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La ricerca bibliografica e fattuale con Scifinder

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  • 1. La ricerca bibliografica e fattuale con SciFinder Biblioteca Scientifica Interdipartimentale annarosa.cesaretti@unimore.it
  • 2. Cos’è SciFinder● La versione digitale del Chemical Abstract, lo storico repertorio cartaceo che ha assicurato lacopertura della produzione mondiale di documentiscientifici e tecnici in ambito chimico.● Un’interfaccia di ricerca creata per interrogarei database prodotti da Chemical Abstract Service, aiquali nel 1995 è stato annesso Medline, il databasedella National Library of Medicine.
  • 3. CAplus CAS Registry CASREACT CHEMLIST CHEMCATS +MEDLINE Repertorio di Database delle Repertorio Database sostanze reazioni normativo commerciale Database bibliografici Database fattuale Database fattuale Database fattuale Database fattuale CAplus 70 milioni di 60 milioni di 295.000 sostanze contiene 36 milioni di sostanze reazioni chimiche informazioni su riferimenti 64 milioni di provenienti da enti 71 milioni di bibliografici sequenze Contiene: nazionali o prodotti chimici MEDLINE internazionali in cui disponibili sul •Diagrammi di sono registrate dalle mercato e sui 20 milioni di Contiene: struttura di reagenti aziende per riferimenti e prodotti relativi fornitori nel •Formule delle esigenze di legalità bibliografici mondo molecole •Numeri del Registro e sicurezza •Sinonimi CAS di tutti i Contiene: •Sequenze dell’acido reagenti, prodotti Contiene:Articoli di periodici nucleico e delle reattanti, solventi •Liste regolamentari Brevetti proteine catalizzatori •Status nei repertori Atti di convegni •Diagrammi di •Resa di prodotti chimici Tesi struttura Informazione •Pericolosità e Web preprints •Proprietà calcolate e testuale sulle tossicità sperimentali reazioni AGGIORNAMENTO Capitoli di libri settimanale Clinical trials AGGIORNAMENTO AGGIORNAMENTO AGGIORNAMENTO settimanale quotidiano quotidiano (40.000AGGIORNAMENTO reazioni) quotidiano (3000 riferimenti) I database di SciFinder
  • 4. La Copertura dei Database bibliograficiCAplus (Chemical Abstracts MEDLINE (NationaL Library ofService) Medicine)● 36 milioni di riferimenti ● 20 milioni di riferimentibibliografici bibliografici● copertura dal 1907 ● copertura dal 1947● 10.000 periodici scientifici ● 5.200 periodici biomedici● Brevetti rilasciati da 61enti internazionali
  • 5. I Settori DisciplinariSciFinder e il maggiore database perlinterrogazione nel campo delle● scienze chimiche (chimica organica, inorganica,analitica, biochimica, etc.)ma si estende anche a● biologia, medicina, ingegneria (chimica medica ebiomedica, ingegneria chimica, chimica agraria, biotecnologie,scienze dei materiali, farmacologia, tossicologia, scienzeambientali) fisica e astronomia.
  • 6. Le opzioni d’uso● Trovare riferimenti bibliografici di articoli e brevetti e ottenerne il full text (se disponibile)● Ricercare sostanze chimiche● Creare e modificare reazioni chimiche● Trovare la disponibilità commerciale e la normativa relativa alle sostanze
  • 7. Come iscriversi Prima del primo accesso ogni utente dovrà registrarsi sul sito del CAS per attivare le proprie credenziali personali.● collegarsi all’indirizzo https://scifinder.cas.org/registration/index.html?corpKey=ECA35 C5F-86F3-5055-676A-C178A13BA8E7 e compilare un form con i propri dati● nello stesso form definire i propri username e password seguendo le istruzioni● si ricevera un messaggio contenente un link da seguire per confermare liscrizioneOccorre fornire un indirizzo di e-mail incluso nel dominio unimore.
  • 8. Come accedere Dal sito della BSI www.bsi.unimore.it● Nella barra superiore scegliere Banche dati● in Biblioteca Digitale cliccare Banche dati, e-book, altro● scorrere la lista alfabetica o inserire il nome della banca dati nella stringa di ricerca e cliccare GO● inserire username e password di SciFinder● cliccare accept per accettare il Licence Agreement.
