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Tutorialavogadro 110630070245-phpapp02

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Transcript

  • 1. Tutorial
  • 2. Tutorial Avogadro es un programa para dibujar estructuras moleculares realizando enlaces químicos. Se pueden visualizar en 3D rotando la estructura, cambiando la perspectiva visual, y haciéndola girar en cualquier sentido y dirección sólo con los movimientos del ratón. Las vistas de las estructuras moleculares son espectaculares.
  • 3. La primera vez que se abre Avogadro se le presentará una pantalla como la que se muestra a continuación
  • 4. Preferencias de herramientas Al hacer clic, se activan los siguiente íconos en la Barra de Herramientas (Cuando pasan el ratón sobre los íconos aparece un breve tutorial de cada uno)
  • 5. La herramienta de dibujo es la forma principal para construir moléculas. Puede seleccionar el elemento a utilizar en un menú desplegable.  La opción "Otro" aparecerá una tabla periódica completa. El orden de enlace (simple, doble o triple) se puede configurar en un menú desplegable. Si tenemos activado el lápiz haciendo clic sobre la pantalla, dibujamos el átomo que seleccionamos, en este caso oxigeno.
  • 6. Supresión Si usted encuentra que ha cometido un error o desea eliminar un átomo en particular , haciendo clic con el botón derecho sobre el átomo, se suprimirá.  Tengan en cuenta que si "Ajustar Hidrógenos" está activada, no se pueden eliminar los hidrógenos añadidos , la función de ajustar los hidrógenos ajusta el número de átomos de hidrógeno de forma automática y por lo tanto, añade el hidrógeno eliminado de nuevo. Las moléculas de construcción Si va a dibujar una molécula más compleja: Botón izquierdo del ratón sobre un átomo existente, manteniendo el botón del ratón y arrastrar a otro lugar va a crear un enlace entre el átomo existente y la nueva.  Ejemplos, en los siguientes videos: Como crear una molécula con Avogadro Moléculas con Avogadro Si necesita cambiar un átomo existente, sólo tiene que seleccionar el elemento deseado y haga clic. 
  • 7. Alinear molécula: La herramienta de navegación le permite mover la molecula alrededor de la escena. Si hacemos clic sobre la molécula:, la rotamos Si hace clic en un átomo en particular, a continuación, rotación, traslación o zoom se produce en relación con ese átomo. De lo contrario, la navegación es en relación con el centro de la molécula.   La herramienta de manipulación de enlace central. Manipular la herramienta   La herramienta le permite manipular para mover átomos individuales o fragmentos seleccionados en el espacio. .
  • 8. No siempre las cosas salen bien la primera vez, o tal vez la optimización de la geometría no le ha dado la geometría que se interese. Avogadro tiene dos herramientas para ayudar en la manipulación de moléculas que ya se han elaborado.  Estas son las  centradas Bonos manipular herramientas  y la  herramienta Manipulación  .  Ambos permiten la manipulación de una molécula existente. Muchas herramientas pueden trabajar ya sea en el átomo de hacer clic en o en una selección de los átomos.  La  herramienta Seleccionar  le permite hacer selecciones y luego trabajar en estas selecciones usando una herramienta diferente. Por ejemplo, un grupo de cinco átomos se pueden seleccionar con la  herramienta de selección  y los átomos se pueden mover mediante la selección de la  herramienta de manipular y hacer clic izquierdo en la selección mientras mueve el ratón hasta que la configuración deseada
  • 9. Configuraciones de selección de átomos- enlaces y moléculas La herramienta de selección le permite operar en las secciones de las moléculas. El modo de selección permite seleccionar átomos individuales cuando se hace clic, los residuos biomolecular (por ejemplo, aminoácidos, ácidos nucleícos) o una molécula entera . Haga clic en un átomo o fragmento para seleccionarlo. Haga clic en otro átomo o fragmento para seleccionar y anular la selección de la primera. Mantenga presionada la tecla mayúscula para seleccionar varios átomos o fragmentos. Mantenga presionada la tecla de control para cambiar las selecciones. Arrastre el ratón a través del espacio a "banda elástica" seleccionar un conjunto de átomos
  • 10.
    •   La herramienta AutoRotate le permite girar continuamente una molécula en el espacio, por ejemplo, para una presentación.
    • Hay dos maneras de establecer la rotación:
    • Haga clic y arrastre en cualquier lugar de la ventana de molécula - Para ello se utilizará una línea roja. La dirección de la línea determinará la dirección de rotación y la longitud de la línea determinará la velocidad de rotación. Cuanto más larga sea la línea, más rápida será la rotación. La rotación se iniciará tan pronto como se suelta el botón del ratón.
    • Arrastre un control deslizante para rotar a lo largo de la x, y, o eje z. Mueva el control deslizante hacia la derecha para girar hacia la derecha, se moverá a la izquierda para girar a la izquierda. Cuanto más lejos mueva el control deslizante, más rápida será la rotación.
    • Haga clic en la pantalla para poner fin a la rotación.
    • Haga clic en la molécula para reiniciar la rotación.
