application • les perspectivesMonday 27 February 12
  • 3. ContexteMonday 27 February 12
  • 4. le Traité Antarctique « In order to promote international cooperation in scientific investigation in Antarctica, […], Scientific observations and results from Antarctica shall be exchanged and made freely available. »Monday 27 February 12
  • 5. Biodiversité Antarctique • Haute adaptation à un environnement extrême • Haut niveau d’endémisme (>50% des espèces) • Essentiellement marine (78% vivent sur le fond) • >8000 espèces connues. Estimations: autour de 20.000 • Sous-étudiée (surtout les zones abyssales) • Probablement très sensible aux changements climatiques • Besoin de systèmes d’information performants et dédiésMonday 27 February 12
  • 6. original slide: Vishwas Chavan Importance des données Développement de politiques et prises de décision Données sur la biodiversité Monitoring de l’état et des Conservation et variations de la utilisation soutenable biodiversité de la biodiversitéMonday 27 February 12
  • 7. original slide: Vishwas Chavan Les données primaires sur la biodiversité Un enregistrement digital détaillant l’instance d’un organisme: “quoi, où, quand, comment, par qui?” concernant une occurenceMonday 27 February 12
  • 8. original slide: Vishwas Chavan Applications • Prédire les effets des changements climatiques • Analyser et prédire la dispersion des maladies sur les humains, les cultures, ... • Choix de nouvelles zones protégées • Suivi des espèces invasives et prédiction des voies d’invasion • Informer les preneurs de décision • Fournir des données aux communautés scientifiquesMonday 27 February 12
  • 9. image: Anja Jentzsch Les réseaux d’informationMonday 27 February 12
  • 10. SCAR-MarBIN et ANTABIF • SCAR Marine Biodiversity Information Network • Antarctic Biodiversity Information Facility • Financement: BELSPO.be + Sources internationales • Scientific Committee on Antarctic Research (SCAR) • International Polar Year 2007/08 (IPY) • Census of Antarctic Marine Life (CAML)Monday 27 February 12
  • 11. original slide: Mark Parsons Notre vision: Les données sont Ouvertes, Liées, Utiles, et Sauvegardées Copyright: © Christian MorelMonday 27 February 12
  • 12. original slide: Mark Parsons Les données sont Ouvertes La philosophie pratique de lopen data préconise une libre disponibilité pour tous et chacun, sans restriction de copyright, brevets ou dautres mécanismes de contrôle.—WikipediaMonday 27 February 12
  • 13. original slide: Mark Parsons Les données sont Liées Une methode pour exposer, partager, et la connexion de données via des URI (identifiant uniforme de ressource) dereferenceable sur le Web.—WikipediaMonday 27 February 12
  • 14. original slide: Mark Parsons Les données sont Utiles Documentées, et utilisable dans un certain contexte d’analyseMonday 27 February 12
  • 15. original slide: Mark Parsons Les données sont Interopérables La standardisation des données et des métadonnées permet aux systèmes d’échanger de l’information, de manière optimaleMonday 27 February 12
  • 16. original slide: Mark Parsons Les données sont Sauvegardées A l’abri des hackers, de l’obsolescence, de changements non documentés, de la perte, et des ravages du temps.Monday 27 February 12
  • 17. Philosophie • Construire un écosystème électronique • Offrir un accès ouvert aux données et à la technologie • Exposer les données et metadonnées, dans de multiples contextes • Rester à l’écoute de la communauté • Adopter une forte standardisation • Supporter la science et les processus de conservationMonday 27 February 12
  • 18. Web2.0 Web participatif, social et intelligence collective Markus AngermeierMonday 27 February 12
  • 19. Les portails de données • En ligne depuis Oct 2005 • accès ouvert • 953,000 visiteurs • 8,700,000 hits • 60,000,000 dld records • Citations: 183Monday 27 February 12
  • 20. Monday 27 February 12
  • 21. Monday 27 February 12
  • 22. Monday 27 February 12
  • 23. Monday 27 February 12
  • 24. Monday 27 February 12
  • 25. Monday 27 February 12
  • 26. Taxonomie • Le premier RAMS • Panel de 60+ éditeurs • WoRMS, CoL and EoL • 17,098 taxa (RAMS) • RAS en construction • 24,248 taxa (RAS)Monday 27 February 12
  • 27. Monday 27 February 12
  • 28. Monday 27 February 12
