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COSMOMC インストール手順覚え書き
沼田 哲史
2009 年 5 月 20 日
1. はじめに
Intel Mac 上の Mac OS X 10.5.7 以降でインストールを行うことを前提とする。     Mac OS
X 10.5 に付属の Developer Tools を事前にインストールしておくことが必要である。なお、
できれば最新版を Apple の公式サイトよりダウンロードして利用されたい。
COSMOMC では、線形代数計算のための LAPACK が必要であるが、Mac OS X 10.5 に
はデフォルトで LAPACK がインストールされている。          なお、Mac OS X にデフォルトでイ
ン
ストールされている OpenMPI は Fortran 90 をサポートしていないので、           OpenMPI を利用
し
たプログラミングはできないことに留意されたい。
2. Fortran コンパイラのインストール
F o r t r a n 9 0 互換の    F o r t r a n コンパイラをインストールする。筆者は 「G 9 5
                                                          、
(http://www.g95.org/)」を用いた。
2.1. パッケージのダウンロード
http://www.g95.org/downloads.shtml より 「x86 OSX」をダウンロードする。
                                       、
使用した G95 のバージョンは、G95 0.92(2009.05.06 ビルド版)である。なお、ソース
コードからコンパイルするのは、特定のバージョンの gcc を利用したり、パッチを当て
てい
く必要があるらしいのでパスした。
2.2. パッケージの解凍
パッケージは         、「ターミナル」アプリケーションから 「tar」コマンドを使用して解凍
                                 、
する(以下すべてのケースで同様)。Finder 上でのダブルクリックによる解凍は避けた
方が
良い。
2.3. インストール先の用意
/usr/local/bin フォルダがない場合、作成する。
% tar xzvf g95-x86-osx.tgz
COSMOMC インストール手順覚え書き

1
パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。
~/.bash_profile
~/.bashrc
2.4. ファイルの移動
解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。
2.5. シンボリックリンクの作成
実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。
3. WMAP5 を利用できるようにする
WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと 「WMAP Likelihood Software
                               、
With Data」のインストールが必要となる。
3.1. CFITSIO のインストール
3.1.1. パッケージのダウンロード
公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より 「Latest fully
                                                         、
supported release」のバージョンをダウンロードする。これを書いた時点で
は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。
% sudo mkdir /usr/local/bin
if [ -f ~/.bashrc ]
then
   . ~/.bashrc
fi
export PATH="$PATH:/usr/local/bin"
% sudo mv g95-install /usr/local/g95
% sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95
COSMOMC インストール手順覚え書き

2
3.1.2. パッケージの解凍
3.1.3. ビルドとインストール
http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/ より 「Latest fully supported release」の
                                      、
バージョンをダウンロードする。これを書いた時点では、cfitsio3140.tar.gz をダウン
ロードした。
なお make 時に、Mac OS X 10.5.7 の Intel Mac 上では以下の警告メッセージが表
示されるが、無視して構わない。
3.2. WMAP Likelihood Software With Data のインストール
3.2.1. パッケージのダウンロード
公式ホームページ (http://lambda.gsfc.nasa.gov/) より 「PRODUCTS」-、
「 W M A P 」 -「 S o f t w a r e 」 と 辿 って、 L i k e l i h o o d C o d e 」 の 「 D o w n-
                                              「
load」より「Likelihood Software With Data」をダウンロードする。
これを書いた時点では、wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz の 1.0GB のファイルをダ
ウンロードした。
3.2.2. パッケージの解凍
3.2.3. 適当なフォルダへの移動
% tar xzvf cfitsio3140.tar.gz
% cd cfitsio
% ./configure --prefix=/usr/local
% make
% sudo make install
ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols
ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols
% tar xzvf wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz
% sudo mv likelihood_v3 /usr/local/
COSMOMC インストール手順覚え書き

3
3.2.4. 設定ファイルの編集
/usr/local/likelihood_v3/WMAP_5yr_options.F90 を編集し、12 行目を次のように
変更する。
3.2.5. 必要なファイルのコンパイル
/usr/local/likelihood_v3/Makefile を、以下のように書き換える。
先頭の CFITSIO のパス設定を次のようにする。
デフォルトの F90 および FFLAGS、INCS、LIBS などの設定をすべてコメントアウ
トし、G95 用の次の設定を書き加える。
all ターゲットを、次のように変更する。
次のようにして、必要なファイルをビルドする。
character(len=*), parameter :: WMAP_data_dir = '/usr/
local/likelihood_v3/data/'
CFITSIO=/usr/local
#CFITSIO=/home/nolta/local
F90 = g95
FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge
all: $(WMAPLIB) test
  ↓
all: $(OBJS)
% cd /usr/local/lib
% make all
COSMOMC インストール手順覚え書き

