Your SlideShare is downloading. ×
Molekularni vizualizace a ICT
Upcoming SlideShare
Loading in...5
×

Thanks for flagging this SlideShare!

Oops! An error has occurred.

×

Introducing the official SlideShare app

Stunning, full-screen experience for iPhone and Android

Text the download link to your phone

Standard text messaging rates apply

Molekularni vizualizace a ICT

505
views

Published on

Published in: Education, Technology

0 Comments
1 Like
Statistics
Notes
  • Be the first to comment

No Downloads
Views
Total Views
505
On Slideshare
0
From Embeds
0
Number of Embeds
1
Actions
Shares
0
Downloads
0
Comments
0
Likes
1
Embeds 0
No embeds

Report content
Flagged as inappropriate Flag as inappropriate
Flag as inappropriate

Select your reason for flagging this presentation as inappropriate.

Cancel
No notes for slide
  • http://www.umass.edu/molvis/tutorials/hemoglobin/heme.htm
  • Aktivizace (didaktické hry, rozbor aktuálních informací o chemii z médií, otevřené úlohy – identifikace neznámého vzorku; návrh přípravy a příprava sloučeniny; používání populárně-naučné literatury). Integrace – oborů (koncept UnifiedScience [8] a software Mathematica 6.0 [9] ); zdrojů – pomocí technologie RSS (odebírání dat); dat – pomocí souborů CML (Chemical Markup Language, pro ukázku si stáhněte 600 molekulárních struktur i s vlastnostmi [10] ); Konzistence výuky = soulad reality s tím, co učí učitelé (např. používání kurikulí, stanovení nezbytného minimálního obsahu výuky, který vyžadují učitelé ve všech předmětech – může se jednat např. o odhad vztahu mezi strukturou a vlastnostmi) Podpora kreativity také v použití ICT (např.: zpracování obrazu – mikroskopie, chromatografie; měření na videosekvencích chemických experimentů); Studenti se učí učením ostatních – studenty hodnotíme např. za vytváření výukového obsahu v e-learningovém systému; Učit s ICT (neučíme o technologiích, ale s jejich pomocí); Vizualizace, kdekoli je to možné – používáme volně dostupný applet pro vizualizaci chemických struktur Jmol ; Otevřenost – volně dostupný software, popř. freeware (rychlý vývoj, skvělá cena, snadná možnost lokalizace do rodného jazyka; naprosto srovnatelné s komerčním software), koncepty OpenScience a OpenData (http://blueobelisk.sourceforge.net/); Virtuální přístroje (např. skvělé prostředí Chemistry Collective [13] pro simulaci laboratorních experimentů nebo virtuální plynový chromatograf [14]. Výchova a sociální rozměr – učitel jako živá osobnost, osobní komunikace, spolupráce mezi studenty. Levné pomůcky zhotovitelné svépomocí [11] a počítačem podporovaný experiment Používání ICT ve výuce odráží také stav používání ICT obecně, např. v chemii jako vědě. A ten je neuspokojivý. Většina chemických materiálů je dnes distribuována ve formě PDF (a co hůře DOC) souborů nebo prezentací bez náležitých metadat (popisu obsahu).
  • Transcript

    • 1. Martin Slav ík, Jan Grégr, Bořivoj Jodas: Katedra chemie, TU v Liberci is not still On-line molekulární vizualizace On-line molecular visualization
    • 2. is interactive Measure Manipulate www.fp.tul.cz/molvis On-line molecular visualization On-line molekulární vizualizace
    • 3. Interactive Please, choose language of my contribution by voting.
      • English
      • Czech
      • German
      • French
      • Spanish
      • Russian
      • Chinese
    • 4. Molekulární vizualizace zobrazení kompletní struktury rozpoznání vzorů snadná kontrola správnosti modelu
    • 5. Molekulární vizualizace všechny strukturní informace Interaktivita + porozumění tvarům přímé srovnání s 2D modelem
    • 6. www.fp.tul.cz/molviz Který vzorec je správnější ? Jak ý tvar má molekula? Jak á je reaktivita? Výhody vizualizace
    • 7. Výhody vizualizace
    • 8.
      • Fakulta p řírodovědně-humanitní a pedagogická TUL
      Postup prakticky 1 ‒ 2/3 1 3 2
    • 9. Postup prakticky 3/3 3 3
    • 10. Jak na to? chemická struktura (model)
      • databáze struktur
      • chemexper.com
      aplikace
      • chemická kreslítka
      • ACD/Chem Sketch
      • modelovací SW
      • Spartan, Gaussian, Mopac
      vizualizace applety wiki blog redakční systém e-learningový systém optimalizace struktury dodatečné výpočty kontrola převod formátů metadata import modelování virtuální světy
    • 11.
      • Konverze formátů
      • OpenBabel
      • Modelování
      • OpenMopac (semiempirický)
      • Gamess (ab-initio)
      • Vizualizace
      • Jmol
      • E-learningový systém
      • Moodle
      Svobodný software
    • 12.  
    • 13. Jmol ‒ nabídka Rozbalovací menu otevře se po kliknutí pravým tlačítkem do okna appletu
    • 14. Jmol ‒ programovací jazyk select all; wireframe; delay 0.1; spacefill 300; delay 0.1; rotate x 90; zoom 150; select protein; label Cystein; ssbonds 40; select (carbon)[3][5]; color white; label %P %e; isosurface povrch1 molecular color translucent; measure ALLCONNECTED (oxygen) (carbon)
    • 15. modifikace uhlíku lcaocartoon create „pz“
    • 16. Grafit Elektrostatický potenciál červená přebytek – náboje modrá přebytek + náboje modifikace uhlíku
    • 17. Integrace v e-learningových systémech
    • 18. Java Molecular Editor pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
    • 19. Jmol filter/ aplikace pro Moodle Moodle + HotPotatoes + JME
    • 20. Virtuální laboratoř ChemCollective
    • 21. CAS – počítačový algebraický systém
    • 22. Inteligentní vědecký kalkulátor KaHAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHOAc=1.8e-5 //Ka Acetic KaHC2H3O2=1.8e-5 //Ka Acetic KaH3AsO4=5.6e-3 //Ka Arsenic1 KspBaCO3=5.1e-9 //Ksp Barium carbonate KspBaCrO4=1.2e-10 //Ksp Barium chromate KspBaF2=1.0e-6 //Ksp Barium fluoride KspBa_OH_2=5e-3 //Ksp Barium hydroxide Ac="CH3CO" //overrides atom Ac Me="CH3" Et="CH3CH2" // MULTIPLY to convert ang_from_cm=1e8 amu_from_g=6.0221367e23 mmHg_from_atm=760 Bob Hanson , General Chemistry Toolkit Instantní řešení
    • 23. Děkujeme za pozornost
      • a zveme Vás na postery
      • Vizualizace speciálních polymerů
      • Vizualizace rostlinných barviv
      • Vizualizace vonných látek v rostlinách
      • Vizualizace modifikací a forem uhlíku
      • Vizualizace hydratovaných síranů