  • 29. Biogéographie • 7M entrées • 7.200 datasets • 5,235 taxa • OBIS, GBIF • Téléchargeable • WebGIS • WebservicesMonday 27 February 12
  • 30. Architecture & FonctionnalitésMonday 27 February 12
  • 31. biodiversity.aq • organisé en sous-domaines: “.aq” = Antarctica • www.biodiversity.aq • data.biodiversity.aq • ipt.biodiversity.aq • afg.biodiversity.aq • atlas.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 32. www. biodiversity.aq • site généraliste • news • contact • sponsors • gouvernance • flux RSS: blog, PIC, photostream, slideshare, MendeleyMonday 27 February 12
  • 33. www.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 34. data. biodiversity.aq • trouver les données et les métadonnées • visualiser les occurrences sur une carte interactive • accéder aux données taxonomiques • télécharger les données • accéder aux statistiques d’utilisation • envoyer du feedbackMonday 27 February 12
  • 35. data.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 36. ipt. biodiversity.aq • préparer et nettoyer les données • publier les données primaires • publier les metadonnées • exposer les données et métadonnées vers les autres systèmes d’information • générer et soumettre une publication de type “Data Paper”Monday 27 February 12
  • 37. ipt.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 38. Flux de données (votre point de vue) Your data DwC-A IPT ANTABIF standardize upload publish publish Data PaperMonday 27 February 12
  • 39. afg.biodiversity.aq • Aide à l’identification • Plateforme de publication/partage pour des guides de terrains personnalisés • Images de haute qualité • Descriptions d’experts • Construit à la volée, depuis différentes sources • Génération d’un pdfMonday 27 February 12
  • 40. afg. biodiversity.aq afg.biodiversity.aq Antarctic Field GuidesMonday 27 February 12
  • 41. afg.biodiversity.aq afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 42. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 43. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 44. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 45. afg.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 46. afg. biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 47. Monday 27 February 12
  • 48. Monday 27 February 12
  • 49. atlas.biodiversity.aq • Editions papier et digitale(s) • Ré-édition de Hedgepeth 1969 • Générer des cartes thématiques • Générer des cartes prédictives • Construire une plateforme interactive • Préparer un livre électronique • Génération dynamique du contenuMonday 27 February 12
  • 50. Hedgpeth 1969’s FolioMonday 27 February 12
  • 51. Superposition (et partage) de couches de données Slope Bathymetry Chlorophyll Distance to the continent Distance to bird colonies Distance to ice Distance to shelf Distance to canyon Floor temperature ...Monday 27 February 12
  • 52. Monday 27 February 12
  • 53. atlas.biodiversity.aqMonday 27 February 12
  • 54. Monday 27 February 12
  • 55. les CarrotesMonday 27 February 12
  • 56. Publier les données? • Traité Antarctique • Data policies (Internationales et Nationales) • Reconnaissance de ses pairs • Transparence • Amélioration constante, recyclage,,... • (vraie) Intégration des données • publication dans des contextes variés • systèmes de citationMonday 27 February 12
  • 57. Récompenser l’effort ipt Metadata document Data PaperMonday 27 February 12
  • 58. les “Data Papers” • Une publication scientifique dont le but principal est de décrire un set de données. • Avantages des Data Papers – crédit aux contributeurs de données – description des données dans un format structuré, lisible par un humain – attirer l’attention des la communauté scientifique surMonday 27 February 12
  • 59. Inciter la publication des donnéesMonday 27 February 12
  • 60. Etape par étape • Compléter les métadonnées en ligne en utilisant l’IPT • Générer le manuscrit (MS) pour le ‘Data Paper’ (menu: Manage Resource – RTF Download) • Soumettre le MS pour publication dans l’une des revues: ZooKeys, PhytoKeys, BioRisks, NeoBiota, Biodiversity Data Journal, Nature Conservation • Révision (si nécessaire) en utilisant aussi l’IPT puis re- soumissionMonday 27 February 12
