Your SlideShare is downloading. ×
Mg
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×

Saving this for later?

Get the SlideShare app to save on your phone or tablet. Read anywhere, anytime - even offline.

Text the download link to your phone

Standard text messaging rates apply

Mg

202
views

Published on

CV visualization of theses.

CV visualization of theses.


0 Comments
0 Likes
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

  • Be the first to like this

No Downloads
Views
Total Views
202
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
0
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
0
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide

Transcript

  • 1. Marek GiebułtowskiPersonal DetailsPlace of birth: Brzesko, PolandCitizenship: Polishmgiebu@gmail.com+48506272050Education: • 2010 MSc in High Energy Physics at the Jagiellonian University in Krakow www.fais.uj.edu.pl and Institute of Nuclear Physics in Krakow www.ifj.edu.pl: Atmospheric Effects in Hybrid Detection of Extensive Atmospheric Showers • 2009 MSc in Computational Chemistry, Studies in Mathematics and Natural Sciences at the Jagiellonian University in Krakow www.chemia.uj.edu.pl: Localization of Molecular Orbitals — Regionally Localized Molecular Orbitals Membership in the Association of the Science Popularizers „Logos” www.spnlogos.plWorkshops and Practicums • 7.2010 Mathematica Summerschool in Porto/Portugal: Condensed Matter and Two-dimensional Physics • 6.2009 European Summerschool in Strasbourg/France: The Secrets of Atomic Nuclei • 5.2008 Measuring radiation in vicinity of Chernobyl power plant (students’ project) • 7.2007–9.2007 Internship in Paul Scherrer Institut in Villigen, Department of Ultra Cold Neutrons • 2003–2004, Polish Children’s Fund Fellowship (stipend for gifted children) • 10.2002 Participating Yumelange experiment in Institut de Recherses Subatomiques in StrasbourgLanguages and Computer Skills • fluent (C1 level) English , basis of German, native Polish • Python, C++, Mathematica, SQL, LTEX A • HTML, XML, PHP, • Linux (Ubuntu, Fedora), Windows • Driving Licence B
  • 2. VISUALIZATION OF RESULTS CHEMISTRY
  • 3. VISUALIZATION OF RESULTS PHYSICSEnergy Error vs Zenital Angle Simulated Cascades Reconstructed Cases View From Top Calibration Curve Cases After Cuts
  • 4.  From Diffuse Reflection of Ultracold Neutrons from Low Roughness Surfaces in Euro Phys.. This kind of samples I was working on at PSI.
  • 5. 0.1 e s´ G˛ sto´c elektronowa merówWyniki lokalizacji wygodnie jest ukaza´ w postaci czastkowej g˛ sto´ci elektrono- c ˛ e swej powiazanej z danym merem, czyli warstwy macierzy D ˛ OAO . G˛ sto´ c mozna e s´ ˙przedstawia´ jako macierz, w której rz˛ dy i kolumny reprezentuja poszczególne c e ˛ ˙ ˙ c e s´orbitale. Mozna tez prezentowa´ g˛ sto´c w formie izopowierzchni w bazie prze-strzennej. ˙ Ponizej przedstawiono g˛ sto´ci elektronowe układów 4H2 O, pi˛ cio- i pi˛ t- e s e enastomerowej poliglicyny oraz liniowego dekanu. Domy´lna warto´cia izopo- s ˛ s ˛wierzchni g˛ sto´ci elektronowej jest 0, 01. e s0.1.1 Poliwoda Rysunek 1: Poliwoda STO-3G Rysunek 2: Poliwoda 6-311G ˙ Nie ma widocznej róznicy mi˛ dzy czastkowymi g˛ sto´ciami wody w bazach e ˛ e sSTO-3G i 6-311G , je´li g˛ sto´ci te prezentowane sa w przestrzeni R3 -(rys.2 s e s ˛ ˙i rys.1 ). Z powodu róznych rozmiarów bazy, macierzowe wizualizacje 4H2 O ˙ ˛ eSTO-3G i 6-311G (rys.3 i rys.5 ) róznia si˛ . W przypadkach obu baz doszłodo dobrej lokalizacji (rys.4 i rys.6 ). 1
  • 6. Rysunek 3: Poliwoda STO-3G macierzowo e s´Rysunek 4: G˛ sto´c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn-cze czasteczki ˛ 2
  • 7. Rysunek 5: Poliwoda 6-311G macierzowo e s´Rysunek 6: G˛ sto´c elektronowa poliwody STO-3G rozseparowana na pojedyn-cze czasteczki ˛ 3