  • 9. Come accedere da casa o da remoto● entrare in VPN dal sito della BSI www.bsi.unimore.it seguendo nellheader il link "collegarsi da casa alle risorse online“● autenticarsi con le proprie credenziali di posta elettronica UniMoRe● nella prima videata attivare sempre il software Network Connect oppure Windows Secure Application Manager (si trovano in basso alla voce Client Application Sessions) cliccando il pulsante Start● aprire un nuova finestra e riportare direttamente nella barra degli indirizzi in alto la url della banca dati: https://scifinder.cas.org/scifinder/login● inserire username e password di SciFinder
  • 10. Le tre modalità di interrogazione correlateExplore riferimentireferences sostanze fonti commercialisubstances reazionireactions
  • 11. La Home page ricerca di riferimenti ricerca di ricerca di bibliografici sostanze reazioni stringa di interrogazione modalità di ricerca alternativefiltri
  • 12. Strategie e opzioni di ricerca● Iniziare con una ricerca ampia● Analizzare automaticamente i risultati  Analyze, Categorize● Raffinare i risultati  Refine● Salvare e combinare i risultati  Save, Export, Combine● Restare aggiornati sull’argomento  Keep Me Posted alert● Pianificare progetti di sintesi  SciPlanner
  • 13. Ottimizzazione automatica della query termini generati automaticamentesinonimi Cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesisforme varianti Freeze, froze, frozen, freezingplurali irregolari Woman, women, Mice, mouse, mousesabbreviazioni standard Oxidation, oxidn Preparation, prepntroncamenti Depletion, deple… Solvable, solv…
  • 14. Explore by Research topicCome impostare la query di ricerca?  concetti NON parole chiave  frase in linguaggio naturaleE’ consigliabile limitare i concetti a 2 o 3Esempio: Una ricerca sull’uso dell’aspirina per la prevenzione e il trattamento di problemicardiaci e cerebraliDividere il topic in 2 query e successivamentecombinare i risultati  Aspirin for prevention or treatment of heart attacks  Aspirin for prevention or treatment of stroke
  • 15. Suggerimenti per la ricercaInizialmente è conveniente usare 2- 3 concetti E’ possibileinserire fino a 7 concettiIniziare con una ricerca ampia, poi restringere con Analyze eRefineNon più di 3 sinonimi per un termine, tra parentesiSeparare i termini della query con preposizioni econgiunzioni.Le preposizioni aiutano a identificare i concetti (lung cancer treatment VStreatment of lung cancer: of fa sì che siano identificati i due concettiseparati). Es: aspirin for the prevention of heart disease4 termini consecutivi sono spezzati in due parti: perché sianocercati come frase esatta occorre porli tra virgolette
  • 16. l Impostare filtri ? Se si tratta di una prima ricerca su un argomento è consigliabile non applicare filtrima iniziare con una ricerca, valutare i risultati, poiapplicare i filtri usando Refine o Analyze. Nella home è possibile filtrare i risultati in base a ● Anno/i di pubblicazione ● Tipo di documento (ad es. review, clinical trial, patent) ● Lingua ● Autore ● Istituzione di appartenenza dell’autore
  • 17. Interpretare i risultati I risultati sono ripartiti in gruppi di candidati ordinati in base a criteri di prossimità e compresenza dei concetti identificati. I termini inseriti sono definiti1. as entered quando sono recuperati riferimenti che li contengono come frase esatta nel titolo,nell’abstract, o in un termine di indicizzazione. (Questo set di risultati non comprende nessuno dei termini generati automaticamente).2. closely associated with one another quando i termini compaiono nella stessa frase nel titolo o nell’abstract, o in una voce di indicizzazione.3. anywhere in the reference quando sono presenti nel record anche se separati e distanti4. concept quando sono recuperati ovunque nel testo.
  • 18. Elaborare i risultati: AnalyzeAnalyze produce elaborazioni statistichedei risultati, analizzati in base a 12 criteri.Il default è Author Name, che presenta iprimi 10 istogrammi di analisiad ognuno corrisponde un gruppo dirisultati, il cui numero è indicato a latocliccando su ogni istogramma si visualizza ilset di riferimentiselezionando Keep analysis si potràmantenere questo nuovo gruppo dirisultati, o, con Clear analysis, tornare airisultati completi.
  • 19. Elaborare i risultati: AnalyzeCome individuare le tendenze della ricerca in uno specifico settore con Analyze by… ● Author: conoscere i ricercatori più attivi in un determinato ambito ● CAS registry number: recuperare tutte le sostanze riferite ad un settore scientifico ● Company-organization: scoprire quali istituzioni stanno effettuando ricerche in un certo ambito. ● Year of publication: trovare la distribuzione degli articoli per anno di pubblicazione, cioè i trend di pubblicazione di un settore. ● Journal: sapere quanti articoli sul tema sono stati pubblicati in quali riviste Alcuni altri criteri di analisi sono basati sull’indicizzazione.