  • 61. Une fois le MS accepté... • un DOI (Digital Object Identifier) est assigné • le papier est publié sous format (a) imprimé, (b) PDF, (c) HTML, et (d) XML, puis archivé dans PubMedCentral • le DOI est lié à un identifiant persistant dans les registres d’ANTABIF/GBIF • votre “Data Paper” est indexé par Web of Knowledge (ISI), PubMedCentral, Scopus, Zoological Record, Google Scholar, CAB Abstracts, Directory of Open Access Journal (DOAJ), EBSCO.Monday 27 February 12
  • 62. Et bien sûr... • les Métadonnées doivent être complètes • les éléments fournis sont suffisament étayés • les données décrites dans le ‘Data Paper’ sont Ouvertes au moment de la soumission du MSMonday 27 February 12
  • 63. Application: Identifier les lacunesMonday 27 February 12
  • 64. Evaluer notre ignorance • “Nettoyage” de toute la base de donnée • Données bathymétriques ajoutées à toutes les entrées benthiques • comptage des espèces vs stations pour les phylums majeurs (nematoda, mollusca, cnidaria, echinodermata, chordata, arthropoda & annelida) • comptage des espèces vs stations pour les groupes majeurs (poissons, oiseaux et mammifères, pélagique et benthiques) • Analyse bathymétrique. Stations & espèces benthiques en fonction de la profondeur.Monday 27 February 12
  • 65. Ensemble des donnéesMonday 27 February 12
  • 66. Toutes les espècesMonday 27 February 12
  • 67. Nematoda Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 68. Annelida Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 69. Cnidaria Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 70. Echinodermata Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 71. Mollusca Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 72. Chordata Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 73. Arthropoda Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 74. Résumé • La couverture spatiale & taxonomique varie fortement en fonction du groupe considéré • Certains taxa majeurs sont “manquants”: Eponges, Isopodes, Pycnogonides, Bryozoaires, Decapodes, Crinoides & Brachiopodes • Zones sous- ou non-échantillonnées: ouest de la mer de Weddell, mer d’Amundsen, zones abyssalesMonday 27 February 12
  • 75. Benthos Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 76. Pelagos Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 77. Oiseaux et Mammifères Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 78. Poissons Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 79. Conclusions • Distorsion vers les zones peu profondes, les stations de recherche et les trajectoires de navires de recherche • Ensemble du jeu de données: les observations d’oiseaux et de mammifères dominent l’analyse de l’effort d’échantillonnage • Les données benthiques déterminent les schémas d’ensemble de la richesse spécifique • Co-occurrence entre les “hotspots” de données benthiques et la présence de stationsMonday 27 February 12
  • 80. Notre ignorance est Abyssale Griffiths HJ, Danis B & Clarke A, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 81. Conclusions • La distorsion due à la variabilité de l’effort d’échantillonnage est responsable d’un grand nombre de patrons observés • Distorsion massive due à un sous-échantillonnage du profond • Certaines zones et taxa, bien représentés, sont utilisables pour des analyses ultérieuresMonday 27 February 12
  • 82. Autre problème... 2,8 espèces d’isopodes sont décrites chaque année 600+ ont été découvertes durant ANDEEP 214 années pour tout décrire! De Broyer C & Danis B, DSRII 2011Monday 27 February 12
  • 83. Perspectives etc...Monday 27 February 12
  • 84. Conclusions générales Héritage digital du CAML et de l’IPY Etat de l’environnement Antarctique, Etat 0 Nouvelle biorégionalisation, aires marines protégées Le lien entre plusieurs disciplines Consolidation de la communauté du SCAR Conservation informée et adaptative Optimisation des efforts de rechercheMonday 27 February 12
  • 85. Le futur (proche) Expansion/évolution des capacités Interopérabilité Intégration des données génétiques Outils d’aide à l’identification Implication de la communautéMonday 27 February 12
  • 86. (quelques) Défis Science basée sur un usage intensif des données Intégration d’autres types de données Données noires et données orphelines Déluges de données Fracture numérique Changement de culture Rose A. DZMBMonday 27 February 12
  • 87. image  ©  NY  Times   #biodiversityaqMonday 27 February 12

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