4
4. COSMOMC のインストール
4.1. パッケージのダウンロード
公式ホームページ (http://cosmologist.info/cosmomc/) より 「ReadMe」-
                                                     、
「Downloading and Compiling」より、ダウンロード場所をメールで送ってもら
い、cosmomc.tar.gz をダウンロードする。
4.2. パッケージの解凍
4.3. camb の Makefile ファイルの編集
camb フォルダの Makefile ファイルを開き、先頭の 2 行をコメントアウトする。
G95 に関する部分のコメントアウトを外す。
4.4. camb のビルド
4.5. source の ビルド
4.5.1. Makefile の編集
source フォルダの Makefile ファイルを開き、以下のように編集する。
CFITSIO のパス設定を変更する。
% tar xzvf cosmomc.tar.gz
#F90C = ifort
#FFLAGS = -openmp -O2 -ip -W0 -WB -fpp2 -vec_report0
#G95 compiler
F90C = g95
FFLAGS = -O2
% cd camb
% make all
COSMOMC インストール手順覚え書き

5
WMAP のパス設定を変更する。
Intel MPI のための設定をすべてコメントアウトする。
G95 のための設定を、その下あたりに追加する。
4.5.2. source をビルドする。
4.6. 完了
以上で「cosmomc」フォルダに「cosmomc」という実行ファイルが出来ているので、以
下のようにしてこれを実行する。
cfitsio = /usr/local/cfitsio/intel10/64/3.040
  ↓
cfitsio = /usr/local
WMAP = /home/aml1005/WMAP5/likelihood_v3
  ↓
WMAP = /usr/local/likelihood_v3
#F90C = mpif90
#FFLAGS = -O2 -ip -W0 -WB -openmp -fpp -DMPI -vec_re-
port0
#LAPACKL = -L/usr/local/intel/mkl/9.1/lib/em64t
-lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread
F90C = g95
FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge
LAPACKL = -llapack -lblas
% cd ../source
% make all
% cd ..
% ./cosmomc params.ini
COSMOMC インストール手順覚え書き

6
COSMOMC の実行例
% ./cosmomc params.ini
 Random seeds: 0, 22989 rand_inst: 0
 Computing tensors: F
 Doing CMB lensing: T
 lmax         = 2100
 Number of C_ls = 3
Varying 7 parameters ( 0 fast)
 reading: params_CMB.covmat
 starting Monte-Carlo
 reading WMAP5 data
 Initializing WMAP likelihood, version v3
0 rat: 0.3968254 in 126 (M) best: 1393.514
 0 rat: 0.3773585 in 265 (M) best: 1337.2715
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...
COSMOMC インストール手順覚え書き