  • 20. Analyze: i 12 criteri● Author name: gli autori dei documenti● CAS Registry number: i CASrn delle sostanze indicizzate● CA Section title: le 80 classi scientifiche principali in cui sono stati classificati i documenti nel Chemical Abstract● Company-Organization: le imprese o gli enti di afferenza degli autori● Database: CAPlus e Medline● Document type: le tipologie di documenti originali (journal,review,patent, conference proceeding,dissertation,clinical trial, etc.)● Index term: i termini del dizionario controllato usati per classificare i riferimenti nel database● CA Concept Heading: i termini del dizionario controllato usati per identificare l’argomento generale del riferimento● Journal name: le pubblicazioni periodiche in cui sono comparsi i documenti originali● Language: le lingue di pubblicazione dei documenti originali● Publication year: gli anni di pubblicazione dei documenti originali● Supplementary terms: le parole chiave che identificano i concetti principali dell’argomento. Di solito sono i termini usati dagli autori nella pubblicazione originale. NB: In azzurro i criteri di analisi basati sull’indicizzazione
  • 21. Indicizzazione E’ curata da esperti e permette di● Scoprire la terminologia rilevante usata nel settore oggetto della nostra ricerca● Trovare idee per altri termini da usare per la ricerca (sulla base dell’analisi dei risultati ottenuti è spesso auspicabile rielaborare la query, esplorando opzioni di ricerca alternative)● Raffinare la ricerca usando gli index term recuperati● Eliminare i risultati che non ci interessano, ottenendo maggiore precisione.
  • 22. Indicizzazione L’indicizzazione è “dietro le quinte” infatti è visibile solo in ● Analyze (Index Term, CA Concept Heading, CA Section Title, Supplementary Terms) ● Categorize ● nel singolo record (full display)Non è necessario conoscerla in dettaglio ma è utile sapere che● In CAPLUS presenta due tipologie principali presentate nel singolo record full display: ● Concepts (200.000 intestazioni principali) ● Substances● Ha DUE sistemi di indicizzazione diversi per CAPLUS (CA Lexicon) e MEDLINE (MeSH)
  • 23. Indicizzazione : Vantaggi● uniformità e coerenza: un solo termine copre tutte le varianti utilizzate dagli autori (Titolo e abstract sono scritti dagli autori, che potrebbero usare termini diversi per lo stesso concetto)● precisione: le parole chiave sono inserite solo se collegate al focus della ricerca originale● identificazione di ulteriori accessi ai documenti: Ad es.: l’indicizzazione sistematica delle sostanze chimiche fa sì che le sostanze citate in un articolo siano presenti nell’indicizzazione anche se non sono state inserite dall’autore nel titolo o nell’abstract
  • 24. Categorize E’un’analisi dei risultati basata sull’indicizzazioneConsiste nell’applicare ai risultati ottenuti unaclassificazione per settori disciplinari che contiene idescrittori (index term) applicati ad ognuno degli articoliche confluiscono nel database.I descrittori si rapportano ai settori scientifici stabiliti daCAS (Category Headings e Categories) secondo unarelazione gerarchica che procede dal particolare algenerale.Con la funzione Categorize l’utente procede invecedal generale al particolare.
  • 25. Ogni Category Heading (gli 11 settori scientifici di CAS)genera un elenco di Category e ognuna a sua voltagenererà gli index term che si riferiscono ai risultatiottenuti.
  • 26. Nell’elencoScegliere un che compare Category scegliere una Heading Category cliccare OK per vedere i riferimenti connessi ai termini scelti Nell’elenco In questa colonna che compare appare scegliere un riepilogo gli index term dei termini scelti
  • 27. All è il default che unisce tutti i Category Headings, epresenta due opzioni:• Substances: le sostanze indicizzate nel set di risultati• Topics: gli index term presenti nel set di risultati
  • 28. Raffinare la ricerca: Refine Opzioni possibili: Refine by … • Research Topic • Author Name • Company Name • Document Type • Publication Year • Language • DatabaseCon Refine by Research topic è possibile inserire un nuovotermine di ricerca. Es.: Refine By research topic : Digitare la queryTreatment of heart attack or stroke, poi raffinare la ricercaimmettendo il nuovo termine “aspirin”
  • 29. Raffinare la ricerca Refine by … research topicLa ricerca individua fra quelli recuperati i risultati checontengono il nuovo termine.I riferimenti contenenti il nuovo termine sono rintracciatinell’insieme di risultati originario, ciò corrisponde all’usodell’operatore booleano AND.SET DI RISULTATI SET CONTENENTEORIGINARIO IL NUOVO TERMINE INTERSEZIONE : IL NUOVO SET DI RISULTATI
  • 30. Ricerca per citazionePartendo da un riferimento posso recuperare i riferimenti connessi:● con Get related cited references ottengo i riferimenti citati dal documento : è una ricerca a ritroso, che recupera gli articoli che sono stati citati in bibliografia.● con Get related citing references ottengo i riferimenti che citano il documento stesso: è una ricerca in avanti, che recupera gli articoli successivi, ovvero permette di conoscere gli esiti delle ricerche successive sull’argomento. La ricerca può essere condotta anche per liste di riferimenti.
