Your SlideShare is downloading. ×
2010/05/13
                       
kaneko.satoko(at)ocha.ac.jp 
                   
Ensembl
Ensembl                                           
  Ensembl                          (rat Olr1082 primer        )
  PCR p...
Ensembl                                                               
                                   (olfactory recep...
PCR primer 
PCR      Polymerase Chain ReacNon                 
                                                 
DNA polym...
PCR 
PCR               
Denature: 95  (template 2         ) 30sec 
Annealing: 55‐65  (1   DNA primer annealing) 30sec 
Ext...
Ensembl                                            
h^p://www.ensembl.org/index.html            Ensembl release 57 – March...
Export data   CDS
Coding sequence                        1
                       Export data                CDS             
[Output] [FAST...
Coding sequence      2
[Text]            FASTA format                     




                         [HTML]
           ...
Coding sequence      3
[Text]            FASTA format                              

                                    c...
(BLAT)                    1
                                   BLAST/BLAT            




BLAT (Blast Like Alignment Tool)...
(9) BLAST 
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 
                           alignment                                ...
(BLAT)         2



                                        




                                    
          Ra^us norv...
(BLAT)      view
         [Alignment LocaNons vs. Karyotype] 
                                        
                   ...
(BLAT)              
                         Alignment LocaNons vs. Karyotype
                  sort                     ...
(BLAT)       Alignment LocaNons vs. Query
query                             
          




                              ...
(BLAT)                    Alignment Summary
   query                                                                      ...
(10):E‐value
           query                                                  query                  
                   ...
(BLAT)          Alignment Summary    


[C]          ConNg view 




       


                                           ...
(BLAT)         primer                           1
     6      query                           hit              




      ...
(BLAT)          primer                        2
Olr1082                              8         
Ensembl gene   Olr        ...
Primer‐BLAST                
h^p://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer‐blast/ 
primer                                Primer3...
Primer‐BLAST               –exon/intron‐ 




Exon junc7on span:         primer                    exon exon              ...
Primer‐BLAST                  –parameter‐ 




Specificity check: primer                             
Organism: template   ...
Primer‐BLAST –Advanced parameters‐                      

                              BLAST        hit                  ...
Primer‐BLAST                        
query                            
              primer                     




prime...
Makorin1’                                                 

   Makorin               
RING            zinc finger          ...
Makorin1         
8 exons,   CDS 1446bp (481a.a.)                             CDS                                    
    ...
1
1) Search  Mouse  for  Makorin                

2)             Makorin1            CDS           makorin.fasta       
[M...
Ensembl          annotaNon                        

                       UniProtKB (SwissProt and TrEMBL)               ...
3) Makorin1 CDS query       BLAT (Selected species Mus musculus   )             

4) Makorin1                             ...
(11) processed (pseudo)gene, 
          unprocessed (pseudo)gene

                                            a
          ...
3                         Makorin           4                
          
              Chromosome 
 Gene
        locaNon
 ...
Ensembl              

          Dotplot
      
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

100513_homology_search(ensembl)

1,016

Published on

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
1,016
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Transcript of "100513_homology_search(ensembl)"