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Cosmology.Doc

  • 1. COSMOMC インストール手順覚え書き 沼田 哲史 2009 年 5 月 20 日 1. はじめに Intel Mac 上の Mac OS X 10.5.7 以降でインストールを行うことを前提とする。 Mac OS X 10.5 に付属の Developer Tools を事前にインストールしておくことが必要である。なお、 できれば最新版を Apple の公式サイトよりダウンロードして利用されたい。 COSMOMC では、線形代数計算のための LAPACK が必要であるが、Mac OS X 10.5 に はデフォルトで LAPACK がインストールされている。 なお、Mac OS X にデフォルトでイ ン ストールされている OpenMPI は Fortran 90 をサポートしていないので、 OpenMPI を利用 し たプログラミングはできないことに留意されたい。 2. Fortran コンパイラのインストール F o r t r a n 9 0 互換の F o r t r a n コンパイラをインストールする。筆者は 「G 9 5 、 (http://www.g95.org/)」を用いた。 2.1. パッケージのダウンロード http://www.g95.org/downloads.shtml より 「x86 OSX」をダウンロードする。 、 使用した G95 のバージョンは、G95 0.92(2009.05.06 ビルド版)である。なお、ソース コードからコンパイルするのは、特定のバージョンの gcc を利用したり、パッチを当て てい く必要があるらしいのでパスした。 2.2. パッケージの解凍 パッケージは 、「ターミナル」アプリケーションから 「tar」コマンドを使用して解凍 、 する(以下すべてのケースで同様)。Finder 上でのダブルクリックによる解凍は避けた 方が 良い。 2.3. インストール先の用意 /usr/local/bin フォルダがない場合、作成する。 % tar xzvf g95-x86-osx.tgz COSMOMC インストール手順覚え書き 1 パスが通っていない場合、このフォルダにパスを通す。 ~/.bash_profile ~/.bashrc 2.4. ファイルの移動 解凍して出てくる「g95-install」フォルダを /usr/local フォルダに移動する。 2.5. シンボリックリンクの作成 実行ファイルへのシンボリックリンクを作成する。 3. WMAP5 を利用できるようにする WMAP5 を利用するために、CFITSIO のインストールと 「WMAP Likelihood Software 、 With Data」のインストールが必要となる。 3.1. CFITSIO のインストール
  • 2. 3.1.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/) より 「Latest fully 、 supported release」のバージョンをダウンロードする。これを書いた時点で は、cfitsio3140.tar.gz をダウンロードした。 % sudo mkdir /usr/local/bin if [ -f ~/.bashrc ] then . ~/.bashrc fi export PATH="$PATH:/usr/local/bin" % sudo mv g95-install /usr/local/g95 % sudo ln -s /usr/local/g95/bin/*g95* /usr/local/bin/g95 COSMOMC インストール手順覚え書き 2 3.1.2. パッケージの解凍 3.1.3. ビルドとインストール http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/ より 「Latest fully supported release」の 、 バージョンをダウンロードする。これを書いた時点では、cfitsio3140.tar.gz をダウン ロードした。 なお make 時に、Mac OS X 10.5.7 の Intel Mac 上では以下の警告メッセージが表 示されるが、無視して構わない。 3.2. WMAP Likelihood Software With Data のインストール 3.2.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://lambda.gsfc.nasa.gov/) より 「PRODUCTS」-、 「 W M A P 」 -「 S o f t w a r e 」 と 辿 って、 L i k e l i h o o d C o d e 」 の 「 D o w n- 「 load」より「Likelihood Software With Data」をダウンロードする。 これを書いた時点では、wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz の 1.0GB のファイルをダ ウンロードした。 3.2.2. パッケージの解凍 3.2.3. 適当なフォルダへの移動 % tar xzvf cfitsio3140.tar.gz % cd cfitsio % ./configure --prefix=/usr/local % make % sudo make install ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols ranlib: file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols % tar xzvf wmap_likelihood_full_v3p2.tar.gz % sudo mv likelihood_v3 /usr/local/ COSMOMC インストール手順覚え書き 3 3.2.4. 設定ファイルの編集
  • 3. /usr/local/likelihood_v3/WMAP_5yr_options.F90 を編集し、12 行目を次のように 変更する。 3.2.5. 必要なファイルのコンパイル /usr/local/likelihood_v3/Makefile を、以下のように書き換える。 先頭の CFITSIO のパス設定を次のようにする。 デフォルトの F90 および FFLAGS、INCS、LIBS などの設定をすべてコメントアウ トし、G95 用の次の設定を書き加える。 all ターゲットを、次のように変更する。 次のようにして、必要なファイルをビルドする。 character(len=*), parameter :: WMAP_data_dir = '/usr/ local/likelihood_v3/data/' CFITSIO=/usr/local #CFITSIO=/home/nolta/local F90 = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge all: $(WMAPLIB) test   ↓ all: $(OBJS) % cd /usr/local/lib % make all COSMOMC インストール手順覚え書き 4 4. COSMOMC のインストール 4.1. パッケージのダウンロード 公式ホームページ (http://cosmologist.info/cosmomc/) より 「ReadMe」- 、 「Downloading and Compiling」より、ダウンロード場所をメールで送ってもら い、cosmomc.tar.gz をダウンロードする。 4.2. パッケージの解凍 4.3. camb の Makefile ファイルの編集 camb フォルダの Makefile ファイルを開き、先頭の 2 行をコメントアウトする。 G95 に関する部分のコメントアウトを外す。 4.4. camb のビルド 4.5. source の ビルド 4.5.1. Makefile の編集 source フォルダの Makefile ファイルを開き、以下のように編集する。 CFITSIO のパス設定を変更する。 % tar xzvf cosmomc.tar.gz #F90C = ifort #FFLAGS = -openmp -O2 -ip -W0 -WB -fpp2 -vec_report0 #G95 compiler F90C = g95 FFLAGS = -O2 % cd camb
  • 4. % make all COSMOMC インストール手順覚え書き 5 WMAP のパス設定を変更する。 Intel MPI のための設定をすべてコメントアウトする。 G95 のための設定を、その下あたりに追加する。 4.5.2. source をビルドする。 4.6. 完了 以上で「cosmomc」フォルダに「cosmomc」という実行ファイルが出来ているので、以 下のようにしてこれを実行する。 cfitsio = /usr/local/cfitsio/intel10/64/3.040   ↓ cfitsio = /usr/local WMAP = /home/aml1005/WMAP5/likelihood_v3   ↓ WMAP = /usr/local/likelihood_v3 #F90C = mpif90 #FFLAGS = -O2 -ip -W0 -WB -openmp -fpp -DMPI -vec_re- port0 #LAPACKL = -L/usr/local/intel/mkl/9.1/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_em64t -lguide -lpthread F90C = g95 FFLAGS = -O2 -ffree-line-length-huge LAPACKL = -llapack -lblas % cd ../source % make all % cd .. % ./cosmomc params.ini COSMOMC インストール手順覚え書き 6 COSMOMC の実行例 % ./cosmomc params.ini Random seeds: 0, 22989 rand_inst: 0 Computing tensors: F Doing CMB lensing: T lmax = 2100 Number of C_ls = 3 Varying 7 parameters ( 0 fast) reading: params_CMB.covmat starting Monte-Carlo reading WMAP5 data Initializing WMAP likelihood, version v3
  • 5. 0 rat: 0.3968254 in 126 (M) best: 1393.514 0 rat: 0.3773585 in 265 (M) best: 1337.2715 0 rat: 0.3579952 in 419 (M) best: 1329.9503 0 rat: 0.36166364 in 553 (M) best: 1329.6683 ... COSMOMC インストール手順覚え書き