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Introduction à la programmation
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Introduction à la programmation

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Introduction à la programmation pour les étudiants de la filière biologie informatique de l'université Paris Diderot - Paris 7

Introduction à la programmation pour les étudiants de la filière biologie informatique de l'université Paris Diderot - Paris 7

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  • 1. Introduction à la programmation Pierre Poulain pierre.poulain@univ-paris-diderot.fr 09/2011
  • 2. Programmer ?
  • 3. Donner des ordres
  • 4. Pourquoi ?
  • 5. Stocker
  • 6. Trier
  • 7. Répéter
  • 8. Exemple
  • 9. Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA
  • 10. Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA 1 2 3 4
  • 11. Et dans celle-ci ?MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDTVSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFGKITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRYCRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDILVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTFTNITYRGT Glycoprotéine plaquettaire humaine ß3
  • 12. Un ordinateur
  • 13. très rapide
  • 14. beaucoupde mémoire
  • 15. mais bête
  • 16. décomposerun problème complexe
  • 17. en éléments simples
  • 18. Algorithme
  • 19. Algorithme humain GWGAWILAGAGA 1 2 3 4Pour chaque acide aminé de la séquence,si lacide aminé est Aalors on compte une alanine de plus.
  • 20. Algorithme Pythonsequence = "GWGAWILAGAGA"nombre_ala = 0for acide_amine in sequence: if acide_amine == "A": nombre_ala = nombre_ala + 1print nombre_ala
  • 21. Autres langages ?
  • 22. Javapackage comptagealanines;public class Main { public static void main(String[] args) { String sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0 ; for (int i = 0 ; i < sequence.length(); i++ ){ if (sequence.charAt( i ) == A){ nombre_ala = nombre_ala + 1; } } System.out.println(nombre_ala); }}
  • 23. Perlmy @sequence = split(,GWGAWILAGAGA);my $nombre_ala = 0 ;foreach my $acide_amine (@sequence){ if ($acide_amine eq A) { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; }}print "$nombre_alan";
  • 24. Javascript<script>var sequence = "GWGAWILAGAGA";var nombre_ala = 0;for(i=0; i<sequence.length; i++) { if(sequence[i].toUpperCase() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; }}window.alert("Nombre de A : " + nombre_ala);</script>
  • 25. PHP<?php $sequence = "GWGAWILAGAGA"; $nombre_ala = 0; for($i=0; $i<strlen($sequence); $i++) { if(strtoupper($sequence[$i]) == "A") { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; } } echo "Nombre de A : ".$nombre_ala;?>
  • 26. C#using System;using System.Collections.Generic;using System.Linq;using System.Text;namespace ConsoleApplication1{ class Program { static void Main(string[] args) { string sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0; for (int i = 0; i < sequence.Length; i++) { if (sequence[i].ToString().ToUpper() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; } } Console.WriteLine("Nombre de A : " + nombre_ala.ToString()); } }}
  • 27. Points communs
  • 28. 1. Variables
  • 29. 2. Tests
  • 30. 3. Boucles
  • 31. Différences
  • 32.  ; { } @ $using public classstatic void
  • 33. CompilationC, C++, C#, Fortran code langage programmesource machine exécutable
  • 34. Interprétation (bytecode)Java, Python, Perl code bytecode source (caché)
  • 35. InterprétationBash, Javascript, PHP code source (ligne par ligne)
  • 36. Illustration bioinfo 1
  • 37. Ensembldétection de gènes
  • 38. Illustration bioinfo 2
  • 39. sHSPP. Poulain, J.-C. Gelly, and D. Flatters, Detection and Architecture of Small Heat Shock Protein Monomers, PLoS ONE 5: e9990 (2010).
  • 40. Biologie Informatique @ P7 Unix (bash), R, C L3 Python, C, (R) M1 Python, Java, C, (R) M2
  • 41. Conclusion
  • 42. Investissez !
  • 43. Forgez !
  • 44. Facilitez-vous la vie !
  • 45. Amusez-vous !
  • 46. bio informatique
  • 47. Crédits graphiques PPDIGITAL (Flickr) TurboMilk (Findicons) Katherine Donaldson (Flickr) Wilsoninc (Findicons) Ralphbijker (Flickr) fe2cruz (Flickr) Olivcris (Flickr) 713 Avenue (Flickr) Nicobunu (Openclipart.org) K Lee (Wikipedia) VisualPharm (Findicons) selva (Flickr)
  • 48. Crédits graphiques (2) Nardino (Flickr) Ennor (Flickr) AlanHeitz (Flickr) Dahon (Flickr) Foxymoron (Flickr) Joe Rollerfan (Flickr) JoeShlabotnik (Flickr) Liz Marion (Flickr) doi:10.1371/ journal.pone.0009990.g001 beeeeeker (Flickr) JoshuaDavisPhotography (Flickr)