  • 11. Configuraciones de optimización automática : permite optimizar la geometría de una molécula.   La herramienta de medida permite medir la distancia, ángulos o ángulos diedros. Haga clic en dos átomos para medir la distancia. Haga clic en tres átomos para medir el ángulo entre ellos. Haga clic en cuatro átomos para medir el ángulo diedro entre ellos. Haga clic derecho para borrar la medición y la lista de los átomos seleccionados. La herramienta de alineación se puede utilizar para alinear las moléculas de un marco de referencia concreto.
  • 12. Avogadro admite deshacer / rehacer.  Todas las operaciones de dibujar se pueden deshacer y rehacer mediante el uso de los elementos del menú apropiado en el menú de edición.  Si alguna vez comete un error sólo tiene que seleccionar Editar- Deshacer (o Ctrl + Z). Una vez que estemos satisfecho con la molécula que dibujamos , la guardamos utilizando el Archivo-Guardar como …
  • 13. Preferencias de Pantalla Permite visualizar distintas formas de las moléculas. Por ejemplo, distintas visualizaciones de proteínas
  • 14. Ejes La pantalla ejes añadir X, Y y Z, basada en el origen. El eje X es rojo. El eje Y es el azul. El eje Z es de color verde Bolas y Varillas El tipo de representación de bola y varilla es un estándar para la química.  Ejemplos de preferencias de Pantalla
  • 15. Etiqueta Mostrar la etiqueta se adjuntará anotaciones de texto a átomos y enlaces. Ambos átomos y enlaces serán etiquetados. Las etiquetas de los objetos van a desaparecer cuando está demasiado lejos para ser legible. Polígono La presentación de polígonos se basará tetraedros, pirámides, octaedros, etc para los centros atómicos. Esta opción de visualización es muy popular en las estructuras de estado sólido y refleja la coordinación en torno a centros metálicos.
  • 16. Anillo El tipo de visualización anillo de color anillos cerrados. Tres anillos de miembros son de color rojo. Ciclos de cuatro eslabones son de color verde. Anillos de cinco miembros son de color azul. Anillos de seis miembros son de color rosa / púrpura. Ciclos de siete miembros son de color amarillo. Esferas Van der Waals Ilustra todos los átomos como esferas con una completa radio de Van der Waals. La opacidad / transparencia de las esferas se pueden controlar. Ver más en http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Category:Display Recuerden que pueden traducir con Google Chrome
  • 17. MENÚ ARCHIVO Nuevo Abrir Abrir reciente: Una lista de los archivos más recientemente realizados. Cerrar Guardar como ... Volver al fichero guardado Importación Archivo de Molécula Trayectoria ... Obtener Traer estructura química ... Obtener la URL ... Exportación Gráficos ... Guarda un archivo de gráficos de mapa de bits de la escena actual en formato BMP, PNG, JPEG o GIF. Graficos Vectoriales.. Guarda un archivo PDF, PostScript, SVG o la versión de la escena actual. POV-Ray Guarda un archivo y, opcionalmente, se corre el  POV-Ray  ray-tracing programa para producir una imagen de alta calidad adecuada para un cartel o para otros fines. Salir de Avogadro, el cierre de todos los documentos abiertos.
  • 18. MENÚ EDICIÓN Contenido   Cortar Copiar Pegar Borrar S eleccionar Todo No seleccionar nada Propiedades de los ángulos Átomo de Propiedades Propiedades de bonos Creación de superficies GAMESS Insertar fragmento Inserte péptido MOPAC Mecánica Molecular Propiedades molécula POV-Ray Configuración Espectros Súper Builder celular Propiedades de torsión Unidad de la célula Vibraciones MENÚ EXTENSIONES (En inglés, recuerden utilizar Google Chrome o algún traductor si no maneja el idioma Inglés)
  • 19. ¿Cómo construir un péptido? Seleccione el menú construir (Build) , insertar péptido Aparece la ventana del Generador de péptidos.
  • 20.   Puede seleccionar los aminoácidos para insertar en el nuevo péptido. Al hacer clic en los aminoácidos, éstos se agregarán a la secuencia de la derecha.   El péptido se acumula como una secuencia.  Se puede seleccionar la estructura Haga clic para insertar la secuencia en la ventana principal. La nueva oligopéptido se seleccionará automáticamente, y la herramienta de manipulación le permitirá traducir y girar la cadena en la posición que desee.
  • 21. Y así obtenemos un péptido Ir a Ver en la barra de herramientas, centrar Para Guardar Archivo Exportación: Pueden guardarlo como: Gráficos ... Guarda un archivo de gráficos de mapa de bits de la escena actual en formato BMP, PNG, JPEG o GIF. Graficos Vectoriales.. Guarda un archivo PDF, PostScript, SVG o la versión de la escena actual. POV-Ray Guarda un archivo y, opcionalmente, se corre el  POV-Ray  ray-tracing programa para producir una imagen de alta calidad adecuada para un cartel o para otros fines.
  • 22. Seguimos aprendiendo y aprovechando las propuestas del escritorio docente
  • 23.