  • 31. Accesso al full textIn SciFinder è attivo un sistema di linking realizzato mediante ilsoftware SFX che, a partire da un riferimento bibliografico,consente di● accedere al full text dell’articolo, se disponibile● avvalersi dei servizi alternativi :  cercare nel Catalogo per localizzare la versione cartacea nella biblioteche di Modena e Provincia  cercare nel catalogo nazionale dei periodici ACNP  richiedere il documento tramite Fornitura articoli  cercare articoli dello stesso autore su Web of Science  verificare l’impact factor della rivista  spostare la ricerca su Google Scholar  chiedere aiuto allo staff di SFX
  • 32. Si accede a SFX seguendo illink Your In-house Library In caso di full text non disponibile SFX propone i servizi alternativi
  • 33. Explore substances ricerca di sostanze chimicheCinque possibili modalità di ricerca:1. Disegno della struttura chimica (o importazione da un’altra applicazione)2. ricerca Markush (per brevetti)3. ricerca per formula molecolare4. ricerca mediante le proprietà sperimentali o predittive5. ricerca per identificativo della sostanza (nome chimico, commerciale o CAS registry number)
  • 34. Ricerca di sostanza mediante strutturaL’editor permette di disegnare una struttura utilizzando itools posti a lato e in basso, o di importarla da un’altraapplicazione, e di impostare ricerche secondo tre tipologie: oExact search o Substructure search o Similarity searchE’necessaria l’installazione del software Java.
  • 35. Convertire il CAS Registry Numbernella struttura della sostanzaLa ricerca per struttura è facilitata dalla possibilità di inserireun CAS Registry number nell’editor, senza dover disegnarela struttura. Per inserirlo cliccare l’icona Add to editor
  • 36. Convertire il CAS Registry Number nellastruttura della sostanzaL’editor proporrà la struttura chimica corrispondente alCAS registry number, che potrà essere utilizzatadirettamente o modificata per impostare una ricerca distrutture, di reazioni o Markush.
  • 37. Ricerca di sostanze mediante proprietàI ricercatori possono porsi l’obiettivo di individuaresostanze che presentino un particolare valore oun range di valori delle proprietà sperimentalio predittive nel CAS Registry.
  • 38. Ricerca di sostanza mediante formula molecolareLa ricerca per formula molecolare è efficace peraccedere alla dettaglio di una sostanza quando diquesta si conosca la composizione elementare.La query deve rappresentare il numero di atomi di ogni elemento della molecola. C16H12O6 CH3O H3O4P O3Fe2
  • 39. Ricerca di sostanza mediante identificativo/iE’ possibile ricercare la sostanza utilizzando ● Il nome chimico ● Il nome comune ● Il nome commerciale ● Il CAS Registry number Si possono inserire contemporaneamente fino a 25 identificativi che devono essere incolonnati nel box di ricerca.
  • 40. Individuata lasostanza, senzaentrare nella paginadi dettaglio, èpossibilerecuperare:1. i riferimenti in cui è 1 discussa 22. le reazioni a cui 3 partecipa 43. le fonti commerciali4. la normativa pertinente5. le proprietà dello spettro e sperimentali 5
  • 41. Bioactivity indicators Target indicatorsBioactivity indicators: un gruppo predefinito di termini indicanti la bioattività di una sostanza (es.: antibiotics, vasoconstrictors). Il numero di riferimenti per ogni indicatore indica quanti si riferiscono sia al termine indicante bioattività sia alla sostanza.Target indicators: un gruppo predefinito di termini indicanti proteine, enzimi e altri elementi bersaglio di una sostanza (es.:alpha -amylase, prostate-specific antigen). Il numero di riferimenti per ogni indicatore dichiara quanti si riferiscono sia al termine target sia alla sostanza. Per recuperare i Bioactivity e i Target indicators di una sostanza occorre entrare nel Substance detail oppure nella funzione Analyze
  • 42. Il Substance detail bioactivity indicators target indicators
  • 43. Elaborare le sostanze: AnalyzeLa funzione Analyze by… permettel’elaborazione dei risultati per le sostanzeottenute, con l’impostazione di un’analisi inbase ai parametri specifici: ● Substance role ● Commercial availability ● Elements ● Reaction availability ● Bioactivity indicators ● Target indicators
  • 44. Explore Reactions Ricerca di reazioniLa ricerca per struttura di reazioni recupera le reazioniche corrispondono alle strutture dei reattanti,reagenti e/o prodotti inseriti. Occorre disegnare laquery. Si possono impostare i filtri specifici e scegliere iltipo di ricerca.