  1. 1. 2010/05/13   kaneko.satoko(at)ocha.ac.jp   
  2. 2. Ensembl
  3. 3. Ensembl   Ensembl (rat Olr1082 primer )   PCR primer/PCR     Ensembl     /Coding sequence      (BLAT) /    (9) BLAST  (10) E‐value    Primer‐BLAST  (mouse Makorin1 )   Ensembl annotaNon (11) processed (pseudo)gene, unprocessed (pseudo)gene 
  4. 4. Ensembl    (olfactory receptor gene) 1 Olr1082 CDS query   Olfactory receptor gene Olr1082    1 exon   CDS 954bp (317a.a.)  Reverse strand  954bp      1,500     Olr1082 primer  
  5. 5. PCR primer  PCR Polymerase Chain ReacNon     DNA polymerase (DNA )  (genome DNA, cDNA) primer    (dNTPs)     2     PCR primer   A T C A G   T C 20mer   G ‐ C  T ‐ A  GC% 50%   A ‐ T  C ‐ G  Tm 55‐65   C ‐ G  primer 3'   T ‐ A primer palindrome  (palindrome TCCATGTATACGCCATGGA)   
  6. 6. PCR PCR    Denature: 95  (template 2 ) 30sec  Annealing: 55‐65  (1 DNA primer annealing) 30sec  Extension: 72  ( ) 1min/kb  30   Figure 8‐45b  Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008) 
  7. 7. Ensembl h^p://www.ensembl.org/index.html    Ensembl release 57 – March 2010  Search for  rat Olr1082
  8. 8. Export data CDS
  9. 9. Coding sequence 1 Export data CDS   [Output] [FASTA sequence] OpNons for FASTA sequence   [Coding sequence] [Next >]
  10. 10. Coding sequence 2 [Text] FASTA format [HTML]   [Compressed text (.gz)]  
  11. 11. Coding sequence 3 [Text] FASTA format cds   Olr1082 exon cds   >ENSRNOG00000031936:ENSRNOT00000048054  cds:KNOWN_protein_coding  CotEditor   Macintosh HD/ /tg03/bin   Olr1082.fasta       +C   ( )     +V
  12. 12. (BLAT) 1 BLAST/BLAT BLAT (Blast Like Alignment Tool)     query/database 4,11‐mer (amino acid, DNA)      EST  
  13. 13. (9) BLAST  BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)  alignment       BLAST   query database memo Arg    Ser     Val   blastn DNA DNA Thr     Ser     Gly Tyr      Val     Arg blastp 5'-tacgtcaggta-3' blastx DNA 3'-atgcagtccat-5' Met     Gln     Ser tblastn DNA Cys    Ser     Pro Ala     Val      His tblastx DNA DNA PSI‐BLAST (PosiNon‐Specific Iterated,  )   Primer‐BLAST (Primer3 and BLAST)
  14. 14. (BLAT) 2     Ra^us norvegicus    (Select species )  dna database     Search Tool BLAT   RUN 
  15. 15. (BLAT) view [Alignment LocaNons vs. Karyotype]        [Alignment LocaNons vs. Query]  query     [Alignment Summary]  query  
  16. 16. (BLAT)                     Alignment LocaNons vs. Karyotype sort   query    
  17. 17. (BLAT) Alignment LocaNons vs. Query query    
  18. 18. (BLAT) Alignment Summary query     alignment   (Stats Score, E‐value)       query         [S]    [A] query   HSP( )  Alignment alignment query   alignment query   [G]      exon     [S]+  
  19. 19. (10):E‐value query query   (Expect value)   (ex. 0.0, e‐100 )    query E‐value query   ‐    *E‐value     *  
  20. 20. (BLAT) Alignment Summary  [C]  ConNg view 
  21. 21. (BLAT) primer 1 6 query hit   query Olr1082 [A]   Olr1082  (20bp )   (primer ) 
  22. 22. (BLAT) primer 2 Olr1082 8   Ensembl gene Olr     : cds   Olr1082   primer  
  23. 23. Primer‐BLAST h^p://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer‐blast/  primer Primer3 BLAST (accession, gi "GenInfo IdenNfier", FASTA )   primer   primer     PCR   primer   primer Tm   ( Forward Reverse )  
  24. 24. Primer‐BLAST –exon/intron‐ Exon junc7on span:  primer exon exon   (exon exon primer mRNA )  Exon junc7on match: exon bp   Intron inclusion: PCR 1 intron   Intron length range: PCR intron    
  25. 25. Primer‐BLAST –parameter‐ Specificity check: primer   Organism: template ( )   Database:    (template DNA Genome   Refseq RNA )  non‐redundant Primer specificity stringency: mismatch   Misprimed product size deviaNon:    Splice vairant handling: template splice variant    
  26. 26. Primer‐BLAST –Advanced parameters‐ BLAST hit   BLAST E‐value   primer pair   PCR Tm   primer ( )   primer GC   primer 3' 5bp G C   palindrome   SNP   Repeat primer     PCR  
  27. 27. Primer‐BLAST  query   primer   primer pair   primer pair   BLAST   query  
  28. 28. Makorin1’   Makorin   RING zinc finger   Makorin Makor + in   Makor   in Zinc Finger RING   The source of RING (Gray et al. 2000 Genomics. 66:76‐86.)  6 22.56kb 8 exon   22.56kb  Reverse strand  8 exons,   CDS 1446bp (481a.a.)  Makorin1 CDS    
  29. 29. Makorin1   8 exons,   CDS 1446bp (481a.a.) CDS   ID: ENSMUS   BLAST Makorin1 CDS                                       Chromosome  Gene locaNon Gene structure, feature Makorin1 6 B1 exon‐intron
  30. 30. 1 1) Search  Mouse  for  Makorin   2)  Makorin1 CDS makorin.fasta   [Macintosh HD/ /tg03/bin]   Makorin1 4 transcript Makorin1  CDS  
  31. 31. Ensembl annotaNon UniProtKB (SwissProt and TrEMBL)      Havana (Human And Vertebrate Analysis aNd AnnotaNon) annotaNon, splice variant pseudogene annotaNon   Ensembl annotaNon  Vega ( E ) annotaNon  manual annotaNon  
  32. 32. 3) Makorin1 CDS query BLAT (Selected species Mus musculus )   4) Makorin1    5)  exon‐intron  
  33. 33. (11) processed (pseudo)gene,            unprocessed (pseudo)gene a a'  unprocessed gene  duplicated gene  a mRNA splicing a''    processed gene   pseudogene premature stop codon (inserNon) (deleNon)  
  34. 34. 3 Makorin 4     Chromosome  Gene locaNon Gene structure Makorin1 6 B1 exon‐intron Makorin2 6 E3 exon‐intron Makorin3 7 C processed, intact Makorin1‐p1 5 E2 processed, premature stop Makorin1‐p2 3 G3 processed, fragmented Makorin1‐p3 5 F processed, fragmented Makorin1‐p4 13 C1 processed, fragmented  Makorin1 Makorin2  ( Makorin2 ) 20%   Makorin2 hit  
  35. 35. Ensembl   Dotplot  

×