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Biodec haplone p4ur_na

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Biodec haplone p4ur_na Presentation Transcript

  • 1. La community Plone4Bio e l applicazione HaPlone dellUniversità di Bologna Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 2. Perchè questa presentazione?Il tema è certamente specialistico, ma la presenzanostra e - nostro tramite - dellUniversità degli studi diBologna è perfettamente in tono con levento di oggi. ● Il Gruppo di Biologia Computazionale di UNIBO è membro di PloneGov Italia. ● BioDec, portando avanti esperienze originate in UNIBO, ha promosso la nascita di una sottocomunità di PloneGov.org, Plone4Bio, basata sulla condivisione dellomonima soluzione Plone, rilasciata pubblicamente da BioDec, e utilizzata in riuso da università di tutto il mondo. ● Proprio perchè proviene da un settore di nicchia, questa testimonianza suffraga i concetti di fondo: valore del riuso del software libero e degli standard aperti, flessibilità della tecnologia Plone. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 3. Cosa è HaPlone?● Unapplicazione per la gestione di dati di Antropologia Molecolare, costruita sul Content Management System Plone (http://plone.org), software libero di classe enterprise.● E stato sviluppato per il progetto “BiBi – Biodiversity and Bioinformatics” dell Università degli Studi di Bologna, uno dei cui obiettivi era “la progettazione, limplementazione, il test e la manutenzione di un database utile per studi teorici”. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 4. Cosa fa HaPlone ...● Consente di memorizzare, ispezionare, ricercare e recuperare dati, attraverso la familiare interfaccia di un Web Browser standard.● Gestisce dati molecolari Y-UEP e Y-STR, assieme a dati personali.● I sottoinsiemi di popolazione possono essere agevolmente selezionati (per località, aplogruppo, sesso, MRCA) usando semplici formulari di interrogazione, i cui report forniscono anche raggruppamenti di base, statistiche e grafici sugli insiemi selezionati. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 5. Cosa fa HaPlone ...● Si può effettuare import massivo di dati da file CSV.● I dati selezionati possono essere esportati verso programmi esterni (tramite file CSV).● Sfruttando le caratteristiche di Plone per il controllo degli accessi, lapplicazione può gestire un accesso selettivo a grana fine ai dati memorizzati, è quindi può essere utilizzata sia per la disseminazione dei dati al pubblico, sia per la gestione interna dei dati riservati. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 6. ● I dati sono memorizzati nella struttura “Soggetto”, che contiene dati sia personali, sia molecolari. ● I dati degli UEP e degli STR sono facilmente modificabili. ● Per ogni soggetto, lapplicazione calcola al volo laplogruppo, basato sui suoi UEP, e il più recente antenato comune (MRCA) per ogni linea sessuale, basandosi sulla popolazione memorizzata.Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 7. Error checking Il sistema si occupa anche di verificare la coerenza dei dati e avverte al volo loperatore di eventuali incoerenze: ● Controllo di errori su UEP conflittuali o incoerenti rispetto allaplogruppo e ai nodi di ramo genealogico calcolati; ● Marcatura di STR fuori range. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010
  • 8. Volete saperne di più? ● La prima installazione pubblica di HaPlone è allindirizzo http://anthropos.biocomp.unibo.it ● ... ma a richiesta sono disponibile dei singoli interessati per una visita guidata. Plone per lUniversità e la Ricerca – 2° ed. Napoli, 26 Novembre 2010