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                                       E avvenne la grande magia di Eduardo
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                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
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PostgreSQL Day 2008 - sCORdb Project

  1. 1. Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo Il lavoro che abbiamo corto iniziato L’approccio al Quando fra CED e T.I. ci sono solo 50 metri - PGday 2008 problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri February 3, 2009 progetti Cosa ci
  2. 2. Progetto Tabella dei Contenuti sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - 1 Com’ e‘ iniziato tutto Giulio Rizzoli Com’ e‘ 2 Le basi di dati e la ricerca biomedica iniziato tutto Statistica medica e ricerca epidemiologica Le basi di dati e la ricerca biomedica 3 Il lavoro che abbiamo iniziato Statistica medica e ricerca epidemiologica L’approccio al problema Il lavoro che abbiamo iniziato 4 Come PostgreSQL cambi` la direzione o L’approccio al problema il tornare all’idea di community Come Inserimento dei dati oggi e domani PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea 5 Integrazione con altri progetti di community Inserimento dei dati oggi e domani 6 Cosa ci aspetta Integrazione con altri progetti Cosa ci
  3. 3. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  4. 4. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  5. 5. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  6. 6. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  7. 7. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  8. 8. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  9. 9. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  10. 10. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  11. 11. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  12. 12. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  13. 13. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  14. 14. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  15. 15. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  16. 16. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  17. 17. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  18. 18. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema • era nostra seguire un approccio linguaggio di Come programmazione web abbinato ad una base dati su PostgreSQL cambi` la o macchine Debian GNU/Linux direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  19. 19. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema • era nostra seguire un approccio linguaggio di Come programmazione web abbinato ad una base dati su PostgreSQL cambi` la o macchine Debian GNU/Linux direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  20. 20. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  21. 21. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  22. 22. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  23. 23. Progetto E avvenne la grande magia di Eduardo sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca • In seguito ad uno studio dei possibili RDBMS mi sono biomedica Statistica imbattuto, anche su indicazione di Andrea Brugiolo, in medica e ricerca epidemiologica PostgreSQL Il lavoro che abbiamo • si era nel marzo 2008 e MySQL stava andando al Sole 2 iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 2 http://developers.slashdot.org/article.pl?sid=08/04/16/2337224 Cosa ci
  24. 24. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  25. 25. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  26. 26. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  27. 27. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  28. 28. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  29. 29. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  30. 30. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  31. 31. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  32. 32. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  33. 33. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  34. 34. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  35. 35. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  36. 36. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  37. 37. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  38. 38. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  39. 39. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  40. 40. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  41. 41. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  42. 42. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  43. 43. Progetto Ringraziamenti sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Ringraziamo tutti i presenti per l’attenzione! Il lavoro che abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  44. 44. Progetto Licenza d’uso sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica La seguente presentazione ` rilasciata sotto la Creative e Statistica medica e ricerca epidemiologica Commons Attribuzione-Non commerciale-Condividi allo stesso Il lavoro che modo 2.5 Italia License 5 abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 5 Emanuele Zamprogno - Copyright Cosa ci

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