ENCIMSKA KINETIKA Matej Huš, november 2009
POMEN POZNAVANJA <ul><li>nudi vpogled  v mehanizem delovanja  encima </li></ul><ul><li>nudi informacije  o vlogi encima  v...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Iščemo hitrost  tvorbe produkta  ali  izginevanja substrata . </li></ul><ul><li>Variiramo: <...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>D-glukoza + ATP  D-glukoza 6-fosfat + ADP </li></ul><ul><li>Diskontinuirna metoda </li></ul>...
PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Čistost vseh kemikalij </li></ul><ul><li>Brez encimskih kontaminacij </li></ul><ul><li>Stabi...
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM <ul><li>E + S  ES  E + P </li></ul><ul><li>1. obravnava  (Henri 1902, Michaelis in Menten 1913)...
REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM
LINEARIZACIJA PODATKOV
DIREKTNI LINEARNI GRAF
PORAZDELITEV NAPAK
PORAZDELITEV NAPAK
PORAZDELITEV NAPAK
PARAMETRI <ul><li>k cat katalitična konstanta, pretvorbeno število  ( turnover number ) [s -1 ] </li></ul><ul><li>K m kons...
SPECIFIČNOST HEKSOKINAZ
IREVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor permanentno deaktivira encim. </li></ul>E + I  EI  E’ k 1 k -1 k 2
REVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Kompetitivna inhibicija  (competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Nekompetitivna inhibic...
KOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z E v EI. </li></ul>
NEKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže z E ali ES v EI oz. EIS. </li></ul>
AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
 
INHIBICIJA S SUBSTRATOM <ul><li>Neproduktivna vezava </li></ul><ul><li>Substratna inhibicija </li></ul><ul><li>Primer: 6-f...
ENCIMSKA AKTIVACIJA
VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>E + H +   EH +...
VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>
VPLIV T NA AKTIVNOST <ul><li>Pozitivna korelacija (Arrheniusova enačba) </li></ul><ul><li>Negativna korelacija (denaturaci...
VPLIV T NA AKTIVNOST
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li...
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li...
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
MATEMATIČNA OBDELAVA
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - primarni graf  (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
PREGLED
UREJENI ALI NAKLJUČNI TERCIARNI KOMPLEKS
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Kinetika encimov

1,139

Published on

Kinetika encimov

Published in: Education
0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
1,139
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
5
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