  • 45. Salvare i risultatiPartendo dal display dei risultati ottenuti selezionare o i riferimenti o le sostanze o le reazioni o cliccare “Save”I risultati saranno salvati nel server di CAS in modo da poteressere recuperati da qualsiasi computer. Se non è statoselezionato alcun risultato sarà salvato l’intero set di risultati.Per recuperare il set di risultati salvato cliccare su Savedanswer sets nella colonna a destra o nell’angolo superioredestro, per raggiungere la pagina che elenca tutti i set salvati.
  • 46. I set di risultati sono salvati nei folder References, Substances, Reactions
  • 47. I link permettono di: 1. copiare il set di risultati 2. crearne un bookmark 3. salvarlo in un documento 4. inviarlo via e-mail
  • 48. CombinePer allargare o circoscrivere la ricerca è possibile combinare i risultatiusando gli operatori booleani ● Cliccare Saved Answer Sets per vedere i set di risultati salvati ● Scegliere almeno due set di risultati ● Cliccare Combine answer Sets OPERATORI BOOLEANI ● OR somma : i riferimenti da entrambi i set ● AND intersezione : solo i riferimenti presenti in entrambi i set ● NOT esclusione : i record che compaiono in un set ma non nell’altro
  • 49. Esportare i risultati● selezionare i risultati che si desidera esportare in locale (sul proprio pc)● cliccare “Export”.● indicare tipo, formato e titolo del file● per esportare automaticamente in un software di gestione della bibliografia (come Zotero) scegliere il formato Citation export format (*.ris)● per esportare in Word scegliere Rich text (*.rtf)● per esportare le proprietà delle sostanze scegliere excel (*.xls). Se non è stato selezionato alcun risultato, sarà esportato l’intero set.
  • 50. Creare un Alert “Keep me posted” ottenere automaticamente i nuovi risultatiPer essere aggiornati sull’evoluzione dellaletteratura sul vostro argomentopartendo dai riferimenti ottenuti, cliccare•La query sarà eseguita periodicamente in automatico erecupererà tutti i riferimenti immessi successivamenteche soddisfino i criteri di ricerca.• Si riceverà un avviso via email: i primi 5 risultati sarannolinkati alla pagina dell’articolo in SciFinder e leggibilidirettamente. Per ricevere gli avvisi via e-mail modificare lePreferences.NB: e’ possibile creare alert Keep Me Posted basati su ricerche di riferimenti e di sostanze, ma non di reazioni..
  • 51. la strategia di ricerca che sarà eseguita dal profilo KMPcome modificare scadenza e frequenza
  • 52. SciFinder MobilePer utilizzare Scifinder Mobile con palmari e smartphonecollegarsi allindirizzo https://scifinder.cas.org/mobile einserire le proprie credenziali.Non ci sono restrizioni relative allindirizzo IP, è sufficientela registrazione per la versione web. Non c’è alcuna app dascaricare.Con SciFinder Mobile è possibile anche visualizzare i propriKeep Me Posted alert. NB: i dispositivi che non supportano la tecnologia Java, adesempio iPad, non permettono la ricerca per struttura.
  • 53. SciPlannerE’ uno spazio di lavoro interattivo chepermette di organizzare sostanze, reazioni eriferimenti e pianificare progetti di sintesi. E’possibile mappare il percorso multi-step della sintesi chimica eorganizzarne i risultati in un visualizzazione sinottica. I risultativengono stivati nella library per essere poi trasferiti dallalibrary al workspace per la creazione di progetti.
  • 54. Per approfondire• Guide online all’utilizzo di SciFinder sono disponibili a partiredalla pagina SciFinder Support & training di CAS http://www.cas.org/training/scifinderSegnaliamo in particolare i tutorial• Introduction to Reference Searching• Introduction to Substance Searching• Introduction to Reaction Searching• Ridley, Damon D. Information retrieval : SciFinder, 2.ed.,2009, John Wiley & Sons annarosa.cesaretti@unimore.it