Introduction à la programmation

Introduction à la programmation Pierre Poulain pierre.poulain@univ-paris-diderot.fr 09/2011

Programmer ?

Donner des ordres

Pourquoi ?

Stocker

Répéter

Exemple

Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA

Combien y a-t-il dalaninesdans cette protéine ?GWGAWILAGAGA 1 2 3 4

Et dans celle-ci ?MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGPNICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALPLGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRLRPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIGFGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSVSRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGRLAGIVQPNDGQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTVGVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLKIGDTVSFSIEAKVRGCPQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCDCACQAQAEPNSHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPVCSQRGECLCGQCVCHSSDFGKITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTTRTDTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDTCEKCPTCPDACTFKKECVECKKFDRGALHDENTCNRYCRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDDCVVRFQYYEDSSGKSILYVVEEPECPKGPDILVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERARAKWDTANNPLYKEATSTFTNITYRGT Glycoprotéine plaquettaire humaine ß3

Un ordinateur

très rapide

beaucoupde mémoire

mais bête

décomposerun problème complexe

en éléments simples

Algorithme

Algorithme humain GWGAWILAGAGA 1 2 3 4Pour chaque acide aminé de la séquence,si lacide aminé est Aalors on compte une alanine de plus.

Algorithme Pythonsequence = "GWGAWILAGAGA"nombre_ala = 0for acide_amine in sequence: if acide_amine == "A": nombre_ala = nombre_ala + 1print nombre_ala

Autres langages ?

Javapackage comptagealanines;public class Main { public static void main(String[] args) { String sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0 ; for (int i = 0 ; i < sequence.length(); i++ ){ if (sequence.charAt( i ) == A){ nombre_ala = nombre_ala + 1; } } System.out.println(nombre_ala); }}

Perlmy @sequence = split(,GWGAWILAGAGA);my $nombre_ala = 0 ;foreach my $acide_amine (@sequence){ if ($acide_amine eq A) { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; }}print "$nombre_alan";

Javascript<script>var sequence = "GWGAWILAGAGA";var nombre_ala = 0;for(i=0; i<sequence.length; i++) { if(sequence[i].toUpperCase() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; }}window.alert("Nombre de A : " + nombre_ala);</script>

PHP<?php $sequence = "GWGAWILAGAGA"; $nombre_ala = 0; for($i=0; $i<strlen($sequence); $i++) { if(strtoupper($sequence[$i]) == "A") { $nombre_ala = $nombre_ala + 1; } } echo "Nombre de A : ".$nombre_ala;?>

C#using System;using System.Collections.Generic;using System.Linq;using System.Text;namespace ConsoleApplication1{ class Program { static void Main(string[] args) { string sequence = "GWGAWILAGAGA"; int nombre_ala = 0; for (int i = 0; i < sequence.Length; i++) { if (sequence[i].ToString().ToUpper() == "A") { nombre_ala = nombre_ala + 1; } } Console.WriteLine("Nombre de A : " + nombre_ala.ToString()); } }}

Points communs

1. Variables

2. Tests

3. Boucles

Différences

; { } @ $using public classstatic void

CompilationC, C++, C#, Fortran code langage programmesource machine exécutable

Interprétation (bytecode)Java, Python, Perl code bytecode source (caché)

InterprétationBash, Javascript, PHP code source (ligne par ligne)

Illustration bioinfo 1

Ensembldétection de gènes

Illustration bioinfo 2

sHSPP. Poulain, J.-C. Gelly, and D. Flatters, Detection and Architecture of Small Heat Shock Protein Monomers, PLoS ONE 5: e9990 (2010).

Biologie Informatique @ P7 Unix (bash), R, C L3 Python, C, (R) M1 Python, Java, C, (R) M2

Conclusion

Investissez !

Forgez !

Facilitez-vous la vie !

Amusez-vous !

bio informatique

Crédits graphiques PPDIGITAL (Flickr) TurboMilk (Findicons) Katherine Donaldson (Flickr) Wilsoninc (Findicons) Ralphbijker (Flickr) fe2cruz (Flickr) Olivcris (Flickr) 713 Avenue (Flickr) Nicobunu (Openclipart.org) K Lee (Wikipedia) VisualPharm (Findicons) selva (Flickr)

Crédits graphiques (2) Nardino (Flickr) Ennor (Flickr) AlanHeitz (Flickr) Dahon (Flickr) Foxymoron (Flickr) Joe Rollerfan (Flickr) JoeShlabotnik (Flickr) Liz Marion (Flickr) doi:10.1371/ journal.pone.0009990.g001 beeeeeker (Flickr) JoshuaDavisPhotography (Flickr)

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