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DESENHO DE ESTRUTURAS  QUÍMICAS COM O CHEMSKETCH + TÉCNICAS DE PESQUISA DE  DADOS FÍSICO-QUÍMICOS DE  MOLÉCULAS COM O AUXÍLIO DE  BASES DE DADOS ONLINE
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DESENHO DE ESTRUTURAS QUÍMICAS COM O CHEMSKETCH + TÉCNICAS DE PESQUISA DE DADOS FÍSICO-QUÍMICOS DE MOLÉCULAS COM O AUXÍLIO DE BASES DE DADOS ONLINE

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Desenho de estruturas químicas e acessos a bases de dados online (chemspider, pubchem. chemicalize, web book NIST).

Desenho de estruturas químicas e acessos a bases de dados online (chemspider, pubchem. chemicalize, web book NIST).

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  • 1. DESENHO DE ESTRUTURAS QUÍMICAS COM O CHEMSKETCH + TÉCNICAS DE PESQUISA DE DADOS FÍSICO-QUÍMICOS DE MOLÉCULAS COM O AUXÍLIO DE BASES DE DADOS ONLINE Prof. Dr. Márcio Marques Martins digimarcio http://digichem.org http://slideshare.netmarsjomm
  • 2. Onde encontrar o software? O ChemSketch pode ser baixado de forma gratuita no endereço http://goo. gl/XX9Q8j. É necessário fazer um cadastro.
  • 3. Janela principal
  • 4. Barra de desenho SELECIONAR/MOVER
  • 5. Barra de desenho SELECIONAR/MOVER/REDIMENSIONAR
  • 6. Barra de desenho ROTAÇÃO 3D
  • 7. Barra de desenho lAÇO ON/OFF
  • 8. Alternando entre modos de desenho DEsENHAR NORMAL - PRODUZ MOLÉCULAS COM BAIXA PRECISÃO ESTRUTURAL
  • 9. DEsENHAR CONTÍNUO - SIMILAR AO MODO NORMAL Alternando entre modos de desenho
  • 10. DEsENHAR CADEIAS - cLIQUE E ARRASTE O MOUSE E UMA CADEIA CARBÔNICA SURGIRÁ COM O TAMANHO QUE VOCÊ QUISER. Alternando entre modos de desenho
  • 11. LIGAÇÕES ESTEREOQUÍMICAS Tipos de ligações químicas
  • 12. vÁRIOS TIPOS DE LIGAÇÕES COORDENADAS Tipos de ligações químicas
  • 13. LIGAÇÕES ESTÉREO INDEFINIDAS Tipos de ligações químicas
  • 14. LIGAÇÕES DESLOCALIZADAS Tipos de ligações químicas
  • 15. LIGAÇÕES DE MARKUSH LIGANTES EM POSIÇÕES INDEFINIDAS Tipos de ligações químicas
  • 16. 1º exemplo: desenho modo normal
  • 17. 1.desenhando o 2-metilpropano
  • 18. 2-obtendo info sobre o 2- metilpropano
  • 19. 3.desenhando no modo cadeias
  • 20. 4.desenhando ciclohexano (modo contínuo)
  • 21. 5.desenhando isômeros
  • 22. 6.ligações coordenadas
  • 23. 7.desenhando um radical alila
  • 24. 8.ligações de Markush
  • 25. 9.ligações deslocalizadas - íon hexanoato
  • 26. 10.desenhando um peptídeo
  • 27. Utilizando templates
  • 28. 11.desenhando peptídeo a partir de templates
  • 29. Exercitando técnicas de pesquisa online com o auxílio do ChemSketch Vamos apresentar algumas moléculas encontradas na internet e vocês terão que desenhá-las. Com o desenho pronto, vamos salvar e pesquisar dados físico-químicos online.
  • 30. Molécula misteriosa 1 Que molécula é essa?
  • 31. Dica Desenhe a molécula no ChemSketch e salve-a em formato .MOL Se você quiser facilitar as coisas, o link abaixo contém a estrutura já desenhada. http://goo.gl/4Twcw6 (formato mol) http://goo.gl/nxapqo (formato ChemSketch)
  • 32. Molécula misteriosa 1
  • 33. Molécula misteriosa 2 Que molécula é essa?
  • 34. Molécula misteriosa 3 Que molécula é essa?
  • 35. Molécula misteriosa 4 Que molécula é essa?
  • 36. RESPONDA 1) Qual das moléculas misteriosas é a preferida do Bob Marley? 2) Qual das moléculas misteriosas é chamada “droga do amor”? 3) Qual é a molécula da visão? 4) Qual é a molécula preferida de reis e imperadores?
  • 37. Como fazer para descobrir o nome? http://digichem.org/2011/10/24/dica-de-site-chemspider/
  • 38. Como fazer para descobrir o nome?
  • 39. Usando a estrutura montada com ajuda do ChemSketch
  • 40. Buscando estruturas semelhantes
  • 41. Mistério 1 resolvido: ocitocina É possível salvar a estrutura em 3D.
  • 42. Dados físico-químicos Podem ser obtidos com mais detalhes nos seguintes sites: 1) http://chemicalize.org 2) http://webbook.nist.gov Saiba mais sobre o Chemicalize neste link: http://digichem.org/2012/03/12/dica-de-site- chemicalizeorg/
  • 43. Dados físico-químicos No google, basta digitar o nome da molécula seguida de MSDS ou FISPQ. MSDS: material safety data sheet FISPQ: ficha de segurança de produtos químicos
  • 44. Dados biológicos de moléculas Se você quer encontrar artigos sobre estudos químicos e bioquímicos das moléculas em questão, entre no site PubChem. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
  • 45. Dados biológicos de moléculas No exemplo, procurei por informações sobre o 11-cis-retinal.
  • 46. Dados biológicos de moléculas Clicando em summary, descobre-se a ficha completa da molécula. É possível obter um arquivo com a estrutura
  • 47. Dados biológicos de moléculas O formato é SDF, e pode ser aberto com o software Avogadro.
  • 48. Dados biológicos de moléculas Clicando no botão BioActivity summary, uma nova página com os dados biológicos surge.
  • 49. Dados biológicos de moléculas Clicando no botão BioActivity summary, uma nova página com os dados biológicos surge.
  • 50. Respostas para os desafios 1) Ocitocina, também conhecida como droga do amor. 2) Púrpura de Tyrian, usada para tingir de púrpura as vestes de reis. 3) Tetrahidrocanabinol (THC), componente principal da maconha. 4) 11-cis-retinal, molécula envolvida na visão
  • 51. E isso encerra nossa oficina... http://www.myfunstudio.com/designs/pt/