  • 8. 0.1.2 DekanNa przykładzie dekanu 6-311G przedstawiono rozkład g˛ sto´ci elektronowej e s ˙ acych oraz dla antywiazacych(rys. 7, 8, 9). Or-dla orbitali jednocentrowych, wiaz ˛ ˛ ˛˙˛ ˛˙ ˛ ˛˙ ˛bitale wiazace i antywiazace sa dobrze zlokalizaowane. Orbitale zaj˛ te jednocen- ˛ e ˙ e ˙ ctrowe zwykle sa dobrze zlokalizowane, ale moze si˛ zdazy´ nieco słabsza lokali- ˛zacja np. dla lokalizacji pierwszego meru dekanu metoda mer-mer-łacznik(rys.8 ). ˛ ˛ e s´G˛ sto´c powiazana z orbitalami wirtualnymi (rys.7 ) jest najsłabiej zlokalizowana, ˛ ˙ ˙ale koncentruje si˛ w poblizu rozwazanego meru. e Rysunek 7: G˛ sto´ci elektronowe fragmentów dekanu 6-311G e sg˛ sto´ci czastkowe od lewej: wirtualnych orbitali zlokalizowanych jednocentrowych, orbitalu wia˙ acego, zaj˛ - e s ˛ ˛z ˛ etych orbitali zlokalizowanych jednocentowych, orbitalu antywia˙ acego ˛z ˛ 4
  • 9. Rysunek 8: G˛ sto´ci elektronowe dekanu 6-311G i oraz g˛ sto´ci czaskowe e s e s ˛powiazane z jego fragmentami ˛ ˛z ˛ ˛z ˛ n ´ orbital antywia˙ acy(lewy górny), orbital wia˙ acy(prawy górny), mer kra´ cowy(lewy dolny), mer srodkowy(prawy dolny) Rysunek 9: Warstwy DOAO e s´ e s´Z lewej: G˛ sto´c orbitali jednocentrowych; Z prawej: G˛ sto´c orbitali wia˙ acych, co drugiego ˛z ˛ 5
  • 10. 0.1.3 Poliglicyna - warstwy DOAONa przykładzie pi˛ ciomerowej poliglicycyny 6-31G porównano lokalizacje hur- etowe z uwzgl˛ dnieniem i bez uwzgl˛ dnienia wiaza´ kowalencyjnych mi˛ dzy me- e e ˛ n e e s´ e s´rami. Prawie cała g˛ sto´c elektronowa, to g˛ sto´c powiazana z orbitalami jedno- ˛ e s´ ˙centrowymi, wi˛ c pełna g˛ sto´c elektronowa (metoda hurtowa), niewiele rózni si˛ e eod g˛ sto´ci elktronowej powiazanej tylko z orbitalami jednocentrowymi (metoda e s ˛hurtowa PPlik) (rys.10 ). e s´ G˛ sto´c elektronowa powiazana z wiazaniami kowalencyjnymi jest wyra´ nie ˛ ˛ z ˙ e´ ´zlokalizowana na wiazaniach, ale, w odróznieniu od dekanu, cz˛ sc takiej g˛ sto´ci ˛ e sznajduje si˛ na elektroujemnych sasiadach(na tlenie) lub jest wyciagni˛ ta w ich e ˛ ˛ e e s ˛˙ ˛kierunku(azotu) (rys.11 ). G˛ sto´ci orbitali antywiazacych sa zlokalizowane, jed- ˛ ˙ ˙nak ich kształt jest bardziej złozony, niz ich odpowiedników dla alkanów ( rys.7 ˛ c ˙i rys.11 ). Nie wykazuja one, cho´ by zblizonej, symetrii obrotowej wokół osiwiazania (rys.11 ). ˛ e s´ Rysunek 10: G˛ sto´c elektronowa peptydu pi˛ ciu glicyn 6-31G eZ lewej: Prosta lokalizacja hurtowa nr 3; Z prawej: Lokalizacja hurtowa Pplik, tylko orbitale jednocentrowe e s ˛ e ˛˙ ˛Rysunek 11: G˛ sto´ci czastkowe peptydu pi˛ ciu glicyn. Orbitale wiazace(z lewej) ˛˙ ˛i orbitale antywiazace (z prawej) 6
  • 11. 0.1.4 Poliglicyna - porównanie dokładno´ci lokalizacji s ˙Przykład pi˛ tnastomerowej poliglicyny 6-31G słuzy do porównania wyników elokalizacji mer po merze, hurtowej oraz hurtowej Pplik. W metodzie mer po merze ˙ s´moze doj´c propagujacego si˛ bł˛ du niewła´ciwego przyporzadkowania orbitali do ˛ e e s ˛merów. Zwykle jednak (rys.12 ) niewielkie kawałki g˛ sto´ci ko´ cowych merów e s nznajduja si˛ na poprzednich merach. W przypadku lokalizacji hurtowej (rys.13 ) ˛ e e s´ ˙g˛ sto´c, oprócz lokalizacji na danym merze, jest takze zlokalizowna na niekoniecz-nie sasiednim wiazaniu kowalencyjnym. Dla lokalizacji hurtowej pPlik rys.14 g˛ - ˛ ˛ e s ˛ ˙sto´ci czastkowe w rozwazanym przypadku były najlepiej zlokalizowane spo´ród sporównanych metod. Na rysunku 15 przedstawiono wyninki lokalizacji hurtowej e´pi˛ tnastomerowej poliglicyny. Jedyny istotny defekt takiej lokalizacji to cz˛ sciowe elokalizowanie g˛ sto´ci dalszych merów na pierwszym wiazaniu kowalencyjnym. e s ˛ e s´ eRysunek 12: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda mer po merze e s´ e Rysunek 13: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowa 7
  • 12. e s´ eRysunek 14: G˛ sto´c pi˛ tnastego meru poliglicyny 6-31G metoda hurtowaPplik e s´Rysunek 15: G˛ sto´c elektronowa poliglicyny podzielona na g˛ sto´ci czastkowe; e s ˛metoda hurtowa 8
  • 13. 0.1.5 Poliglicyna-dodatekPrzedstawiono wyniki lokalizacji dla pi˛ ciomeru glicyny 6-31G . e Rysunek 16: Poliglicyna 6-311G mer 1 Rysunek 17: Poliglicyna 6-311G mer 2 9
  • 14. Rysunek 18: Poliglicyna 6-311G mer 3Rysunek 19: Poliglicyna 6-311G mer 4 10
  • 15. Rysunek 20: Poliglicyna 6-311G mer 5 11