No notes for slide

Kinetika encimov

  1. 1. ENCIMSKA KINETIKA Matej Huš, november 2009
  2. 2. POMEN POZNAVANJA <ul><li>nudi vpogled v mehanizem delovanja encima </li></ul><ul><li>nudi informacije o vlogi encima v celicah in odzivu na spremembe koncentracije metabolitov </li></ul><ul><li>pomaga razumeti, kako lahko encim kontroliramo </li></ul>
  3. 3. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Iščemo hitrost tvorbe produkta ali izginevanja substrata . </li></ul><ul><li>Variiramo: </li></ul><ul><ul><li>koncentracijo substrata </li></ul></ul><ul><ul><li>pH </li></ul></ul><ul><ul><li>temperaturo </li></ul></ul><ul><ul><li>koncentracijo ligandov </li></ul></ul>
  4. 4. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>D-glukoza + ATP D-glukoza 6-fosfat + ADP </li></ul><ul><li>Diskontinuirna metoda </li></ul><ul><ul><li>Vzorčenje, ustavitev reakcije, meritev koncentracije produkta (kromatografija) </li></ul></ul><ul><li>Kontinuirna metoda </li></ul><ul><ul><li>D-glukoza 6-fosfat + NADP + 6-fosfoglukonat + NADPH </li></ul></ul><ul><ul><li>Merjenje absorpcije NADPH pri 340 nm </li></ul></ul><ul><ul><li>Sklopljena reakcija ne sme biti počasna </li></ul></ul>
  5. 5. PRIDOBIVANJE PODATKOV <ul><li>Čistost vseh kemikalij </li></ul><ul><li>Brez encimskih kontaminacij </li></ul><ul><li>Stabilnost encimov </li></ul><ul><li>Stabilnost pogojev (temperatura, pH) </li></ul><ul><li>Hitrost reakcije v stacionarnem stanju konstantna in sorazmerna koncentraciji encima </li></ul><ul><li>Meritev začetne hitrosti reakcije </li></ul>
  6. 6. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  7. 7. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  8. 8. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  9. 9. POTEK KATALIZIRANE REAKCIJE
  10. 10. REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM <ul><li>E + S ES E + P </li></ul><ul><li>1. obravnava (Henri 1902, Michaelis in Menten 1913) : </li></ul><ul><ul><li>hitra vzpostavitev ravnotežja </li></ul></ul><ul><li>2. obravnava (Briggs in Haldane 1925) : </li></ul><ul><ul><li>predpostavka stacionarnega stanja </li></ul></ul>k 1 k -1 k 2
  11. 11. REAKCIJE Z ENIM SUBSTRATOM
  12. 12. LINEARIZACIJA PODATKOV
  13. 13. DIREKTNI LINEARNI GRAF
  14. 14. PORAZDELITEV NAPAK
  15. 15. PORAZDELITEV NAPAK
  16. 16. PORAZDELITEV NAPAK
  17. 17. PARAMETRI <ul><li>k cat katalitična konstanta, pretvorbeno število ( turnover number ) [s -1 ] </li></ul><ul><li>K m konstanta afinitete [  mol L -1 ] </li></ul><ul><li>k cat / K m konstanta specifičnosti [M -1 s -1 ] </li></ul>
  18. 18. SPECIFIČNOST HEKSOKINAZ
  19. 19. IREVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor permanentno deaktivira encim. </li></ul>E + I EI E’ k 1 k -1 k 2
  20. 20. REVERZIBILNA INHIBICIJA <ul><li>Kompetitivna inhibicija (competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Nekompetitivna inhibicija (non-competitive inhibition) </li></ul><ul><li>Akompetitivna inhibicija (uncompetitive inhibition) </li></ul>
  21. 21. KOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z E v EI. </li></ul>
  22. 22. NEKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže z E ali ES v EI oz. EIS. </li></ul>
  23. 23. AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
  24. 24. AKOMPETITIVNA INHIBICIJA <ul><li>Inhibitor se veže izključno z ES v EIS. </li></ul>
  25. 26. INHIBICIJA S SUBSTRATOM <ul><li>Neproduktivna vezava </li></ul><ul><li>Substratna inhibicija </li></ul><ul><li>Primer: 6-fosfofruktokinaza </li></ul>
  26. 27. ENCIMSKA AKTIVACIJA
  27. 28. VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>E + H + EH + Ka
  28. 29. VPLIV pH NA AKTIVNOST <ul><li>Ena ionizirajoča skupina </li></ul><ul><li>Dve ionizirajoči skupini </li></ul>
  29. 30. VPLIV T NA AKTIVNOST <ul><li>Pozitivna korelacija (Arrheniusova enačba) </li></ul><ul><li>Negativna korelacija (denaturacija) </li></ul>E E’ K
  30. 31. VPLIV T NA AKTIVNOST
  31. 32. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li>nastane po urejeni poti </li></ul></ul><ul><ul><li>nastane po naključju </li></ul></ul>
  32. 33. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA <ul><li>Encimska substitucija (ping-pong) </li></ul><ul><li>Trojni kompleks </li></ul><ul><ul><li>nastane po urejeni poti </li></ul></ul><ul><ul><li>nastane po naključju </li></ul></ul>
  33. 34. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  34. 35. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  35. 36. REAKCIJE Z 2 SUBSTRATOMA
  36. 37. MATEMATIČNA OBDELAVA
  37. 38. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  38. 39. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Trojni kompleks - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  39. 40. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - primarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  40. 41. MATEMATIČNA OBDELAVA <ul><li>Ping-pong mehanizem - sekundarni graf (koncentracijo substrata B držimo konstantno) </li></ul>
  41. 42. PREGLED
  42. 43. UREJENI ALI NAKLJUČNI TERCIARNI KOMPLEKS
  1. A particular slide catching your eye?

    Clipping is a handy way to collect important slides you want to go back to later.

×